Javascript hazırda brauzerinizdə deaktivdir. Javascript deaktiv edildikdə bu veb saytın bəzi xüsusiyyətləri işləməyəcək.
Xüsusi məlumatlarınız və maraqlandığınız dərmanla qeydiyyatdan keçin və biz təqdim etdiyiniz məlumatları geniş məlumat bazamızdakı məqalələrlə uyğunlaşdıracağıq və dərhal sizə PDF nüsxəsini e-poçtla göndərəcəyik.
məsələn Stella S, Vitale SR, Martorana F, Massimino M, Pavone G, Lanzafame K, Bianca S, Barone C, Gorgone C, Fichera M, Manzella L
Stefania Stella, 1,2 Silvia Rita Vitale, 1,2 Federika Martorana, 1,2 Michele Massimino, 1,2 Giuliana Pavone, 3 Katia Lanzafame, 3 Sebastiano Bianca, 4 Chiara Barone, 5 Cristina Gorgone, 6 Marco Ficherella Liz12, C6112, və Eksperimental Tibb, Kataniya Universiteti, Kataniya, 95123, İtaliya;2 Eksperimental Onkologiya və Hematologiya Mərkəzi, AOU Policlinico “G.Rodolico – San Marco”, Kataniya, 95123, İtaliya; 3 Tibbi Onkologiya, AOU Policlinico “G. Rodolico – San Marco”, Kataniya, 95123, İtaliya; 4 Tibbi Genetika, ARNAS Garibaldi, Kataniya, 95123, İtaliya; 5 Medicine Genetics, ASP, Syracuse, 96100, İtaliya; 6 Biotibbi və Biotexnologiya Elmləri Departamenti, Kataniya Universiteti, Tibbi Genetika, Kataniya, İtaliya, 95123; 7Oasi Tədqiqat İnstitutu-IRCCS, Troina, 94018, İtaliya Əlaqə: Stefania Stella, tel +39 095 378 1946, email [email protected]; [email protected] Məqsəd: BRCA1 və BRCA2-də germline mutasiyaları və ömürlük xərçəng riski ilə əlaqəli döş xərçəngi (BC), yumurtalıq (OC) və digər genlərdə aşkar edilmiş mutasiyalar. BRCA geninin test edilməsi fərdi riskin qiymətləndirilməsi, eləcə də sağlam daşıyıcılarda profilaktika metodlarının tapılması və xərçəng xəstələrində müalicələrin uyğunlaşdırılması üçün vacibdir. BRCA1 və BRCA2 dəyişikliklərinin yayılması coğrafi bölgələr üzrə geniş şəkildə dəyişir və Siciliya ailələrində BRCA patogen variantları haqqında məlumatlar mövcud olsa da, şərqi Siciliyadakı populyasiyaları xüsusi olaraq hədəf alan tədqiqatlar yoxdur. Tədqiqatımızın məqsədi şərqi Siciliyadan olan BC xəstələrinin bir qrupunda BRCA patogen germline dəyişikliklərinin insidensiyasını və paylanmasını araşdırmaq və növbəti nəsil ardıcıllıqla istifadə edərək onların spesifik BC əlamətləri ilə əlaqəsini qiymətləndirmək idi. Dəyişikliklərin olması şiş dərəcəsi və proliferasiya indeksi ilə əlaqəlidir. NƏTİCƏLƏR: Ümumilikdə, 35 xəstədə (9%) BRCA patogen variantı, 17-də (49%) BRCA1 və 18-də (51%) BRCA2-də var idi. BRCA1 dəyişiklikləri üçqat mənfi hallarda üstünlük təşkil edir. BC xəstələrində, BRCA2 mutasiyaları isə lüminal BC xəstələrində daha çox rast gəlinir. Daşıyıcı olmayanlarla müqayisədə, BRCA1 variantları olan subyektlərdə şiş dərəcəsi və proliferativ indeks əhəmiyyətli dərəcədə yüksək idi. Nəticələr: Tapıntılarımız şərqi Siciliyadan olan BC xəstələrində BRCA mutasiya statusuna ümumi baxış təqdim edir və irsi BC xəstələrinin müəyyən edilməsində NGS analizinin rolunu təsdiqləyir. Ümumilikdə, bu məlumatlar mutasiya daşıyıcılarında xərçəngin düzgün qarşısının alınması və müalicəsi üçün BRCA müayinəsini dəstəkləyən əvvəlki dəlillərlə uyğun gəlir.
