Nature.com غا كىرگىنىڭىزگە رەھمەت. سىز ئىشلىتىۋاتقان تور كۆرگۈچنىڭ نەشرىدە CSS قوللاش چەكلىك. ئەڭ ياخشى تەجرىبە ئۈچۈن، يېڭىلانغان تور كۆرگۈچ ئىشلىتىشىڭىزنى (ياكى Internet Explorer دا ماسلىشىشچانلىق ھالىتىنى چەكلىشىڭىزنى) تەۋسىيە قىلىمىز. بۇ ئارىلىقتا، داۋاملىق قوللاشنى كاپالەتلەندۈرۈش ئۈچۈن، تور بېكەتنى ئۇسلۇب ۋە JavaScriptسىز كۆرسىتىمىز.
سۇيۇق بىئوپسىيە (LB) بىئومېدىتسىنا ساھەسىدە تېز سۈرئەتتە ئالقىشقا ئېرىشىۋاتقان بىر ئۇقۇم. بۇ ئۇقۇم ئاساسلىقى قان ئايلىنىۋاتقان ھۈجەيرە سىرتىدىكى DNA (ccfDNA) پارچىلىرىنى بايقاشقا ئاساسلانغان بولۇپ، ئۇلار ئاساسلىقى ھەر خىل توقۇلمىلاردا ھۈجەيرە ئۆلگەندىن كېيىن كىچىك پارچىلار شەكلىدە قويۇپ بېرىلىدۇ. بۇ پارچىلارنىڭ ئاز بىر قىسمى يات (يات) توقۇلمىلاردىن ياكى ئورگانىزملاردىن كېلىدۇ. نۆۋەتتىكى خىزمەتلەردە، بىز بۇ ئۇقۇمنى دېڭىز سۈيىنى سۈزۈش ئىقتىدارى يۇقىرى ئىكەنلىكى بىلەن تونۇلغان قاراۋۇل تۈرى بولغان مىدىيەگە قوللىدۇق. بىز دېڭىز قىرغاق ئېكولوگىيە سىستېمىسىنىڭ بىئولوگىيىلىك كۆپ خىللىقى ھەققىدە ئۇچۇر بېرىش ئۈچۈن، مىدىيەنىڭ تەبىئىي سۈزگۈچ رولىنى ئويناش ئىقتىدارىدىن پايدىلىنىپ، ھەر خىل مەنبەلەردىن مۇھىت DNA پارچىلىرىنى تۇتۇۋالىمىز. نەتىجىلىرىمىز شۇنى كۆرسىتىپ بېرىدۇكى، مىدىيە گېمولىمفاسىدا چوڭلۇقى 1 دىن 5 كىلوبايتقىچە بولغان DNA پارچىلىرى بار. مىلتىق بىلەن تەرتىپلەش نەتىجىسىدە، نۇرغۇن DNA پارچىلىرىنىڭ يات مىكروبلاردىن كەلگەنلىكى كۆرسىتىلدى. بۇلارنىڭ ئىچىدە، دېڭىز قىرغاق ئېكولوگىيە سىستېمىسىدا كۆپ ئۇچرايدىغان ھەر خىل خوجايىنلارغا يۇقۇملاندۇرىدىغان ۋىرۇسلارنى ئۆز ئىچىگە ئالغان باكتېرىيە، ئارخېئا ۋە ۋىرۇسلاردىن DNA پارچىلىرى تېپىلدى. خۇلاسە قىلىپ ئېيتقاندا، بىزنىڭ تەتقىقاتىمىز مىدىيەگە قوللىنىلغان LB ئۇقۇمىنىڭ دېڭىز قىرغاق ئېكولوگىيە سىستېمىسىدىكى مىكرو ئورگانىزملارنىڭ كۆپ خىللىقى توغرىسىدىكى مول، ئەمما ھازىرغىچە تەتقىق قىلىنمىغان بىلىم مەنبەسى ئىكەنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
كىلىمات ئۆزگىرىشىنىڭ (CC) دېڭىز ئېكولوگىيە سىستېمىسىنىڭ بىئولوگىيىلىك كۆپ خىللىقىغا تەسىرى تەتقىقات ساھەسىنىڭ تېز سۈرئەتتە تەرەققىي قىلىۋاتقان ساھەسى. يەر شارىنىڭ ئىسسىپ كېتىشى پەقەت مۇھىم فىزىئولوگىيىلىك بېسىملارنى كەلتۈرۈپ چىقىرىپلا قالماي، يەنە دېڭىز جانلىقلىرىنىڭ ئىسسىقلىق مۇقىملىقىنىڭ تەرەققىيات چەكلىمىسىنى تۆۋەنلىتىپ، بىر قاتار تۈرلەرنىڭ ياشاش مۇھىتىغا تەسىر كۆرسىتىپ، ئۇلارنى تېخىمۇ پايدىلىق شارائىت ئىزدەشكە ئۈندەيدۇ [1، 2]. CC مېتازوئالارنىڭ بىئولوگىيىلىك كۆپ خىللىقىغا تەسىر كۆرسىتىشتىن باشقا، ساھىبخان-مىكروب ئۆزئارا تەسىر كۆرسىتىشنىڭ نازۇك تەڭپۇڭلۇقىنى بۇزىدۇ. بۇ مىكروبلارنىڭ دىسباكتېرىيەسى دېڭىز ئېكولوگىيە سىستېمىسىغا ئېغىر تەھدىت سالىدۇ، چۈنكى ئۇ دېڭىز جانلىقلىرىنى يۇقۇملۇق كېسەللىك قوزغاتقۇچىلارغا تېخىمۇ ئاسان گىرىپتار قىلىدۇ [3، 4]. SS نىڭ كۆپ مىقداردا ئۆلۈمدە مۇھىم رول ئوينايدىغانلىقىغا ئىشىنىلىدۇ، بۇ دۇنيا دېڭىز ئېكولوگىيە سىستېمىسىنى باشقۇرۇش ئۈچۈن ئېغىر مەسىلە [5، 6]. بۇ نۇرغۇن دېڭىز تۈرلىرىنىڭ ئىقتىسادىي، ئېكولوگىيەلىك ۋە ئوزۇقلۇق تەسىرىنى نەزەردە تۇتقاندا مۇھىم مەسىلە. بۇ، بولۇپمۇ قۇتۇپ رايونلىرىدا ياشايدىغان قوش مولياكلىقلارغا نىسبەتەن توغرا، چۈنكى CK نىڭ تەسىرى تېخىمۇ تېز ۋە ئېغىر [6، 7]. ئەمەلىيەتتە، Mytilus spp. قاتارلىق قوش مولياكلىق ... ھەيران قالارلىق ئەمەس، شۇڭا ئۇلارنىڭ سالامەتلىكىنى نازارەت قىلىش ئۈچۈن نىسبەتەن كۆپ مىقداردا بىئولوگىيىلىك بەلگىلەر ئىجاد قىلىنغان بولۇپ، كۆپىنچە ئېنزىم پائالىيىتى ياكى ھۈجەيرە ھاياتىي كۈچى ۋە فاگوسىت پائالىيىتى قاتارلىق ھۈجەيرە فۇنكسىيەسىگە ئاساسلانغان ئىككى دەرىجىلىك ئۇسۇل قوللىنىلىدۇ [8]. بۇ ئۇسۇللار يەنە كۆپ مىقداردىكى دېڭىز سۈيى سۈمۈرۈلگەندىن كېيىن يۇمشاق توقۇلمىلاردا توپلىنىدىغان ئالاھىدە بېسىم كۆرسەتكۈچلىرىنىڭ قويۇقلۇقىنى ئۆلچەشنىمۇ ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ. قانداقلا بولمىسۇن، قوش قاپاقلىقلارنىڭ يۇقىرى سۈزۈش ئىقتىدارى ۋە يېرىم ئوچۇق قان ئايلىنىش سىستېمىسى بىمارلارنى داۋالاشنىڭ ئاددىي ۋە ئەڭ ئاز تاجاۋۇز قىلىش ئۇسۇلى بولغان سۇيۇق بىئولوگىيە (LB) ئۇقۇمىنى ئىشلىتىپ يېڭى گېمولىمفا بىئولوگىيىلىك بەلگىلىرىنى تەرەققىي قىلدۇرۇش پۇرسىتى يارىتىپ بېرىدۇ. قان ئەۋرىشكىسى [9، 10]. ئىنسان LB دا بىر قانچە خىل ئايلىنىۋاتقان مولېكۇلا تېپىلسىمۇ، بۇ ئۇقۇم ئاساسلىقى پلازمادىكى ئايلىنىۋاتقان ھۈجەيرە سىرتىدىكى DNA (ccfDNA) پارچىلىرىنىڭ DNA تەرتىپ ئانالىزىغا ئاساسلىنىدۇ. ئەمەلىيەتتە، ئىنسان پلازمىسىدا ئايلىنىۋاتقان DNA نىڭ بارلىقى 20-ئەسىرنىڭ ئوتتۇرىلىرىدىن باشلاپ مەلۇم بولغان [11]، ئەمما يېقىنقى يىللاردىن بۇيان يۇقىرى ئۈنۈملۈك تەرتىپلەش ئۇسۇللىرىنىڭ پەيدا بولۇشى ccfDNA غا ئاساسلانغان كلىنىكىلىق دىئاگنوز قويۇشقا ئېلىپ كەلدى. بۇ ئايلىنىۋاتقان DNA پارچىلىرىنىڭ مەۋجۇت بولۇشى قىسمەن ھۈجەيرە ئۆلگەندىن كېيىن گېنوم DNA (يادرو ۋە مىتوخوندىرىيە) نىڭ پاسسىپ قويۇپ بېرىلىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك. ساغلام كىشىلەردە، ccfDNA نىڭ قويۇقلۇقى ئادەتتە تۆۋەن بولىدۇ (<10 ng/mL)، ئەمما ھەر خىل كېسەللىكلەرگە گىرىپتار بولغان ياكى بېسىمغا ئۇچرىغان بىمارلاردا 5-10 ھەسسە ئېشىپ، توقۇلمىلارنىڭ بۇزۇلۇشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ. ساغلام كىشىلەردە، ccfDNA نىڭ قويۇقلۇقى ئادەتتە تۆۋەن بولىدۇ (<10 ng/mL)، ئەمما ھەر خىل كېسەللىكلەرگە گىرىپتار بولغان ياكى بېسىمغا ئۇچرىغان بىمارلاردا 5-10 ھەسسە ئېشىپ، توقۇلمىلارنىڭ بۇزۇلۇشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ. У здоровых людей марар вккДНК в умеме низкая (<10 нг / گىن) ، نو موجېت پوۋشىاتьسيا в 5-10 раз у больных с различной погологией или подвергающихся лаву, при приящемсу к повреждению ساغلام كىشىلەردە، cccDNA نىڭ قويۇقلۇقى ئادەتتە تۆۋەن بولىدۇ (<10 ng/mL)، ئەمما ھەر خىل كېسەللىكلەرگە گىرىپتار بولغان ياكى توقۇلمىلارنىڭ بۇزۇلۇشىغا سەۋەب بولىدىغان بېسىم ئاستىدا قالغان بىمارلاردا 5-10 ھەسسە ئېشىشى مۇمكىن.CcfDNA 的浓度通常较低（ <10 ng / mL ），但在患有各种病理或承受压力的患者中可增加 5-10 倍，从而导致组织损伤。在 健康 个体 中 c ccfdna 的 浓度 较 低 （（ <10 ng / ml） 在 在 各 种 -10 -10 -10 -10 5-10 倍 -10 从而 组织。。。 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤Концентрации ccfDNA обикно низкие (<10 нг / كان) у здоровых людей, но могут быть увеличены в 5-10 раз у удов с различными пидологиями или чисом, что при притит к повреждению тканей. ساغلام كىشىلەردە ccfDNA نىڭ قويۇقلۇقى ئادەتتە تۆۋەن (<10 ng/ml) بولىدۇ، ئەمما ھەر خىل كېسەللىكلىرى بار ياكى بېسىمغا ئۇچرىغان بىمارلاردا 5-10 ھەسسە ئېشىپ، توقۇلمىلارنىڭ بۇزۇلۇشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ.ccfDNA پارچىلىرىنىڭ چوڭلۇقى كەڭ دائىرىدە ئوخشىمايدۇ، ئەمما ئادەتتە 150 دىن 200 bp غىچە بولىدۇ. [12]. نورمال ياكى ئۆزگەرتىلگەن ساھىبخان ھۈجەيرىلىرىدىن ئېلىنغان ccfDNA نى، يەنى ئۆزلۈكىدىن ئېلىنغان ccfDNA نى تەھلىل قىلىش ئارقىلىق يادرو ۋە/ياكى مىتوخوندىرىيە گېنومىدا مەۋجۇت بولغان گېن ۋە ئېپىگېنېتىك ئۆزگىرىشلەرنى بايقاشقا بولىدۇ، بۇ ئارقىلىق كلىنىكىلىق دوختۇرلارنىڭ مەخسۇس مولېكۇلا نىشانلىق داۋالاش ئۇسۇللىرىنى تاللىشىغا ياردەم بېرىدۇ [13]. قانداقلا بولمىسۇن، ccfDNA نى ھامىلىدارلىق مەزگىلىدە ھامىلە ھۈجەيرىلىرىدىن ياكى كۆچۈرۈلگەن ئەزالاردىن ئېلىنغان ccfDNA قاتارلىق چەتئەل مەنبەلىرىدىن ئېلىشقا بولىدۇ [14،15،16،17]. ccfDNA يەنە يۇقۇملۇق ئامىلنىڭ (چەتئەل) نۇكلېئىك كىسلاتاسىنىڭ بارلىقىنى بايقاشتىكى مۇھىم ئۇچۇر مەنبەسى بولۇپ، قان مەدەنىيىتى ئارقىلىق ئېنىقلانمىغان كەڭ تارقالغان يۇقۇملىنىشلارنى تاجاۋۇزسىز بايقاشقا يول قويىدۇ، يۇقۇملانغان توقۇلمىلارنىڭ تاجاۋۇزچىلىق بىئوپسىيەسىدىن ساقلىنىدۇ [18]. يېقىنقى تەتقىقاتلار ھەقىقەتەن ئىنسان قېنىدا ۋىرۇس ۋە باكتېرىيە كېسەللىك قوزغاتقۇچىلىرىنى ئېنىقلاشقا ئىشلىتىلىدىغان مول ئۇچۇر مەنبەسى بارلىقىنى ۋە ئىنسان پلازمىسىدىكى ccfDNA نىڭ تەخمىنەن %1 نىڭ چەتئەلدىن كەلگەنلىكىنى كۆرسەتتى [19]. بۇ تەتقىقاتلار شۇنى كۆرسىتىپ بېرىدۇكى، ئورگانىزملارنىڭ ئايلىنىۋاتقان مىكرو بىئوماسىنىڭ بىئولوگىيىلىك كۆپ خىللىقىنى ccfDNA ئانالىزى ئارقىلىق باھالىغىلى بولىدۇ. قانداقلا بولمىسۇن، يېقىنقى مەزگىللەرگىچە، بۇ ئۇقۇم پەقەت ئىنسانلاردا، ئازراق دەرىجىدە باشقا ئومۇرتقىلىق ھايۋانلاردا ئىشلىتىلگەن [20، 21].
