Ngā mihi nui ki a koe mō tō toro mai ki Nature.com. He iti noa te tautoko CSS mō te putanga pūtirotiro e whakamahia ana e koe. Mō te wheako pai rawa atu, ka tūtohu mātou kia whakamahia e koe he pūtirotiro kua whakahoutia (kia mono rānei i te Aratau Hototahi i roto i te Internet Explorer). I tēnei wā, hei whakarite i te tautoko tonu, ka whakaatuhia e mātou te pae me te kore he momo kāhua me te JavaScript.
Ko te koiora wai (LB) he ariā e tere haere ana te rongonui i roto i te ao koiora. Ko te ariā e ahu mai ana i te kitenga o ngā kongakonga o te DNA waho-pūnaha e rere ana (ccfDNA), e tukuna ana hei kongakonga iti i muri i te matenga o te pūtau i roto i ngā kiko rerekē. He iti noa te wāhanga o ēnei kongakonga i ahu mai i ngā kiko, i ngā rauropi rānei o tāwāhi. I roto i ngā mahi o nāianei, kua whakamahia e mātou tēnei ariā ki ngā kūtai, he momo kaitiaki e mōhiotia ana mō tō rātou kaha tātari wai moana teitei. Ka whakamahia e mātou te kaha o ngā kūtai ki te mahi hei tātari taiao hei hopu i ngā kongakonga DNA taiao mai i ngā momo puna hei whakarato mōhiohio mō te kanorau koiora o ngā rauropi takutai moana. E whakaatu ana ā mātou hua kei roto i te hemolymph kūtai ngā kongakonga DNA he rerekē te rahi, mai i te 1 ki te 5 kb. I whakaatuhia e te raupapatanga pū he maha ngā kongakonga DNA i ahu mai i ngā moroiti o tāwāhi. I roto i ēnei, i kitea e mātou ngā kongakonga DNA mai i ngā huakita, archaea, me ngā huaketo, tae atu ki ngā huaketo e mōhiotia ana ka pangia e te tini o ngā manaaki e kitea ana i roto i ngā rauropi moana takutai. Hei whakamutunga, e whakaatu ana tā mātou rangahau ko te ariā o te LB e whakamahia ana ki ngā kūtai he puna mātauranga whai rawa engari kāore anō kia tūhuratia mō te kanorau o ngā moroiti i roto i ngā pūnaha rauropi takutai moana.
Ko te pānga o te huringa āhuarangi (CC) ki te kanorau koiora o ngā pūnaha rauropi moana he wāhanga rangahau e tere tipu haere ana. Ehara i te mea ko te mahana o te ao anake ka puta he ahotea nui ki te tinana, engari ka panaia hoki ngā rohe whanaketanga o te pumau wera o ngā rauropi moana, ka pā ki te nohoanga o te maha o ngā momo, ka akiaki i a rātou ki te rapu i ngā āhuatanga pai ake [1, 2]. Haunga te pānga ki te kanorau koiora o ngā metazoans, ka whakararuraru te CC i te taurite ngawari o ngā taunekeneke manaaki-microorganism. He tūmomo mōrearea nui tēnei microbial dysbacteriosis ki ngā pūnaha rauropi moana nā te mea ka ngawari ake ngā rauropi moana ki ngā mate urutā [3, 4]. E whakaponohia ana he wāhi nui tā te SS i roto i ngā matenga nui, he raruraru nui tēnei mō te whakahaere i ngā pūnaha rauropi moana o te ao [5, 6]. He take nui tēnei i runga i ngā pānga ōhanga, taiao me te kai o te maha o ngā momo moana. He pono rawa tēnei mō ngā bivalves e noho ana i ngā rohe polar, he tere ake, he kino ake hoki ngā pānga o te CK [6, 7]. Inaa, ko ngā bivalves pērā i te Mytilus spp. e whakamahia whānuitia ana hei aroturuki i ngā pānga o te CC ki ngā pūnaha rauropi moana. Ehara i te mea miharo, he nui ngā tohu koiora kua whakawhanakehia hei aroturuki i tō rātou hauora, he maha ngā wā ka whakamahia he huarahi rua-taumata e uru ana ki ngā tohu koiora mahi i runga i te mahi whākōkī, i ngā mahi pūtau rānei pērā i te oranga o te pūtau me te mahi phagocytic [8]. Kei roto hoki i ēnei tikanga te ine i te kukū o ngā tohu pēhanga motuhake e kohia ana i roto i ngā kiko ngohengohe i muri i te mimiti o te nui o te wai moana. Heoi, ko te kaha tātari teitei me te pūnaha tohanga toto tuwhera-haurua o ngā bivalves e whakarato ana i te whai wāhi ki te whakawhanake i ngā tohu koiora hemolymph hou mā te whakamahi i te ariā o te koiora