جاوا اسکرپٹ فی الحال آپ کے براؤزر میں غیر فعال ہے۔ جاوا اسکرپٹ کے غیر فعال ہونے پر اس ویب سائٹ کی کچھ خصوصیات کام نہیں کریں گی۔
اپنی مخصوص تفصیلات اور دلچسپی کی مخصوص دوا کے ساتھ رجسٹر کریں اور ہم اپنے وسیع ڈیٹا بیس میں مضامین کے ساتھ آپ کی فراہم کردہ معلومات سے میل کریں گے اور فوری طور پر آپ کو پی ڈی ایف کاپی ای میل کریں گے۔
作者 Stella S, Vitale SR, Martorana F, Massimino M, Pavone G, Lanzafame K, Bianca S, Barone C, Gorgone C, Fichera M, Manzella L
Stefania Stella, 1,2 Silvia Rita Vitale, 1,2 Federica Martorana, 1,2 Michele Massimino, 1,2 Giuliana Pavone, 3 Katia Lanzafame, 3 Sebastiano Bianca, 4 Chiara Barone, 5 Cristina Gorgone, 6 Marco Fichera, 6 Marco Fichera, 1,2 experimental Department of C7. میڈیسن، یونیورسٹی آف کیٹینیا، کیٹینیا، 95123، اٹلی؛ 2 سینٹر فار ایکسپیریمنٹل آنکولوجی اینڈ ہیماتولوجی، AOU Policlinico "G.Rodolico – San Marco"، Catania، 95123، Italy; 3 میڈیکل آنکولوجی، AOU Policlinico "G. Rodolico – San Marco"، Catania، 95123، Italy; 4 طبی جینیات، ARNAS Garibaldi، Catania، 95123، Italy; 5 میڈیسن جینیٹکس، اے ایس پی، سیراکیوز، 96100، اٹلی؛ 6 ڈیپارٹمنٹ آف بایومیڈیکل اینڈ بائیو ٹیکنالوجی سائنسز، یونیورسٹی آف کیٹینیا، میڈیکل جینیٹکس، کیٹینیا، اٹلی، 95123؛ 7Oasi Research Institute-IRCCS, Troina, 94018, Italy Communications: Stefania Stella, tel +39 095 378 1946, email [email protected]; مقصد: بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 میں جراثیمی تغیرات اور چھاتی کے کینسر (بی سی)، بیضہ دانی (او سی) اور دیگر کینسر کے زندگی بھر کے خطرے سے وابستہ ہیں۔ بی آر سی اے جین کی جانچ انفرادی خطرے کا اندازہ کرنے کے ساتھ ساتھ صحت مند کیریئرز میں روک تھام کے طریقے تلاش کرنے کے لیے کلیدی حیثیت رکھتی ہے۔ وسیع پیمانے پر جغرافیائی خطوں میں، اور اگرچہ سسلین خاندانوں میں بی آر سی اے کے روگجنک قسموں پر ڈیٹا موجود ہے، خاص طور پر مشرقی سسلی میں آبادی کو نشانہ بنانے والے مطالعات کا فقدان ہے۔ ہمارے مطالعے کا مقصد بی آر سی اے پیتھوجینک جراثیم کی تبدیلیوں کے واقعات اور تقسیم کی تحقیقات کرنا تھا جیسا کہ سیسیسیز کے مریضوں کے ساتھ ان کے مخصوص مریضوں کے ساتھ۔ اگلی نسل کی ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے خصائص۔ تبدیلیوں کی موجودگی کا تعلق ٹیومر کے درجے اور پھیلاؤ کے اشاریہ کے ساتھ ہے۔ نتائج: مجموعی طور پر، 35 مریضوں (9%) میں بی آر سی اے روگجنک متغیر، 17 (49٪) بی آر سی اے 1 میں اور 18 (51٪) بی آر سی اے 2 میں، بی آر سی اے 2، بی آر سی اے 1، بی آر سی اے 1 کے پہلے مریض ہیں۔ بی آر سی اے 2 میوٹیشنز لومینل بی سی کے مریضوں میں زیادہ عام ہیں۔ نان کیریئرز کے مقابلے میں، بی آر سی اے 1 ویریئنٹس والے مضامین میں ٹیومر کا درجہ نمایاں طور پر زیادہ اور بڑھنے والا انڈیکس تھا۔ نتیجہ: ہمارے نتائج مشرقی سسلی کے بی سی مریضوں میں بی آر سی اے کی تغیراتی حیثیت کا جائزہ فراہم کرتے ہیں اور یہاں NGS کے تمام اعداد و شمار کے ساتھ ان مریضوں کی شناخت کرتے ہیں۔ میوٹیشن کیریئرز میں کینسر کی مناسب روک تھام اور علاج کے لیے بی آر سی اے اسکریننگ کی حمایت کرنے والے پچھلے شواہد سے ہم آہنگ۔