Döş xərçəngi (DX) dünyada ən çox yayılmış bədxassəli şiş və qadınlarda ən ölümcül xərçəng növüdür.1 DX proqnozunu və klinik davranışını müəyyən edən bioloji xüsusiyyətlər zamanla geniş şəkildə öyrənilmiş və qismən aydınlaşdırılmışdır. Əslində, hazırda DX-ni müxtəlif molekulyar alt tiplərə təsnif etmək üçün bir neçə surroqat marker istifadə olunur. Bunlar estrogen (ER) və/və ya progesteron reseptoru (PgR), insan epidermal böyümə faktoru reseptoru 2 (HER2) amplifikasiyası, proliferasiya indeksi Ki-67 və şiş dərəcəsi (G).2 Bu dəyişənlərin kombinasiyası aşağıdakı DX kateqoriyalarını müəyyən etmişdir: 1) DX və/və ya PgR ifadəsini göstərən lümen şişləri DX-lərin 75%-ni təşkil etmişdir. Bu şişlər daha sonra Ki-67 20%-dən aşağı və HER2 mənfi olduqda LX A və proliferasiya indeksindən asılı olmayaraq Ki-67 20%-ə bərabər və ya daha yüksək olduqda və HER2 amplifikasiyası olduqda LX B-yə bölünmüşdür; 2) ER və PgR mənfi, lakin HER2 amplifikasiyası göstərən HER2+ şişləri. Bu qrup bütün döş şişlərinin 10%-ni təşkil edir; 3) ER və PgR ifadəsini və HER2 amplifikasiyasını göstərməyən üçqat mənfi döş xərçəngi (TNBC) döş xərçənglərinin təxminən 15%-ni təşkil edir.2-4
Bu BC alt tipləri arasında şiş dərəcəsi və proliferasiya indeksi şişin aqressivliyi və proqnozu ilə birbaşa və müstəqil şəkildə əlaqəli olan kəsişmə biomarkerlərini təmsil edir.5,6
Yuxarıda qeyd olunan bioloji xüsusiyyətlərə əlavə olaraq, son bir neçə ildə BC-nin inkişafına səbəb olan irsi genetik dəyişikliklərin rolu getdikcə daha vacib hala gəlmişdir.7 Hər 10 döş şişindən təxminən 1-i müəyyən genlərdəki germ xətti dəyişiklikləri səbəbindən irsi olaraq ötürülür.8 180.000-dən çox qadını əhatə edən iki böyük epidemioloji tədqiqat bu yaxınlarda əsasən irsi BC-dən məsul olan səkkiz gendən ibarət bir qrup (yəni ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, CHK2, PALB2, RAD51C və RAD51D) müəyyən etmişdir. Bu genlər arasında BRCA1 və BRCA2 (bundan sonra BRCA1/2 adlandırılacaq) döş şişlərinin inkişafı ilə ən güclü korrelyasiyanı göstərmişdir.9-12 Əslində, germ xətti BRCA1/2 mutasiyaları BC-nin, eləcə də yumurtalıq, prostat, mədəaltı vəzi, kolorektal və melanoma da daxil olmaqla digər bədxassəli şişlərin ömürlük riskini əhəmiyyətli dərəcədə artırır. 13 yaşdan 80 yaşa qədər BRCA1 patogen variantı (PV) olan qadınlarda BC-nin kümülatif insidentliyi 72% təşkil edir və BRCA2 PV.14 olan qadınlarda 69%
Xüsusilə, son nəşrlərdən birində BC riskinin PV növündən asılı olduğu irəli sürülür. Əslində, patogen kəsici variantlarla müqayisədə, xüsusən də BRCA1 genində olan missens variantları, xüsusən də yaşlı qadınlarda BC riskinin azalması ilə əlaqələndirilir.15
BRCA1 və ya BRCA2 PV-nin olması müxtəlif bioloji və klinik-patoloji xüsusiyyətlərlə əlaqələndirilirdi.16,17 BRCA1 ilə əlaqəli BC-lər klinik cəhətdən aqressiv, zəif differensiasiya olunmuş və yüksək proliferativ olmağa meyllidir. Bu şişlər adətən üçqat mənfi olur və erkən yaşda başlayır. BRCA2 mutasiya olunmuş xəstələrdə baş verən şişlər adətən orta və yaxşı differensiasiya olunmuş dərəcələr və dəyişkən proliferativ indekslər nümayiş etdirir. Bu şişlər daha çox B lümenində rast gəlinir və adətən yaşlı yetkinlərdə baş verir.16-18 Qeyd etmək lazımdır ki, BRCA1 və BRCA2-dəki mutasiyalar platin duzları və poli(ADP-riboz) polimeraz inhibitorları (PARPi) kimi hədəf dərmanlar da daxil olmaqla spesifik müalicələrə həssaslığı artırır.19,20
Son bir neçə ildə klinik praktikada yeni nəsil ardıcıllığın (NGS) tətbiqi getdikcə daha çox sayda BC xəstəsinin BRCA1/2 daxil olmaqla xərçəngə həssaslıq sindromları üçün molekulyar testdən keçməsinə imkan yaratmışdır.21 Eyni zamanda, ailə tarixi, demoqrafik və klinik-patoloji xüsusiyyətlərə dair dəqiq meyarlara əsaslanan təriflər BRCA1/2 testinə layiq olan şəxsləri daha yaxşı müəyyən etmək üçündür.22,23 Bu kontekstdə, müəyyən populyasiyalarda BRCA1/2 müayinəsi ilə bağlı dəlillər toplanır və coğrafi bölgələr arasında fərqləri vurğulayır.24–27 Qərbi Siciliyada BC kohortu haqqında məlumatlar olsa da, şərqi Siciliya populyasiyasında BRCA1/2 müayinəsi ilə bağlı daha az məlumat mövcuddur.28,29
Burada şərqi Siciliyadan olan BC xəstələrində aparılan BRCA1/2 germline skrininqinin nəticələrini təsvir edirik və BRCA1 və ya BRCA2 mutasiyalarının mövcudluğunu bu şişlərin əsas klinik-patoloji xüsusiyyətləri ilə daha da əlaqələndiririk.
Kataniyadakı Rodolico – San Marko Policlinico Xəstəxanasının “Eksperimental Onkologiya və Hematologiya Mərkəzi”ndə retrospektiv tədqiqat aparılmışdır. 2017-ci ilin yanvar ayından 2021-ci ilin mart ayına qədər döş və yumurtalıq, melanoma, mədəaltı vəzi və ya prostat xərçəngi olan ümumilikdə 455 xəstə BRCA/2 genetik testi üçün molekulyar diaqnostika laboratoriyamıza göndərilmişdir. Bu tədqiqat Helsinki Bəyannaməsinə uyğun olaraq aparılmış və bütün iştirakçılar molekulyar analizdən əvvəl yazılı məlumatlı razılıq vermişlər.