wai (LB), he huarahi māmā me te iti rawa te whakaekenga ki te whakahaere tūroro. tauira toto [9, 10]. Ahakoa he maha ngā momo ngota ngota e rere ana i roto i te LB tangata, ko tēnei ariā e ahu mai ana i te tātaritanga raupapatanga DNA o ngā kongakonga DNA extracellular (ccfDNA) e rere ana i roto i te plasma. Inaa, kua mōhiotia te noho o te DNA e rere ana i roto i te plasma tangata mai i waenganui o te rautau 20 [11], engari i ngā tau tata nei anake ka arahina te taenga mai o ngā tikanga raupapatanga tere-rahi ki te tātaritanga haumanu i runga i te ccfDNA. Ko te kitea o ēnei maramara DNA e rere ana i te ao tūroa i ahu mai i te tukunga kore mahi o te DNA ira (karihi me te mitochondrial) i muri i te matenga o te pūtau. I roto i te hunga hauora, he iti te kukū o te ccfDNA (<10 ng/mL) engari ka taea te whakanui ake mā te 5–10 ngā wā i roto i ngā tūroro e pāngia ana e ngā mate maha, e pāngia ana rānei e te ahotea, ka hua ake te kino o te kiko. I roto i te hunga hauora, he iti te kukū o te ccfDNA (<10 ng/mL) engari ka taea te whakanui ake mā te 5–10 ngā wā i roto i ngā tūroro e pāngia ana e ngā mate maha, e pāngia ana rānei e te ahotea, ka hua ake te kino o te kiko. У здоровых людей концентрация вккДНК в норме низкая (<10 нг/мл), но может повышаться в 5–10 раз ухлчо патологией или подвергающихся стрессу, приводящему к повреждению тканей. I roto i te hunga hauora, he iti te kukū o te cccDNA (<10 ng/mL), engari ka taea te piki ake mā te 5–10 ngā wā i roto i ngā tūroro e pāngia ana e ngā mate rerekē, e raro rānei i te ahotea e arahi ana ki te kino o te kiko.在健康个体中，ccfDNA 的浓度通常较低（<10 ng/mL），但在患有各种病理或承受压力的患者中可增加5-10 倍，从而导致组织损会。在 健康 个体 中 ， ccfdna 的 浓度 较 低 （（<10 ng/ml） 但 在 各 种 病理 或 承叛 或 承叛可 增加 5-10 ， 从而 组织。。 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤Концентрации ccfDNA обычно низкие (<10 нг/мл) у здоровых людей, но могут быть увеличены в 5-10 раз у лица патологиями или стрессом, что приводит к повреждению тканей. He iti te nuinga o te wā o ngā kukū ccfDNA (<10 ng/ml) i roto i te hunga hauora, engari ka taea te whakanui ake i te 5-10 ngā wā i roto i ngā tūroro e pāngia ana e ngā mate rerekē, e te ahotea rānei, ka hua ake te kino o te kiko.He rerekē te rahi o ngā kongakonga ccfDNA, engari i te nuinga o te wā kei waenganui i te 150 ki te 200 bp. [12]. Ka taea te whakamahi i te tātari i te ccfDNA i ahu mai i a ia anō, arā, te ccfDNA mai i ngā pūtau manaaki noa, i ngā pūtau manaaki kua hurihia rānei, hei kite i ngā huringa ira me te epigenetic kei roto i te ira karihi me/ranei te mitochondrial, ā, mā reira ka āwhina i ngā tākuta ki te whiriwhiri i ngā maimoatanga motuhake e arohia ana ki te ngota [13]. Heoi, ka taea te tiki i te ccfDNA mai i ngā puna ke atu pērā i te ccfDNA mai i ngā pūtau fetal i te wā e hapu ana, mai i ngā whekau kua whakatōkia rānei [14,15,16,17]. He puna mōhiohio nui anō hoki te ccfDNA mō te kite i te aroaro o ngā waikawa karihi o tētahi mate pāwera (kei waho), e āhei ai te kite kore-whakaeke i ngā mate whānui kāore i tautuhia e ngā ahurea toto, e karo ana i te koiora whakaeke o te kiko kua pangia [18]. Kua whakaatuhia e ngā rangahau tata nei he puna mōhiohio nui kei roto i te toto tangata ka taea te whakamahi hei tautuhi i ngā mate huaketo me ngā kitakita, ā, tata ki te 1% o te ccfDNA i kitea i roto i te toto tangata nō tāwāhi [19]. E whakaatu ana ēnei rangahau ka taea te aromatawai i te kanorau koiora o te microbiome e rere ana i roto i te rauropi mā te whakamahi i te tātaritanga ccfDNA. Heoi, tae noa ki ēnei wā tata nei, i whakamahia anake tēnei ariā i roto i te tangata, ā, i roto i ētahi atu kararehe tuarā iti iho [20, 21].