چھاتی کا کینسر (BC) دنیا بھر میں سب سے زیادہ عام مہلک بیماری ہے اور خواتین میں سب سے مہلک کینسر ہے۔ 1 حیاتیاتی خصوصیات جو BC کی تشخیص اور طبی رویے کا تعین کرتی ہیں ان کا بڑے پیمانے پر مطالعہ کیا گیا ہے اور وقت کے ساتھ ساتھ ان کی جزوی طور پر وضاحت کی گئی ہے۔ درحقیقت، کئی سروگیٹ مارکر اس وقت BC کو مختلف مالیکیولر ذیلی قسموں میں درجہ بندی کرنے کے لیے استعمال کیے جاتے ہیں۔ ایپیڈرمل گروتھ فیکٹر ریسیپٹر 2 (HER2) ایمپلیفیکیشن، پھیلاؤ انڈیکس Ki-67 اور ٹیومر گریڈ (G)۔ 2 ان متغیرات کے امتزاج نے BC کے درج ذیل زمروں کی نشاندہی کی: 1) Luminal ٹیومر، جو ER اور/یا PgR اظہار دکھاتے ہیں، BCs کے 75% کے حساب سے تھے۔ 20% اور HER2 منفی، اور Luminal B، جب Ki-67 20% کے برابر یا اس سے اوپر تھا اور HER2 ایمپلیفیکیشن کی موجودگی میں، پھیلاؤ انڈیکس سے قطع نظر؛ 2) HER2+ ٹیومر جو ER اور PgR منفی ہیں لیکن HER2 ایمپلیفیکیشن دکھاتے ہیں۔ یہ گروپ چھاتی کے تمام ٹیومر میں سے 10 فیصد ہے۔ 3) ٹرپل نیگیٹیو بریسٹ کینسر (TNBC)، جو ER اور PgR اظہار اور HER2 ایمپلیفیکیشن نہیں دکھاتا ہے، چھاتی کے کینسر کا تقریباً 15% حصہ ہے۔2-4
ان BC ذیلی قسموں میں، ٹیومر گریڈ اور پھیلاؤ انڈیکس کراس سیکشنل بائیو مارکرز کی نمائندگی کرتے ہیں جو براہ راست اور آزادانہ طور پر ٹیومر کی جارحیت اور تشخیص سے وابستہ ہیں۔ 5,6
مذکورہ بالا حیاتیاتی خصوصیات کے علاوہ، BC کی نشوونما میں وراثت میں ملنے والی جینیاتی تبدیلیوں کا کردار گزشتہ چند سالوں میں تیزی سے اہم ہو گیا ہے۔ 7 چھاتی کے 10 میں سے 1 ٹیومر مخصوص جینز میں جراثیمی تبدیلیوں کی وجہ سے وراثت میں پائے جاتے ہیں۔ ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, CHK2, PALB2, RAD51C, اور RAD51D) بنیادی طور پر موروثی BC کے لیے ذمہ دار ہیں۔ ان جینوں میں سے، BRCA1 اور BRCA2 (جسے بعد میں BRCA1/2 کہا جاتا ہے) نے حقیقت 2-9 کے ساتھ مضبوط ترین نشوونما کو ظاہر کیا۔ جراثیمی BRCA1/2 اتپریورتنوں سے BC کے زندگی بھر کے خطرے کے ساتھ ساتھ دیگر مہلک امراض بشمول ڈمبگرنتی، پروسٹیٹ، لبلبے، کولوریکٹل، اور میلانوما میں نمایاں اضافہ ہوتا ہے۔ 13 سے 80 سال کی عمر تک، بی سی کے مجموعی واقعات 72 فیصد خواتین میں ہیں جن میں بی آر سی اے 1 پیتھوجینک اور 99 فیصد بیماریاں ہوتی ہیں۔ PV.14
خاص طور پر، ایک حالیہ اشاعت سے پتہ چلتا ہے کہ BC کا خطرہ PV کی قسم پر منحصر ہوتا ہے۔ درحقیقت، روگجنک تراشنے والی مختلف حالتوں کے مقابلے میں، واضح طور پر BRCA1 جین میں، BC کے کم خطرے سے منسلک ہوتے ہیں، خاص طور پر بڑی عمر کی خواتین میں۔
بی آر سی اے 1 یا بی آر سی اے 2 پی وی کی موجودگی مختلف حیاتیاتی اور کلینکوپیتھولوجیکل خصوصیات سے وابستہ تھی۔ 16,17 بی آر سی اے 1 سے وابستہ بی سی طبی طور پر جارحانہ، ناقص تفریق اور انتہائی پھیلاؤ والے ہوتے ہیں۔ یہ ٹیومر عام طور پر تین گنا منفی ہوتے ہیں اور ان کی ابتدائی عمر میں بی آر سی اے 2 کے مریضوں میں ٹیومر ہوتے ہیں جن میں بی آر سی اے 2 کی کمی ہوتی ہے۔ اچھی طرح سے تفریق والے درجات اور متغیر پھیلاؤ والے اشارے۔ یہ ٹیومر لیمن بی میں زیادہ عام ہیں اور عام طور پر بڑی عمر کے بالغوں میں پائے جاتے ہیں۔ 16-18 قابل ذکر بات یہ ہے کہ بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 میں تغیرات مخصوص علاج کے لیے حساسیت کو بڑھاتے ہیں، بشمول پلاٹینم نمکیات اور ٹارگٹڈ دوائیں جیسے پولی(ADP-riboseise20)۔
پچھلے کچھ سالوں میں، کلینیکل پریکٹس میں اگلی نسل کی ترتیب (NGS) کے نفاذ نے BC کے مریضوں کی بڑھتی ہوئی تعداد کو کینسر کے حساسیت کے سنڈروم کے لیے مالیکیولر ٹیسٹنگ سے گزرنے کے قابل بنایا ہے، بشمول BRCA1/2.21، ساتھ ہی، خاندانی تاریخ، آبادیاتی، اور BRCA کی انفرادی خصوصیات کی شناخت کے لیے درست معیار پر مبنی تعریفیں testing.22,23 اس تناظر میں، مخصوص آبادیوں میں BRCA1/2 اسکریننگ پر شواہد جمع ہو رہے ہیں، جغرافیائی خطوں میں فرق کو نمایاں کرتے ہوئے.