BC-nin histoloji və bioloji xüsusiyyətləri (ER, PgR, HER2 statusu, Ki-67 və dərəcəsi) yalnız aqressiv şiş komponentləri nəzərə alınmaqla əsas biopsiya və ya cərrahi nümunələr üzərində qiymətləndirilmişdir. Bu xüsusiyyətlərə əsasən, BC-lər aşağıdakı kimi təsnif edilmişdir: lüminal A (ER+ və/və ya PgR+, HER2-, Ki-67<20%), lüminal B (ER+ və/və ya PgR+, HER2-, Ki-67≥20%), lüminal B-HER2+ (ER və/və ya PgR+, HER2+), HER2+ (ER və PgR-, HER2+) və ya üçqat mənfi (ER və PgR-, HER2-).
BRCA1 və BRCA2 mutasiya statusunu qiymətləndirməzdən əvvəl, onkoloq, genetik və psixoloqdan ibarət çoxsahəli qrup hər bir xəstə üçün BRCA1 və/və ya BRCA1-in və ya BRCA2 genində PV riski yüksək olan şəxslərin mövcudluğunu müəyyən etmək üçün şiş genetikası üzrə məsləhətləşmə aparmışdır. Xəstə seçimi İtaliya Tibbi Onkologiya Cəmiyyətinin (AIOM) təlimatlarına və yerli Siciliya tövsiyələrinə uyğun olaraq aparılmışdır.30,31 Bu meyarlara aşağıdakılar daxildir: (i) həssaslıq genlərində məlum patogen variantların ailə tarixçəsi (məsələn, BRCA1, BRCA2, TP53, PTEN); (ii) BC olan kişilər; (iii) BC və OC olanlar; (iv) BC <36 yaş, TNBC <60 yaş və ya ikitərəfli BC <50 yaş olan qadınlar; (v) BC <50 yaş və ən azı bir birinci dərəcəli qohumun şəxsi tibbi tarixçəsi: (a) BC <50 yaş; (b) istənilən yaşda seliksiz və sərhədsiz OC; (c) ikitərəfli BC; (d) kişi BC; (e) mədəaltı vəzi xərçəngi; (f) prostat xərçəngi; (vi) iki və ya daha çox şəxsi BC tarixçəsi > 50 illik və bir-biri ilə birinci dərəcəli qohum olan qohumlar üçün ailə BC, OC və ya mədəaltı vəzi xərçəngi tarixçəsi (o cümlədən birinci dərəcəli qohum olduğu qohumlar); (vii) OC-nin şəxsi tarixçəsi və ən azı bir birinci dərəcəli qohum: (a) BC <50 illik; (b) NOC; (c) ikitərəfli BC; (d) kişi BC; (vii) yüksək dərəcəli seroz OC olan qadın.
Hər xəstədən 20 ml periferik qan nümunəsi alındı ​​və EDTA borularına (BD Biosciences) toplandı. Genom DNT, istehsalçının təlimatlarına uyğun olaraq QIAsymphony DSP DNA Midi kit İzolyasiya Dəsti (QIAGEN, Hilden, İtaliya) istifadə edərək 0,7 ml tam qan nümunələrindən təcrid edildi və Qubit® 3.0 Fluorometerdən (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, ABŞ) keçirildi. Kəmiyyət ölçməsini həyata keçirin. Hədəf zənginləşdirilməsi və kitabxananın hazırlanması, istehsalçının təlimatlarına uyğun olaraq avtomatlaşdırılmış kitabxana hazırlanması üçün Ion AmpliSeq™ Chef Reagents DL8 Dəstinə yüklənməyə hazır olan Oncomine™ BRCA Research Assay Chef tərəfindən həyata keçirilir. Dəst, bütün BRCA1 (NM_007300.3) və BRCA2 (NM_000059.3) genlərini öyrənmək üçün istifadə edilə bilən iki multipleks PCR praymer hovuzundan ibarətdir. Qısaca desək, hər bir seyreltilmiş nümunə DNT-dən 15 µL (10 ng) kitabxana hazırlanması üçün barkodlu lövhələrə əlavə edildi və bütün reagentlər və istehlak materialları Ion Chef™ cihazına yükləndi. Daha sonra Ion Chef™ cihazında avtomatlaşdırılmış kitabxana hazırlanması və barkodlu nümunə kitabxanasının birləşdirilməsi aparıldı. Daha sonra hazırlanmış kitabxanaların sayı istehsalçının təlimatlarına uyğun olaraq Qubit® 3.0 Fluorometri (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, ABŞ) ilə qiymətləndirildi. Nəhayət, kitabxanalar Ion Chef™ kitabxana nümunə borularında ekvimolyar nisbətlərdə birləşdirilir. (barkodlu borular) və Ion Chef™ alətinə yükləndi. Ardıcıllıq Ion 510 Çipindən (Thermo Fisher Scientific) istifadə edərək Ion Torrent S5 (Thermo Fisher Scientific) aləti (Thermo Fisher Scientific) istifadə edilərək həyata keçirildi. Məlumatların təhlili Amplicon Suite (SmartSeq srl) və Ion Reporter Software tərəfindən aparıldı.
