Tarayıcınızda şu anda Javascript devre dışı. Javascript devre dışı bırakıldığında bu web sitesinin bazı özellikleri çalışmayacaktır.
Belirli bilgileriniz ve ilgilendiğiniz belirli ilaçla kayıt yaptırın, verdiğiniz bilgileri kapsamlı veri tabanımızdaki makalelerle eşleştirelim ve size en kısa sürede PDF kopyasını e-postayla gönderelim.
Oyuncular Stella S, Vitale SR, Martorana F, Massimino M, Pavone G, Lanzafame K, Bianca S, Barone C, Gorgone C, Fichera M, Manzella L
Stefania Stella, 1,2 Silvia Rita Vitale, 1,2 Federica Martorana, 1,2 Michele Massimino, 1,2 Giuliana Pavone, 3 Katia Lanzafame, 3 Sebastiano Bianca, 4 Chiara Barone, 5 Cristina Gorgone, 6 Marco Fichera, 6, 7 Livia Manzella1,21 Katanya Üniversitesi Klinik ve Deneysel Tıp Bölümü, Catania, 95123, İtalya;2 Deneysel Onkoloji ve Hematoloji Merkezi, AOU Policlinico “G.Rodolico – San Marco”, Catania, 95123, İtalya; 3 Tıbbi Onkoloji, AOU Policlinico “G. Rodolico – San Marco”, Catania, 95123, İtalya; 4 Tıbbi Genetik, ARNAS Garibaldi, Catania, 95123, İtalya; 5 Tıp Genetiği, ASP, Siraküza, 96100, İtalya; 6 Biyomedikal ve Biyoteknoloji Bilimleri Bölümü, Catania Üniversitesi, Tıbbi Genetik, Catania, İtalya, 95123; 7 Oasi Araştırma Enstitüsü-IRCCS, Troina, 94018, İtalya İletişim: Stefania Stella, tel +39 095 378 1946, e-posta [email protected]; [email protected] Amaç: BRCA1 ve BRCA2'deki germ hattı mutasyonları ve yerleşik meme kanseri (BC), yumurtalık (OC) ve diğer kanserlerle ilişkili yaşam boyu risk faktörleri. BRCA geni için test yapılması, bireysel riski değerlendirmenin yanı sıra sağlıklı taşıyıcılarda önleme yöntemleri bulmak ve kanser hastalarında tedavileri kişiselleştirmek için önemlidir. BRCA1 ve BRCA2 değişikliklerinin yaygınlığı coğrafi bölgelere göre büyük ölçüde değişmektedir ve Sicilyalı ailelerde BRCA patojenik varyantları hakkında veriler mevcut olsa da, özellikle doğu Sicilya'daki popülasyonları hedefleyen çalışmalar eksiktir. Çalışmamızın amacı, doğu Sicilya'dan bir grup BC hastasında BRCA patojenik germ hattı değişikliklerinin insidansını ve dağılımını araştırmak ve yeni nesil dizileme kullanarak belirli BC özellikleriyle ilişkilerini değerlendirmekti. Değişikliklerin varlığı tümör derecesi ve çoğalma indeksi ile ilişkiliydi. BULGULAR: Genel olarak 35 hastada (%9) BRCA patojenik varyantı vardı, 17'sinde (%49) BRCA1 ve 18'inde (%51) BRCA2 vardı. BRCA1 Değişiklikler üçlü negatif meme kanseri hastalarında yaygındır, buna karşın BRCA2 mutasyonları lüminal meme kanseri hastalarında daha yaygındır. BRCA1 varyantlarına sahip deneklerin taşıyıcı olmayanlarla karşılaştırıldığında önemli ölçüde daha yüksek tümör derecesi ve proliferatif indeksi vardı. Sonuçlar: Bulgularımız, Doğu Sicilya'daki meme kanseri hastalarında BRCA mutasyon durumuna genel bir bakış sunmakta ve kalıtsal meme kanseri olan hastaları belirlemede NGS analizinin rolünü doğrulamaktadır. Genel olarak, bu veriler mutasyon taşıyıcılarında kanserin uygun şekilde önlenmesi ve tedavisi için BRCA taramasını destekleyen önceki kanıtlarla tutarlıdır.