ہم یہاں مشرقی سسلی کے بی سی مریضوں میں جراثیمی بی آر سی اے 1/2 اسکریننگ کے نتائج کی وضاحت کرتے ہیں، ان ٹیومر کی کلینکیوپیتھولوجیکل خصوصیات کے ساتھ بی آر سی اے 1 یا بی آر سی اے 2 اتپریورتنوں کی موجودگی کو مزید مربوط کرتے ہیں۔
پولی کلینیکو ہسپتال کے "سینٹر فار ایکسپیریمنٹل آنکولوجی اینڈ ہیماٹولوجی" میں ایک سابقہ ​​مطالعہ کیا گیا تھا۔ کیٹینیا میں روڈولیکو – سان مارکو۔ جنوری 2017 سے مارچ 2021 تک، چھاتی اور رحم، میلانوما، لبلبے یا پروسٹیٹ کینسر کے کل 455 مریض ہمارے لیبرریڈ بی آر سی اے کے لیے ریفر کیے گئے تھے۔ جینیاتی جانچ۔ یہ مطالعہ ہیلسنکی کے اعلامیہ کے مطابق کیا گیا تھا، اور تمام شرکاء نے مالیکیولر تجزیہ سے پہلے تحریری باخبر رضامندی فراہم کی تھی۔
BC کی ہسٹولوجیکل اور بائیولوجیکل خصوصیات (ER, PgR, HER2 سٹیٹس، Ki-67، اور گریڈ) کا اندازہ بنیادی بایپسی یا جراحی کے نمونوں پر کیا گیا، صرف جارحانہ ٹیومر کے اجزاء پر غور کیا گیا۔ ان خصوصیات کی بنیاد پر، BCs کو مندرجہ ذیل درجہ بندی کیا گیا: luminal A (ER+ اور/یا PgR+، B2-0%، PgR+، B-20%، B-20% (ER+ اور/یا PgR+, HER2-, Ki-67≥20%), luminal B-HER2+ (ER اور/یا PgR+, HER2+), HER2+ (ER اور PgR-, HER2+) یا ٹرپل منفی (ER اور PgR-, HER2-)۔
BRCA1 اور BRCA2 اتپریورتن کی حیثیت کا اندازہ لگانے سے پہلے، ایک کثیر الضابطہ ٹیم بشمول ایک آنکولوجسٹ، ایک جینیاتی ماہر، اور ایک ماہر نفسیات نے BRCA1 اور/یا BRCA1 کی موجودگی کا تعین کرنے کے لیے ہر مریض کے لیے ٹیومر جینیات سے متعلق مشاورت کی۔ یا بی آر سی اے 2 جین میں پی وی کا زیادہ خطرہ رکھنے والے افراد۔ مریض کا انتخاب اطالوی سوسائٹی آف میڈیکل آنکولوجی (اے آئی او ایم) کے رہنما خطوط اور مقامی سسلین سفارشات کے مطابق کیا گیا تھا۔ 30,31 ان معیارات میں شامل ہیں: (i) حساسیت والے جینز میں پیتھوجینک مختلف حالتوں کی خاندانی تاریخ (مثال کے طور پر، BRCAPT1، EN53)؛ (ii) BC کے ساتھ مرد؛ (iii) BC اور OC والے؛ (iv) BC <36 سال، TNBC <60 سال، یا دو طرفہ BC <50 سال والی خواتین؛ (v) BC <50 سال کی ذاتی طبی تاریخ اور کم از کم ایک فرسٹ ڈگری رشتہ دار: (a) BC <50 سال؛ (b) کسی بھی عمر کا غیر بلغم اور غیر سرحدی OC؛ (c) دو طرفہ BC؛ (d) مرد BC؛ (e) لبلبے کا کینسر؛ (f) پروسٹیٹ کینسر؛ (vi) BC کی دو یا زیادہ ذاتی تاریخ > 50 سال اور خاندانی تاریخ BC، OC، یا لبلبے کے کینسر کے رشتہ داروں کے لیے جو ایک دوسرے کے فرسٹ ڈگری رشتہ دار ہیں (بشمول وہ رشتہ دار جن کے ساتھ وہ فرسٹ ڈگری رشتہ دار ہیں)؛ (vii) OC کی ذاتی تاریخ اور کم از کم ایک فرسٹ ڈگری رشتہ دار: (a) BC <50 سال؛ (b) NOC؛ (c) دو طرفہ BC؛ (d) مرد BC؛ (vii) اعلی درجے کی سیروس او سی والی خاتون۔
ہر مریض سے 20 ملی لیٹر پیریفرل خون کا نمونہ حاصل کیا گیا اور اسے ای ڈی ٹی اے ٹیوبز (بی ڈی بائیو سائنسز) میں جمع کیا گیا۔ جینومک ڈی این اے کو QIAsymphony DSP DNA Midi کٹ آئسولیشن کٹ (QIAGEN, Hilden, Italy) کا استعمال کرتے ہوئے 0.7 mL پورے خون کے نمونوں سے الگ تھلگ کیا گیا تھا۔ (تھرمو فشر سائنٹیفک، والتھم، ایم اے، یو ایس اے) مقدار کا تعین کریں۔ ٹارگٹ افزودگی اور لائبریری کی تیاری Oncomine™ BRCA ریسرچ آسے شیف کے ذریعے کی جاتی ہے، جو مینوفیکچرر کی ہدایات کے مطابق خودکار لائبریری کی تیاری کے لیے Ion AmpliSeq™ Chef Reagents DL8 Kit میں لوڈ کیے جانے کے لیے تیار ہے۔ یہ کٹ دو ملٹی پلیکس PCR پرائمر پولز پر مشتمل ہے جسے مطالعہ کرنے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ BRCA2 (NM_000059.3) جینز۔ مختصراً، لائبریری کی تیاری کے لیے بار کوڈ شدہ پلیٹوں میں ہر پتلے نمونے DNA (10 ng) کا 15 µL شامل کیا گیا تھا اور تمام ریجنٹس اور استعمال کی اشیاء کو Ion Chef™ آلہ پر لوڈ کیا گیا تھا۔ خودکار لائبریری کو نمونے کی تیاری اور بار کوڈ کرنے کے بعد لائبریری کی تیاری پر عمل درآمد کیا گیا تھا۔ سازوسامان۔ پھر تیار شدہ لائبریریوں کی تعداد کا اندازہ Qubit® 3.0 Fluorometer (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA) کے ذریعے مینوفیکچرر کی ہدایات کے مطابق کیا گیا۔ آخر میں، لائبریریوں کو Ion Chef™ لائبریری کے نمونے والی ٹیوبوں اور بار کوڈ ٹیوبوں پر Ion Chef™ لائبریری کے سیمپل ٹیوبوں پر برابر تناسب میں ملایا جاتا ہے۔ Ion 510 چپ (تھرمو فشر سائنٹیفک) کا استعمال کرتے ہوئے Ion Torrent S5 (Thermo Fisher Scientific) انسٹرومنٹ (Thermo Fisher Scientific) کا استعمال کرتے ہوئے ترتیب دی گئی۔