I roto i tēnei tuhinga, ka whakamahia e mātou te pūmanawa LB hei tātari i te ccfDNA o Aulacomya atra, he momo o te tonga e kitea whānuitia ana i ngā Moutere Kerguelen o raro i te Antarctic, he rōpū moutere i runga i tētahi papa nui i hangaia i te 35 miriona tau ki muri. te pahūtanga o te puia. Mā te whakamahi i tētahi pūnaha whakamātautau in vitro, i kitea e mātou ka tere te tango a ngā kōpura DNA i roto i te wai moana e ngā kūtai ka tomo ki te wāhanga hemolymph. Kua whakaatuhia e te raupapatanga pū he kōpura kei roto i te hemolymph ccfDNA kūtai ngā kōpura DNA nōna ake, kāore i ahu mai i a ia anō, tae atu ki ngā huakita symbiotic me ngā kōpura DNA mai i ngā koiora e kitea ana i ngā pūnaha rauropi takutai moana puia makariri. Kei roto hoki i te Hemolymph ccfDNA ngā raupapa huaketo i ahu mai i ngā huaketo me ngā whānuitanga manaaki rerekē. I kitea anō e mātou ngā kōpura DNA mai i ngā kararehe maha-pūtau pērā i te ika wheua, ngā anemone moana, ngā rimurimu me ngā pepeke. Hei whakamutunga, e whakaatu ana tā mātou rangahau ka taea te whakamahi angitu i te ariā LB ki ngā invertebrate moana hei whakaputa i tētahi rārangi ira whai rawa i roto i ngā pūnaha rauropi moana.
I kohia ngā Mytilus platensis (M. platensis) me ngā Aulacomya atra (A. atra) pakeke (55-70 mm te roa) mai i ngā takutai toka o Port-au-France (049°21.235 S, 070°13.490 E .). Ngā Moutere o Kerguelen i te Hakihea 2018. Ko ētahi atu kūtai puru pakeke (Mytilus spp.) i kohia mai i tētahi kaiwhakarato arumoni (PEI Mussel King Inc., Prince Edward Island, Canada) ā, i whakanohoia ki roto i tētahi tāke hauhautanga e whakahaeretia ana te pāmahana (4°C) kei roto ko te 10–20 rita o te tote horihori 32‰. (tote moana horihori Reef Crystal, Instant Ocean, Virginia, USA). Mō ia whakamātautau, i inehia te roa me te taumaha o ngā anga takitahi.
Kei te ipurangi tētahi kawa urunga tuwhera kore utu mō tēnei kaupapa (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1). I roto i te poto, i kohia te hemolymph LB mai i ngā uaua abductor e ai ki te whakaahuatanga [22]. I whakamāramahia te hemolymph mā te centrifugation i te 1200×g mō te 3 meneti, i whakatiohia te supernatant (-20°C) tae noa ki te whakamahinga. Mō te wehe me te purenga o te cfDNA, i whakarewahia ngā tauira (1.5-2.0 ml) ā, i tukatukahia mā te whakamahi i te kete NucleoSnap cfDNA (Macherey-Nagel, Bethlehen, PA) e ai ki ngā tohutohu a te kaihanga. I rongoatia te ccfDNA i te -80°C tae noa ki te tātaritanga anō. I roto i ētahi whakamātautau, i wehea te ccfDNA me te purenga mā te whakamahi i te QIAamp DNA Investigator Kit (QIAGEN, Toronto, Ontario, Canada). I tauahia te DNA kua purea mā te whakamahi i te whakamātautau PicoGreen paerewa. I tātarihia te tohatoha o te kongakonga o te ccfDNA kua wehea mā te electrophoresis capillary mā te whakamahi i te Agilent 2100 bioanalyzer (Agilent Technologies Inc., Santa Clara, CA) mā te whakamahi i te Kete DNA High Sensitivity. I whakahaerehia te whakamātautau mā te whakamahi i te 1 µl o te tauira ccfDNA e ai ki ngā tohutohu a te kaihanga.