Meme kanseri (MK), dünya çapında en yaygın malignite ve kadınlarda en ölümcül kanserdir.1 MK prognozunu ve klinik davranışını belirleyen biyolojik özellikler kapsamlı bir şekilde incelenmiş ve zaman içinde kısmen aydınlatılmıştır. Aslında, şu anda MK'yi farklı moleküler alt tiplere sınıflandırmak için birkaç vekil belirteç kullanılmaktadır. Bunlar östrojen (ER) ve/veya progesteron reseptörü (PgR), insan epidermal büyüme faktörü reseptörü 2 (HER2) amplifikasyonu, proliferasyon indeksi Ki-67 ve tümör derecesidir (G).2 Bu değişkenlerin birleşimi aşağıdaki MK kategorilerini belirlemiştir: 1) ER ve/veya PgR ekspresyonu gösteren Luminal tümörler MK'lerin %75'ini oluşturmaktadır. Bu tümörler ayrıca Ki-67 %20'nin altında ve HER2 negatif olduğunda Luminal A ve Ki-67 %20'ye eşit veya üzerinde olduğunda ve proliferasyon indeksinden bağımsız olarak HER2 amplifikasyonunun varlığında Luminal B olarak ayrılmıştır; 2) ER ve PgR negatif olan ancak HER2 amplifikasyonu gösteren HER2+ tümörler. Bu grup tüm meme tümörlerinin %10'unu oluşturur; 3) ER ve PgR ekspresyonu ve HER2 amplifikasyonu göstermeyen üçlü negatif meme kanseri (TNBC), meme kanserlerinin yaklaşık %15'ini oluşturur.2-4
Bu BC alt tipleri arasında tümör derecesi ve proliferasyon indeksi, tümör agresifliği ve prognozla doğrudan ve bağımsız olarak ilişkili olan kesitsel biyobelirteçleri temsil eder.5,6
Yukarıda belirtilen biyolojik özelliklere ek olarak, meme kanserinin gelişimine yol açan kalıtsal genetik değişikliklerin rolü son birkaç yılda giderek daha önemli hale gelmiştir.7 Meme tümörlerinin yaklaşık 10'da 1'i belirli genlerdeki germ hattı değişiklikleri nedeniyle kalıtılır.8 180.000'den fazla kadını içeren iki büyük epidemiyolojik çalışma yakın zamanda kalıtsal meme kanserinden öncelikli olarak sorumlu olan sekiz gen grubunu (yani ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, CHK2, PALB2, RAD51C ve RAD51D) tanımlamıştır. Bu genler arasında BRCA1 ve BRCA2 (bundan sonra BRCA1/2 olarak anılacaktır) meme tümörlerinin gelişimiyle en güçlü korelasyonu göstermiştir.9-12 Aslında, germ hattı BRCA1/2 mutasyonları meme kanserinin yanı sıra yumurtalık, prostat, pankreas, kolorektal ve melanom gibi diğer malignitelerin yaşam boyu riskini önemli ölçüde artırır. 13 ila 80 yaş arasında, BRCA1 patojenik varyantı (PV) olan kadınlarda meme kanserinin kümülatif insidansı %72 ve BRCA2 PV'si olan kadınlarda %69'dur.14
Özellikle yakın zamanda yayınlanan bir yayın, BC riskinin PV tipine bağlı olduğunu ileri sürmektedir. Aslında, patojenik kesme varyantlarıyla karşılaştırıldığında, özellikle BRCA1 genindeki belirgin anlamsız varyantlar, özellikle yaşlı kadınlarda, BC riskinin azalmasıyla ilişkilidir.15
BRCA1 veya BRCA2 PV'nin varlığı farklı biyolojik ve klinikopatolojik özellikler ile ilişkilendirilmiştir.16,17 BRCA1 ile ilişkili meme kanserleri klinik olarak agresif, zayıf farklılaşmış ve yüksek oranda proliferatif olma eğilimindedir. Bu tümörler genellikle üçlü negatiftir ve erken başlangıç ​​yaşına sahiptir. BRCA2 mutasyonlu hastalarda görülen tümörler tipik olarak orta ila iyi farklılaşmış dereceler ve değişken proliferatif indeksler gösterir. Bu tümörler lümen B'de daha yaygındır ve genellikle yaşlı erişkinlerde görülür.16-18 Özellikle, BRCA1 ve BRCA2'deki mutasyonlar platin tuzları ve poli(ADP-riboz) polimeraz inhibitörleri (PARPi) gibi hedefli ilaçlar dahil olmak üzere belirli tedavilere duyarlılığı artırır.19,20
Son birkaç yıldır, klinik pratikte yeni nesil dizilemenin (NGS) uygulanması, giderek artan sayıda meme kanseri hastasının BRCA1/2 dahil olmak üzere kanser duyarlılığı sendromları için moleküler testlerden geçmesini sağlamıştır.21 Eş zamanlı olarak, BRCA1/2 testine layık kişileri daha iyi belirlemek için aile geçmişi, demografik ve klinikopatolojik özelliklerle ilgili kesin kriterlere dayalı tanımlar.22,23 Bu bağlamda, coğrafi bölgeler arasındaki farklılıkları vurgulayarak belirli popülasyonlarda BRCA1/2 taramasına ilişkin kanıtlar birikmektedir.24–27 Batı Sicilya'daki meme kanseri kohortu hakkında raporlar olmasına rağmen, doğu Sicilya popülasyonunda BRCA1/2 taramasına ilişkin daha az veri mevcuttur.28,29
Burada, Doğu Sicilya'daki BC hastalarında germ hattı BRCA1/2 taramasının sonuçlarını açıklıyoruz ve BRCA1 veya BRCA2 mutasyonlarının varlığının bu tümörlerin temel klinikopatolojik özellikleriyle daha fazla ilişkilendirilmesini sağlıyoruz.
Policlinico Hastanesi Rodolico – San Marco, Catania'daki "Deneysel Onkoloji ve Hematoloji Merkezi"nde retrospektif bir çalışma gerçekleştirildi. Ocak 2017'den Mart 2021'e kadar meme ve yumurtalık, melanom, pankreas veya prostat kanseri olan toplam 455 hasta BRCA/2 genetik testi için moleküler tanı laboratuvarımıza sevk edildi. Bu çalışma Helsinki Bildirgesi'ne uygun olarak yürütüldü ve tüm katılımcılar moleküler analizden önce yazılı bilgilendirilmiş onam verdi.