Bütün variant nomenklaturası, onlayn olaraq mövcud olan İnsan Genomu Variasiya Konsorsiumunun mövcud qaydalarına uyğun idi (HGVS, http://www.hgvs.org/mutnomen). BRCA1/2 variantlarının klinik əhəmiyyəti, Beynəlxalq Konsorsium ENIGMA (Germline Mutant Allellərinin Təfsiri üçün Sübutlara Əsaslanan Şəbəkə, https://enigmaconsortium.org/) təsnifatı və ARUP, BRCAEXCHANGE, ClinVar, IARC_LOVD və UMD kimi müxtəlif verilənlər bazalarına müraciət etməklə müəyyən edilmişdir. Təsnifat beş fərqli risk kateqoriyasını əhatə edir: xoşxassəli (I kateqoriya), ehtimal olunan xoşxassəli (II kateqoriya), qeyri-müəyyən əhəmiyyətə malik variant (VUS, III kateqoriya), ehtimal olunan patogen (IV kateqoriya) və patogen (V kateqoriya). VarSome həmçinin 30 verilənlər bazasına çıxışı olan məlumatverici bir vasitə olan mutasiyaların zülal quruluşuna və funksiyasına təsirini təhlil etmişdir.32
Hər bir VUS-a potensial klinik əhəmiyyət təyin etmək üçün aşağıdakı hesablama zülal proqnozlaşdırma alqoritmlərindən istifadə edilmişdir: MUTATION TASTER, 33 PROVEAN-SIFT (http://provean.jcvi.org/index.php), POLYPHEN-2 (http:// /genetics.bwh.harvard.edu/pph2/) və Align-GVGD (http://agvgd.hci.utah.edu/agvgd_input.php). 1 və 2 sinif kimi təsnif edilən variantlar vəhşi tip hesab edilmişdir.
Sanger ardıcıllığı hər bir patogen variantın mövcudluğunu təsdiqlədi. Qısaca desək, BRCA1 və BRCA2 gen istinad ardıcıllıqlarından (müvafiq olaraq NG_005905.2, NM_007294.3 və NG_012772.3, NM_000059.3) istifadə edərək hər aşkar edilmiş variant üçün bir cüt spesifik praymer hazırlanmışdır. Buna görə də, hədəflənmiş PCR, ardınca Sanger ardıcıllığı aparılmışdır.
BRCA1/2 geni üçün mənfi test nəticəsi olan xəstələr, böyük genom düzənləmələrinin (LGR) mövcudluğunu qiymətləndirmək üçün istehsalçının təlimatlarına uyğun olaraq multipleks ligasiyadan asılı zond amplifikasiyası (MLPA) ilə sınaqdan keçirildi. Qısaca desək, DNT nümunələri denaturasiya edilir və hər biri təxminən 60 nukleotid uzunluğunda spesifik DNT ardıcıllığını aşkar edən 60-a qədər BRCA1 və BRCA2 geninə xas zond istifadə olunur. Unikal PCR amplikon dəstindən ibarət zond amplifikasiya məhsulları daha sonra kapilyar elektroforez və müvafiq seriyaya xas Cofalyser cədvəlləri ilə birlikdə Cofalyser.Net proqram təminatı ilə təhlil edildi (www.mrcholland.com).
Seçilmiş klinikopatoloji dəyişənlər (histoloji dərəcə və Ki-67% proliferasiya indeksi) BRCA1/2 PV-nin mövcudluğu ilə əlaqələndirilmişdir və bu, p-dəyərinin <0.05 əhəmiyyətli olduğunu fərz edərək Fişer dəqiq testindən istifadə edərək Prism proqram təminatı v. 8.4 istifadə edilərək hesablanmışdır.
2017-ci ilin yanvar ayı ilə 2021-ci ilin mart ayı arasında 455 xəstə BRCA1/2 genom mutasiyalarına görə müayinədən keçirilib. Mutasiya testi Policlinico Xəstəxanasının Eksperimental Onkologiya və Hematologiya Mərkəzində aparılıb. Siciliya təlimatına (http://www.gurs.regione.sicilia.it/Indicep1.htm, N. 02-Venerdì 10 Yanvar 2020) əsasən, Kataniya Rodolikosu – San Marko”nda ümumilikdə 389 xəstə olub. Döş xərçəngi, 37 yumurtalıq xərçəngi, 16 mədəaltı vəzi xərçəngi, 8 prostat xərçəngi və 5 melanoma var idi. Xəstələrin xərçəng növünə və analiz nəticələrinə görə bölgüsü Şəkil 1-də göstərilib.
Şəkil 1-də tədqiqatın ümumi mənzərəsini göstərən axın diaqramı göstərilir. Döş, melanoma, mədəaltı vəzi, prostat və ya yumurtalıq şişləri olan xəstələr BRCA1 və BRCA2 genlərindəki mutasiyalara görə test edilmişdir.
Qısaltmalar: PV, patogen variant; VUS, qeyri-müəyyən əhəmiyyətə malik variant; WT, vəhşi tip BRCA1/2 ardıcıllığı.
Tədqiqatlarımızı seçmə şəkildə döş xərçəngi kohortlarına yönəltdik. Xəstələrin orta yaşı 49 (23-89 aralığı) idi və əsasən qadınlar idi (n=376 və ya 97%).
Bu subyektlərdən 64-də (17%) BRCA1/2 mutasiyaları aşkar edilmişdir və hamısı qadın idi. Otuz beşində (9%) PV, 29-da (7,5%) isə VUS aşkar edilmişdir. 35 patogen variantdan on yeddisi (48,6%) BRCA1-də, 18-i (51,4%) BRCA2-də, 5 VUS isə BRCA1-də (17,2%) və 24-ü (82,8%) BRCA2-də aşkar edilmişdir (Şəkil 1 və 2). LGR MLPA analizində mövcud deyildi.
Şəkil 2. 389 döş xərçəngi xəstəsində BRCA1 və BRCA2 mutasiyalarının təhlili.(A) 389 döş xərçəngi xəstəsində patogen variantların (PV) (qırmızı), qeyri-müəyyən əhəmiyyətə malik variantların (VUS) (narıncı) və WT (mavi) paylanması; (B) 389 döş xərçəngi xəstəsi Otuz beşində (9%) BRCA1/2 patogen variantları (PV) var idi. Onlardan 17-si (48,6%) BRCA1 PV daşıyıcısı (tünd qırmızı) və 18-i (51,4%) BRCA2 daşıyıcısı (açıq qırmızı) idi; (C) 389 subyektdən 29-u (7,5%) VUS, 5-i (17,2%) BRCA1 genini (tünd narıncı) və 24-ü (82,8%) BRCA2 genini (açıq narıncı) daşıyırdı.