تمام متغیر ناموں نے ہیومن جینوم ویری ایشن کنسورشیم کے موجودہ رہنما خطوط پر عمل کیا، جو آن لائن دستیاب ہے (HGVS، http://www.hgvs.org/mutnomen)۔ BRCA1/2 متغیرات کی طبی اہمیت کی وضاحت بین الاقوامی کنسورشیم ENIGMA کی درجہ بندی کا استعمال کرتے ہوئے کی گئی تھی۔ https://enigmaconsortium.org/) اور مختلف ڈیٹا بیسز سے مشورہ کرنا جیسے ARUP, BRCAEXCHANGE, ClinVar, IARC_LOVD, اور UMD۔ درجہ بندی میں خطرے کے پانچ الگ زمرے شامل ہیں: سومی (زمرہ I)، ممکنہ طور پر بے نظیر (زمرہ II)، غیر یقینی کیٹیگری (امکانی طور پر)، ویریئنٹ آف غیر یقینی، ویریئنٹ یو ایس کیٹیگری اور امکان (V) پیتھوجینک (زمرہ V)۔ ورسم نے پروٹین کے ڈھانچے اور فنکشن پر اتپریورتنوں کے اثرات کا بھی تجزیہ کیا، 30 ڈیٹا بیس تک رسائی کے ساتھ ایک معلوماتی ٹول۔
ہر VUS کو ممکنہ طبی اہمیت تفویض کرنے کے لیے، درج ذیل کمپیوٹیشنل پروٹین پیشن گوئی الگورتھم استعمال کیے گئے: MUTATION TASTER، 33 PROVEAN-SIFT (http://provean.jcvi.org/index.php)، POLYPHEN-2 (http:///genetics.bwh.harvard.edu)/G2G/VD (http://agvgd.hci.utah.edu/agvgd_input.php)۔ کلاس 1 اور 2 کی درجہ بندی کی گئی مختلف قسموں کو جنگلی قسم سمجھا جاتا تھا۔
سینجر کی ترتیب نے ہر روگجنک قسم کی موجودگی کی تصدیق کی۔ مختصراً، BRCA1 اور BRCA2 جین کے حوالہ جات (NG_005905.2، NM_007294.3 اور NG_0127294.3 اور NG_0127294.3 اور NG_005905.2، NM_007294.3 اور NG_005905.2، NM_007294.3 اور NG_0127294.3 اور NG_005905.2 کا استعمال کرتے ہوئے، مخصوص پرائمر کا ایک جوڑا ہر دریافت شدہ مختلف قسم کے لیے ڈیزائن کیا گیا تھا۔ اس لیے ٹارگٹڈ پی سی آر انجام دیا گیا جس کے بعد سنجر کی ترتیب کی گئی۔
جن مریضوں نے BRCA1/2 جین کے لیے منفی تجربہ کیا ان کا تجربہ کارخانہ دار کی ہدایات کے مطابق ملٹی پلیکس ligation-dependent probe amplification (MLPA) کے ذریعے کیا گیا تاکہ بڑے جینومک ری رینجمنٹس (LGR) کی موجودگی کا اندازہ لگایا جا سکے۔ مختصراً، DNA کے نمونوں کو منقطع کیا گیا ہے اور 60 تک BRCA1 اور BRCA2 مخصوص ڈی این اے کا پتہ لگانے کے لیے استعمال کیا گیا ہے۔ ترتیب میں تقریباً 60 نیوکلیوٹائڈز لمبائی میں۔ پروب ایمپلیفیکیشن پروڈکٹس، جو کہ پی سی آر ایمپلیونز کے ایک منفرد سیٹ پر مشتمل تھے، اس کے بعد کیپلیری الیکٹروفورسس اور Cofalyser.Net سافٹ ویئر کے ذریعے مناسب بیچ کے لیے مخصوص Cofalyser ٹیبلز (www.mrcholland.com) کے ساتھ مل کر تجزیہ کیا گیا۔
منتخب کلینکوپیتھولوجیکل متغیرات (ہسٹولوجیکل گریڈ اور Ki-67% پھیلاؤ انڈیکس) بی آر سی اے 1/2 پی وی کی موجودگی سے وابستہ تھے، جن کا شمار پرزم سافٹ ویئر v. 8.4 کا استعمال کرتے ہوئے فشر کے عین مطابق ٹیسٹ کو پی-ویلیو <0.05 کو اہم مانتے ہوئے کیا گیا۔
جنوری 2017 اور مارچ 2021 کے درمیان، 455 مریضوں کی جراثیمی BRCA1/2 میوٹیشنز کی جانچ کی گئی۔ پولی کلینیکو ہسپتال کے سنٹر برائے تجرباتی آنکولوجی اور ہیماتولوجی میں اتپریورتن کی جانچ کی گئی۔ سسلین رہنما خطوط کے مطابق 02-Venerdì 10 Gennaio 2020)، Rodolico of Catania – San Marco" مجموعی طور پر، 389 مریض چھاتی کا کینسر، 37 رحم کا کینسر، 16 لبلبے کا کینسر، 8 پروسٹیٹ کینسر اور 5 میلانوما تھے۔ کینسر کی قسم اور تجزیہ کے نتائج کے مطابق مریضوں کی تقسیم کو دکھایا گیا ہے۔
شکل 1 ایک فلو چارٹ دکھاتا ہے جس میں مطالعہ کا ایک جائزہ دکھایا گیا ہے۔ چھاتی، میلانوما، لبلبے، پروسٹیٹ، یا ڈمبگرنتی ٹیومر والے مریضوں کا بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 جینز میں تغیرات کے لیے ٹیسٹ کیا گیا تھا۔