Meme kanserinin histolojik ve biyolojik özellikleri (ER, PgR, HER2 durumu, Ki-67 ve derecesi) sadece agresif tümör bileşenleri dikkate alınarak çekirdek biyopsi veya cerrahi örneklerde değerlendirildi. Bu özelliklere dayanarak meme kanserleri şu şekilde sınıflandırıldı: lüminal A (ER+ ve/veya PgR+, HER2-, Ki-67<%20), lüminal B (ER+ ve/veya PgR+, HER2-, Ki-67≥%20), lüminal B-HER2+ (ER ve/veya PgR+, HER2+), HER2+ (ER ve PgR-, HER2+) veya üçlü negatif (ER ve PgR-, HER2-).
BRCA1 ve BRCA2 mutasyon durumunu değerlendirmeden önce, bir onkolog, bir genetikçi ve bir psikologdan oluşan multidisipliner bir ekip, BRCA1 ve/veya BRCA1'in varlığını veya BRCA2 geninde PV riski yüksek kişileri belirlemek için her hasta için bir tümör genetiği konsültasyonu gerçekleştirdi. Hasta seçimi İtalyan Tıbbi Onkoloji Derneği (AIOM) kılavuzlarına ve yerel Sicilya önerilerine göre yapıldı.30,31 Bu kriterler şunları içerir: (i) duyarlılık genlerinde bilinen patojenik varyantların aile öyküsü (örn. BRCA1, BRCA2, TP53, PTEN); (ii) meme kanseri olan erkekler; (iii) meme kanseri ve OC'si olanlar; (iv) meme kanseri <36 yaş, TNBC <60 yaş veya bilateral meme kanseri <50 yaş olan kadınlar; (v) meme kanseri <50 yaş kişisel tıbbi öyküsü ve en az bir birinci derece akraba: (a) meme kanseri <50 yaş; (b) herhangi bir yaşta mukussuz ve borderline olmayan meme kanseri; (c) bilateral meme kanseri; (d) erkek meme kanseri; (e) pankreas kanseri; (f) prostat kanseri; (vi) 50 yıldan uzun süredir meme kanseri öyküsü olan iki veya daha fazla kişide meme kanseri öyküsü ve birinci derece akraba olan akrabalarda meme kanseri, meme kanseri veya pankreas kanseri aile öyküsü (kendisiyle birinci derece akraba olan akrabalar dahil); (vii) OC öyküsü ve en az bir birinci derece akraba: (a) Meme kanseri <50 yıl; (b) NOC; (c) bilateral meme kanseri; (d) erkek meme kanseri; (vii) yüksek dereceli seröz meme kanseri olan kadın.
Her hastadan 20 mL periferik kan örneği alındı ​​ve EDTA tüplerine (BD Biosciences) konuldu. Genomik DNA, üreticinin talimatlarına göre QIAsymphony DSP DNA Midi kiti İzolasyon Kiti (QIAGEN, Hilden, İtalya) kullanılarak 0,7 mL tam kan örneklerinden izole edildi ve bir Qubit® 3.0 Florometresinden (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, ABD) geçirilerek kantifikasyon gerçekleştirildi. Hedef zenginleştirme ve kütüphane hazırlama, üreticinin talimatlarına göre otomatik kütüphane hazırlama için Ion AmpliSeq™ Chef Reagents DL8 Kit'e yüklenmeye hazır olan Oncomine™ BRCA Research Assay Chef tarafından gerçekleştirilir. Kit, tüm BRCA1 (NM_007300.3) ve BRCA2 (NM_000059.3) genlerini incelemek için kullanılabilen iki multipleks PCR primer havuzundan oluşur. Kısaca, her seyreltilmiş numune DNA'sının (10 ng) 15 µL'si kütüphane hazırlama için barkodlu plakalara eklendi ve tüm reaktifler ve sarf malzemeleri Ion Chef™ cihazına yüklendi. Daha sonra otomatik kütüphane hazırlama ve barkodlu numune kütüphanesi havuzlaması Ion Chef™ cihazında gerçekleştirildi. Daha sonra hazırlanan kütüphane sayısı üreticinin talimatlarına göre bir Qubit® 3.0 Florometresi (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, ABD) ile değerlendirildi. Son olarak, kütüphaneler İyon Chef™ kütüphane örnek tüpleri (barkodlu tüpler) Ion Chef™ cihazına yüklendi. Dizileme, Ion 510 Çipi (Thermo Fisher Scientific) kullanan bir Ion Torrent S5 (Thermo Fisher Scientific) cihazı (Thermo Fisher Scientific) kullanılarak gerçekleştirildi. Veri analizi Amplicon Suite (SmartSeq srl) ve Ion Reporter Yazılımı ile gerçekleştirildi.