Qısaltmalar: PV, patogen variant; VUS, qeyri-müəyyən əhəmiyyətə malik variant; WT, vəhşi tip BRCA1/2 ardıcıllığı.
Növbəti araşdırmada BRCA1/2 PV xəstələrində BC molekulyar alt tiplərinin yayılmasını araşdırdıq. Paylanmaya 2 (5.7%) luminal A, 15 (42.9%) luminal B, 3 (8.6%) luminal B-HER2+, 2 (5.7%) HER2+ və 13 (37.1%) TNBC xəstələri daxil idi. BRCA1-pozitiv xəstələr arasında 5-də (29.4%) luminal B BC, 2-də (11.8%) HER2+ xəstəliyi, 10-da (58.8%) isə TNBC var idi. BRCA1 mutasiyaları olmayan şişlər ya luminal A, ya da luminal B-HER2+ idi (Şəkil 3). BRCA2-pozitiv alt qrupda 10 (55.6%) şiş luminal B, 3 (16.7%) luminal B-HER2+, 3 (16.7%) TNBC və 2 (11.1%) idi. lümen A (Şəkil 3). Bu qrupda HER2+ şişləri mövcud deyildi. Beləliklə, BRCA1 mutasiyaları TNBC xəstələrində, BRCA2 dəyişiklikləri isə lümen B fərdlərində üstünlük təşkil edir.
Şəkil 3 BRCA1 və BRCA2-də patogen variantları olan xəstələrdə döş xərçəngi alt tiplərinin yayılması. Döş xərçəngi xəstələrinin molekulyar alt tipləri arasında BRCA1- (tünd qırmızı) və BRCA2- (açıq qırmızı) PV-lərin paylanmasını göstərən histoqramlar. Hər qutuda bildirilən rəqəmlər hər bir döş xərçəngi alt tipi üçün BRCA1 və BRCA2 PV olan xəstələrin faizini təmsil edir.
Qısaltmalar: PV-lər, patogen variant; HER2+, insan epidermal böyümə faktoru reseptoru 2 müsbət; TNBC, üçqat mənfi döş xərçəngi.
Daha sonra, BRCA1 və BRCA2 PV-lərinin növünü və gen lokalizasiyasını qiymətləndirdik. BRCA1 PV-də 7 tək nukleotid variantı (SNV), 6 delesiya, 3 dublikat və 1 insersiya müşahidə etdik. Yalnız bir mutasiya (c.5522delG) yeni bir kəşfi təmsil edir. Hər iki subyektdə aşkar edilən ən çox yayılmış BRCA1 PV c.5035_5039delCTAAT idi. Bu dəyişiklik BRCA1 ekzon 15-də beş nukleotidin (CTAAT) delesiyasını əhatə edir ki, bu da amin turşusu lösininin 1679 kodonunda tirozinlə əvəzlənməsinə və proqnozlaşdırılan alternativ stop kodon ilə tərcümə çərçivəsinin dəyişməsinə görə vaxtından əvvəl zülalın kəsilməsinə səbəb olur. Bütün digər dəyişikliklər yalnız bir halda aşkar edilir. Qeyd etmək lazımdır ki, bildirilən PV-lərdən biri splays saytının konsensus bölgəsində yerləşirdi (c.4357+1G>T) (Cədvəl 1).
BRCA2 PV ilə bağlı olaraq, 6 delesiya, 6 SNV və 2 dublikat müşahidə etdik. Tapılan dəyişikliklərin heç biri yeni deyil. Populyasiyamızda üç mutasiya təkrarlandı, 3 subyektdə c.428dup və c.8487+1G>A müşahidə edildi, ardınca iki halda c.5851_5854delAGTT alındı. c.428dup dəyişikliyi, BRCA2-nin 5-ci ekzonunda C-nin təkrarlanmasını əhatə edir və bu mutasiya kəsilmiş, funksional olmayan bir zülalı kodlaşdıracağı proqnozlaşdırılır. c.8487+1G>A mutasiyası BRCA2 intron 19-un intron bölgəsində (± 1,2) baş verir və splaysinq konsensus ardıcıllığına təsir göstərir və bu da anormal və ya zülalın olmaması ilə nəticələnən dəyişdirilmiş splaysinqə səbəb olur. c.5851_5854delAGTT patogen variantı, BRCA2-nin 10-cu kodlaşdırma ekzonunda 5851-dən 5854-ə qədər nukleotid mövqelərindən 4 nukleotid delesiyası ilə əlaqədardır. gen və proqnozlaşdırılan alternativ stop kodonu (p.S1951WfsTer) ilə translyasiya çərçivə dəyişikliyinə səbəb olur. Qeyd edək ki, əvvəllər bildirildiyi kimi, hər iki c.631G>A və c.7008-2A>T dəyişiklikləri eyni xəstədə aşkar edilmişdir.34 Birinci mutasiya, BRCA2 ekzon 7-də adenozinin (A) nukleotid tərkibli quanin (G) ilə əvəz olunmasını əhatə edir və nəticədə 211 kodonunda valinin izolösinlə dəyişməsi baş verir, izolösin Amin turşusu çox oxşar xüsusiyyətlərə malik bir amin turşusudur. Bu dəyişiklik normal mRNT splaysinqinə təsir göstərir. İkinci variant intron bölgədə yerləşir və BRCA2 kodlayan genin 13 ekzonundan əvvəl ikiqat A-nın timinlə (T) əvəzlənməsinə səbəb olur. c.7008-2A>T dəyişikliyi müxtəlif uzunluqlu çoxsaylı transkriptlər yarada bilər. Bundan əlavə, BRCA2 PV qrupunda 18 dəyişiklikdən 4-ü (22,2%) intron idi.