بۇ ماقالىدە، بىز 35 مىليون يىل ئىلگىرى شەكىللەنگەن چوڭ بىر ئېگىزلىكنىڭ ئۈستىدىكى بىر توپ ئاراللار بولغان جەنۇبىي ئانتاركتىكى Kerguelen ئاراللىرىدا كۆپ ئۇچرايدىغان جەنۇب تۈرى بولغان Aulacomya atra نىڭ ccfDNA سىنى تەھلىل قىلىش ئۈچۈن LB پوتېنسىيالىنى ئىشلىتىمىز. ۋولقان پارتىلىشى. سىناق سىستېمىسى ئارقىلىق، دېڭىز سۈيىدىكى DNA پارچىلىرىنىڭ مىدىيە تەرىپىدىن تېزلا سۈمۈرۈۋېلىنىپ، گېمولىمفا بۆلۈمىگە كىرىدىغانلىقىنى بايقىدۇق. مىلتىق تەرتىپىنى تەكشۈرۈش نەتىجىسىدە، مىدىيە گېمولىمفا ccfDNA دا ئۆزىنىڭ ۋە ئۆزىدىن كېلىپ چىققان DNA پارچىلىرى، جۈملىدىن سوغۇق ۋولقان دېڭىز قىرغاق ئېكولوگىيە سىستېمىسىغا خاس بولغان بىئوملاردىن كەلگەن سىمبىئوتىك باكتېرىيە ۋە DNA پارچىلىرى بارلىقى كۆرسىتىلدى. گېمولىمفا ccfDNA دا يەنە ئوخشىمىغان ساھىبخان دائىرىسىگە ئىگە ۋىرۇسلاردىن ئېلىنغان ۋىرۇس تەرتىپلىرى بار. بىز يەنە سۆڭەكلىك بېلىق، دېڭىز ئانېمونى، يۈسۈن ۋە ھاشارات قاتارلىق كۆپ ھۈجەيرىلىك ھايۋانلارنىڭ DNA پارچىلىرىنى تاپتۇق. خۇلاسە قىلىپ ئېيتقاندا، بىزنىڭ تەتقىقاتىمىز LB ئۇقۇمىنى دېڭىز ئومۇرتقىسىزلىرىغا مۇۋەپپەقىيەتلىك قوللىنىش ئارقىلىق دېڭىز ئېكولوگىيە سىستېمىسىدا مول گېنوم رېپېرتۇرىنى ھاسىل قىلغىلى بولىدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
چوڭ (55-70 مىللىمېتىر ئۇزۇنلۇقتىكى) Mytilus platensis (M. platensis) ۋە Aulacomya atra (A. atra) بېلىقلىرى 2018-يىلى 12-ئايدا پورت-ئو-فرانسنىڭ دېڭىز بويىدىكى تاشلىق قىرغىقىدىن (049°21.235 S، 070°13.490 E.) يىغىۋېلىندى. باشقا چوڭ كۆك مىدىيە بېلىقلىرى (Mytilus spp.) سودا تەمىنلىگۈچىسىدىن (PEI Mussel King Inc., Prince Edward Island, Canada) سېتىۋېلىنىپ، 10-20 لىتىر 32‰ سۈنئىي تۇز سۈيى (سۈنئىي دېڭىز تۇزى Reef Crystal, Instant Ocean, Virginia, USA) قاچىلانغان تېمپېراتۇرا كونترول قىلىنىدىغان (4°C) ھاۋالىق باكقا سېلىندى. ھەر بىر سىناق ئۈچۈن، يەككە قېپىقلارنىڭ ئۇزۇنلۇقى ۋە ئېغىرلىقى ئۆلچەندى.
بۇ پروگراممىنىڭ ھەقسىز ئوچۇق كىرىش كېلىشىمى توردا بار (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1). قىسقىسى، LB گېمولىمفا [22] تەسۋىرلەنگەندەك ئېلىپ كېتىلگەن مۇسكۇللاردىن توپلانغان. گېمولىمفا 1200 × g دا 3 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇش ئارقىلىق ئېنىقلانغان، ئۈستۈنكى سۇيۇقلۇق ئىشلىتىلگەنگە قەدەر (-20°C) توڭلىتىلغان. cfDNA نى ئايرىش ۋە تازىلاش ئۈچۈن، ئەۋرىشكىلەر (1.5-2.0 ml) ئېرىتىلىپ، ئىشلەپچىقارغۇچىنىڭ كۆرسەتمىسىگە ئاساسەن NucleoSnap cfDNA قورالى (Macherey-Nagel, Bethlehen, PA) ئارقىلىق بىر تەرەپ قىلىنغان. ccfDNA تېخىمۇ تەھلىل قىلىنغۇچە -80°C دا ساقلانغان. بەزى سىناقلاردا، ccfDNA QIAamp DNA تەكشۈرگۈچى قورالى (QIAGEN, تورونتو, ئونتارىئو, كانادا) ئارقىلىق ئايرىۋېلىنغان ۋە تازىلانغان. تازىلانغان DNA ئۆلچەملىك PicoGreen سىنىقى ئارقىلىق مىقدارلاشتۇرۇلغان. ئايرىۋېتىلگەن ccfDNA نىڭ پارچىلىرىنىڭ تارقىلىشى يۇقىرى سەزگۈرلۈك DNA زاپچاسلىرى ئىشلىتىلگەن Agilent 2100 بىئو ئانالىزاتورى (Agilent Technologies Inc., Santa Clara, CA) ئارقىلىق كاپىللار ئېلېكتروفورېز ئارقىلىق ئانالىز قىلىندى. سىناق ئىشلەپچىقارغۇچىنىڭ كۆرسەتمىسىگە ئاساسەن 1 µl ccfDNA ئەۋرىشكىسى ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى.
گېمولىمفا ccfDNA پارچىلىرىنى تەرتىپلەش ئۈچۈن، Génome Québec (مونترېئال، كۋېبېك، كانادا) Illumina MiSeq PE75 قۇرالىنىڭ Illumina DNA Mix قۇرالىنى ئىشلىتىپ ئوق ئېتىش كۇتۇپخانىلىرىنى تەييارلىدى. ئۆلچەملىك ئۆزگەرتكۈچ (BioO) ئىشلىتىلدى. خام سانلىق مەلۇمات ھۆججەتلىرىنى NCBI تەرتىپ ئوقۇش ئارخىپىدىن (SRR8924808 ۋە SRR8924809) تاپقىلى بولىدۇ. ئاساسىي ئوقۇش سۈپىتى FastQC [23] ئارقىلىق باھالاندى. Trimmomatic [24] ئۆزگەرتكۈچلەرنى كېسىش ۋە سۈپەتسىز ئوقۇشلار ئۈچۈن ئىشلىتىلدى. جۈپلەشكەن ئۇچى بار ئوق ئېتىش ئوقۇشلىرى ماس كەلمەسلىكتىن ساقلىنىش ئۈچۈن ئەڭ ئاز بولغاندا 20 bp قاپلىنىش بىلەن ئۇزۇنراق يەككە ئوقۇشلارغا بىرلەشتۈرۈلدى [25]. بىرلەشتۈرۈلگەن ئوقۇشلار قوش قاپاقلىق NCBI تۈرگە ئايرىش سانلىق مەلۇمات ئامبىرى (e قىممىتى < 1e−3 ۋە %90 گومولوگىيە) ئارقىلىق BLASTN بىلەن ئىزاھلاندى، ھەمدە تۆۋەن مۇرەككەپلىكتىكى تەرتىپلەرنى ماسكا قىلىش DUST [26] ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى. بىرلەشتۈرۈلگەن ئوقۇشلار قوش قاپاقلىق NCBI تۈرگە ئايرىش سانلىق مەلۇمات ئامبىرى (e قىممىتى < 1e−3 ۋە %90 گومولوگىيە) ئارقىلىق BLASTN بىلەن ئىزاھلاندى، ھەمدە تۆۋەن مۇرەككەپلىكتىكى تەرتىپلەرنى ماسكا قىلىش DUST [26] ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى. Объединенные ч чения были аннотирован с помощу BLASTN с ىسپولزوۋانىمېم باسيينىلىق تاكونوميي двустворч чатх моллюсков NCBI (значение e <1e-3 ۋە 90% tutholиии), выполнено с использованием DUST [26]. بىرلەشتۈرۈلگەن ئوقۇش نەتىجىلىرى NCBI قوش قاپاقلىق تۈرگە ئايرىش سانلىق مەلۇمات ئامبىرى ئارقىلىق BLASTN بىلەن ئىزاھلاندى (e قىممىتى < 1e-3 ۋە %90 گومولوگىيە)، ھەمدە تۆۋەن مۇرەككەپلىكتىكى تەرتىپ ماسكىسى DUST [26] ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى.使用双壳类 NCBI 分类数据库（ e 值 <1e-3 和 90% 同源性）用 BLASTN 注释合并的读数，并使用 DUST [26] 进行低复杂度序列的掩蔽。使用 双 壳类 ncbi 分类 （（（ <1e-3 和 90% 同源） 用 用 使用 使用 使用 使用 使用 توپا [26] 进行 复杂度 序列 的。。。。 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽Объединенные ч чения были аннотированя с помощу BLASTN с ىسپولزوۋانىم تاكونومېچېسكوي بازىسى كاننىخ двустворч чатх моллюсков NCBI (значение e <1e-3 ۋە 90% كەزلوۋىي). выполнено с использованием DUST [26]. بىرلەشتۈرۈلگەن ئوقۇش نەتىجىلىرى NCBI قوش قاپاقلىق تۈرگە ئايرىش سانلىق مەلۇمات ئامبىرى (e قىممىتى <1e-3 ۋە %90 گومولوگىيە) ئارقىلىق BLASTN بىلەن ئىزاھلاندى، ھەمدە تۆۋەن مۇرەككەپلىكتىكى تەرتىپ ماسكىسى DUST [26] ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى.ئوقۇشلار ئىككى گۇرۇپپىغا بۆلۈندى: قوش قاپاقلىق تەرتىپلەرگە مۇناسىۋەتلىك (بۇ يەردە ئۆزلۈكىدىن ئوقۇش دەپ ئاتىلىدۇ) ۋە مۇناسىۋەتسىز (ئۆزلۈكىدىن ئوقۇمايدىغان). ئىككى گۇرۇپپا MEGAHIT ئارقىلىق ئايرىم-ئايرىم ھالدا يىغىلىپ، ئۇلىنىش ھاسىل قىلىندى [27]. بۇ ئارىلىقتا، يات مىكروبيوم ئوقۇشلىرىنىڭ تۈرگە ئايرىش تەقسىماتى Kraken2 [28] ئارقىلىق تۈرگە ئايرىلدى ۋە Galaxy دىكى Krona تور شەكىللىك دىئاگراممىسى ئارقىلىق گرافىك شەكىلدە كۆرسىتىلدى [29، 30]. دەسلەپكى تەجرىبىلىرىمىزدىن ئەڭ ياخشى kmers نىڭ kmers-59 ئىكەنلىكى ئېنىقلاندى. ئاندىن ئاخىرقى ئىزاھات ئۈچۈن BLASTN (قوش قاپاقلىق NCBI سانلىق مەلۇمات ئامبىرى، e قىممىتى < 1e−10 ۋە 60% گومولوگىيە) بىلەن ماسلاشتۇرۇش ئارقىلىق ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك ئۇچۇرلار ئېنىقلاندى. ئاندىن ئاخىرقى ئىزاھات ئۈچۈن BLASTN (قوش قاپاقلىق NCBI سانلىق مەلۇمات ئامبىرى، e قىممىتى < 1e−10 ۋە 60% گومولوگىيە) بىلەن ماسلاشتۇرۇش ئارقىلىق ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك ئۇچۇرلار ئېنىقلاندى. Затем собственные кстиги были идентифицировana путем сопоставления с BLASTN (بازا چانىنىخ двустворч чатх моллюсков NCBI, значение e <1e-10 ۋە ئىدولوگىيە 60%) для окончательной аннотации. ئاندىن ئاخىرقى ئىزاھات ئۈچۈن BLASTN (NCBI قوش قاپاقلىق سانلىق مەلۇمات ئامبىرى، e قىممىتى <1e-10 ۋە %60 گومولوگىيە) بىلەن سېلىشتۇرۇش ئارقىلىق ئۆز-ئۆزىگە مۇناسىۋەتلىك سانلىق مەلۇماتلار ئېنىقلاندى.