Tüm varyant isimlendirmeleri, çevrimiçi olarak erişilebilen İnsan Genomu Varyasyon Konsorsiyumu'nun güncel yönergelerini izlemiştir (HGVS, http://www.hgvs.org/mutnomen). BRCA1/2 varyantlarının klinik önemi, Uluslararası Konsorsiyum ENIGMA'nın (Germ Hattı Mutant Alellerini Yorumlamak İçin Kanıta Dayalı Ağ, https://enigmaconsortium.org/) sınıflandırması kullanılarak ve ARUP, BRCAEXCHANGE, ClinVar, IARC_LOVD ve UMD gibi farklı veri tabanlarına başvurularak tanımlanmıştır. Sınıflandırma beş ayrı risk kategorisini içerir: iyi huylu (kategori I), muhtemelen iyi huylu (kategori II), belirsiz öneme sahip varyant (VUS, kategori III), muhtemelen patojenik (kategori IV) ve patojenik (kategori V). VarSome ayrıca mutasyonların protein yapısı ve işlevi üzerindeki etkisini analiz etti; bu, 30 veritabanına erişim sağlayan bilgilendirici bir araçtır.32
Her bir VUS'a potansiyel klinik önem atamak için aşağıdaki hesaplamalı protein tahmin algoritmaları kullanıldı: MUTATION TASTER, 33 PROVEAN-SIFT (http://provean.jcvi.org/index.php), POLYPHEN-2 (http:// /genetics.bwh.harvard.edu/pph2/) ve Align-GVGD (http://agvgd.hci.utah.edu/agvgd_input.php).Sınıf 1 ve 2 olarak sınıflandırılan varyantlar vahşi tip olarak kabul edildi.
Sanger dizilemesi her patojenik varyantın varlığını doğruladı. Kısaca, tespit edilen her varyant için BRCA1 ve BRCA2 gen referans dizileri (sırasıyla NG_005905.2, NM_007294.3 ve NG_012772.3, NM_000059.3) kullanılarak bir çift spesifik primer tasarlandı. Bu nedenle, hedefli PCR gerçekleştirildi ve ardından Sanger dizilemesi yapıldı.
BRCA1/2 geni için negatif sonuç veren hastalar, büyük genomik yeniden düzenlemelerin (LGR) varlığını değerlendirmek için üreticinin talimatlarına göre multipleks ligasyon bağımlı prob amplifikasyonu (MLPA) ile test edildi. Kısaca, DNA örnekleri denatüre edilir ve her biri yaklaşık 60 nükleotid uzunluğunda spesifik bir DNA dizisini tespit eden 60 adede kadar BRCA1 ve BRCA2 gen-spesifik prob kullanılır. Benzersiz bir PCR amplikon setinden oluşan prob amplifikasyon ürünleri daha sonra kapiler elektroforez ve uygun parti-spesifik Cofalyser tablolarıyla (www.mrcholland.com) birlikte Cofalyser.Net yazılımı ile analiz edilir.
Seçili klinikopatolojik değişkenler (histolojik derece ve Ki-67% proliferasyon indeksi) BRCA1/2 PV varlığıyla ilişkiliydi ve p-değerinin <0,05 olduğu varsayımıyla Fisher'in kesin testi kullanılarak Prism yazılımı v.8.4 kullanılarak hesaplandı.
Ocak 2017 ile Mart 2021 arasında 455 hasta germ hattı BRCA1/2 mutasyonları açısından tarandı. Mutasyon testleri Policlinico Hastanesi Deneysel Onkoloji ve Hematoloji Merkezi'nde gerçekleştirildi. Sicilya kılavuzuna göre (http://www.gurs.regione.sicilia.it/Indicep1.htm, N. 02-Venerdì 10 Gennaio 2020), Catania Rodolico – San Marco” genel olarak 389 hastada meme kanseri, 37 over kanseri, 16 pankreas kanseri, 8 prostat kanseri ve 5 melanom vardı. Hastaların kanser türüne ve analiz sonuçlarına göre dağılımı Şekil 1'de gösterilmektedir.
Şekil 1'de çalışmanın genel görünümünü gösteren bir akış şeması yer almaktadır. Meme, melanom, pankreas, prostat veya yumurtalık tümörü olan hastalar BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki mutasyonlar açısından test edildi.
Kısaltmalar: PVs, patojenik varyant; VUS, önemi belirsiz varyant; WT, vahşi tip BRCA1/2 dizisi.
Çalışmalarımızı seçici olarak meme kanseri kohortlarına odakladık. Hastaların ortanca yaşı 49 yıldı (aralığı 23-89) ve çoğunluğu kadındı (n=376 veya %97).
Bu deneklerin 64'ünde (%17) BRCA1/2 mutasyonu vardı ve hepsi kadındı. Otuz beşinde (%9) PV ve 29'unda (%7,5) VUS vardı. 35 patojenik varyantın 17'si (%48,6) BRCA1'de ve 18'i (%51,4) BRCA2'de meydana gelirken, 5 VUS BRCA1'de (%17,2) ve 24'ü (%82,8) BRCA2'de meydana geldi (Şekil 1 ve 2). MLPA analizinde LGR mevcut değildi.
Şekil 2. 389 meme kanseri hastasında BRCA1 ve BRCA2 mutasyonlarının analizi. (A) 389 meme kanseri hastasında patojenik varyantların (PV) (kırmızı), önemi belirsiz varyantların (VUS) (turuncu) ve WT'nin (mavi) dağılımı; (B) 389 meme kanseri hastası Otuz beş (%9) kişide BRCA1/2 patojenik varyantlar (PV) vardı. Bunların arasında 17 (%48,6) kişi BRCA1 PV taşıyıcısıydı (koyu kırmızı) ve 18 (%51,4) kişi BRCA2 taşıyıcısıydı (açık kırmızı); (C) 389 denekten 29 (%7,5) kişi VUS, 5 (%17,2) kişi BRCA1 geni (koyu turuncu) ve 24 (%82,8) kişi BRCA2 geni (açık turuncu) taşıyordu.