Daha sonra funksional domenlərdə və zülal bağlayan bölgələrdə BRCA1/2 zərərli mutasiyalarını xəritələşdirdik (Şəkil 4). BRCA1 genində PV-lərin 50%-i döş xərçəngi klaster bölgəsində (BCCR), mutasiyaların 22%-i isə yumurtalıq xərçəngi klaster bölgəsində (OCCR) yerləşirdi (Şəkil 4A). BRCA2 PV-də variantların 35,7%-i BCCR bölgəsində, mutasiyaların isə 42,8%-i OCCR-də yerləşirdi (Şəkil 4B). Daha sonra, PV-nin BRCA1 və BRCA2 zülal domenləri daxilində yerini qiymətləndirdik. BRCA1 zülalı üçün ilgək və spiral spiral domenlərində üç PV, BRCT domenində isə iki mutasiya tapdıq (Şəkil 4A). BRCA2 zülalı üçün BRC təkrar domeninə 4 PV xəritələşdirildi, 3 intron və 3 ekzon dəyişiklik aşkar edildi. oliqo/oliqosaxarid bağlayan (OB) və qüllə (T) domenləri (Şəkil 4B).
Şəkil 4 BRCA1 və BRCA2 zülallarının sxematik təsviri və patogen variantların lokalizasiyası. Bu şəkildə döş xərçəngi xəstələrində BRCA1 (A) və BRCA2 (B) patogen variantlarının paylanması göstərilir. Ekzon mutasiyalar mavi rəngdə, intron variantlar isə narıncı rəngdə göstərilir. Sütun hündürlüyü halların sayını təmsil edir. BRCA1 və BRCA2 zülalları və onların funksional domenləri bildirilir.(A) BRCA1 zülalı ilgək domeni (RING) və nüvə lokalizasiya ardıcıllığı (NLS), spiral spiral domeni, SQ/TQ klaster domeni (SCD) və BRCA1 C-terminal domeni (BRCT) ehtiva edir.(B) BRCA2 zülalı səkkiz BRC təkrarı, spiral domeni (Helikal) olan DNT-bağlayıcı domen, üç oliqonukleotid/oliqosaxarid-bağlayıcı (OB) qat, qüllə domeni (T) və C tərəfində NLS ehtiva edir. Döş Xərçəngi Klaster Bölgəsi (BCCR) və Yumurtalıq Xərçəngi Klaster adlanan sahələr. Aşağıda region (OCCR) göstərilir.*Stop kodonlarını təyin edən mutasiyaları təmsil edir.
Daha sonra BRCA1/2 PV-nin olması ilə əlaqəli ola biləcək BS klinik-patoloji xüsusiyyətlərini araşdırdıq. 181 BRCA1/2-neqativ xəstə (daşıyıcı olmayan) və bütün daşıyıcılar (n = 35) üçün tam klinik qeydlər mövcud idi. Şişin proliferasiya sürəti ilə dərəcəsi arasında korrelyasiya var idi.
Ki-67-nin paylanmasını kohortumuzun medianına əsasən hesabladıq (25%, diapazon <10-90%). Ki-67 < 25% olan subyektlər "aşağı Ki-67", dəyərləri ≥ 25% olan fərdlər isə "yüksək Ki-67" hesab edildi. Daşıyıcı olmayanlar və BRCA1 PV daşıyıcıları arasında əhəmiyyətli Ki-67 fərqləri (p<0.01) aşkar edildi (Şəkil 5A).
Şəkil 5. BRCA1 və BRCA2 PV-ləri olan və olmayan döş xərçəngi qadınlarında Ki-67-nin dərəcə bölgüsü ilə korrelyasiyası.(A) 181 daşıyıcı olmayan BC xəstəsində BRCA1 (18) və ya BRCA2 (17) PV xəstəsinə qarşı median Ki-67 dəyərlərini göstərən qutu qrafiki. 0.5-dən aşağı P dəyərləri statistik cəhətdən əhəmiyyətli hesab edilmişdir.(B) BRCA1 və BRCA2 mutasiya statusuna (WT subyektləri, BRCA1 və BRCA2 PV daşıyıcıları) görə BC xərçəngi xəstələrinin histoloji dərəcə qruplarına (G2 və G3) təyin edilməsini təmsil edən histoqram.
Eynilə, şiş dərəcəsinin BRCA1/2 PV-nin olması ilə əlaqəli olub-olmadığını araşdırdıq. Populyasiyamızda G1 BC olmadığı üçün xəstələri iki qrupa (G2 və ya G3) ayırdıq. Ki-67 nəticələrinə uyğun olaraq, təhlil şiş dərəcəsi ilə BRCA1 mutasiyası arasında statistik cəhətdən əhəmiyyətli bir korrelyasiya olduğunu, daşıyıcı olmayanlarla müqayisədə BRCA1 daşıyıcılarında G3 şişlərinin nisbətinin daha yüksək olduğunu (p<0.005) aşkar etdi (Şəkil 5B).