مخففات: PVs، روگجنک قسم؛ VUS، غیر یقینی اہمیت کا مختلف قسم؛ ڈبلیو ٹی، جنگلی قسم کی بی آر سی اے 1/2 ترتیب۔
ہم نے اپنے مطالعے کو چھاتی کے کینسر کے گروہوں پر منتخب طور پر مرکوز کیا۔ مریضوں کی درمیانی عمر 49 سال (23-89 کی حد) تھی اور وہ بنیادی طور پر خواتین (n = 376، یا 97%) تھیں۔
ان مضامین میں سے، 64 (17%) میں BRCA1/2 تغیرات تھے اور وہ تمام خواتین تھیں۔ پینتیس (9%) میں PV تھا اور 29 (7.5%) کو VUS تھا۔ 35 پیتھوجینک مختلف حالتوں میں سے سترہ (48.6%) BRCA1 اور 18 (51.4%) BRCA1 میں واقع ہوئے جبکہ VBRCA 51.4٪ میں واقع ہوئے (17.2%) اور 24 (82.8%) BRCA2 میں (اعداد و شمار 1 اور 2)۔ ایل جی آر ایم ایل پی اے تجزیہ میں موجود نہیں تھا۔
تصویر 2. چھاتی کے کینسر کے 389 مریضوں میں بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 کی تبدیلیوں کا تجزیہ۔ (B) چھاتی کے کینسر کے 389 مریضوں میں پینتیس (9%) میں BRCA1/2 پیتھوجینک ویریئنٹس (PVs) تھے۔ان میں سے، 17 (48.6%) BRCA1 PV کیریئرز (گہرا سرخ) اور 18 (51.4%) BRCA2 کیریئرز (ہلکے سرخ) تھے۔ (C) 389 مضامین میں سے 29 (7.5%) VUS، 5 (17.2%) BRCA1 جین (گہرا نارنجی) اور 24 (82.8%) BRCA2 جین (ہلکا نارنجی)۔
مخففات: PVs، روگجنک قسم؛ VUS، غیر یقینی اہمیت کا مختلف قسم؛ ڈبلیو ٹی، جنگلی قسم کی بی آر سی اے 1/2 ترتیب۔
ہم نے اگلی بار بی آر سی اے 1/2 پی وی والے مریضوں میں BC مالیکیولر ذیلی قسموں کے پھیلاؤ کی تحقیقات کی۔ تقسیم میں 2 (5.7%) luminal A، 15 (42.9%) luminal B، 3 (8.6%) luminal B-HER2+، 2 (5.7%) HER2+ اور T.13m مریضوں (13mBC) %13 شامل ہیں۔ BRCA1-مثبت مریض، 5 (29.4%) کو luminal B BC تھا، 2 (11.8%) کو HER2+ بیماری تھی، اور 10 (58.8%) کو TNBC تھا۔ BRCA1 کی تبدیلیوں کے بغیر ٹیومر یا تو luminal A یا luminal B-HER2+ (شکل 3) تھے۔ luminal B تھے، 3 (16.7%) luminal B-HER2+ تھے، 3 (16.7%) TNBC اور 2 (11.1%) luminal A تھے (شکل 3) .اس گروپ میں HER2+ کے کوئی ٹیومر موجود نہیں تھے۔ اس طرح، BRCA1 اتپریورتن TNBC کے مریضوں میں موجود ہیں جہاں BBRCA کے مریضوں میں انفرادی طور پر luminal، 2.
شکل 3 بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 میں پیتھوجینک مختلف حالتوں والے مریضوں میں چھاتی کے کینسر کی ذیلی قسموں کا پھیلاؤ۔ ہسٹوگرام جو چھاتی کے کینسر کے مریضوں کی مالیکیولر ذیلی قسموں میں بی آر سی اے 1- (گہرا سرخ) اور بی آر سی اے 2- (ہلکا سرخ) پی وی کی تقسیم کو ظاہر کرتے ہیں۔ ہر چھاتی کے کینسر کی ذیلی قسم۔
مخففات: PVs، روگجنک قسم؛ HER2+، انسانی ایپیڈرمل گروتھ فیکٹر ریسیپٹر 2 مثبت؛ TNBC، ٹرپل منفی چھاتی کا کینسر۔
اس کے بعد، ہم نے BRCA1 اور BRCA2 PVs کی قسم اور جین لوکلائزیشن کا اندازہ کیا۔ BRCA1 PV میں، ہم نے 7 سنگل نیوکلیوٹائڈ مختلف حالتوں (SNVs)، 6 حذف، 3 نقلیں اور 1 اندراج کا مشاہدہ کیا۔ صرف ایک اتپریورتن (c.5522V BRCA 1 میں سب سے زیادہ مشترکہ دریافت کی گئی ہے)۔ مضامین c.5035_5039delCTAAT تھے۔ اس تبدیلی میں BRCA1 exon 15 میں پانچ نیوکلیوٹائڈز (CTAAT) کو حذف کرنا شامل ہے، جس کے نتیجے میں کوڈون 1679 میں ٹائروسین کے ذریعے امینو ایسڈ لیوسین کی جگہ لے لی گئی ہے، اور ٹرانسلیشن کی وجہ سے پروٹین کے متبادل فریم شفٹ کوڈون 1679 کے ساتھ ٹرولڈک سٹاپ کے ساتھ متبادل فریم شفٹ کر رہے ہیں۔ صرف ایک کیس میں پتہ چلا۔ خاص طور پر، رپورٹ شدہ PVs میں سے ایک اسپلائس سائٹ کننسس ریجن (c.4357+1G>T) (ٹیبل 1) میں واقع تھا۔