然后通过与 BLASTN （双壳贝类 NCBI 数据库， e 值 <1e-10 和 60% 同源性）对齐来识别自身重叠群以进行最终注释。然后通过与 BLASTN （双壳贝类 NCBI 数据库， e 值 <1e-10 和 60% Затем были идент сифицировя собственные babaтиги для окончательной аннотации путем сопоставления с BLASTN (باسا چاننىخ NCBI длу двустворч чехх моллюсксков, значение e <1e-10 ۋە زوچو 60%). ئاندىن BLASTN (NCBI قوش قاپاقلىق سانلىق مەلۇمات ئامبىرى، e قىممىتى <1e-10 ۋە %60 گومولوگىيە) بىلەن سېلىشتۇرۇش ئارقىلىق ئاخىرقى ئىزاھات ئۈچۈن ئۆز-ئۆزىگە مۇناسىۋەتلىك ئۇچۇرلار ئېنىقلاندى. شۇنىڭ بىلەن بىر ۋاقىتتا، ئۆزى بولمىغان گۇرۇپپا ئەزالىرى BLASTN (nt NCBI سانلىق مەلۇمات ئامبىرى، e قىممىتى < 1e−10 ۋە 60% گومولوگىيە) بىلەن ئىزاھلاندى. شۇنىڭ بىلەن بىر ۋاقىتتا، ئۆزى بولمىغان گۇرۇپپا ئەزالىرى BLASTN (nt NCBI سانلىق مەلۇمات ئامبىرى، e قىممىتى < 1e−10 ۋە 60% گومولوگىيە) بىلەن ئىزاھلاندى. Параллельно чужеродные групповые kтитиги были аннотированя с помощу BLASTN (بازا چانىنىخ nt NCBI, значение e <1e-10 ۋە ئىدولوگىيە 60%). شۇنىڭ بىلەن بىر ۋاقىتتا، چەتئەللىك گۇرۇپپا ئەزالىرى BLASTN (NT NCBI سانلىق مەلۇمات ئامبىرى، e قىممىتى <1e-10 ۋە 60% گومولوگىيە) بىلەن ئىزاھلاندى.平行地，用 BLASTN （nt NCBI 数据库， e 值 <1e-10 和 60% 同源性）注释非自身组重叠群。平行地，用 BLASTN （nt NCBI 数据库， e 值 <1e-10 和 60% 同源性）注释非自身组重叠群。 Параллельно утитиги, не относящиеся к собственной группе, были аннотирован с помощу BLASTN (بازا كاننىخ nt NCBI, значение e <1e-10 ۋە ئىدولوگىيە 60%). شۇنىڭ بىلەن بىر ۋاقىتتا، ئۆز-ئۆزىدىن باشقا گۇرۇپپا ئۇلىنىشلىرى BLASTN (nt NCBI سانلىق مەلۇمات ئامبىرى، e قىممىتى <1e-10 ۋە 60% گومولوگىيە) بىلەن ئىزاھلاندى. BLASTX يەنە nr ۋە RefSeq ئاقسىل NCBI سانلىق مەلۇمات ئامبىرى ئارقىلىق ئۆزىگە تەۋە بولمىغان ماددىلار ئۈستىدە ئېلىپ بېرىلدى (e قىممىتى < 1e−10 ۋە 60% گومولوگىيە). BLASTX يەنە nr ۋە RefSeq ئاقسىل NCBI سانلىق مەلۇمات ئامبىرى ئارقىلىق ئۆزىگە تەۋە بولمىغان ماددىلار ئۈستىدە ئېلىپ بېرىلدى (e قىممىتى < 1e−10 ۋە 60% گومولوگىيە). BLASTX takже был проведен на امامостоятельных птитигах с использованием بازانىخ بېلكا nr ۋە RefSeq NCBI (значение e <1e-10 ۋە ئىدولوگىيە 60%). BLASTX يەنە nr ۋە RefSeq NCBI ئاقسىل سانلىق مەلۇمات ئامبىرى ئارقىلىق ئۆز-ئۆزىگە باغلىق بولمىغان ماددىلار ئۈستىدە ئېلىپ بېرىلدى (e قىممىتى < 1e-10 ۋە %60 گومولوگىيە).还使用 nr 和 RefSeq 蛋白 NCBI 数据库对非自身重叠群进行了 BLASTX （e 值 <1e-10 和 60% 同源性）。还使用 nr 和 RefSeq 蛋白 NCBI 数据库对非自身重叠群进行了 BLASTX （e 值 <1e-10 和 60% 同源性）。 BLASTX takjе выполняли на امامостоятельных птитигах с использованием بازانىخ بېلكا nr ۋە RefSeq NCBI (значение e <1e-10 ۋە ئىدولوگىيە 60%). BLASTX يەنە nr ۋە RefSeq NCBI ئاقسىل سانلىق مەلۇمات ئامبىرى ئارقىلىق ئۆز-ئۆزىگە ماس كەلمەيدىغان ماددىلار ئۈستىدە ئېلىپ بېرىلدى (e قىممىتى <1e-10 ۋە %60 گومولوگىيە).BLASTN ۋە BLASTX ئۆز-ئۆزىگە باغلىق بولمىغانلارنىڭ توپلىرى ئاخىرقى باغلىنىشلارنى ئىپادىلەيدۇ (قوشۇمچە ھۆججەتكە قاراڭ).
PCR ئۈچۈن ئىشلىتىلگەن باشلانغۇچ ماددىلار S1 جەدۋىلىدە كۆرسىتىلگەن. ccfDNA نىشان گېنلىرىنى كۈچەيتىش ئۈچۈن Taq DNA پولىمېرازا (Bio Basic Canada, Markham, ON) ئىشلىتىلگەن. تۆۋەندىكى رېئاكسىيە شەرتلىرى قوللىنىلغان: 95 سېلسىيە گرادۇستا 3 مىنۇت، 95 سېلسىيە گرادۇستا 1 مىنۇت، 1 مىنۇت قىزىتىش تېمپېراتۇرىسىنى تەڭشەش، 72 سېلسىيە گرادۇستا 1 مىنۇت ئۇزارتىش، 35 دەۋرىيلىك ۋە ئاخىرىدا 10 مىنۇت ئىچىدە 72 سېلسىيە گرادۇستا. . PCR مەھسۇلاتلىرى 95 V دا SYBRTM بىخەتەر DNA گېل بوياق (Invitrogen, Burlington, ON, Canada) تەركىبىدىكى ئاگاروز گېلى (1.5%) دا ئېلېكتروفورېز ئارقىلىق ئايرىۋېتىلگەن.
مىدىيە (Mytilus spp.) 500 مىللىلىتىر ئوكسىگېنلىق دېڭىز سۈيىگە (32 PSU) 4 سېلسىيە گرادۇستا 24 سائەت ماسلاشتۇرۇلدى. ئىنسان گالېكتىن-7 cDNA تەرتىپىنى كودلايدىغان قىستۇرما (NCBI كىرىش نومۇرى L07769) بار پلازمىد DNA 190 μg/μl ئاخىرقى قويۇقلۇقتا بوتۇلكىغا قوشۇلدى. DNA قوشۇلمىغان ئوخشاش شارائىتتا ئىنكۇباتسىيە قىلىنغان مىدىيەلەر كونترول قىلىندى. ئۈچىنچى كونترول باكىدا مىدىيەسىز DNA بار ئىدى. دېڭىز سۈيىدىكى DNA نىڭ سۈپىتىنى نازارەت قىلىش ئۈچۈن، بەلگىلەنگەن ۋاقىتتا ھەر بىر باكتىن دېڭىز سۈيى ئەۋرىشكىسى (20 μl؛ ئۈچ قېتىم تەكرارلاش) ئېلىندى. پلازمىد DNA نىڭ ئىز قوغلاش ئىقتىدارى ئۈچۈن، بەلگىلەنگەن ۋاقىتتا LB مىدىيە يىغىۋېلىندى ۋە qPCR ۋە ddPCR ئارقىلىق ئانالىز قىلىندى. دېڭىز سۈيىنىڭ تۇز مىقدارى يۇقىرى بولغاچقا، بارلىق PCR سىناقلىرىدىن بۇرۇن PCR سۈپەتلىك سۇدا (1:10) سۇيۇلدۇرۇلدى.
رەقەملىك تامچە PCR (ddPCR) BioRad QX200 كېلىشىمى (مىسسىساۋگا، ئونتارىئو، كانادا) ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى. ئەڭ ياخشى تېمپېراتۇرىنى بەلگىلەش ئۈچۈن تېمپېراتۇرا پروفىلىنى ئىشلىتىڭ (S1-جەدۋەل). تامچىلار QX200 تامچە گېنېراتورى (BioRad) ئارقىلىق ھاسىل قىلىندى. ddPCR تۆۋەندىكىدەك ئېلىپ بېرىلدى: 95°C دا 5 مىنۇت، 95°C دا 30 سېكۇنت 50 قېتىم قىزىتىش ۋە بېرىلگەن تېمپېراتۇرىنى 1 مىنۇت، 72°C دا 30 سېكۇنت، 4°C دا 5 مىنۇت ۋە 90°C دا 5 مىنۇت ئىچىدە. تامچىلار سانى ۋە مۇسبەت رېئاكسىيەلەر (نۇسخا سانى/µl) QX200 تامچە ئوقۇغۇچ (BioRad) ئارقىلىق ئۆلچەندى. 10،000 دىن ئاز تامچە بار ئەۋرىشكىلەر رەت قىلىندى. ddPCR ھەر قېتىم ئىجرا قىلىنغاندا ئەندىزە كونترول قىلىنمىدى.
qPCR تەكشۈرۈشى Rotor-Gene® 3000 (Corbett Research, سىدنېي, ئاۋسترالىيە) ۋە LGALS7 غا خاس باشلىغۇچى ماتېرىياللار ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى. بارلىق مىقدارلىق PCR تەكشۈرۈشلىرى QuantiFast SYBR يېشىل PCR Kit (QIAGEN) ئارقىلىق 20 µl دا ئېلىپ بېرىلدى. qPCR تەكشۈرۈشى 95°C تېمپېراتۇرىدا 15 مىنۇت ئىنكۇباتسىيە بىلەن باشلاندى، ئاندىن 95°C تېمپېراتۇرىدا 10 سېكۇنت، 60°C تېمپېراتۇرىدا 60 سېكۇنت 40 قېتىم ئېلىپ بېرىلىپ، بىر سانلىق مەلۇمات توپلاندى. ئېرىش ئەگرى سىزىقلىرى qPCR تەكشۈرۈشىنىڭ ئاخىرىدا 95°C تېمپېراتۇرىدا 5 سېكۇنت، 65°C تېمپېراتۇرىدا 60 سېكۇنت ۋە 97°C تېمپېراتۇرىدا ئارقا-ئارقىدىن ئۆلچەش ئارقىلىق ھاسىل قىلىندى. كونترول ئەۋرىشكىلىرىدىن باشقا، ھەر بىر qPCR ئۈچ قېتىم ئېلىپ بېرىلدى.