DNT ardıcıllığı texnologiyasındakı irəliləyişlər, ailəsində xərçəng tarixi olan xəstələr üçün həlledici nəticələrə səbəb olan BRCA1/2 genetik testində misli görünməmiş irəliləyişlərə imkan yaratmışdır. Bu günə qədər Amerika Tibbi Genetika Cəmiyyətinə 35 və ENIGMA sisteminə görə təxminən 20.000 BRCA1/2 variantı müəyyən edilmiş və təsnif edilmişdir.35,36 Məlumdur ki, BRCA1/2 mutasiya spektri coğrafi bölgələr arasında geniş şəkildə dəyişir.37 İtaliya daxilində BRCA1/2 PV nisbəti 8%-dən 37%-ə qədər dəyişmişdir ki, bu da ölkədaxili geniş dəyişkənlik göstərir.38,39 Təxminən 5 milyon əhalisi olan Siciliya, əhali sayına görə İtaliyada beşinci ən böyük bölgədir. Qərbi Siciliyada BRCA1/2-nin paylanması haqqında məlumatlar mövcud olsa da, adanın şərq hissəsində geniş dəlil yoxdur.
Tədqiqatımız, şərqi Siciliyada BC xəstələrində BRCA1/2 PV hallarının rastgəlmə tezliyi ilə bağlı ilk hesabatlardan biridir.28 Təhlilimizi BC-yə yönəltdik, çünki bu, bizim kohortumuzda ən çox yayılmış xəstəlikdir.
389 BC xəstəsini sınaqdan keçirərkən, 9%-də BRCA1/2 PV daşıyıcısı aşkar edildi və bu, BRCA1 və BRCA2 arasında bərabər paylandı. Bu nəticələr əvvəllər İtaliya əhalisində bildirilən nəticələrlə uyğundur.28 Maraqlıdır ki, kohortumuzun 3%-i (13/389) kişi idi. Bu nisbət kişi döş xərçəngi üçün gözləniləndən yüksəkdir (bütün BC-lərin 1%-i),40 BRCA1/2 mutasiya riskinə əsaslanan populyasiyalarımızın seçimini əks etdirir. Lakin, bu kişilərin heç birində BRCA1/2 PV inkişaf etməmişdir, buna görə də onlar PALB2, RAD51C və D kimi daha az yayılmış mutasiyaların mövcudluğunu istisna etmək üçün əlavə molekulyar analiz üçün namizəd idilər. BRCA2 VUS-un aşkar olduğu subyektlərin 7%-də qeyri-müəyyən əhəmiyyətə malik variantlar əldə edilmişdir. Hətta bu nəticə əvvəlcədən mövcud olan dəlillərlə uyğundur.28,41,42
BRCA1/2 mutant qadınlarda BC molekulyar alt tiplərinin paylanmasını təhlil etdikdə, TNBC və BRCA1 PV (58,8%) və luminal B BC və BRCA2 PV (55,6%) arasında məlum əlaqələri təsdiqlədik.16,43 BRCA1 və BRCA2 PV daşıyıcılarında luminal A və HER2+ şişləri mövcud ədəbiyyat məlumatları ilə uyğun gəlir.16,43
Daha sonra BRCA1/2 PV-nin növünə və yerinə diqqət yetiririk. Bizim kohortumuzda ən çox rast gəlinən BRCA1 PV c.5035_5039delCTAAT idi. Baxmayaraq ki, Incorvaia və başqaları. Bu variantı Siciliya kohortasında təsvir etməmiş, digər müəlliflər isə onu BRCA1 PV cinsiyyət hüceyrəsi kimi bildirmişlər.34 Bizim kohortda bir neçə BRCA1 PV aşkar edilmişdir - məsələn, c.181T>G, c.514del, c.3253dupA və c.5266dupC - bunlar Siciliyada müşahidə edilmişdir.28 Bunlardan iki BRCA1 qurucu mutasiyası (c.181T>G və c.5266dupC) Şərqi və Mərkəzi Avropanın (Polşa, Çexiya), Sloveniya, Avstriya, Macar, Belarus və Alman) Aşkenazi yəhudilərində geniş yayılmışdır, 44,45 və ABŞ və Argentinada bu yaxınlarda BC və OC xəstəsi olan italyan xəstələrində "təkrarlanan cinsiyyət hüceyrəsi variantı" kimi müəyyən edilmişdir. 34c.514del variantı əvvəllər Şimali Siciliyadan olan 8 döş xərçəngi xəstəsində Palermo və Messinada müəyyən edilmişdir. Maraqlıdır ki, hətta Incorvaia və başqaları da... Kataniyadakı bəzi ailələrdə c.3253dupA variantını tapdı.28 Ən çox təmsil olunan BRCA2 PV-ləri c.428dup, c.5851_5854delAGTT və intronik variant c.8487+1G>A-dır ki, bunlar daha ətraflı şəkildə 28 Palermoda c.428dup, c.5851_5854delAGTT olan bir xəstədə bildirilmişdir. PV, əsasən Trapani və Palermo bölgələrindəki şimal-qərb Siciliyadakı ev təsərrüfatlarında müşahidə edilmişdir, halbuki c.5851_5854delAGTT PV, şimal-qərb Siciliyadakı ev təsərrüfatlarında müşahidə edilmişdir. 8487+1G>A variantı Messina, Palermo və Caltanissettadan olan subyektlərdə daha çox yayılmışdır.28 Rebbeck və başqaları. əvvəllər Kolumbiyada c.5851_5854delAGTT dəyişikliyini təsvir etmişdik.37 Başqa bir BRCA2 PV, c.631+1G>A, Siciliyadan olan BC və OC xəstələrində (Agrigento, Siracusa və Ragusa) aşkar edilmişdir.28 Xüsusilə, eyni xəstədə iki BRCA2 variantının (BRCA2 c.631G>A və c.7008-2A>T) birlikdə mövcudluğunu müşahidə etdik ki, əvvəllər belə bildirildiyi kimi, cis rejimində ayrıldığını fərz etdik.34,46 Bu BRCA2 mutasiyaları həqiqətən də İtaliya bölgəsində tez-tez müşahidə olunur və vaxtından əvvəl stop kodonları daxil etdiyi, mesajçı RNT splaysinqinə təsir etdiyi və BRCA2 zülalının sıradan çıxmasına səbəb olduğu aşkar edilmişdir.47,48
Biz həmçinin protein domenləri və genlərinin ehtimal olunan OCCR və BCCR bölgələrində BRCA1 və BRCA2 PV-lərini xəritələşdirdik. Bu bölgələr Rebbeck və digərləri tərəfindən müvafiq olaraq yumurtalıq və döş xərçənginin inkişaf riski sahələri kimi təsvir edilmişdir.49 Lakin, germline variantlarının yeri ilə döş və ya yumurtalıq xərçəngi riski arasındakı əlaqəyə dair dəlillər mübahisəli olaraq qalır.28,50-52 Bizim populyasiyamızda BRCA1 PV-ləri əsasən BCCR bölgəsində, BRCA2 PV-ləri isə əsasən OCCR bölgəsində yerləşirdi. Lakin, ehtimal olunan OCCR və BCCR bölgələri ilə BC xüsusiyyətləri arasında heç bir əlaqə tapa bilmədik. Bu, BRCA1/2 mutasiyaları olan xəstələrin sayının məhdud olması ilə bağlı ola bilər. Zülal domeni baxımından, BRCA1 PV-ləri bütün protein boyunca paylanır və BRCA2 dəyişiklikləri üstünlük təşkil edən şəkildə BRC təkrar domenində tapılır.