BRCA2 PV کے حوالے سے، ہم نے 6 حذف، 6 SNVs اور 2 نقلیں دیکھی ہیں۔ کوئی بھی تبدیلی نئی نہیں پائی گئی ہے۔ ہماری آبادی میں تین تغیرات بار بار ہوئے، c.428dup اور c.8487+1G>A 3 مضامین میں مشاہدہ کیا گیا، اس کے بعد c.5851_5854 کیسز میں c.5851_585del recured. تبدیلی میں بی آر سی اے 2 کے ایکسون 5 میں سی کا اعادہ شامل ہوتا ہے، جس کی پیشن گوئی ایک کٹے ہوئے، غیر فعال پروٹین کو انکوڈ کرنے کی ہوتی ہے۔ c.8487+1G>بی آر سی اے 2 انٹرن 19 (± 1,2) کے اندرونی علاقے میں ایک تبدیلی واقع ہوتی ہے اور splicing اتفاق رائے پر اثر انداز ہوتی ہے جس کے نتیجے میں splicing کے نتیجے میں غیر فعال یا غیر فعال پروٹین کی ترتیب ہوتی ہے۔ پروٹین۔ c.5851_5854delAGTT پیتھوجینک ویرینٹ بی آر سی اے 2 جین کے کوڈنگ ایکسون 10 میں نیوکلیوٹائڈ پوزیشنز 5851 سے 5854 تک 4-نیوکلیوٹائڈ ڈیلیٹ ہونے کی وجہ سے ہے اور اس کے نتیجے میں ایک پیشین گوئی شدہ متبادل اسٹاپ کوڈن کے ساتھ ٹرانسلشنل فریم شفٹ ہوتا ہے۔ دونوں تبدیلیاں c.631G>A اور c.7008-2A>T ایک ہی مریض میں پائی گئیں۔ 34 پہلی تبدیلی میں BRCA2 exon 7 میں اڈینوسین (A) کو ایک گوانائن (G) کے ساتھ تبدیل کرنا شامل ہے جس کے نتیجے میں ویلین کی isoleucine میں تبدیلی ہوتی ہے، کوڈون کے ساتھ امیجینو ایسڈ کی مقدار زیادہ ہوتی ہے۔ خصوصیات۔ یہ تبدیلی عام ایم آر این اے سپلائینگ کو متاثر کرتی ہے۔ دوسرا ویرینٹ ایک اندرونی خطے میں واقع ہے اور اس کے نتیجے میں بی آر سی اے 2 کے جین انکوڈنگ کے ایکسون 13 سے پہلے ایک ڈبل اے سے تھامین (T) متبادل ہوتا ہے۔ c.7008-2A>T تبدیلی مختلف لمبائیوں کے متعدد ٹرانسکرپٹس پیدا کر سکتی ہے۔ (22.2%) تعارفی تھے۔
اس کے بعد ہم نے فنکشنل ڈومینز اور پروٹین بائنڈنگ ریجنز (تصویر 4) میں BRCA1/2 نقصان دہ اتپریورتنوں کا نقشہ بنایا۔ BRCA1 جین میں، 50% PVs بریسٹ کینسر کلسٹر ریجن (BCCR) میں واقع تھے، جب کہ 22% تغیرات رحم کے کینسر کے کلسٹر ریجن (OCBRCA) میں واقع تھے۔ 35.7% متغیرات BCCR خطے میں واقع تھے اور 42.8% تغیرات OCCR (تصویر 4B) میں واقع تھے۔ اگلا، ہم نے BRCA1 اور BRCA2 پروٹین ڈومینز کے اندر PV کے محل وقوع کا اندازہ کیا۔ BRCA1 پروٹین کے لیے، ہمیں لوپ اور coilt ڈومین میں تین PVs، coilt ڈومین اور coilt ڈومین ملے۔ (تصویر 4A)۔ BRCA2 پروٹین کے لیے، 4 PVs کو BRC ریپیٹ ڈومین میں میپ کیا گیا، جب کہ oligo/oligosaccharide-binding (OB) اور ٹاور (T) ڈومینز (Figure 4B) میں 3 intronic اور 3 exonic تبدیلیوں کا پتہ چلا۔
شکل 4 بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 پروٹینوں کی اسکیمیٹک نمائندگی اور پیتھوجینک مختلف حالتوں کی لوکلائزیشن۔ یہ اعداد و شمار چھاتی کے کینسر کے مریضوں میں بی آر سی اے 1 (اے) اور بی آر سی اے 2 (بی) پیتھوجینک مختلف حالتوں کی تقسیم کو ظاہر کرتا ہے۔ خارجی تغیرات نیلے رنگ میں دکھائے گئے ہیں، جب کہ اندرونی تغیرات او بی آر سی اے کے نمبر he اور بی آر سی اے نمبر he1 میں دکھائے گئے ہیں۔ BRCA2 پروٹینز اور ان کے فنکشنل ڈومینز کی اطلاع دی گئی ہے۔ (A) BRCA1 پروٹین میں ایک لوپ ڈومین (RING) اور ایک نیوکلیئر لوکلائزیشن سیکوینس (NLS)، ایک کوائلڈ کوائل ڈومین، ایک SQ/TQ کلسٹر ڈومین (SCD)، اور ایک BRCA1 C-ٹرمینل ڈومین (BRCT) پر مشتمل ہے۔ ہیلیکل ڈومین (Helical)، تین oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB) فولڈز، ایک ٹاور ڈومین (T)، اور C طرف ایک NLS۔ بریسٹ کینسر کلسٹر ریجن (BCCR) اور اوورین کینسر کلسٹر ریجن (OCCR) کہلانے والے علاقے نیچے دکھائے گئے ہیں۔
اس کے بعد ہم نے BC کلینکوپیتھولوجیکل خصوصیات کی چھان بین کی جو BRCA1/2 PV کی موجودگی سے منسلک ہو سکتی ہیں۔ مکمل طبی ریکارڈ 181 BRCA1/2-منفی مریضوں (نان کیریئرز) اور تمام کیریئرز (n = 35) کے لیے دستیاب تھے۔ ٹیومر کے پھیلاؤ کی شرح اور گریڈ کے درمیان تعلق تھا۔
ہم نے اپنے گروپ (25%، حد <10-90%) کی بنیاد پر Ki-67 کی تقسیم کا حساب لگایا۔ Ki-67 <25% والے مضامین کی تعریف "کم Ki-67″ کے طور پر کی گئی تھی، جب کہ ≥ 25% کی اقدار والے افراد کو "High Ki-67″ سمجھا جاتا تھا۔ (7 اہم کی-67" کے درمیان اہم فرق پایا گیا تھا۔ اور BRCA1 PV کیریئرز (تصویر 5A)۔
شکل 5 چھاتی کے کینسر والی خواتین میں BRCA1 اور BRCA2 PVs کے ساتھ اور اس کے بغیر گریڈ کی تقسیم کے ساتھ Ki-67 کا ارتباط۔ (A) 181 نان کیریئر بی سی مریضوں بمقابلہ BRCA1 (18) یا BRCA2 (17) PV کے لحاظ سے اہم مریضوں کو سمجھا جاتا ہے۔ ہسٹوگرام BC کینسر کے مریضوں کو ہسٹولوجیکل گریڈ گروپس (G2 اور G3) میں BRCA1 اور BRCA2 میوٹیشن سٹیٹس (WT مضامین، BRCA1 اور BRCA2 PVs کیریئرز) کے مطابق تفویض کرنے کی نمائندگی کرتا ہے۔