Mō te raupapatanga o ngā kongakonga hemolymph ccfDNA, i whakaritea e Génome Québec (Montreal, Quebec, Canada) ngā whare pukapuka shotgun mā te whakamahi i te kete Illumina DNA Mix o te kete Illumina MiSeq PE75. I whakamahia he urutau paerewa (BioO). Kei te wātea ngā kōnae raraunga mata mai i te NCBI Sequence Read Archive (SRR8924808 me SRR8924809). I aromatawaihia te kounga pānui taketake mā te whakamahi i te FastQC [23]. Kua whakamahia a Trimmomatic [24] mō ngā urutau tapahi me ngā pānui kounga iti. I whakakotahihia ngā pānui pū me ngā pito takirua ki roto i ngā pānui kotahi roa ake me te taupatupatu iti rawa o te 20 bp hei karo i ngā taupatupatu [25]. I tāpirihia ngā pānui kua hanumi ki te BLASTN mā te whakamahi i tētahi pātengi raraunga NCBI Taxonomy bivalve (uara e < 1e−3 me te homology 90%), ā, i hunaia ngā raupapatanga uaua-iti mā te whakamahi i te DUST [26]. I tāpirihia ngā pānui kua hanumi ki te BLASTN mā te whakamahi i tētahi pātengi raraunga NCBI Taxonomy bivalve (uara e < 1e−3 me te homology 90%), ā, i hunaia ngā raupapatanga uaua-iti mā te whakamahi i te DUST [26]. Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием базы данных таксономии двустворчозолюлюч < 1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой сложности было выполнено с использованием DUST []. I tāpirihia ngā pānui whakakotahi ki te BLASTN mā te whakamahi i te pātengi raraunga whakarōpūtanga bivalve NCBI (uara e < 1e-3 me te homology 90%), ā, i mahia te huna raupapatanga uaua iti mā te whakamahi i te DUST [26].使用双壳类NCBI 分类数据库（e 值< 1e-3 和90% 同源性）用BLASTN 注释合并的读使，用数，用数，使用进行低复杂度序列的掩蔽。使用 双 壳类 ncbi 分类 （（（<1e-3 和 90% 同源） 用 用 用 注释 合并 读数 ， 使数 ， 2进行 复杂度 序列 的。。。 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽掩蔽 掩蔽 掩蔽Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием таксономической базы данных двустволскмча (значение e <1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой сложности было выполнено с исполнено с исполено с испольдзо. I tāpirihia ngā pānui whakakotahi ki te BLASTN mā te whakamahi i te pātengi raraunga whakarōpūtanga bivalve NCBI (uara e <1e-3 me te homology 90%), ā, i mahia te huna raupapatanga uaua iti mā te whakamahi i te DUST [26].I wehea ngā pānui kia rua ngā rōpū: e pā ana ki ngā raupapatanga bivalve (e kiia ana ko ngā pānui-whaiaro i konei) me ngā rōpū kāore e pā ana (ngā pānui-kore-whaiaro). E rua ngā rōpū i huihuia motuhaketia mā te whakamahi i te MEGAHIT hei whakaputa i ngā hononga [27]. I taua wā, i whakarōpūtia te tohatoha whakarōpūtanga o ngā pānui microbiome manene mā te whakamahi i te Kraken2 [28] ā, i whakaaturia mā te kauwhata e te tūtohi porowhita Krona i runga i te Galaxy [29, 30]. I whakatauhia ko ngā kmers tino pai ko ngā kmers-59 mai i ā mātou whakamātautau tuatahi. Kātahi ka tautuhia ngā hononga-ā-roto mā te whakahāngai ki te BLASTN (pūtake raraunga NCBI bivalve, uara e < 1e−10 me te homology 60%) hei tāpiritanga whakamutunga. Kātahi ka tautuhia ngā hononga-ā-roto mā te whakahāngai ki te BLASTN (pūtake raraunga NCBI bivalve, uara e < 1e−10 me te homology 60%) hei tāpiritanga whakamutunga. Затем собственные контиги были идентифицированы путем сопоставления с BLASTN (база данных двустворчатых мол1NCBIск, 1 мозлюBIск и гомология 60%) для окончательной аннотации. Kātahi ka tautuhia ngā ira-whaiaro mā te whakataurite ki te BLASTN (pūtake raraunga bivalve NCBI, uara e <1e-10 me te homology 60%) hei whakamārama whakamutunga.然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60%同源性）对齐来识别自身重叠群以进行最终注释。然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% Затем были идентифицированы собственные контиги для окончательной аннотации путем сопоставления с BLASTN (базал NCBIн двустворчатых моллюсков, значение e <1e-10 и гомология 60%). Kātahi ka tautuhia ngā hononga-whaiaro mō te tātaitanga whakamutunga mā te whakataurite ki a BLASTN (pūtake raraunga bivalve NCBI, uara e <1e-10 me te homology 60%). I te wā anō, i tāpirihia ngā hononga rōpū kore-whaiaro ki te BLASTN (pūtake raraunga NCBI nt, uara e < 1e−10 me te homology 60%). I te wā anō, i tāpirihia ngā hononga rōpū kore-whaiaro ki te BLASTN (pūtake raraunga NCBI nt, uara e < 1e−10 me te homology 60%). Параллельно чужеродные групповые контиги были аннотированы с помощью BLASTN (база данных nt NCBI, значение e <1e-10 % I te wā anō, i tāpirihia ngā tāpiringa rōpū ke ki te BLASTN (pūtake raraunga NT NCBI, uara e <1e-10 me te 60% homology).