Kısaltmalar: PVs, patojenik varyant; VUS, önemi belirsiz varyant; WT, vahşi tip BRCA1/2 dizisi.
Daha sonra BRCA1/2 PV'li hastalarda BC moleküler alt tiplerinin prevalansını araştırdık. Dağılım 2 (%5,7) lüminal A, 15 (%42,9) lüminal B, 3 (%8,6) lüminal B-HER2+, 2 (%5,7) HER2+ ve 13 (%37,1) TNBC hastasını içeriyordu. BRCA1 pozitif hastalar arasında 5 (%29,4) lüminal B BC'ye, 2 (%11,8) HER2+ hastalığa ve 10 (%58,8) TNBC'ye sahipti. BRCA1 mutasyonu olmayan tümörler ya lüminal A ya da lüminal B-HER2+ idi (Şekil 3). BRCA2 pozitif alt grupta 10 (%55,6) tümör lüminal B, 3 (%16,7) lüminal B-HER2+, 3 (%16,7) TNBC ve 2 (%11,1) lüminal A idi (Şekil 3 ).Bu grupta HER2+ tümör mevcut değildi.Bu nedenle, BRCA1 mutasyonları TNBC hastalarında yaygınken, BRCA2 değişiklikleri lümen B bireylerinde baskındır.
Şekil 3 BRCA1 ve BRCA2'de patojenik varyantları olan hastalarda meme kanseri alt tiplerinin yaygınlığı. Meme kanseri hastalarının moleküler alt tipleri arasında BRCA1- (koyu kırmızı) ve BRCA2- (açık kırmızı) PV dağılımını gösteren histogramlar. Her kutuda bildirilen sayılar, her meme kanseri alt tipi için BRCA1 ve BRCA2 PV'li hastaların yüzdesini temsil eder.
Kısaltmalar: PVs, patojenik varyant; HER2+, insan epidermal büyüme faktörü reseptörü 2 pozitif; TNBC, üçlü negatif meme kanseri.
Daha sonra, BRCA1 ve BRCA2 PV'lerinin tipini ve gen lokalizasyonunu değerlendirdik. BRCA1 PV'de 7 tek nükleotid varyantı (SNV), 6 delesyon, 3 duplikasyon ve 1 insersiyon gözlemledik. Sadece bir mutasyon (c.5522delG) yeni bir keşfi temsil ediyor. Her iki denekte de tespit edilen en yaygın BRCA1 PV c.5035_5039delCTAAT idi. Bu değişiklik, BRCA1 ekson 15'te beş nükleotidin delesyonunu (CTAAT) içerir ve kodon 1679'da lösin amino asidinin tirozin ile yer değiştirmesine ve öngörülen alternatif durdurma kodonuyla bir çeviri çerçeve kayması nedeniyle erken protein kesilmesine yol açar. Diğer tüm değişiklikler sadece bir vakada tespit edildi. Bildirilen PV'lerden birinin ek yeri konsensüs bölgesinde (c.4357+1G>T) yer aldığı dikkat çekicidir (Tablo 1).
BRCA2 PV ile ilgili olarak 6 delesyon, 6 SNV ve 2 duplikasyon gözlemledik. Bulunan değişikliklerin hiçbiri yeni değil. Popülasyonumuzda üç mutasyon tekrarladı, c.428dup ve c.8487+1G>A 3 denekte gözlemlendi, ardından iki vakada alınan c.5851_5854delAGTT geldi. c.428dup değişikliği, BRCA2'nin ekson 5'indeki C'nin tekrarını içerir ve kesilmiş, işlevsiz bir proteini kodlaması tahmin edilir. c.8487+1G>A mutasyonu BRCA2 intron 19'un intronik bölgesinde (± 1,2) meydana gelir ve ekleme konsensüs dizisini etkileyerek anormal veya eksik proteinle sonuçlanan değişmiş eklemeye neden olur. c.5851_5854delAGTT patojenik varyantı 5851 ila 4 nükleotidlik nükleotid pozisyonlarından gelen bir delesyondan kaynaklanır. BRCA2 geninin 10. eksonunda kodlayan 5854 ve öngörülen alternatif durdurma kodonu (p.S1951WfsTer) ile translasyonel bir çerçeve kaymasına neden olur.Önemli olarak, daha önce bildirildiği gibi, her iki değişiklik c.631G>A ve c.7008-2A>T aynı hastada tespit edildi.34 İlk mutasyon, BRCA2 ekson 7'deki adenozinin (A) nükleotid içeren bir guanin (G) ile yer değiştirmesini içerir ve bu da kodon 211'de valinin izolösine dönüşmesine neden olur, izolösin Amino asit, oldukça benzer özelliklere sahip bir amino asittir.Bu değişiklik normal mRNA eklenmesini etkiler.İkinci varyant intronik bir bölgede yer alır ve BRCA2 kodlayan genin 13. eksonundan önce çift A'dan timine (T) bir yer değiştirmeye neden olur.c.7008-2A>T değişikliği farklı uzunluklarda birden fazla transkript oluşturabilir.Ayrıca, BRCA2 grubunda PV'lerde 18 değişimin 4'ü (%22,2) intronikti.