اسی طرح، ہم نے جانچا کہ آیا ٹیومر گریڈ کا تعلق BRCA1/2 PV کی موجودگی سے ہے۔ چونکہ ہماری آبادی میں G1 BC موجود نہیں تھا، اس لیے ہم نے مریضوں کو دو گروپوں (G2 یا G3) میں تقسیم کیا۔ Ki-67 کے نتائج کے مطابق، تجزیہ سے ٹیومر گریڈ اور BRCA کے اعلیٰ ٹیومر کے ساتھ ٹیومر گریڈ کے درمیان ایک اہم تعلق کا انکشاف ہوا۔ بی آر سی اے 1 کیریئرز غیر کیریئرز کے مقابلے میں (پی <0.005) (شکل 5 بی)۔
DNA کی ترتیب دینے والی ٹیکنالوجی میں پیشرفت نے BRCA1/2 جینیاتی جانچ میں بے مثال پیشرفت کو قابل بنایا ہے، جس میں کینسر کی خاندانی تاریخ والے مریضوں کے لیے اہم مضمرات ہیں۔ آج تک، تقریباً 20.000 BRCA1/2 مختلف حالتوں کی شناخت کی گئی ہے اور امریکن سوسائٹی آف میڈیکل جینیٹکس کے مطابق درجہ بندی کی گئی ہے، جو کہ IGEN5 اور IGEN35 کا معروف نظام ہے۔ BRCA1/2 mutational spectrum جغرافیائی خطوں میں وسیع پیمانے پر مختلف ہوتا ہے۔ 37 اٹلی کے اندر، BRCA1/2 PVs کی شرح 8% سے لے کر 37% تک تھی، جس میں اندرون ملک وسیع تغیرات ظاہر ہوتے ہیں۔ 38,39 تقریباً 5 ملین کی آبادی کے ساتھ، سسلی اٹلی کے اعداد و شمار کے لحاظ سے اعداد و شمار کے لحاظ سے پانچویں نمبر پر ہے۔ مغربی سسلی میں BRCA1/2 کی تقسیم، جزیرے کے مشرقی حصے میں کوئی وسیع ثبوت نہیں ہے۔
ہمارا مطالعہ مشرقی سسلی میں بی سی کے مریضوں میں بی آر سی اے 1/2 پی وی کے واقعات پر پہلی رپورٹوں میں سے ایک ہے۔
389 BC مریضوں کی جانچ کرتے وقت، 9% نے BRCA1/2 PVs کیے، جو BRCA1 اور BRCA2 کے درمیان یکساں طور پر تقسیم کیے گئے۔ یہ نتائج اطالوی آبادی میں پہلے رپورٹ کیے گئے نتائج سے مطابقت رکھتے ہیں۔ 28 دلچسپ بات یہ ہے کہ ہمارے گروپ میں سے 3% (13/389) مرد تھے۔ یہ شرح ہمارے تمام BC کے کینسر کی توقع سے زیادہ ہے۔ BRCA1/2 اتپریورتن کے خطرے پر مبنی آبادی۔ تاہم، ان مردوں میں سے کسی نے بھی BRCA1/2 PV تیار نہیں کیا، اس لیے وہ کم عام تغیرات جیسے PALB2، RAD51C اور D، کی موجودگی کو مسترد کرنے کے لیے مزید مالیکیولر تجزیہ کے امیدوار تھے۔ پہلے سے موجود ثبوت کے ساتھ مطابقت رکھتا ہے۔ 28,41,42
جب ہم نے BRCA1/2 اتپریورتی خواتین میں BC مالیکیولر ذیلی قسموں کی تقسیم کا تجزیہ کیا تو ہم نے TNBC اور BRCA1 PV (58.8%) اور luminal B BC اور BRCA2 PV (55.6%) کے درمیان معلوم ایسوسی ایشنز کی تصدیق کی۔ موجودہ لٹریچر ڈیٹا 16,43
اس کے بعد ہم BRCA1/2 PV کی قسم اور مقام پر توجہ مرکوز کرتے ہیں۔ ہمارے گروپ میں، سب سے عام BRCA1 PV c.5035_5039delCTAAT تھا۔ حالانکہ Incorvaia et al. اپنے سسلین گروہ میں اس قسم کی وضاحت نہیں کی، دوسرے مصنفین نے اسے ایک جراثیمی BRCA1 PV کے طور پر رپورٹ کیا ہے۔ 34 کئی BRCA1 PVs ہمارے گروہ میں پائے گئے - جیسے c.181T>G, c.514del, c.3253dupA اور c.5266dupC - جن میں سے دو Sicier میں پائے گئے ہیں۔ تغیرات (c.181T>G اور c.5266dupC) عام طور پر مشرقی اور وسطی یورپ کے اشکنازی یہودیوں (پولینڈ، چیک)، سلووینیائی، آسٹریا، ہنگری، بیلاروسی اور جرمن میں پائے جاتے ہیں، 44,45 اور، ریاستہائے متحدہ اور ارجنٹائن میں، حال ہی میں اس کی تعریف کی گئی تھی۔ 34c.514del ویریئنٹ کی شناخت اس سے قبل پیلرمو اور میسینا میں شمالی سسلی سے تعلق رکھنے والے چھاتی کے کینسر کے 8 مریضوں میں کی گئی تھی۔ Catania میں کچھ خاندانوں میں c.3253dupA متغیر پایا۔28 سب سے زیادہ نمائندہ BRCA2 PVs ہیں c.428dup, c.5851_5854delAGTT اور intronic variant c.8487+1G>A، جن کی مزید تفصیل سے 28 میں Palermo، c کے ساتھ ایک مریض میں رپورٹ کیا گیا ہے۔ c.5851_5854delAGTT PV شمال مغربی سسلی کے گھرانوں میں دیکھا گیا، خاص طور پر ٹراپانی اور پالرمو علاقوں میں، جب کہ c.5851_5854delAGTT PV شمال مغربی سسلی کے گھرانوں میں دیکھا گیا۔ Rebbeck et al. پہلے کولمبیا میں c.5851_5854delAGTT تبدیلی کو بیان کیا گیا ہے۔ 37 ایک اور BRCA2 PV, c.631+1G>A، BC اور OC کے مریضوں میں سسلی (Agrigento، Siracusa اور Ragusa) میں پایا گیا ہے۔ c.7008-2A>T) ایک ہی مریض میں، جسے ہم نے cis موڈ میں الگ الگ سمجھا تھا، جیسا کہ پہلے اس طرح کی اطلاع دی گئی ہے۔