平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。 Параллельно контиги, не относящиеся к собственной группе, были аннотированы с помощью BLASTN (база даNCных nt 1 гомология 60%). I te wā anō, i tāpirihia ngā āhuatanga rōpū kore-whaiaro ki te BLASTN (pūtake raraunga NCBI nt, uara e <1e-10 me te homology 60%). I whakahaerehia hoki a BLASTX ki runga i ngā hononga kore-whaiaro mā te whakamahi i ngā pātengi raraunga pūmua NCBI nr me RefSeq (uara e < 1e−10 me te homology 60%). I whakahaerehia hoki a BLASTX ki runga i ngā hononga kore-whaiaro mā te whakamahi i ngā pātengi raraunga pūmua NCBI nr me RefSeq (uara e < 1e−10 me te homology 60%). BLASTX также был проведен на несамостоятельных контигах с использованием баз данных белка nr и RefSeq NCBI (значогение e <1e.0%) I whakahaerehia hoki a BLASTX ki ngā pūtau kore-whaiaro mā te whakamahi i ngā pātengi raraunga pūmua nr me RefSeq NCBI (uara e < 1e-10 me te homology 60%).还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和） 同60% 。还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和） 同60% 。 BLASTX также выполняли на несамостоятельных контигах с использованием баз данных белка nr и RefSeq NCBI (значение e <1e-10 %) I whakahaerehia hoki a BLASTX ki ngā pūtau kore-whaiaro mā te whakamahi i ngā pātengi raraunga pūmua nr me RefSeq NCBI (uara e <1e-10 me te homology 60%).Ko ngā puna BLASTN me BLASTX o ngā hononga kore-whaiaro e tohu ana i ngā hononga whakamutunga (tirohia te Kōnae Tāpiri).
Kei te Ripanga S1 ngā paraimere i whakamahia mō te PCR. I whakamahia te Taq DNA polymerase (Bio Basic Canada, Markham, ON) hei whakanui ake i ngā ira ūnga ccfDNA. Ko ngā tikanga tauhohenga e whai ake nei i whakamahia: te denaturation i te 95°C mō te 3 meneti, te 95°C mō te 1 meneti, te whakatakoto i te pāmahana whakamahana mō te 1 meneti, te whakaroa i te 72°C mō te 1 meneti, te 35 huringa, ā, i te mutunga ko te 72°C i roto i te 10 meneti. . I wehea ngā hua PCR mā te electrophoresis i roto i ngā agarose gels (1.5%) kei roto ko te SYBRTM Safe DNA Gel Stain (Invitrogen, Burlington, ON, Canada) i te 95 V.
I whakatōngia ngā kūtai (Mytilus spp.) ki roto i te 500 ml wai moana whai hāora (32 PSU) mō ngā hāora 24 i te 4°C. I tāpirihia ki te ipu te DNA plasmid kei roto he whakaurunga e whakamārama ana i te raupapatanga cDNA galectin-7 tangata (nama urunga NCBI L07769) i te kukū whakamutunga o te 190 μg/μl. Ko ngā kūtai i whakatipuria i raro i ngā āhuatanga ōrite me te kore tāpiri DNA ko te mana whakahaere. Ko te tuatoru o ngā tāke mana whakahaere kei roto te DNA me te kore kūtai. Hei aroturuki i te kounga o te DNA i roto i te wai moana, i tangohia ngā tauira wai moana (20 μl; e toru ngā tāruatanga) mai i ia tāke i te wā kua tohua. Mō te whai i te DNA plasmid, i hauhakehia ngā kūtai LB i ngā wā kua tohua, ā, i tātarihia mā te qPCR me te ddPCR. Nā te nui o te tote o te wai moana, i whakaranua ngā wāhanga ki roto i te wai kounga PCR (1:10) i mua i ngā whakamātautau PCR katoa.
I whakahaerehia te PCR maturuturu matihiko (ddPCR) mā te whakamahi i te kawa BioRad QX200 (Mississauga, Ontario, Kanata). Whakamahia te kōtaha pāmahana hei whakatau i te pāmahana tino pai (Ripanga S1). I hangaia ngā maturuturu mā te whakamahi i te kaihanga maturuturu QX200 (BioRad). I whakahaerehia te ddPCR penei: 95°C mō te 5 meneti, 50 huringa o te 95°C mō te 30 hēkona me te pāmahana whakamahana kua whakaritea mō te 1 meneti me te 72°C mō te 30 hēkona, 4°C mō te 5 meneti me te 90°C i roto i te 5 meneti. I inehia te maha o ngā maturuturu me ngā tauhohenga pai (te maha o ngā tārua/µl) mā te whakamahi i te kaipānui maturuturu QX200 (BioRad). I whakakahoretia ngā tauira he iti iho i te 10,000 ngā maturuturu. Kāore i whakahaerehia te whakahaere tauira i ia wā i whakahaerehia ai te ddPCR.