مىدىيە يۇقىرى سۈزۈش سۈرئىتى بىلەن داڭلىق بولغاچقا، بىز ئالدى بىلەن دېڭىز سۈيىدىكى DNA پارچىلىرىنى سۈزۈپ ساقلاپ قالالايدىغان-قالمايدىغانلىقىنى تەكشۈردۇق. بىز يەنە بۇ پارچىلارنىڭ يېرىم ئوچۇق لىمفا سىستېمىسىدا توپلىنىدىغان-توپلانمايدىغانلىقىغا قىزىقتۇق. بىز بۇ مەسىلىنى كۆك مىدىيە باكلىرىغا قوشۇلغان ئېرىيدىغان DNA پارچىلىرىنىڭ تەقدىرىنى ئىز قوغلاش ئارقىلىق تەجرىبە ئارقىلىق ھەل قىلدۇق. DNA پارچىلىرىنى ئىز قوغلاشنى ئاسانلاشتۇرۇش ئۈچۈن، بىز ئىنسان گالېكتىن-7 گېنىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان يات (ئۆزى ئەمەس) پلازمىد DNA نى ئىشلەتتۇق. ddPCR دېڭىز سۈيى ۋە مىدىيەدىكى پلازمىد DNA پارچىلىرىنى ئىز قوغلايدۇ. بىزنىڭ نەتىجىلىرىمىز شۇنى كۆرسىتىپ بېرىدۇكى، ئەگەر دېڭىز سۈيىدىكى DNA پارچىلىرىنىڭ مىقدارى مىدىيە بولمىغاندا ۋاقىتنىڭ ئۆتۈشىگە ئەگىشىپ (7 كۈنگىچە) نىسبەتەن مۇقىم بولسا، مىدىيە بولغاندا بۇ سەۋىيە 8 سائەت ئىچىدە دېگۈدەك پۈتۈنلەي يوقىلىپ كېتىدۇ (1a، b-رەسىم). تاشقى DNA پارچىلىرى كلاپان ئىچىدىكى سۇيۇقلۇق ۋە گېمولىمفادا 15 مىنۇت ئىچىدە ئاسانلا بايقالدى (1c-رەسىم). بۇ پارچىلارنى ئاشكارىلانغاندىن كېيىن 4 سائەتكىچە بايقاشقا بولىدۇ. بۇ DNA پارچىلىرىغا نىسبەتەن سۈزۈش پائالىيىتى باكتېرىيە ۋە يۈسۈنلەرنىڭ سۈزۈش پائالىيىتىگە ئوخشايدۇ [31]. بۇ نەتىجىلەر مىدىيەلەرنىڭ سۇيۇقلۇق بۆلۈمىدە يات DNA نى سۈزۈپ توپلىيالايدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
دېڭىز سۈيىدىكى پلازمىد DNA نىڭ نىسپىي قويۇقلۇقى، midya بار (A) ياكى يوق (B) ئەھۋال ئاستىدا، ddPCR ئارقىلىق ئۆلچەنگەن. A دا، نەتىجىلەر پىرسەنت شەكلىدە ئىپادىلىنىدۇ، قۇتىلارنىڭ چېگرىسى 75- ۋە 25- پىرسەنتنى كۆرسىتىدۇ. ماسلاشتۇرۇلغان لوگارىفمىك ئەگرى سىزىق قىزىل رەڭدە كۆرسىتىلگەن، كۈلرەڭ رەڭ بىلەن بېكىتىلگەن رايون %95 ئىشەنچ ئارىلىقىنى كۆرسىتىدۇ. B دا، قىزىل سىزىق ئوتتۇرىچە قىممەتنى، كۆك سىزىق قويۇقلۇقنىڭ %95 ئىشەنچ ئارىلىقىنى كۆرسىتىدۇ. C پلازمىد DNA قوشۇلغاندىن كېيىنكى ئوخشىمىغان ۋاقىتلاردا midya نىڭ گېمولىمفا ۋە كلاپان سۇيۇقلۇقىدا پلازمىد DNA نىڭ توپلىنىشى. نەتىجىلەر بايقالغان ئابسولۇت نۇسخا/mL (±SE) شەكلىدە كۆرسىتىلدى.
ئاندىن، بىز ئىنساننىڭ تەسىرى چەكلىك بولغان يىراق ئاراللار گۇرۇپپىسى بولغان كېرگۋېلېن ئارىلىدىكى مىدىيە ئورىنىدىن يىغىۋېلىنغان مىدىيەلەردە ccfDNA نىڭ كېلىپ چىقىشىنى تەكشۈردۇق. بۇ مەقسەت ئۈچۈن، مىدىيە گېمولىمفالىرىدىن cccDNA ئايرىپ ئېلىندى ۋە ئىنسانلارنىڭ cccDNA نى تازىلاشتا كۆپ ئىشلىتىلىدىغان ئۇسۇللار ئارقىلىق تازىلاندى [32، 33]. بىز مىدىيەدىكى ئوتتۇرىچە گېمولىمفا ccfDNA قويۇقلۇقىنىڭ ھەر مىللىلىتىردىكى گېمولىمفا مىقدارىنىڭ تۆۋەن مىكروگرام دائىرىسىدە ئىكەنلىكىنى بايقىدۇق (قوشۇمچە ئۇچۇرلارنىڭ S2-جەدۋەلگە قاراڭ). بۇ قويۇقلۇق دائىرىسى ساغلام كىشىلەردىكىدىن كۆپ چوڭ (ھەر مىللىلىتىردىكى تۆۋەن نانوگرام)، ئەمما ئاز ئۇچرايدىغان ئەھۋاللاردا، راك كېسىلى بىمارلىرىدا ccfDNA نىڭ مىقدارى ھەر مىللىلىتىردىكى بىر قانچە مىكروگرامغا يېتىشى مۇمكىن [34، 35]. گېمولىمفا ccfDNA نىڭ چوڭلۇق تەقسىماتىنى تەھلىل قىلىش ئارقىلىق، بۇ پارچىلارنىڭ چوڭلۇقىنىڭ زور دەرىجىدە پەرقلىنىدىغانلىقى، 1000 bp دىن 1000 bp غىچە، 5000 bp غىچە ئىكەنلىكى كۆرسىتىلدى (2-رەسىم). شۇنىڭغا ئوخشاش نەتىجىلەر كرېمنىي ئاساسلىق QIAamp تەكشۈرگۈچى قوراللىرى ئارقىلىق قولغا كەلتۈرۈلدى، بۇ ئۇسۇل سوت ئىلمىدە كۆپ قوللىنىلىدۇ، بۇ ئۇسۇل ccfDNA قاتارلىق تۆۋەن قويۇقلۇقتىكى DNA ئەۋرىشكىلىرىدىن گېنوم DNA نى تېز سۈرئەتتە ئايرىپ ئېلىش ۋە تازىلاش ئۈچۈن ئىشلىتىلىدۇ [36].
مىدىيە گېمولىمفاسىنىڭ ۋەكىللىك ccfDNA ئېلېكتروفورېگراممىسى. NucleoSnap پلازما زاپچاسلىرى (ئۈستىدىكى) ۋە QIAamp DNA تەكشۈرگۈچى زاپچاسلىرى ئارقىلىق ئېلىنغان. B ۋىئولىن دىئاگراممىسى مىدىيەدىكى گېمولىمفا ccfDNA قويۇقلۇقىنىڭ (±SE) تارقىلىشىنى كۆرسىتىدۇ. قارا ۋە قىزىل سىزىقلار ئايرىم-ئايرىم ھالدا ئوتتۇرا ۋە بىرىنچى ۋە ئۈچىنچى كۋارتىللارنى كۆرسىتىدۇ.
ئىنسانلار ۋە پىرىماتلاردىكى ccfDNA نىڭ تەخمىنەن %1 ى چەتتىن كەلگەن [21، 37]. قوش قاپاقلىق ھايۋانلارنىڭ يېرىم ئوچۇق قان ئايلىنىش سىستېمىسى، مىكروبلارغا باي دېڭىز سۈيى ۋە مىدىيە ccfDNA نىڭ چوڭ-كىچىكلىكىنىڭ تارقىلىشىنى نەزەرگە ئالغاندا، بىز مىدىيە گېمولىمفا ccfDNA دا مول ۋە كۆپ خىل مىكروبلار DNA سى بولۇشى مۇمكىن دەپ پەرەز قىلدۇق. بۇ پەرەزنى سىناق قىلىش ئۈچۈن، بىز كېرگۇئېلېن ئارىلىدىن توپلانغان ئاۋلاكوميا ئاترا ئەۋرىشكىسىدىن گېمولىمفا ccfDNA نى تەرتىپكە سالدۇق، نەتىجىدە 10 مىليوندىن ئارتۇق ئوقۇش نەتىجىسىنى قولغا كەلتۈردۇق، بۇنىڭ %97.6 ى سۈپەت كونترولىدىن ئۆتتى. ئاندىن ئوقۇش نەتىجىسى BLASTN ۋە NCBI قوش قاپاقلىق سانلىق مەلۇمات ئامبىرى ئارقىلىق ئۆزلۈكىدىن ۋە ئۆزلۈكىدىن بولمىغان مەنبەلەرگە ئاساسەن تۈرگە ئايرىلدى (S1-رەسىم، قوشۇمچە ئۇچۇر).
ئىنسانلاردا، يادرو ۋە مىتوخوندىرىيە DNA نىڭ ھەر ئىككىسى قان ئايلىنىش سىستېمىسىغا قويۇپ بېرىلىدۇ [38]. قانداقلا بولمىسۇن، بۇ تەتقىقاتتا، A. atra گېنومىنىڭ تەرتىپلىنىشى ياكى تەسۋىرلىنىشى بولمىغانلىقتىن، مىدىيەنىڭ يادرو گېنوم DNA سىنى تەپسىلىي تەسۋىرلەش مۇمكىن بولمىدى. قانداقلا بولمىسۇن، بىز قوش قاپاقلىق كۈتۈپخانا ئارقىلىق ئۆزىمىزنىڭ كېلىپ چىقىشىدىكى بىر قىسىم ccfDNA پارچىلىرىنى بايقىيالىدۇق (S2-رەسىم، قوشۇمچە ئۇچۇر). بىز يەنە تەرتىپلەنگەن A. atra گېنلىرىنىڭ يۆنىلىشلىك PCR كۈچەيتىلىشى ئارقىلىق ئۆزىمىزنىڭ كېلىپ چىقىشىدىكى DNA پارچىلىرىنىڭ بارلىقىنى جەزملەشتۈردۇق (3-رەسىم). شۇنىڭغا ئوخشاش، A. atra نىڭ مىتوخوندىرىيە گېنومىنىڭ ئاممىۋى سانلىق مەلۇمات ئامبىرىدا مەۋجۇت ئىكەنلىكىنى نەزەرگە ئالساق، A. atra نىڭ گېمولىمفاسىدا مىتوخوندىرىيە ccfDNA پارچىلىرىنىڭ بارلىقىنى ئىسپاتلىغىلى بولىدۇ. مىتوخوندىرىيە DNA پارچىلىرىنىڭ بارلىقىنى PCR كۈچەيتىلىشى جەزملەشتۈردى (3-رەسىم).
PCR ئارقىلىق كۈچەيتىلگەن A. atra (قىزىل نۇقتىلار - زاپاس نومۇرى: SRX5705969) ۋە M. platensis (كۆك نۇقتىلار - زاپاس نومۇرى: SRX5705968) نىڭ گېمولىمفاسىدا ھەر خىل مىتوخوندىرىيە گېنلىرى مەۋجۇت ئىدى. رەسىم Breton قاتارلىقلارنىڭ 2011-يىلدىكى B ماقالىسىدىن ئېلىندى. A. atra دىن ئېلىنغان گېمولىمفا ئۈستۈنكى قىسمىنى كۈچەيتىش FTA قەغىزىدە ساقلانغان. PCR ئارىلاشمىسى بار PCR تۇرۇبىسىغا بىۋاسىتە قوشۇش ئۈچۈن 3 مىللىمېتىرلىق مۇشت ئىشلىتىڭ.