ہم نے بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 پی وی کو بھی پروٹین ڈومینز اور جینز کے پوٹیٹیو او سی سی آر اور بی سی سی آر ریجنز میں میپ کیا۔ ان خطوں کو ریبیک ایٹ ال نے بیان کیا تھا۔ بالترتیب ڈمبگرنتی اور چھاتی کے کینسر کے خطرے کے علاقوں کے طور پر۔ 49 تاہم، جراثیم کی مختلف حالتوں کے مقام اور چھاتی یا رحم کے کینسر کے خطرے کے درمیان تعلق کے حوالے سے شواہد متنازعہ ہیں۔ 28,50-52 ہماری آبادی میں، BRCA1 PVs بنیادی طور پر BCCR کے علاقے میں واقع تھے، جبکہ PVCR سے پہلے PVCR کے علاقے میں واقع تھے۔ تاہم، ہم OCCR اور BCCR خطوں اور BC خصوصیات کے درمیان کوئی تعلق تلاش کرنے سے قاصر تھے۔ یہ BRCA1/2 اتپریورتنوں کے مریضوں کی محدود تعداد کی وجہ سے ہو سکتا ہے۔ پروٹین ڈومین کے نقطہ نظر سے، BRCA1 PVs کو پورے پروٹین کے ساتھ تقسیم کیا جاتا ہے، اور BRCA2 کی تبدیلیاں ترجیحی طور پر BRC ڈومین میں پائی جاتی ہیں۔
آخر میں، ہم نے BC کلینکیوپیتھولوجیکل خصوصیات کو BRCA1/2 PV کے ساتھ جوڑا۔ مریضوں کی محدود تعداد میں شامل ہونے کی وجہ سے، ہمیں صرف Ki-67 اور ٹیومر گریڈ کے درمیان ایک اہم تعلق ملا۔ اگرچہ Ki-67 کی تشخیص اور تشریح کچھ حد تک متنازعہ ہے، یہ یقینی ہے کہ بیماری کے بڑھنے والے خطرات اور دوبارہ پھیلاؤ کی شرح میں کمی کے ساتھ منسلک ہیں۔ بقا۔ آج تک، "اعلی" اور "کم" Ki-67 کے درمیان فرق کرنے کے لیے کٹ آف 20% ہے۔ تاہم، یہ حد ہماری BRCA1/2 اتپریورتن مریضوں کی آبادی پر لاگو نہیں ہوتی ہے، جس کی اوسط Ki-67 کی قدر 25% ہے۔ اعلی Ki-67 کی شرح میں اس رجحان کی وضاحت کی جا سکتی ہے، جس میں BBC کے کچھ کم ہم آہنگی اور بی آر سی اے ایک ٹیومر موجود تھا۔ تاہم، کچھ شواہد یہ بتاتے ہیں کہ زیادہ Ki-67 کٹ آف (25–30%) مریضوں کو ان کی تشخیص کے مطابق بہتر بنا سکتا ہے۔ 53,54 ہمارے تجزیے کے نتائج سے، ایک اہم ارتباط حیرت کی بات نہیں ہے۔ اعلی Ki-67 اور درجات کے درمیان واقع ہوتا ہے اور BRCA1 کی موجودگی، PV-BRCAs کی حقیقت سے متعلق ٹیومر۔ TNBC اور زیادہ جارحانہ خصوصیات کی نمائش۔16,17
آخر میں، یہ مطالعہ مشرقی سسلی کے ایک BC کوہورٹ میں BRCA1/2 کی تغیراتی حیثیت کے بارے میں ایک رپورٹ فراہم کرتا ہے۔ مجموعی طور پر، ہماری تلاشیں پہلے سے موجود شواہد کے ساتھ مطابقت رکھتی ہیں، BC میں اتپریورتن کے پھیلاؤ اور کلینکیوپیتھولوجیکل خصوصیات دونوں کے لحاظ سے۔ بی آر سی اے 1/2 کے مریضوں کی کثیر آبادی میں مزید مطالعات جیسے کہ BC-1/2 کا استعمال کرتے ہیں تجزیہ، PVs کی موجودگی کا اندازہ لگانے کے لیے ضروری ہے جو BRCA1/2 سے الگ اور کم بار بار ہوتے ہیں۔ یہ جینیاتی تغیرات کی وجہ سے کینسر کے بڑھتے ہوئے خطرے میں مضامین کی بڑھتی ہوئی تعداد کی شناخت اور مناسب انتظام کی اجازت دے گا۔
ہم نے تصدیق کی کہ مریضوں نے تحقیقی مقاصد کے لیے اپنے ٹیومر کے نمونے گمنام طور پر جاری کرنے کے لیے باخبر رضامندی پر دستخط کیے ہیں۔ تمام مریضوں نے ہیلسنکی کے اعلامیے کے مطابق تحریری طور پر باخبر رضامندی پر دستخط کیے ہیں۔ AOU Policlinico "G.Rodolico – S.Marco" کی پالیسی کے مطابق، اس مطالعہ کو اخلاقی جائزے سے مستثنیٰ قرار دیا گیا تھا کیونکہ BRCA1/2 کے مطابق تمام مریضوں کو تحریری طور پر مطلع کیا گیا تھا۔ رضامندی.مریض تحقیقی مقاصد کے لیے اپنے ڈیٹا کے استعمال پر بھی رضامندی دیتے ہیں۔
ہم اخلاقی کمیٹی کی درخواست کے مطابق چھاتی کے کینسر کے مریضوں کی دیکھ بھال میں معاونت کے لیے پروفیسر پاولو ویگنیری کا شکریہ ادا کرتے ہیں۔
Federica Martorana Istituto Gentili, Eli Lilly, Novartis, Pfizer سے اعزاز کی اطلاع دیتی ہے۔ دوسرے مصنفین اس کام میں دلچسپی کے کسی تنازعہ کا اعلان نہیں کرتے ہیں۔
1. Sung H, Ferlay J, Siegel RL, et al.Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN نے دنیا بھر کے 185 ممالک میں 36 کینسر کے واقعات اور اموات کا تخمینہ لگایا ہے۔