Daha sonra BRCA1/2 zararlı mutasyonlarını fonksiyonel alanlarda ve protein bağlayıcı bölgelerde haritaladık (Şekil 4). BRCA1 geninde PV'lerin %50'si meme kanseri küme bölgesinde (BCCR) yer alırken, mutasyonların %22'si yumurtalık kanseri küme bölgesinde (OCCR) yer aldı (Şekil 4A). BRCA2 PV'de varyantların %35,7'si BCCR bölgesinde ve mutasyonların %42,8'i OCCR bölgesinde yer aldı (Şekil 4B). Daha sonra PV'nin BRCA1 ve BRCA2 protein alanlarındaki yerini değerlendirdik. BRCA1 proteini için halka ve sarmal sarmal alanlarında üç PV ve BRCT alanında iki mutasyon bulduk (Şekil 4A). BRCA2 proteini için 4 PV BRC tekrar alanına haritalanırken, 3 intronik ve 3 ekzonik değişiklik oligo/oligosakkarit bağlayıcı (OB) ve kule (T) alanları ( Şekil 4B).
Şekil 4 BRCA1 ve BRCA2 proteinlerinin şematik gösterimi ve patojenik varyantların lokalizasyonu. Bu şekil meme kanseri hastalarında BRCA1 (A) ve BRCA2 (B) patojenik varyantlarının dağılımını göstermektedir. Ekzonik mutasyonlar mavi, intronik varyantlar ise turuncu renkte gösterilmiştir. Çubuk yüksekliği vaka sayısını temsil etmektedir. BRCA1 ve BRCA2 proteinleri ve fonksiyonel alanları raporlanmıştır. (A) BRCA1 proteini bir halka alanı (RING) ve bir nükleer lokalizasyon dizisi (NLS), bir sarmal alan, bir SQ/TQ küme alanı (SCD) ve bir BRCA1 C-terminal alanı (BRCT) içerir. (B) BRCA2 proteini sekiz BRC tekrarı, sarmal alan (Helical) içeren bir DNA bağlayıcı alan, üç oligonükleotid/oligosakkarit bağlayıcı (OB) kıvrım, bir kule alanı (T) ve C tarafında bir NLS içerir. Meme Kanseri Küme Bölgesi (BCCR) adı verilen alanlar ve Yumurtalık Kanseri Küme Bölgesi (OCCR) altta gösterilmektedir.*Durdurma kodonlarını belirleyen mutasyonları temsil eder.
Daha sonra BRCA1/2 PV varlığıyla ilişkili olabilecek BC klinikopatolojik özelliklerini araştırdık. 181 BRCA1/2 negatif hasta (taşıyıcı olmayanlar) ve tüm taşıyıcılar (n = 35) için tam klinik kayıtlar mevcuttu. Tümör çoğalma hızı ile derece arasında bir korelasyon vardı.
Ki-67 dağılımını kohortumuzun medyanına (25%, aralık <10-90%) dayanarak hesapladık. Ki-67 değeri < %25 olan denekler “düşük Ki-67” olarak tanımlanırken, değerleri ≥ %25 olan bireyler “yüksek Ki-67” olarak kabul edildi. Taşıyıcı olmayanlar ve BRCA1 PV taşıyıcıları arasında önemli Ki-67 farklılıkları (p<0,01) bulundu (Şekil 5A).
Şekil 5 BRCA1 ve BRCA2 PV'si olan ve olmayan meme kanseri kadınlarda Ki-67'nin derece dağılımıyla korelasyonu. (A) 181 taşıyıcı olmayan meme kanseri hastasında BRCA1 (18) veya BRCA2 (17) PV hastalarıyla karşılaştırıldığında medyan Ki-67 değerlerini gösteren kutu grafiği. 0,5'in altındaki P değerleri istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. (B) Meme kanseri hastalarının BRCA1 ve BRCA2 mutasyon durumuna göre (WT denekler, BRCA1 ve BRCA2 PV taşıyıcıları) histolojik derece gruplarına (G2 ve G3) atanmasını gösteren histogram.
Benzer şekilde, tümör derecesinin BRCA1/2 PV varlığıyla ilişkili olup olmadığını inceledik. Popülasyonumuzda G1 KMK olmadığından hastaları iki gruba (G2 veya G3) ayırdık. Ki-67 sonuçlarıyla tutarlı olarak, analiz tümör derecesi ve BRCA1 mutasyonu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olduğunu ortaya koydu; BRCA1 taşıyıcılarında taşıyıcı olmayanlara kıyasla daha yüksek oranda G3 tümör vardı (p<0,005) (Şekil 5B).