دېڭىز سۈيىدىكى مول مىكرو ئورگانىزم تەركىبىنى كۆزدە تۇتقاندا، بىز دەسلەپتە گېمولىمفادىكى مىكرو ئورگانىزم DNA تىزىملىكىنىڭ خاراكتېرىنى ئېنىقلاشقا دىققەت قىلدۇق. بۇنى قىلىش ئۈچۈن، بىز ئىككى خىل ئۇسۇلنى قوللىنىمىز. تۇنجى ئۇسۇلدا Kraken2 ئىشلىتىلگەن بولۇپ، بۇ ئالگورىزىمغا ئاساسلانغان تىزىملىك ​​تۈرگە ئايرىش پروگراممىسى بولۇپ، BLAST ۋە باشقا قوراللارغا ئوخشاش ئېنىقلىقتىكى مىكرو ئورگانىزم تىزىملىكىنى ئېنىقلىيالايدۇ [28]. 6719 دىن ئارتۇق ئوقۇش نەتىجىسىنىڭ باكتېرىيە مەنبەسى ئىكەنلىكى ئېنىقلانغان، 124 ۋە 64 ى ئايرىم-ئايرىم ھالدا ئارخېئا ۋە ۋىرۇسلاردىن كەلگەن (4-رەسىم). ئەڭ كۆپ باكتېرىيە DNA پارچىلىرى Firmicutes (46%)، Proteobacteria (27%) ۋە Bacteroidetes (17%) (4a-رەسىم). بۇ تەقسىمات دېڭىز كۆك مىدىيە مىكرو ئورگانىزمىنىڭ ئىلگىرىكى تەتقىقاتلىرى بىلەن ماس كېلىدۇ [39، 40]. گامماپروتېئوباكتېرىيەلەر Proteobacteria نىڭ ئاساسلىق تۈرى (44%) بولۇپ، نۇرغۇن Vibrionales نى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ (4b-رەسىم). ddPCR ئۇسۇلى A. atra گېمولىمفانىڭ ccfDNA دا Vibrio DNA پارچىلىرىنىڭ بارلىقىنى جەزملەشتۈردى (4c-رەسىم) [41]. ccfDNA نىڭ باكتېرىيە مەنبەسى ھەققىدە تېخىمۇ كۆپ ئۇچۇرغا ئېرىشىش ئۈچۈن، قوشۇمچە ئۇسۇل قوللىنىلدى (S2-رەسىم، قوشۇمچە ئۇچۇر). بۇ ئەھۋالدا، ئۈستى-ئۈستىگە چاپلانغان ئوقۇشلار جۈپ ئۇچلۇق ئوقۇشلار سۈپىتىدە يىغىلغان ۋە BLASTN ۋە 1e−3 e قىممىتى ۋە >90% گومولوگىيەلىك چەكلىمە ئارقىلىق ئۆزلۈكىدىن (قوش قاپاقلىق) ياكى ئۆزلۈكىدىن ئەمەس دەپ تۈرگە ئايرىلغان. بۇ ئەھۋالدا، ئۈستى-ئۈستىگە چاپلانغان ئوقۇشلار جۈپ ئۇچلۇق ئوقۇشلار سۈپىتىدە يىغىلغان ۋە BLASTN ۋە 1e−3 e قىممىتى ۋە >90% گومولوگىيەلىك چەكلىمە ئارقىلىق ئۆزلۈكىدىن (قوش قاپاقلىق) ياكى ئۆزلۈكىدىن ئەمەس دەپ تۈرگە ئايرىلغان. В этом случае перекрывающиеся ч чения были собраня как чтения с парными концами и были медисифицирована как собственные (двустворч че моллюски) или чужие по происхождению с сппользове зи ھىدولوگىيې> 90%. بۇ ئەھۋالدا، قاپلىنىپ ئوقۇشلار جۈپلىشىپ ئوقۇشلار سۈپىتىدە توپلانغان ۋە BLASTN ۋە 1e-3 نىڭ e قىممىتى ۋە >90% گومولوگىيەلىك چېكى ئارقىلىق يەرلىك (قوش قاپاقلىق) ياكى ئەسلى ئەمەس دەپ تۈرگە ئايرىلغان.在这种情况下，重叠的读数组装为配对末端读数，并使用 BLASTN 和 1e-3 的 e 值和> 90% 同源性的截止值分类为自身（双壳类）或非自身来源。在 这 种 情况 下 ， 使用 使用 使用 使用 使用 使用 使用 使用 使用 使用 使用 使用 使用 e 90 90> 90% 同源性 的 分类 自身 （双 壳类） 非 自身。。。。。。。。。 В этом случае перекрывающиеся ч чения были собраня как чтения с парными концами и мсисифицирова как собственные (двустворч чее моллуски) или чобобственные по происхождению с испольчови е с ھىدولوگىي> 90%. بۇ ئەھۋالدا، قاپلىنىپ ئوقۇش جۈپلىشىپ ئوقۇش دەپ توپلىنىپ، e BLASTN ۋە 1e-3 قىممەتلىرى ۋە %90 تىن يۇقىرى گومولوگىيىلىك چەك ئارقىلىق ئۆزىنىڭ (قوش قاپاقلىق) ياكى ئەسلى ئەمەس دەپ تۈرگە ئايرىلدى.A. atra گېنومىنىڭ تېخى تەرتىپلەنمىگەنلىكى ئۈچۈن، بىز MEGAHIT كېيىنكى ئەۋلاد تەرتىپلەش (NGS) قۇراشتۇرغۇچنىڭ de novo قۇراشتۇرۇش ئىستراتېگىيىسىنى قوللاندۇق. جەمئىي 147188 كونتىگ كېلىپ چىقىشىغا باغلىق (قوش قاپاقلىق) دەپ ئېنىقلاندى. بۇ كونتىگلار ئاندىن BLASTN ۋە BLASTX ئارقىلىق 1e-10 e-قىممىتى بىلەن پارچىلاندى. بۇ ئىستراتېگىيە بىزگە A. atra ccfDNA دا مەۋجۇت بولغان 482 قوش قاپاقلىق ئەمەس پارچىنى ئېنىقلاشقا يول قويدى. بۇ DNA پارچىلىرىنىڭ يېرىمىدىن كۆپرەكى (57%) باكتېرىيەلەردىن، ئاساسلىقى سۇلفوتروفىك سىمبىئونتلارنى ئۆز ئىچىگە ئالغان گىل سىمبىئونتلىرىدىن ۋە گىل سىمبىئونتلىرى Solemya velum دىن ئېلىندى (5-رەسىم).
تىپ دەرىجىسىدىكى نىسبىي موللۇق. B ئىككى ئاساسلىق تىپنىڭ (Firmicutes ۋە Proteobacteria) مىكروبلارنىڭ كۆپ خىللىقى. ddPCR نىڭ ۋەكىللىك كۈچەيتىلىشى C Vibrio spp. A. ئۈچ ئاترا گېمولىمفادىكى 16S rRNA گېنىنىڭ پارچىلىرى (كۆك).
جەمئىي 482 توپلانغان كونتىگ تەھلىل قىلىندى. مېتاگېنومىك كونتىگ ئىزاھاتلىرىنىڭ (پروكارىئوتلار ۋە ئېۋكارىئوتلار) تۈرگە ئايرىش تەقسىماتىنىڭ ئومۇمىي ئارخىپى. B BLASTN ۋە BLASTX ئارقىلىق ئېنىقلانغان باكتېرىيە DNA پارچىلىرىنىڭ تەپسىلىي تارقىلىشى.
Kraken2 ئانالىزى يەنە مىدىيە ccfDNA دا Euryarchaeota (65%)، Crenarchaeota (24%) ۋە Thaurmarcheota (11%) نىڭ DNA پارچىلىرى قاتارلىق ئارخېئال DNA پارچىلىرىنىڭ بارلىقىنى كۆرسەتتى (6a-رەسىم). ئىلگىرى كالىفورنىيە مىدىيەلىرىنىڭ مىكروبلار جەمئىيىتىدە بايقالغان Euryarchaeota ۋە Crenarchaeota دىن ئېلىنغان DNA پارچىلىرىنىڭ مەۋجۇتلۇقى ھەيران قالارلىق ئەمەس [42]. Euryarchaeota كۆپىنچە ئېغىر شارائىتلار بىلەن مۇناسىۋەتلىك بولسىمۇ، ھازىر Euryarchaeota ۋە Crenarcheota نىڭ ھەر ئىككىسى دېڭىز سوغۇق مۇھىتىدا ئەڭ كۆپ ئۇچرايدىغان پروكارىئوتلار قاتارىدا ئىكەنلىكى ئېتىراپ قىلىندى [43، 44]. يېقىندا Kerguelen ئېگىزلىكىدىكى ئاستىنقى ئېقىشتىن كەڭ كۆلەمدە مېتان ئېقىپ كېتىش توغرىسىدىكى خەۋەرلەرنى [45] ۋە Kerguelen ئاراللىرى قىرغىقىدا مىكروبلار مېتان ئىشلەپچىقىرىش ئېھتىماللىقىنىڭ كۆزىتىلگەنلىكىنى [46] نەزەرگە ئالساق، مىدىيەلەردە مېتان ھاسىل قىلىدىغان مىكروبلارنىڭ مەۋجۇتلۇقى ھەيران قالارلىق ئەمەس.
ئاندىن دىققىتىمىز DNA ۋىرۇسلىرىدىن ئېلىنغان نەتىجىلەرگە يۆتكەلدى. بىزنىڭ بىلىشىمىزچە، بۇ مىدىيە ۋىرۇسىنىڭ تەركىبىنى تەتقىق قىلىشتىكى تۇنجى نىشانسىز تەتقىقات. كۈتكەندەك، بىز باكتېرىيوفاگلارنىڭ (Caudovirales) DNA پارچىلىرىنى تاپتۇق (6b-رەسىم). قانداقلا بولمىسۇن، ئەڭ كۆپ ئۇچرايدىغان ۋىرۇس DNAسى يادرو سىتوپلازمىسى چوڭ DNA ۋىرۇسى (NCLDV) دەپمۇ ئاتىلىدىغان نۇكلېئوسىتوۋىرۇسلارنىڭ بىر تۈرىدىن كېلىدۇ، بۇ ۋىرۇس باشقا ۋىرۇسلارنىڭ ئىچىدىكى ئەڭ چوڭ گېنومغا ئىگە. بۇ تۈر ئىچىدە، كۆپىنچە DNA تەرتىپلىرى Mimimidoviridae (58%) ۋە Poxviridae (21%) ئائىلىسىگە تەۋە بولۇپ، ئۇلارنىڭ تەبىئىي خوجايىنلىرى ئومۇرتقىلىق ھايۋانلار ۋە بوغۇم پۇتلۇق ھايۋانلارنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ، بۇ DNA تەرتىپلىرىنىڭ ئاز بىر قىسمى ۋىرۇسولوگىيەلىك يۈسۈنلەرگە تەۋە. دېڭىز ئېۋكارىيوت يۈسۈنلىرىگە يۇقۇملاندۇرىدۇ. تەرتىپلەر يەنە مەلۇم ۋىرۇسلار ئىچىدىكى ئەڭ چوڭ گېنوم چوڭلۇقىغا ئىگە پاندورا ۋىرۇسىدىن ئېلىنغان. قىزىقارلىقى شۇكى، گېمولىمفا ccfDNA تەرتىپى ئارقىلىق ئېنىقلانغان ۋىرۇس بىلەن يۇقۇملانغان دەپ قارالغان ساھىبلارنىڭ دائىرىسى نىسبەتەن چوڭ ئىدى (S3-رەسىم، قوشۇمچە ئۇچۇر). بۇنىڭ ئىچىدە Baculoviridae ۋە Iridoviridae قاتارلىق ھاشاراتلارغا يۇقۇملاندۇرىدىغان ۋىرۇسلار، شۇنداقلا ئاموئېبا، يۈسۈن ۋە ئومۇرتقىلىق ھايۋانلارغا يۇقۇملاندۇرىدىغان ۋىرۇسلار بار. بىز يەنە Pithovirus sibericum گېنومىغا ماس كېلىدىغان تەرتىپلەرنى تاپتۇق. پىتوۋىرۇسلار («زومبى ۋىرۇسى» دەپمۇ ئاتىلىدۇ) تۇنجى قېتىم سىبىرىيەدىكى 30،000 يىللىق مەڭگۈلۈك مۇزلۇقتىن ئايرىپ ئېلىندى [47]. شۇڭا، بىزنىڭ نەتىجىلىرىمىز ئىلگىرىكى دوكلاتلار بىلەن ماس كېلىدۇ، بۇ ۋىرۇسلارنىڭ زامانىۋى تۈرلىرىنىڭ ھەممىسى يوقىلىپ كەتمىگەنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ [48] ۋە بۇ ۋىرۇسلارنىڭ يىراق سۇباكتىك دېڭىز ئېكولوگىيە سىستېمىسىدا مەۋجۇت بولۇشى مۇمكىنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
ئاخىرىدا، بىز باشقا كۆپ ھۈجەيرىلىك ھايۋانلارنىڭ DNA پارچىلىرىنى تاپالايدىغان-تاپالمايدىغانلىقىمىزنى تەكشۈرۈش ئۈچۈن سىناق قىلدۇق. BLASTN ۋە BLASTX ئارقىلىق جەمئىي 482 خىل يات ماددىنى nt، nr ۋە RefSeq كۈتۈپخانىلىرى (گېنوم ۋە ئاقسىل) ئارقىلىق ئېنىقلىدۇق. نەتىجىلىرىمىز شۇنى كۆرسىتىپ بېرىدۇكى، كۆپ ھۈجەيرىلىك ھايۋانلارنىڭ ccfDNA سىنىڭ يات پارچىلىرى ئىچىدە سۆڭەك سۆڭىكىنىڭ DNA سى ئۈستۈنلۈكنى ئىگىلەيدۇ (5-رەسىم). ھاشاراتلار ۋە باشقا تۈرلەرنىڭ DNA پارچىلىرىمۇ تېپىلدى. DNA پارچىلىرىنىڭ نىسبەتەن كۆپ قىسمى ئېنىقلانمىدى، بۇنىڭ سەۋەبى قۇرۇقلۇق تۈرلىرىگە سېلىشتۇرغاندا گېنوم سانلىق مەلۇمات ئامبىرىدا نۇرغۇن دېڭىز تۈرلىرىنىڭ ئاز كۆرسىتىلىشى بولۇشى مۇمكىن [49].