Nəhayət, BC klinik-patoloji xüsusiyyətlərini BRCA1/2 PV ilə əlaqələndirdik. Daxil olan xəstələrin sayının məhdud olması səbəbindən yalnız Ki-67 ilə şiş dərəcəsi arasında əhəmiyyətli bir korrelyasiya tapdıq. Ki-67-nin qiymətləndirilməsi və təfsiri bir qədər mübahisəli olsa da, yüksək proliferativ nisbətlərin xəstəliyin təkrarlanma riskinin artması və sağ qalmanın azalması ilə əlaqəli olduğu şübhəsizdir. Bu günə qədər "yüksək" və "aşağı" Ki-67 arasında fərq qoymaq üçün hədd 20% -dir. Lakin, bu hədd orta Ki-67 dəyəri 25% olan BRCA1/2 mutasiya xəstə populyasiyamıza tətbiq edilmir. Yüksək Ki-67 nisbətlərindəki bu tendensiya, az sayda luminal A şişinin mövcud olduğu luminal B və TNBC kohortlarımızdakı yayılma ilə izah edilə bilər. Lakin, bəzi dəlillər daha yüksək Ki-67 kəsiyinin (25-30%) xəstələri proqnozlarına görə daha yaxşı təbəqələşdirə biləcəyini göstərir.53,54 Təhlillərimizin nəticələrindən əhəmiyyətli bir korrelyasiya təəccüblü deyil. Yüksək Ki-67 ilə dərəcələr və mövcudluğu arasında baş verir. BRCA1 PV. Əslində, BRCA1 ilə əlaqəli şişlər TNBC üçün tipikdir və daha aqressiv xüsusiyyətlər nümayiş etdirir.16,17
Nəticə olaraq, bu tədqiqat, şərqi Siciliyadan olan bir BC kohortunda BRCA1/2-nin mutasiya statusu haqqında hesabat təqdim edir. Ümumilikdə, tapıntılarımız həm mutasiya yayılması, həm də BC-də klinik-patoloji xüsusiyyətlər baxımından əvvəlcədən mövcud olan dəlillərlə uyğundur. BRCA1/2 mutant BC xəstələrinin daha böyük populyasiyalarında daha çox tədqiqat, məsələn, çoxgenomlu genişləndirilmiş mutasiya analizindən istifadə, BRCA1/2-dən fərqli və daha az rast gəlinən PV-lərin mövcudluğunu qiymətləndirmək üçün zəruridir. Bu, genetik mutasiyalar səbəbindən artan xərçəng riski altında olan subyektlərin sayının müəyyən edilməsinə və düzgün idarə olunmasına imkan verəcəkdir.
Xəstələrin tədqiqat məqsədləri üçün şiş nümunələrini anonim şəkildə buraxmaq üçün məlumatlı razılıq imzaladığını təsdiqlədik. Bütün xəstələr Helsinki Bəyannaməsinə uyğun olaraq yazılı məlumatlı razılıq imzaladılar. AOU Policlinico “G.Rodolico – S.Marco” siyasətinə əsasən, bu tədqiqat etik baxışdan azad edildi, çünki BRCA1/2 təhlili klinik təcrübəyə uyğun olaraq aparıldı və bütün xəstələr yazılı məlumatlı razılıq verdilər. Xəstələr həmçinin məlumatlarının tədqiqat məqsədləri üçün istifadəsinə razılıq verirlər.
Etika Komitəsinin tələbi ilə döş xərçəngi xəstələrinin müalicəsində göstərdiyi köməyə görə Professor Paolo Vigneriyə təşəkkür edirik.
Federica Martorana Istituto Gentili, Eli Lilly, Novartis, Pfizer şirkətlərindən qonorarlar bildirir. Digər müəlliflər bu işdə heç bir maraq toqquşması olmadığını bildirirlər.
1. Sung H, Ferlay J, Siegel RL və b. Qlobal Xərçəng Statistikası 2020: GLOBOCAN dünyanın 185 ölkəsində 36 xərçəng xəstəliyinin insidensiyasını və ölümünü qiymətləndirir.CA Cancer J Clin.2021;71(3):209-249.doi: 10.3322/caac.21660