DNA dizileme teknolojisindeki gelişmeler, ailesinde kanser öyküsü olan hastalar için kritik öneme sahip BRCA1/2 genetik testlerinde benzeri görülmemiş ilerlemeler sağladı. Bugüne kadar yaklaşık 20.000 BRCA1/2 varyantı tanımlandı ve Amerikan Tıbbi Genetik Derneği 35 ve ENIGMA sistemine göre sınıflandırıldı.35,36 BRCA1/2 mutasyon spektrumunun coğrafi bölgelere göre büyük ölçüde değiştiği iyi bilinmektedir.37 İtalya içinde BRCA1/2 PV oranı %8 ile %37 arasında değişmekte olup ülke içinde geniş bir değişkenlik göstermektedir.38,39 Yaklaşık 5 milyonluk nüfusuyla Sicilya, nüfus sayısı bakımından İtalya'nın beşinci büyük bölgesidir. Batı Sicilya'da BRCA1/2 dağılımına ilişkin veriler bulunmasına rağmen, adanın doğu kesiminde kapsamlı bir kanıt bulunmamaktadır.
Çalışmamız, Doğu Sicilya'daki meme kanseri hastalarında BRCA1/2 PV insidansı hakkında yapılan ilk raporlardan biridir.28 Analizimizi meme kanserine odakladık çünkü bu, kohortumuzdaki en yaygın hastalıktır.
389 meme kanseri hastası test edildiğinde, %9'unda BRCA1/2 PV'ler vardı ve bunlar BRCA1 ve BRCA2 arasında eşit olarak dağılmıştı. Bu sonuçlar daha önce İtalyan popülasyonunda bildirilen sonuçlarla tutarlıdır.28 İlginç bir şekilde, kohortumuzun %3'ü (13/389) erkekti. Bu oran, erkek meme kanseri için beklenenden (tüm meme kanserlerinin %1'i) daha yüksektir ve BRCA1/2 mutasyon riskine göre popülasyon seçimimizi yansıtır. Ancak, bu erkeklerin hiçbiri BRCA1/2 PV geliştirmedi, bu nedenle PALB2, RAD51C ve D gibi daha az yaygın mutasyonların varlığını ekarte etmek için daha ileri moleküler analiz adaylarıydı. BRCA2 VUS'un belirgin olduğu deneklerin %7'sinde belirsiz öneme sahip varyantlar elde edildi. Bu sonuç bile önceden var olan kanıtlarla tutarlıdır.28,41,42
BRCA1/2 mutant kadınlarda BC moleküler alt tiplerinin dağılımını analiz ettiğimizde, TNBC ile BRCA1 PV (%58,8) ve lüminal B BC ile BRCA2 PV (%55,6) arasında bilinen ilişkileri doğruladık.16,43 BRCA1 ve BRCA2 PV taşıyıcılarındaki lüminal A ve HER2+ tümörleri mevcut literatür verileriyle tutarlıdır.16,43
Daha sonra BRCA1/2 PV'nin türüne ve konumuna odaklanıyoruz. Kohortumuzda en sık görülen BRCA1 PV c.5035_5039delCTAAT idi. Incorvaia ve ark. bu varyantı Sicilya kohortunda tanımlamamış olsa da, diğer yazarlar bunu germ hattı BRCA1 PV olarak bildirmişlerdir.34 Kohortumuzda birkaç BRCA1 PV bulundu - örn. c.181T>G, c.514del, c.3253dupA ve c.5266dupC - bunlar Sicilya'da gözlemlenmiştir.28 Bunlardan iki BRCA1 kurucu mutasyonu (c.181T>G ve c.5266dupC) genellikle Doğu ve Orta Avrupa'daki (Polonya, Çek), Slovenyalı, Avusturyalı, Macar, Belaruslu ve Alman Aşkenaz Yahudilerinde bulunur), 44,45 ve Amerika Birleşik Devletleri ve Arjantin'de yakın zamanda BC ve OK'li İtalyan hastalarda "tekrarlayan germ hattı varyantı" olarak tanımlanmıştır. 34c.514del varyantı daha önce Palermo ve Messina'daki kuzey Sicilya'dan 8 meme kanseri hastasında tanımlanmıştır. İlginçtir ki, Incorvaia ve ark. Catania'daki bazı ailelerde c.3253dupA varyantını buldu.28 En temsili BRCA2 PV'leri c.428dup, c.5851_5854delAGTT ve intronik varyant c.8487+1G>A'dır. Bunlar daha ayrıntılı olarak Palermo'da c.428dup, c.5851_5854delAGTT PV'li bir hastada bildirilmiştir.28 Kuzeybatı Sicilya'daki evlerde, özellikle Trapani ve Palermo bölgelerinde gözlemlenirken, c.5851_5854delAGTT PV kuzeybatı Sicilya'daki evlerde gözlemlenmiştir. 8487+1G>A varyantı Messina, Palermo ve Caltanissetta'daki deneklerde daha yaygındı.28 Rebbeck ve ark. daha önce Kolombiya'da c.5851_5854delAGTT değişikliğini tanımladık.37 Başka bir BRCA2 PV, c.631+1G>A, Sicilya'daki (Agrigento, Siracusa ve Ragusa) BC ve OC hastalarında bulundu.28 Özellikle, aynı hastada, daha önce bildirildiği gibi cis modunda ayrılmış olduklarını varsaydığımız iki BRCA2 varyantının (BRCA2 c.631G>A ve c.7008-2A>T) bir arada bulunduğunu gözlemledik.34,46 Bu BRCA2 uble mutasyonları gerçekten de İtalyan bölgesinde sıklıkla gözlemlendi ve erken durdurma kodonları başlatarak haberci RNA eklenmesini etkileyerek BRCA2 proteininin başarısız olmasına neden olduğu bulundu.47,48
Ayrıca protein alanlarının ve genlerinin varsayımsal OCCR ve BCCR bölgelerinde BRCA1 ve BRCA2 PV'lerini haritaladık. Bu bölgeler Rebbeck ve arkadaşları tarafından sırasıyla over ve meme kanseri geliştirme risk alanları olarak tanımlanmıştır.49 Ancak, germ hattı varyantlarının konumu ile meme veya over kanseri riski arasındaki ilişkiye ilişkin kanıtlar tartışmalı olmaya devam etmektedir.28,50-52 Popülasyonumuzda, BRCA1 PV'leri baskın olarak BCCR bölgesinde yer alırken, BRCA2 PV'leri baskın olarak OCCR bölgesinde yer alıyordu. Ancak, varsayımsal OCCR ve BCCR bölgeleri ile BC özellikleri arasında herhangi bir ilişki bulamadık. Bunun nedeni BRCA1/2 mutasyonları olan hasta sayısının sınırlı olması olabilir. Protein alanı perspektifinden, BRCA1 PV'leri tüm protein boyunca dağılmıştır ve BRCA2 değişiklikleri öncelikli olarak BRC tekrar alanında bulunur.