بۇ ماقالىدە، بىز LB ئۇقۇمىنى مىدىيەلەرگە قوللىنىمىز، گېمولىمفا ccfDNA نىڭ ئىز قوغلاش تەرتىپىنى ئېنىقلاش دېڭىز قىرغاق ئېكولوگىيە سىستېمىسىنىڭ تەركىبىنى چۈشىنىشكە ياردەم بېرەلەيدۇ، دەپ قارىدۇق. بولۇپمۇ، بىز 1) مىدىيە گېمولىمفاسىدا نىسبەتەن يۇقىرى قويۇقلۇقتىكى (مىكروگرام سەۋىيەسى) نىسبەتەن چوڭ (~1-5 kb) ئايلىنىۋاتقان DNA پارچىلىرى بار ئىكەنلىكىنى بايقىدۇق؛ 2) بۇ DNA پارچىلىرىنىڭ ھەم مۇستەقىل، ھەم مۇستەقىل ئەمەسلىكىنى بايقىدۇق. 3) بۇ DNA پارچىلىرىنىڭ چەتئەل مەنبەلىرى ئىچىدە، بىز باكتېرىيە، ئارخېئال ۋە ۋىرۇس DNA سىنى، شۇنداقلا باشقا كۆپ ھۈجەيرىلىك ھايۋانلارنىڭ DNA سىنى بايقىدۇق؛ 4) بۇ چەتئەل ccfDNA پارچىلىرىنىڭ گېمولىمفادا توپلىنىشى تېز سۈرئەتتە يۈز بېرىدۇ ۋە مىدىيەنىڭ ئىچكى سۈزۈش پائالىيىتىگە تۆھپە قوشىدۇ. خۇلاسە قىلىپ ئېيتقاندا، بىزنىڭ تەتقىقاتىمىز ھازىرغىچە ئاساسلىقى بىئومېدىتسىنا ساھەسىدە قوللىنىلىپ كېلىۋاتقان LB ئۇقۇمىنىڭ، قاراۋۇل تۈرلىرى بىلەن ئۇلارنىڭ مۇھىتى ئوتتۇرىسىدىكى ئۆز-ئارا تەسىرنى ياخشىراق چۈشىنىشكە ئىشلىتىشكە بولىدىغان مول، ئەمما تەكشۈرۈلمىگەن بىلىم مەنبەسىنى كودلايدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
پىرىماتلاردىن باشقا، سۈت ئەمگۈچىلەردە، جۈملىدىن چاشقان، ئىت، مۈشۈك ۋە ئاتلاردا ccfDNA نىڭ ئايرىلىشى بايقالغان [50، 51، 52]. قانداقلا بولمىسۇن، بىزنىڭ بىلىشىمىزچە، بىزنىڭ تەتقىقاتىمىز ئوچۇق ئايلىنىش سىستېمىسىغا ئىگە دېڭىز تۈرلىرىدە ccfDNA نىڭ بايقالغىنى ۋە تەرتىپلەنگەنلىكىنى دوكلات قىلغان تۇنجى تەتقىقات. مىدىيەنىڭ بۇ ئاناتومىيىلىك ئالاھىدىلىكى ۋە سۈزۈش ئىقتىدارى، ھېچ بولمىغاندا قىسمەن، باشقا تۈرلەرگە سېلىشتۇرغاندا ئايلىنىۋاتقان DNA پارچىلىرىنىڭ چوڭ-كىچىكلىكىنىڭ ئوخشىماسلىقىنى چۈشەندۈرۈپ بېرىشى مۇمكىن. ئىنسانلاردا، قان ئايلىنىۋاتقان DNA پارچىلىرىنىڭ كۆپىنچىسى 150 دىن 200 bp غىچە بولغان كىچىك پارچىلار بولۇپ، ئەڭ يۇقىرى چوققىسى 167 bp غا يېتىدۇ [34، 53]. DNA پارچىلىرىنىڭ كىچىك، ئەمما مۇھىم بىر قىسمىنىڭ چوڭلۇقى 300 دىن 500 bp غىچە بولۇپ، تەخمىنەن %5 ى 900 bp دىن ئۇزۇن [54]. بۇ چوڭلۇق تەقسىملىنىشىنىڭ سەۋەبى، پلازمادىكى ccfDNA نىڭ ئاساسلىق مەنبەسى ھۈجەيرە ئۆلۈمى نەتىجىسىدە پەيدا بولىدۇ، بۇ ھۈجەيرە ئۆلۈمى ياكى ساغلام كىشىلەردە قان ئايلىنىش ھۈجەيرىلىرىنىڭ نېكروزلىنىشى ياكى راك كېسىلى بىمارلىرىدا ئۆسمە ھۈجەيرىلىرىنىڭ ئاپپتوزلىنىشى (قان ئايلىنىش ئۆسمىسى DNA دەپ ئاتىلىدۇ). ، ctDNA). بىز مىدىيەدە بايقىغان گېمولىمفا ccfDNA نىڭ چوڭلۇق تەقسىملىنىشى 1000 دىن 5000 bp غىچە بولۇپ، مىدىيە ccfDNA نىڭ كېلىپ چىقىشىنىڭ باشقا ئىكەنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. بۇ مەنتىقىلىق پەرەز، چۈنكى مىدىيە يېرىم ئوچۇق قان تومۇر سىستېمىسىغا ئىگە بولۇپ، مىكرو ئورگانىزم DNA سىنىڭ يۇقىرى قويۇقلۇقىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان دېڭىز سۇ مۇھىتىدا ياشايدۇ. ئەمەلىيەتتە، تاشقى DNA نى ئىشلىتىپ ئېلىپ بارغان تەجرىبىخانىمىزدا مىدىيەنىڭ دېڭىز سۈيىدە DNA پارچىلىرىنى توپلايدىغانلىقى، ھېچ بولمىغاندا بىر قانچە سائەتتىن كېيىن ھۈجەيرە قوبۇل قىلغاندىن كېيىن پارچىلىنىدىغانلىقى ۋە/ياكى قويۇپ بېرىلىدىغانلىقى ۋە/ياكى ھەر خىل ئورگانلاردا ساقلىنىدىغانلىقى كۆرسىتىلدى. ھۈجەيرىلەرنىڭ (پروكارىئوت ۋە ئېۋكارىئوت ھۈجەيرىلىرىنىڭ) ئاز ئۇچرايدىغانلىقىنى نەزەرگە ئالغاندا، قاپاق ئىچىدىكى بۆلەكلەرنى ئىشلىتىش ئۆز مەنبەلىرىدىن ۋە چەت مەنبەلەردىن كېلىدىغان ccfDNA مىقدارىنى ئازايتىدۇ. قوش قاپاقلىق تۇغما ئىممۇنىتېتنىڭ مۇھىملىقى ۋە قان ئايلىنىۋاتقان فاگوسىتلارنىڭ كۆپلۈكىنى كۆزدە تۇتۇپ، بىز ھەتتا چەت ئەل ccfDNA نىڭمۇ قان ئايلىنىۋاتقان فاگوسىتلارغا مول ئىكەنلىكىنى پەرەز قىلدۇق، بۇ ھۈجەيرىلەر مىكرو ئورگانىزملار ۋە/ياكى ھۈجەيرە قالدۇقلىرىنى يۇتۇۋالغاندا چەت ئەل DNA سىنى توپلايدۇ. نەتىجىلىرىمىزنى بىرلەشتۈرۈپ ئېيتقاندا، قوش قاپاقلىق گېمولىمفا ccfDNA نىڭ مولېكۇلا ئۇچۇرلىرىنىڭ ئۆزگىچە ئامبىرى ئىكەنلىكىنى ۋە ئۇلارنىڭ قاراۋۇل تۈرى سۈپىتىدە ئورنىنى كۈچەيتىدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
بىزنىڭ سانلىق مەلۇماتلىرىمىز باكتېرىيەدىن ئېلىنغان گېمولىمفا ccfDNA پارچىلىرىنى تەرتىپلەش ۋە تەھلىل قىلىش ئارقىلىق ساھىبخان باكتېرىيە فلورىسى ۋە ئەتراپتىكى دېڭىز ئېكولوگىيە سىستېمىسىدا مەۋجۇت بولغان باكتېرىيەلەر ھەققىدە مۇھىم ئۇچۇرلارنى بېرەلەيدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. ئېتىش تەرتىپلەش تېخنىكىسى ئەگەر ئەنئەنىۋى 16S rRNA ئېنىقلاش ئۇسۇلى قوللىنىلغان بولسا، بۇ ئۇسۇللار قولدىن بېرىپ قويۇلىدىغان كومېنسال باكتېرىيە A. atra gill نىڭ تەرتىپلىرىنى ئاشكارىلىدى، بۇنىڭ بىر قىسمى پايدىلىنىش كۇتۇپخانىسىنىڭ بىر تەرەپلىمىلىكى سەۋەبىدىن. ئەمەلىيەتتە، بىز Kerguelen دىكى ئوخشاش مىدىيە قەۋىتىدىكى M. platensis دىن توپلانغان LB سانلىق مەلۇماتلىرىنى ئىشلىتىش ئارقىلىق، گىلى بىلەن مۇناسىۋەتلىك باكتېرىيە سىمبىئونتلىرىنىڭ تەركىبىنىڭ ھەر ئىككى مىدىيە تۈرى ئۈچۈن ئوخشاش ئىكەنلىكىنى كۆرسەتتى (S4-رەسىم، قوشۇمچە ئۇچۇر). ئىككى خىل گېنى جەھەتتىن ئوخشىمايدىغان مىدىيەنىڭ بۇ ئوخشاشلىقى Kerguelen نىڭ سوغۇق، كۈكۈرتلۈك ۋە ۋولقان ياغاچلىرىدىكى باكتېرىيە توپلىمىنىڭ تەركىبىنى ئەكىس ئەتتۈرۈشى مۇمكىن [55، 56، 57، 58]. پورت-ئو-فىرانسىيە دېڭىز قىرغىقى قاتارلىق بىئو تۇربىلىق دېڭىز بويى رايونلىرىدىن مىدىيە يىغىۋېلىنغاندا، كۈكۈرتنى ئازايتىدىغان مىكرو ئورگانىزملارنىڭ يۇقىرى سەۋىيىسى ياخشى تەسۋىرلەنگەن [59]. يەنە بىر ئېھتىماللىق شۇكى، كومېنسال مىدىيە فلورىسى گورىزونتال تارقىلىشنىڭ تەسىرىگە ئۇچرىشى مۇمكىن [60، 61]. دېڭىز مۇھىتى، دېڭىز تېگى يۈزى ۋە مىدىيەدىكى سىمبىئوتىك باكتېرىيەلەرنىڭ تەركىبى ئوتتۇرىسىدىكى مۇناسىۋەتنى ئېنىقلاش ئۈچۈن تېخىمۇ كۆپ تەتقىقات ئېلىپ بېرىشقا توغرا كېلىدۇ. بۇ تەتقىقاتلار ھازىر داۋاملىشىۋاتىدۇ.
گېمولىمفا ccfDNA نىڭ ئۇزۇنلۇقى ۋە قويۇقلۇقى، تازىلاش ئاسانلىقى ۋە تېز سۈرئەتتە تەرتىپكە سېلىشقا يول قويىدىغان يۇقىرى سۈپەتلىكلىكى دېڭىز قىرغاق ئېكولوگىيە سىستېمىسىدىكى بىئولوگىيىلىك كۆپ خىللىقنى باھالاشتا مىدىيە ccfDNA نى ئىشلىتىشنىڭ نۇرغۇن ئەۋزەللىكلىرىنىڭ بىر قىسمى. بۇ ئۇسۇل مەلۇم بىر ئېكولوگىيە سىستېمىسىدىكى ۋىرۇس توپلىمىنى (ۋىروم) خاراكتېرلەندۈرۈشتە ئالاھىدە ئۈنۈملۈك [62، 63]. باكتېرىيە، ئارخېئا ۋە ئېۋكارىئوتلاردىن پەرقلىق ھالدا، ۋىرۇس گېنومىدا 16S تەرتىپلىرىگە ئوخشاش فىلوگېنېتىك جەھەتتىن ساقلانغان گېنلار يوق. بىزنىڭ نەتىجىلىرىمىز شۇنى كۆرسىتىپ بېرىدۇكى، مىدىيە قاتارلىق كۆرسەتكۈچ تۈرلەردىن ئېلىنغان سۇيۇق بىئوپسىيە ئارقىلىق دېڭىز قىرغاق ئېكولوگىيە سىستېمىسىدا ئادەتتە ياشايدىغان خوجايىنلارغا يۇقۇملاندۇرىدىغان نىسبەتەن كۆپ مىقداردىكى ccfDNA ۋىرۇس پارچىلىرىنى بايقىغىلى بولىدۇ. بۇنىڭ ئىچىدە ئاددىي ھايۋانلار، بوغۇم پۇتلۇق ھايۋانلار، ھاشاراتلار، ئۆسۈملۈكلەر ۋە باكتېرىيە ۋىرۇسلىرىغا (مەسىلەن، باكتېرىيە يوپۇرمىقى) يۇقۇملاندۇرىدىغان ۋىرۇسلار بار. بىز كېرگۇئېلېندىكى ئوخشاش مىدىيە قەۋىتىدە توپلانغان كۆك مىدىيە (M. platensis) نىڭ گېمولىمفا ccfDNA ۋىرومىنى تەكشۈرگەندە ئوخشاش تارقىلىش بايقالغان (S2-جەدۋەل، قوشۇمچە ئۇچۇرلار). ccfDNA نىڭ مىلتىق بىلەن تەرتىپلىنىشى ھەقىقەتەن ئىنسانلار ياكى باشقا تۈرلەرنىڭ ۋىرومىنى تەتقىق قىلىشتا زور ئىلگىرىلەش ئېلىپ بېرىۋاتقان يېڭى بىر ئۇسۇل [21، 37، 64]. بۇ ئۇسۇل بولۇپمۇ قوش زەنجىرلىك DNA ۋىرۇسلىرىنى تەتقىق قىلىشتا ئالاھىدە پايدىلىق، چۈنكى بالتىموردىكى ئەڭ كۆپ خىل ۋە كەڭ كۆلەملىك ۋىرۇس تۈرىنى ئىپادىلەيدىغان بارلىق قوش زەنجىرلىك DNA ۋىرۇسلىرى ئىچىدە بىر گېنمۇ ساقلىنىپ قالمىغان [65]. گەرچە بۇ ۋىرۇسلارنىڭ كۆپىنچىسى تۈرگە ئايرىلمىغان بولسىمۇ ۋە ۋىرۇس دۇنياسىنىڭ پۈتۈنلەي نامەلۇم بىر قىسمىدىكى ۋىرۇسلارنى ئۆز ئىچىگە ئېلىشى مۇمكىن [66]، بىز A. atra ۋە M. platensis مىدىيەلىرىنىڭ ۋىرومى ۋە ساھىبخان دائىرىسىنىڭ بۇ ئىككى تۈرنىڭ ئارىسىدا ئىكەنلىكىنى بايقىدۇق. ئوخشاش (S3-رەسىمگە، قوشۇمچە ئۇچۇرلارغا قاراڭ). بۇ ئوخشاشلىق ھەيران قالارلىق ئەمەس، چۈنكى ئۇ مۇھىتتىكى DNA نىڭ سۈمۈرۈلۈشىدە تاللاشچانلىقنىڭ كەمچىللىكىنى ئەكىس ئەتتۈرۈشى مۇمكىن. RNA ۋىرومىنى خاراكتېرلەندۈرۈش ئۈچۈن ھازىر تازىلانغان RNA نى ئىشلىتىپ كەلگۈسىدىكى تەتقىقاتلارغا ئېھتىياج بار.