I whakahaerehia te qPCR mā te whakamahi i te Rotor-Gene® 3000 (Corbett Research, Sydney, Ahitereiria) me ngā paraime motuhake a LGALS7. I whakahaerehia ngā PCR tauanga katoa i roto i te 20 µl mā te whakamahi i te QuantiFast SYBR Green PCR Kit (QIAGEN). I tīmatahia te qPCR me te whaowhia 15 meneti i te 95°C, ā, i whai ake ko te 40 huringa i te 95°C mō te 10 hēkona, me te 60°C mō te 60 hēkona me te kotahi kohikohinga raraunga. I hangaia ngā kōpiko rewa mā te whakamahi i ngā inenga i te 95°C mō te 5 hēkona, 65°C mō te 60 hēkona, me te 97°C i te mutunga o te qPCR. I whakahaerehia ia qPCR i roto i ngā tāruarua e toru, engari ko ngā tauira mana whakahaere.
I te mea e mōhiotia ana ngā kūtai mō te tere tātari teitei, i tirotirohia tuatahitia e mātou mēnā ka taea e rātou te tātari me te pupuri i ngā kongakonga DNA kei roto i te wai moana. I hiahia hoki mātou ki te mōhio mēnā ka kohia ēnei kongakonga ki roto i tō rātou pūnaha lymphatic tuwhera-haurua. I whakatauhia e mātou tēnei take mā te whakamātautau mā te whai i te mutunga o ngā kongakonga DNA wairewa i tāpirihia ki ngā tāke kūtai kikorangi. Hei whakahaere i te whai i ngā kongakonga DNA, i whakamahia e mātou he DNA plasmid ke (ehara i te mea whaiaro) kei roto ko te ira galectin-7 tangata. Ka whaihia e te ddPCR ngā kongakonga DNA plasmid i roto i te wai moana me ngā kūtai. E whakaatu ana ā mātou hua mēnā ka noho tonu te nui o ngā kongakonga DNA i roto i te wai moana i roto i te wā (tae atu ki te 7 ngā rā) i te korenga o ngā kūtai, kāti i te aroaro o ngā kūtai ka tata ngaro katoa tēnei taumata i roto i te 8 hāora (Pikitia 1a,b). I kitea ngāwaritia ngā kongakonga o te DNA o waho i roto i te 15 meneti i roto i te wai intravalvular me te hemolymph (Pikitia 1c). Ka taea tonu te kite i ēnei kongakonga tae atu ki te 4 hāora i muri i te pānga. He rite tonu tēnei mahi tātari mō ngā kongakonga DNA ki te mahi tātari o ngā huakita me ngā rimurimu [31]. E whakaatu ana ēnei hua ka taea e ngā kūtai te tātari me te kohikohi i te DNA tauhou i roto i ō rātou wāhanga wai.
Ko ngā kukū ōrite o te DNA plasmid i roto i te wai moana i te aroaro (A) i te ngaro rānei (B) o ngā kūtai, i inehia mā te ddPCR. I roto i te A, ka whakaatuhia ngā hua hei ōrau, ko ngā rohe o ngā pouaka e tohu ana i te 75 me te 25 o ngā ōrau. Ko te kōpiko logarithmic kua whakauruhia e whakaaturia ana i te whero, ā, ko te rohe kua whakamarumaruhia ki te hina e tohu ana i te wā whakawhirinaki 95%. I roto i te B, ko te rārangi whero e tohu ana i te toharite, ā, ko te rārangi kikorangi e tohu ana i te wā whakawhirinaki 95% mō te kukū. C Te kohikohinga o te DNA plasmid i roto i te hemolymph me te wai valvular o ngā kūtai i ngā wā rerekē i muri i te tāpiritanga o te DNA plasmid. Ka whakaatuhia ngā hua hei tārua tino kitea/mL (±SE).