Son olarak, BC klinikopatolojik özelliklerini BRCA1/2 PV ile ilişkilendirdik. Dahil edilen hasta sayısının sınırlı olması nedeniyle, yalnızca Ki-67 ile tümör derecesi arasında anlamlı bir korelasyon bulduk. Ki-67'nin değerlendirilmesi ve yorumlanması hala biraz tartışmalı olsa da, yüksek proliferatif oranların hastalığın tekrarlama riskinin artması ve sağ kalımın azalması ile ilişkili olduğu kesindir. Bugüne kadar, "yüksek" ve "düşük" Ki-67 arasında ayrım yapmak için sınır değer %20'dir. Ancak, bu eşik, medyan Ki-67 değeri %25 olan BRCA1/2 mutasyonlu hasta popülasyonumuz için geçerli değildir. Yüksek Ki-67 oranlarındaki bu eğilim, birkaç lüminal A tümörünün mevcut olduğu lüminal B ve TNBC kohortlarımızdaki yaygınlıkla açıklanabilir. Ancak, bazı kanıtlar daha yüksek bir Ki-67 sınır değerinin (%25-30) hastaları prognozlarına göre daha iyi sınıflandırabileceğini düşündürmektedir.53,54 Analizimizin sonuçlarına göre, anlamlı bir korelasyon şaşırtıcı. Yüksek Ki-67 ile dereceler ve BRCA1 PV varlığı arasında görülür. Aslında, BRCA1 ile ilişkili tümörler TNBC'ye özgüdür ve daha agresif özellikler gösterir.16,17
Sonuç olarak, bu çalışma, Doğu Sicilya'dan bir BC kohortunda BRCA1/2'nin mutasyon durumu hakkında bir rapor sunmaktadır. Genel olarak, bulgularımız, hem mutasyon yaygınlığı hem de BC'deki klinikopatolojik özellikler açısından önceden var olan kanıtlarla tutarlıdır. BRCA1/2 mutantlı BC hastalarının daha geniş popülasyonlarında, örneğin BRCA1/2'den farklı ve daha az sıklıkta görülen PV'lerin varlığını değerlendirmek için çok genomlu genişletilmiş mutasyon analizi kullanılarak daha fazla çalışma yapılması gerekmektedir. Bu, genetik mutasyonlar nedeniyle kanser riski artan giderek artan sayıdaki deneklerin tanımlanmasına ve uygun şekilde yönetilmesine olanak sağlayacaktır.
Hastaların tümör örneklerinin araştırma amaçlı anonim olarak yayınlanmasına ilişkin bilgilendirilmiş onam imzaladığını doğruladık. Tüm hastalar Helsinki Bildirgesi'ne göre yazılı bilgilendirilmiş onam imzaladı. AOU Policlinico "G.Rodolico – S.Marco" politikasına göre, bu çalışma etik incelemeden muaf tutulmuştur çünkü BRCA1/2 analizi klinik uygulamaya göre yapılmış ve tüm hastalar yazılı bilgilendirilmiş onam vermiştir. Hastalar ayrıca verilerinin araştırma amaçlı kullanılmasına da onay verirler.
Etik Kurul tarafından talep edilen meme kanseri hastalarının bakımı konusunda bize sağladığı yardımlardan dolayı Prof. Paolo Vigneri'ye teşekkür ederiz.
Federica Martorana, Istituto Gentili, Eli Lilly, Novartis ve Pfizer'den ücret aldığını bildirmektedir. Diğer yazarlar bu çalışmada herhangi bir çıkar çatışması bildirmemektedir.
1. Sung H, Ferlay J, Siegel RL, ve diğerleri. Küresel Kanser İstatistikleri 2020: GLOBOCAN, dünya çapında 185 ülkede 36 kanserin insidansını ve ölüm oranını tahmin ediyor. CA Cancer J Clin.2021;71(3):209-249.doi: 10.3322/caac.21660