بىز تەتقىقاتىمىزدا، Kowarski ۋە ئۇنىڭ خىزمەتداشلىرىنىڭ [37] ئەسىرىدىن ئۆزگەرتىلگەن ئىنتايىن قاتتىق بىر تۇرۇبا يولىنى ئىشلەتتۇق، ئۇلار يەرلىك ccfDNA نى يىغىشتىن بۇرۇن ۋە كېيىن بىرلەشتۈرۈلگەن ئوقۇش ۋە ئۇلىنىشلارنى ئىككى باسقۇچلۇق ئۆچۈرۈش ئۇسۇلىنى قوللانغان، نەتىجىدە خەرىتىلەنمىگەن ئوقۇشلارنىڭ نىسبىتى يۇقىرى بولغان. شۇڭا، بىز بۇ خەرىتىلەنمىگەن ئوقۇشلارنىڭ بەزىلىرىنىڭ يەنىلا ئۆز مەنبەسى بولۇشى مۇمكىنلىكىنى ئىنكار قىلالمايمىز، ئاساسلىقى بىزدە بۇ مىدىيە تۈرى ئۈچۈن پايدىلىنىش گېنومى يوق. بىز يەنە بۇ تۇرۇبا يولىنى ئىشلەتتۇق، چۈنكى بىز ئۆزى ۋە ئۆزى ئەمەس ئوقۇشلار ئوتتۇرىسىدىكى خىمېرالار ۋە Illumina MiSeq PE75 تەرىپىدىن ھاسىل قىلىنغان ئوقۇش ئۇزۇنلۇقىدىن ئەندىشە قىلدۇق. كۆپ قىسىم خەرىتىلەنمىگەن ئوقۇشلارنىڭ يەنە بىر سەۋەبى، دېڭىز مىكروبلىرىنىڭ كۆپىنچىسىگە، بولۇپمۇ Kerguelen قاتارلىق يىراق رايونلارغا ئىزاھات بېرىلمىگەن. بىز ccfDNA پارچىسىنىڭ ئۇزۇنلۇقى ئىنسانلارنىڭ ccfDNA غا ئوخشايدۇ دەپ پەرەز قىلىپ، Illumina MiSeq PE75 نى ئىشلەتتۇق. كەلگۈسىدىكى تەتقىقاتلار ئۈچۈن، گېمولىمفا ccfDNA نىڭ ئىنسانلار ۋە/ياكى سۈت ئەمگۈچىلەرگە قارىغاندا ئۇزۇنراق ئوقۇلىدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدىغان نەتىجىلىرىمىزنى كۆزدە تۇتۇپ، ئۇزۇنراق ccfDNA پارچىلىرىغا تېخىمۇ ماس كېلىدىغان تەرتىپلەش سۇپىسىنى ئىشلىتىشنى تەۋسىيە قىلىمىز. بۇ ئۇسۇل تېخىمۇ چوڭقۇر تەھلىل قىلىش ئۈچۈن تېخىمۇ كۆپ ئالامەتلەرنى ئېنىقلاشنى ئاسانلاشتۇرىدۇ. ھازىر قولغا كەلتۈرگىلى بولمايدىغان تولۇق A. atra يادرو گېنوم تەرتىپىنى قولغا كەلتۈرۈش ccfDNA نىڭ ئۆزلۈكىدىن ۋە ئۆزلۈكىدىن بولمىغان مەنبەلەردىن پەرقلىنىشىنى زور دەرىجىدە ئاسانلاشتۇرىدۇ. تەتقىقاتىمىز سۇيۇق بىئوپسىيە ئۇقۇمىنى مىدىيەگە قوللىنىش ئېھتىماللىقىغا مەركەزلەشكەنلىكىنى كۆزدە تۇتۇپ، بۇ ئۇقۇم كەلگۈسىدىكى تەتقىقاتلاردا ئىشلىتىلگەندە، مىدىيەنىڭ مىكروبلارنىڭ كۆپ خىللىقىنى تەتقىق قىلىشتىكى بۇ ئۇسۇلنىڭ پوتېنسىيالىنى ئاشۇرۇش ئۈچۈن يېڭى قوراللار ۋە تۇرۇبا يوللىرىنىڭ تەرەققىي قىلدۇرۇلۇشىنى ئۈمىد قىلىمىز. دېڭىز ئېكولوگىيە سىستېمىسى.
تاجاۋۇزسىز كلىنىكىلىق بىئولوگىيىلىك بەلگە سۈپىتىدە، ئىنسانلارنىڭ پلازما ccfDNA سەۋىيىسىنىڭ يۇقىرىلىشى ھەر خىل كېسەللىكلەر، توقۇلمىلارنىڭ بۇزۇلۇشى ۋە بېسىم ئەھۋاللىرى بىلەن مۇناسىۋەتلىك [67،68،69]. بۇ ئېشىش توقۇلمىلارنىڭ بۇزۇلۇشىدىن كېيىن ئۆزىدىن كېلىپ چىققان DNA پارچىلىرىنىڭ قويۇپ بېرىلىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك. بىز بۇ مەسىلىنى ئۆتكۈر ئىسسىقلىق بېسىمى ئارقىلىق ھەل قىلدۇق، بۇ ئۇسۇلدا مىدىيە قىسقا ۋاقىت ئىچىدە 30 سېلسىيە گرادۇسلۇق تېمپېراتۇرىغا دۇچ كەلتۈرۈلدى. بىز بۇ ئانالىزنى ئۈچ خىل مۇستەقىل سىناقتا ئۈچ خىل مىدىيەدە ئېلىپ باردۇق. قانداقلا بولمىسۇن، بىز ئۆتكۈر ئىسسىقلىق بېسىمىدىن كېيىن ccfDNA سەۋىيىسىدە ھېچقانداق ئۆزگىرىش تاپالمىدۇق (S5-رەسىمگە، قوشۇمچە ئۇچۇرلارغا قاراڭ). بۇ بايقاش، ھېچ بولمىغاندا قىسمەن، مىدىيەنىڭ يېرىم ئوچۇق قان ئايلىنىش سىستېمىسىغا ئىگە ئىكەنلىكى ۋە يۇقىرى سۈزۈش پائالىيىتى سەۋەبىدىن كۆپ مىقداردا يات DNA توپلايدىغانلىقىنى چۈشەندۈرۈشى مۇمكىن. يەنە بىر تەرەپتىن، مىدىيە، نۇرغۇن ئومۇرتقىسىز ھايۋانلارغا ئوخشاش، بېسىم كەلتۈرۈپ چىقارغان توقۇلمىلارنىڭ بۇزۇلۇشىغا تېخىمۇ چىداملىق بولۇشى مۇمكىن، شۇڭا ئۇلارنىڭ گېمولىمفاسىدا ccfDNA نىڭ قويۇپ بېرىلىشىنى چەكلەيدۇ [70، 71].
بۈگۈنگە قەدەر، سۇ ئېكولوگىيە سىستېمىسىدىكى بىئولوگىيىلىك كۆپ خىللىقنىڭ DNA ئانالىزى ئاساسلىقى مۇھىت DNA (eDNA) مېتاشكا كودىغا مەركەزلەشكەن. قانداقلا بولمىسۇن، بۇ ئۇسۇل ئادەتتە باشلانغۇچ ماتېرىياللار ئىشلىتىلگەندە بىئولوگىيىلىك كۆپ خىللىق ئانالىزىدا چەكلىنىدۇ. مىلتىق تەرتىپلەش ئۇسۇلى PCR نىڭ چەكلىمىلىرى ۋە باشلانغۇچ ماتېرىياللار توپلىمىنىڭ بىر تەرەپلىمە تاللىنىشىنى ئايلىنىپ ئۆتىدۇ. شۇڭا، مەلۇم مەنىدىن ئېيتقاندا، بىزنىڭ ئۇسۇلىمىز يېقىندا قوللىنىلغان يۇقىرى ئۈنۈملۈك eDNA باشلانغۇچ تەرتىپلەش ئۇسۇلىغا يېقىن، بۇ ئۇسۇل پارچىلانغان DNA نى بىۋاسىتە تەرتىپلەپ، دېگۈدەك بارلىق ئورگانىزملارنى تەھلىل قىلالايدۇ [72، 73]. قانداقلا بولمىسۇن، LB نى ئۆلچەملىك eDNA ئۇسۇللىرىدىن پەرقلەندۈرىدىغان بىر قاتار ئاساسىي مەسىلىلەر بار. ئەلۋەتتە، eDNA بىلەن LB نىڭ ئاساسلىق پەرقى تەبىئىي سۈزگۈچ ساھىبجاماللىرىنى ئىشلىتىشتۇر. eDNA نى تەتقىق قىلىش ئۈچۈن تەبىئىي سۈزگۈچ سۈپىتىدە گۇبكا ۋە قوش موۋسلۇق ھايۋانلار (Dresseina spp.) قاتارلىق دېڭىز تۈرلىرىنى ئىشلەتكەنلىكى خەۋەر قىلىنغان [74، 75]. قانداقلا بولمىسۇن، Dreissena نىڭ تەتقىقاتىدا DNA ئېلىنغان توقۇلما بىئوپسىيەسى ئىشلىتىلگەن. LB دىن ccfDNA نى تەھلىل قىلىش توقۇلما بىئوپسىيەسى، eDNA ياكى توقۇلما بىئوپسىيەسى بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئالاھىدە ۋە بەزىدە قىممەت باھالىق ئۈسكۈنىلەر ۋە ئەشيا ئوبوروتىنى تەلەپ قىلمايدۇ. ئەمەلىيەتتە، بىز يېقىندا LB دىن ccfDNA نى سوغۇق زەنجىرنى ساقلىماي FTA نىڭ قوللىشى بىلەن ساقلىغىلى ۋە تەھلىل قىلغىلى بولىدىغانلىقىنى دوكلات قىلدۇق، بۇ يىراق رايونلاردىكى تەتقىقاتلار ئۈچۈن چوڭ خىرىس [76]. سۇيۇق بىئوپسىيەدىن ccfDNA نى ئېلىشمۇ ئاددىي بولۇپ، ئوق چىقىرىش تەرتىپى ۋە PCR ئانالىزى ئۈچۈن يۇقىرى سۈپەتلىك DNA بىلەن تەمىنلەيدۇ. بۇ eDNA ئانالىزى بىلەن مۇناسىۋەتلىك بەزى تېخنىكىلىق چەكلىمىلەرنى نەزەرگە ئالغاندا زور ئەۋزەللىك [77]. ئەۋرىشكە ئېلىش ئۇسۇلىنىڭ ئاددىيلىقى ۋە تۆۋەن باھاسى ئۇزۇن مۇددەتلىك كۆزىتىش پروگراممىلىرى ئۈچۈنمۇ ئالاھىدە ماس كېلىدۇ. يۇقىرى سۈزۈش ئىقتىدارىدىن باشقا، قوش موملۇقلارنىڭ يەنە بىر داڭلىق ئالاھىدىلىكى ئۇلارنىڭ شىلىمشىق سۇيۇقلۇقىنىڭ خىمىيىلىك مۇكوپولىساخارىد تەركىبى بولۇپ، ۋىرۇسلارنىڭ سۈمۈرۈلۈشىنى ئىلگىرى سۈرىدۇ [78، 79]. بۇ قوش موملۇقلارنى بەلگىلىك بىر سۇ ئېكولوگىيە سىستېمىسىدا بىئوخىللىقنىڭ خاراكتېرىنى ۋە كىلىمات ئۆزگىرىشىنىڭ تەسىرىنى تەسۋىرلەش ئۈچۈن ئەڭ ياخشى تەبىئىي سۈزگۈچكە ئايلاندۇرىدۇ. ساھىبخانىدىن ئېلىنغان DNA پارچىلىرىنىڭ مەۋجۇتلۇقىنى eDNA غا سېلىشتۇرغاندا بۇ ئۇسۇلنىڭ چەكلىمىسى دەپ قاراشقا بولسىمۇ، eDNA غا سېلىشتۇرغاندا بۇنداق يەرلىك ccfDNA غا ئىگە بولۇشنىڭ تەننەرخىنى ساغلاملىق تەتقىقاتى ئۈچۈن مول بولغان ئۇچۇرلار بىلەن چۈشىنىشكە بولىدۇ. ساھىبخاننىڭ ئورنىنى ئالماشتۇرۇش. بۇنىڭ ئىچىدە ساھىبخاننىڭ گېنومىغا بىرلەشتۈرۈلگەن ۋىرۇس تىزىملىكىنىڭ مەۋجۇتلۇقىمۇ بار. قوش قاپاقلىقلاردا گورىزونتال يول بىلەن تارقىلىدىغان لېيكېمىيەلىك رېتروۋىرۇسلارنىڭ مەۋجۇتلۇقىنى نەزەرگە ئالساق، بۇ مىدىيە ئۈچۈن ئالاھىدە مۇھىم [80، 81]. LB نىڭ eDNA غا قارىغاندا يەنە بىر ئەۋزەللىكى شۇكى، ئۇ گېمولىمفادىكى قان ئايلىنىۋاتقان قان ھۈجەيرىلىرىنىڭ فاگوسىتسىت پائالىيىتىدىن