Muri iho, i tirotirohia e mātou te takenga mai o te ccfDNA i roto i ngā kūtai i kohia mai i ngā moenga kūtai i ngā Moutere Kerguelen, he rōpū moutere tūmatanui he iti noa te awe o te tangata. Mō tēnei kaupapa, i wehea te cccDNA mai i ngā hemolymph kūtai, ā, i purea mā ngā tikanga e whakamahia whānuitia ana hei pure i te cccDNA tangata [32, 33]. I kitea e mātou ko te toharite o ngā kukū ccfDNA hemolymph i roto i ngā kūtai kei roto i te awhe iti o te maikorokaramu ia ml hemolymph (tirohia te Ripanga S2, Ngā Mōhiotanga Tāpiri). He nui ake tēnei awhe o ngā kukū i ngā tāngata hauora (he iti ngā nanokaramu ia miririta), engari i roto i ngā take onge, i roto i ngā tūroro mate pukupuku, ka taea e te taumata o te ccfDNA te eke ki te maha o ngā maikorokaramu ia miririta [34, 35]. I whakaatuhia e te tātaritanga o te tohatoha rahi o te hemolymph ccfDNA he rerekē te rahi o ēnei kongakonga, mai i te 1000 bp ki te 1000 bp. tae atu ki te 5000 bp (Pikitia 2). I whiwhihia ngā hua ōrite mā te whakamahi i te QIAamp Investigator Kit e ahu mai ana i te silica, he tikanga e whakamahia whānuitia ana i roto i te pūtaiao taihara hei wehe tere me te pure i te DNA ira mai i ngā tauira DNA iti te kukū, tae atu ki te ccfDNA [36].
He tohu hiko ccfDNA māngai o te hemolymph kūtai. I tangohia mā te Kete Plasma NucleoSnap (runga) me te Kete Kairangahau DNA QIAamp. He kauwhata B Violin e whakaatu ana i te tohatoha o ngā kukū ccfDNA hemolymph (±SE) i roto i ngā kūtai. Ko ngā rārangi pango me te whero e tohu ana i te waenga me te hauwhā tuatahi me te tuatoru.
Tata ki te 1% o te ccfDNA i roto i te tangata me ngā kararehe taketake he pūtake ke [21, 37]. I runga i te pūnaha tohanga toto tuwhera-haurua o ngā bivalves, te wai moana momona-momi, me te rahi o te tohatoha o te ccfDNA kūtai, i whakapae mātou he nui, he kanorau hoki te puna DNA momi i roto i te hemolymph ccfDNA kūtai. Hei whakamātautau i tēnei whakapae, i raupapahia e mātou te hemolymph ccfDNA mai i ngā tauira Aulacomya atra i kohia mai i ngā Moutere Kerguelen, ā, neke atu i te 10 miriona ngā pānui i puta, 97.6% o ēnei i paahitia te mana whakahaere kounga. Kātahi ka whakarōpūtia ngā pānui kia rite ki ngā pūtake whaiaro me ngā pūtake kore-whaiaro mā te whakamahi i ngā pātengi raraunga bivalve BLASTN me NCBI (Pikitia S1, Ngā Mōhiotanga Tāpiri).
I roto i te tangata, ka taea te tuku i te DNA karihi me te DNA mitochondrial ki roto i te toto [38]. Heoi, i roto i tēnei rangahau, kāore i taea te whakaahua taipitopito i te DNA ira karihi o ngā kūtai, i te mea kāore anō kia raupapahia, kia whakaahuahia rānei te ira A. atra. Heoi, i taea e mātou te tautuhi i ētahi kongakonga ccfDNA nō tō mātou ake takenga mai mā te whakamahi i te whare pukapuka bivalve (Pikitia S2, Ngā Mōhiotanga Tāpiri). I whakaūhia hoki e mātou te aroaro o ngā kongakonga DNA nō tō mātou ake takenga mai mā te whakanui PCR tika o aua ira A. atra i raupapahia (Pikitia 3). Waihoki, i te mea kei te wātea te ira mitochondrial o A. atra i roto i ngā pātengi raraunga tūmatanui, ka kitea he taunakitanga mō te aroaro o ngā kongakonga ccfDNA mitochondrial i roto i te hemolymph o A. atra. I whakaūhia te aroaro o ngā kongakonga DNA mitochondrial mā te whakanui PCR (Pikitia 3).
I kitea ngā momo ira mitochondrial i roto i te hemolymph o A. atra (ngā ira whero – nama kararehe: SRX5705969) me M. platensis (ngā ira kikorangi – nama kararehe: SRX5705968) i whakanuia mā te PCR. He whakaahua i tangohia mai i Breton et al., 2011 B Te whakanui i te waikeri hemolymph mai i A. atra Kua rongoatia ki te pepa FTA. Whakamahia he poka 3 mm hei tāpiri tika ki te ngongo PCR kei roto te ranunga PCR.