پايدىلىنىدۇ، بۇ قان ھۈجەيرىلىرى مىكرو ئورگانىزملارنى (ۋە ئۇلارنىڭ گېنوملىرىنى) يۇتۇۋالىدۇ. فاگوسىتسىت قوش قاپاقلىق قان ھۈجەيرىلىرىنىڭ ئاساسلىق رولى [82]. ئاخىرىدا، بۇ ئۇسۇل مىدىيەنىڭ يۇقىرى سۈزۈش ئىقتىدارى (ئوتتۇرىچە سائىتىگە 1.5 لېتىر دېڭىز سۈيى) ۋە ئىككى كۈنلۈك ئايلىنىشتىن پايدىلىنىدۇ، بۇ دېڭىز سۈيىنىڭ ھەر خىل قەۋەتلىرىنىڭ ئارىلىشىشىنى ئاشۇرۇپ، ھەر خىل eDNA نى تۇتۇشقا يول قويىدۇ [83، 84]. شۇڭا، مىدىيە ccfDNA ئانالىزى مىدىيەنىڭ ئوزۇقلۇق، ئىقتىسادىي ۋە مۇھىتقا بولغان تەسىرىنى نەزەرگە ئالغاندا قىزىقارلىق بىر يول. ئىنسانلاردىن توپلانغان LB ئانالىزىغا ئوخشاش، بۇ ئۇسۇل يەنە سىرتقى ماددىلارغا جاۋابەن ساھىبخان DNA دىكى گېن ۋە ئېپىگېنېتىك ئۆزگىرىشلەرنى ئۆلچەش پۇرسىتىنى ئاچىدۇ. مەسىلەن، ئۈچىنچى ئەۋلاد تەرتىپلەش تېخنىكىسىنى نانو تۆشۈك تەرتىپلەش ئارقىلىق يەرلىك ccfDNA دا گېنوم دائىرىسىدىكى مېتىللىنىش ئانالىزىنى ئېلىپ بېرىش ئۈچۈن تەسەۋۋۇر قىلغىلى بولىدۇ. بۇ جەرياننى مىدىيە ccfDNA پارچىلىرىنىڭ ئۇزۇنلۇقى ئۇزۇن ئوقۇش تەرتىپلەش سۇپىلىرى بىلەن ئەڭ ماس كېلىدىغانلىقى، بۇ سۇپىلار خىمىيىلىك ئۆزگەرتىشكە ئېھتىياجلىق بولماستىن، بىرلا تەرتىپلەش جەريانىدىن گېنوم دائىرىسىدىكى DNA مېتىللىنىش ئانالىزىنى ئېلىپ بېرىشقا يول قويىدىغانلىقى بىلەن ئاسانلاشتۇرۇش كېرەك.85،86]. بۇ قىزىقارلىق بىر ئېھتىماللىق، چۈنكى DNA مېتىللىنىش ئەندىزىسى مۇھىت بېسىمىغا بولغان ئىنكاسنى ئەكىس ئەتتۈرىدىغانلىقى ۋە نۇرغۇن ئەۋلادلار داۋامىدا داۋاملىشىدىغانلىقى ئىسپاتلاندى. شۇڭا، ئۇ كېلىمات ئۆزگىرىشى ياكى بۇلغىمىلارغا ئۇچرىغاندىن كېيىنكى ئىنكاسنى باشقۇرىدىغان ئاساسىي مېخانىزملار توغرىسىدا قىممەتلىك چۈشەنچە بېرەلەيدۇ [87]. قانداقلا بولمىسۇن، LB نى ئىشلىتىش چەكلىمىسىز ئەمەس. بۇنىڭ ئۈچۈن ئېكولوگىيە سىستېمىسىدا كۆرسەتكۈچ تۈرلەرنىڭ بولۇشى تەلەپ قىلىنىدۇ. يۇقىرىدا دېيىلگەندەك، بەلگىلىك بىر ئېكولوگىيە سىستېمىسىنىڭ بىئولوگىيىلىك كۆپ خىللىقىنى باھالاش ئۈچۈن LB ئىشلىتىش ئۈچۈن، مەنبەدىن كەلگەن DNA پارچىلىرىنىڭ مەۋجۇتلۇقىنى ئويلىشىدىغان قاتتىق بىئو ئۇچۇر تۇرۇبا يولى تەلەپ قىلىنىدۇ. يەنە بىر چوڭ مەسىلە دېڭىز تۈرلىرى ئۈچۈن پايدىلىنىش گېنومىنىڭ بولۇشىدۇر. دېڭىز سۈت ئەمگۈچىلىرى گېنوم تۈرى ۋە يېقىندا قۇرۇلغان Fish10k تۈرى [88] قاتارلىق تەشەببۇسلار كەلگۈسىدە بۇنداق تەھلىلنى ئاسانلاشتۇرىدۇ دەپ ئۈمىد قىلىنماقتا. LB ئۇقۇمىنى دېڭىز سۈزگۈچ بىلەن ئوزۇقلىنىدىغان ئورگانىزملارغا قوللىنىش تەرتىپلەش تېخنىكىسىدىكى ئەڭ يېڭى تەرەققىياتلار بىلەن ماس كېلىدۇ، بۇ ئۇنى مۇھىت بېسىمىغا تاقابىل تۇرۇش ئۈچۈن دېڭىز ياشاش مۇھىتىنىڭ ساغلاملىقى توغرىسىدا مۇھىم ئۇچۇرلار بىلەن تەمىنلەش ئۈچۈن كۆپ ئوملۇق بىئو بەلگىلەرنى تەرەققىي قىلدۇرۇشقا ماس كېلىدۇ.
گېنوم تەرتىپ سانلىق مەلۇماتلىرى NCBI تەرتىپ ئوقۇش ئارخىپىغا https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 نىڭ بىئو لايىھەلەر SRR8924808 ئاستىغا ساقلاندى.
Brierley AS، Kingsford MJ. كىلىمات ئۆزگىرىشىنىڭ دېڭىز جانلىقلىرى ۋە ئېكولوگىيىلىك سىستېمىلارغا تەسىرى. Cole Biology. 2009؛ 19: P602–P614.
Gissi E, Manea E, Mazaris AD, Fraschetti S, Almpanidou V, Bevilacqua S, قاتارلىقلار. كىلىمات ئۆزگىرىشى ۋە باشقا يەرلىك بېسىم ئامىللىرىنىڭ دېڭىز مۇھىتىغا بولغان بىرلەشتۈرۈلگەن تەسىرىنى كۆزدە تۇتۇڭ. ئومۇمىي ئىلمىي مۇھىت. 2021;755:142564.
كارېللا F ، ئانتۇئوفېرمو E ، فارىنا S ، سالاتى F ، مانداس D ، پرادو P قاتارلىقلار. ). 3-ئاينىڭ بىرىنچى كۈنىدىكى ئىلىم. 2020; 7: 48.
سېرونت L، نىكاسترو CR، زاردى GI، گوبېرۋىللې E. قايتا-قايتا ئىسسىقلىق بېسىمى شارائىتىدا ئىسسىققا چىدامچانلىقىنىڭ تۆۋەنلىشى كۆك مىدىيەلەرنىڭ يازدا ئۆلۈش نىسبىتىنىڭ يۇقىرى بولۇشىنى چۈشەندۈرىدۇ. ئىلمىي دوكلات 2019؛ 9:17498.
Fey SB، Siepielski AM، Nussle S، Cervantes-Yoshida K، Hwan JL، Huber ER قاتارلىقلار. ھايۋاناتلارنىڭ ئۆلۈش قېتىم سانى، سەۋەبلىرى ۋە دائىرىسىدىكى يېقىنقى ئۆزگىرىشلەر. Proc Natl Acad Sci USA. 2015;112:1083-8.
Scarpa F, Sanna D, Azzena I, Mughetti D, Cerruti F, Hosseini S قاتارلىقلار. كۆپ خىل بولمىغان ئالاھىدە كېسەللىك قوزغاتقۇچى پىننا نوبىلىسنىڭ كەڭ كۆلەمدە ئۆلۈشىنى كەلتۈرۈپ چىقارغان بولۇشى مۇمكىن. ھايات. 2020; 10: 238.
Bradley M, Coutts SJ, Jenkins E, O'Hara TM. كېلىمات ئۆزگىرىشىنىڭ ئاركتىكا ھايۋانات يۇقۇملۇق كېسەللىكلىرىگە بولغان تەسىرى. خەلقئارا ئايلانما قۇتۇپ ساغلاملىق ژۇرنىلى. 2005-يىل؛ 64:468–77.
Beyer J., Greene NW, Brooks S., Allan IJ, Ruus A., Gomez T. قاتارلىقلار. كۆك مىدىيە (Mytilus edulis spp.) دېڭىز قىرغىقى بۇلغىنىشىنى كۆزىتىشتە سىگنال ئورگانىزمى سۈپىتىدە: بىر تەكشۈرۈش. Mar Environ Res 2017؛ 130:338-65.
Siravegna G، Marsoni S، Siena S، Bardelli A. راك كېسىلىنى داۋالاشتا سۇيۇق بىئوپسىيەنى بىرلەشتۈرۈش. Nat Rev Clean Oncol. 2017؛ 14:531–48.
Wan JCM، Massie C، Garcia-Corbacho J، Mouliere F، Brenton JD، Caldas C، قاتارلىقلار. سۇيۇق بىئوپسىيەنىڭ يېتىلىشى: راك DNA نىڭ ئايلىنىشىغا يول قويىدۇ. Nat Rev Cancer. 2017؛ 17: 223–38.
ماندېل پ.، مېتائىس پ. ئىنسان پلازمىسىدىكى نۇكلېئىك كىسلاتالار. Soc Biol تارماق شىركەتلىرىنىڭ يىغىن خاتىرىسى. 1948-يىل؛ 142:241-3.
Bronkhorst AJ, Ungerer W, Holdenrieder S. راك كېسىلىنى داۋالاشتا مولېكۇلا بەلگىسى سۈپىتىدە ھۈجەيرەسىز DNA نىڭ يېڭى رولى. بىئومولار ئانالىزىنىڭ مىقدارلاشتۇرۇلۇشى. 2019;17:100087.
ئىگناتىئادىس م.، سلېج گ.ۋ.، جېفرېي SS سۇيۇق بىئوپسىيە كلىنىكىغا كىردى - يولغا قويۇش مەسىلىلىرى ۋە كەلگۈسىدىكى خىرىسلار. نات رېۋ كلىنىكىلىق ئونكول. 2021؛ 18:297–312.
Lo YM، Corbetta N.، Chamberlain PF، Rai W.، Sargent IL، Redman CW ۋە باشقىلار. ھامىلە DNAسى ئانا پلازمىسى ۋە قان زەردابىدا مەۋجۇت. Lancet. 1997؛ 350:485-7.
Mufarray MN، Wong RJ، Shaw GM، Stevenson DK، Quake SR ھامىلىدارلىق مەزگىلىدە ئاياللارنىڭ قېنىدىكى ھۈجەيرە سىرتىدىكى RNA ئارقىلىق ھامىلىدارلىقنىڭ جەريانى ۋە ئۇنىڭ ئەگەشمە كېسەللىكلىرىنى تەتقىق قىلىش. Dopediatrics. 2020;8:605219.
Ollerich M, Sherwood K, Keown P, Schütz E, Beck J, Stegbauer J, قاتارلىقلار. سۇيۇق بىئوپسىيە: بۆرەك كۆچۈرۈشتىكى ئاللوگېنلىق يارىلارنى بايقاش ئۈچۈن ئىئانە قىلغۇچى ھۈجەيرىسى يوق DNA ئىشلىتىلىدۇ. Nat Rev Nephrol. 2021؛ 17:591–603.
جۇئان FC، لو YM ھامىلىدارلىق مەزگىلىدىكى دىئاگنوز قويۇشتىكى يېڭىلىق يارىتىش: ئانا پلازما گېنوم تەرتىپى. ئاننا MD. 2016؛ 67: 419-32.
گۇ ۋ، دېڭ X، لى م، سۇكۇ ي د، ئارېۋالو س، سترايك د قاتارلىقلار. يۇقۇملانغان بەدەن سۇيۇقلۇقلىرىنىڭ كېيىنكى ئەۋلاد مېتاگېنومىك تەرتىپلىنىشى ئارقىلىق تېز سۈرئەتتە پاتوگېن بايقاش. نات تېبابىتى. 2021؛ 27: 115-24.