I te mea he nui te ihirangi moroiti i roto i te wai moana, i arotahi tuatahi mātou ki te whakaahua i ngā raupapatanga DNA moroiti i roto i te hemolymph. Hei mahi i tēnei, e rua ngā rautaki rerekē ka whakamahia e mātou. Ko te rautaki tuatahi i whakamahia a Kraken2, he kaupapa whakarōpū raupapatanga e hangai ana ki te algorithm ka taea te tautuhi i ngā raupapatanga moroiti me te tika e rite ana ki te BLAST me ētahi atu taputapu [28]. Neke atu i te 6719 ngā pānui i whakatauhia he takenga mai i te huakita, ko te 124 me te 64 i ahu mai i te archaea me ngā huaketo, ia (Pikitia 4). Ko ngā kongakonga DNA huakita tino nui ko Firmicutes (46%), Proteobacteria (27%), me Bacteroidetes (17%) (Pikitia 4a). He rite tēnei tohatoha ki ngā rangahau o mua mō te moroiti kūtai kikorangi moana [39, 40]. Ko Gammaproteobacteria te akomanga matua o Proteobacteria (44%), tae atu ki te maha o Vibrionales (Pikitia 4b). Nā te tikanga ddPCR i whakaū te aroaro o ngā kongakonga DNA Vibrio i roto i te ccfDNA o te A. atra hemolymph (Pikitia 4c) [41]. Hei tiki atu i ngā kōrero mō te takenga mai o te ccfDNA i roto i te huakita, i whakamahia tētahi atu huarahi (Pikitia S2, Ngā Kōrero Tāpiri). I tēnei take, ko ngā pānui i taupatupatuhia i huihuia hei pānui takirua-mutunga, ā, i whakarōpūtia hei takenga-ake (pivalves) hei takenga-ake kore-ake rānei mā te whakamahi i te BLASTN me te uara e o te 1e−3 me te tapahi me te >90% homology. I tēnei take, ko ngā pānui i taupatupatuhia i huihuia hei pānui takirua-mutunga, ā, i whakarōpūtia hei takenga-ake (pivalves) hei takenga-ake kore-ake rānei mā te whakamahi i te BLASTN me te uara e o te 1e−3 me te tapahi me te >90% homology. В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и были классифицированы каквныство моллюски) или чужие по происхождению с использованием BLASTN и значения e 1e-3 и отсечения с гомологией> 90%. I tēnei take, i kohia ngā pānui taupatupatu hei pānui takirua-mutunga, ā, i whakarōpūtia hei taketake (pivalve) hei kore-taketake rānei mā te whakamahi i te BLASTN me te uara e o te 1e-3 me te tapahi me te >90% homology.在这种情况下，重叠的读数组装为配对末端读数，并使用BLASTN 和1e-3 的e会和>90%同源性的截止值分类为自身（双壳类）或非自身来源。在 这 种 情况 下 ， 重叠 读数 组装 为 配 末端 读数 ， 使用 使用 使用 的和和 和 和90% 同源性 的 分类 自身 （双 壳类） 非 自身。。。。。。。。 В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и классифицированы как собственный моллюски) или несобственные по происхождению с использованием значений e BLASTN и 1e-3 и порога гомологии> 90%. I tēnei take, i kohia ngā pānui taupatupatu hei pānui takirua-mutunga, ā, i whakarōpūtia hei ake (ngā bivalves) hei kore-taketake rānei mā te whakamahi i ngā uara e BLASTN me te 1e-3 me te paepae homology >90%.Nā te mea kāore anō kia raupapahia te ira o te A. atra, i whakamahia e mātou te rautaki huihuinga hou o te MEGAHIT Next Generation Sequencing (NGS) assembler. Kua tautuhia te katoa o ngā hononga 147,188 he pūtake whakawhirinaki (bivalves). Kātahi ka whakapūpūhia ēnei hononga ki ngā uara-e o te 1e-10 mā te whakamahi i te BLASTN me te BLASTX. Nā tēnei rautaki i taea ai e mātou te tautuhi i te 482 ngā kongakonga kore-bivalve kei roto i te A. atra ccfDNA. Neke atu i te haurua (57%) o ēnei kongakonga DNA i riro mai i ngā huakita, ko te nuinga mai i ngā symbionts pihanga, tae atu ki ngā symbionts sulfotrophic, me ngā symbionts pihanga Solemya velum (Pikitia 5).
Te nui o te rahinga i te taumata momo. B Te kanorau o ngā moroiti matua e rua (Firmicutes me Proteobacteria). Te whakanui māngai o te ddPCR C Vibrio spp. A. Ngā kongakonga o te ira 16S rRNA (kikorangi) i roto i ngā hemolymph atra e toru.
I tātarihia te katoa o ngā pūhui i kohia e 482. Te āhua whānui o te tohatoha whakarōpū o ngā tuhipoka pūhui metagenomic (prokaryotes me eukaryotes). B Te tohatoha taipitopito o ngā kongakonga DNA huakita i tautuhia e BLASTN me BLASTX.
I whakaatuhia hoki e te tātaritanga Kraken2 kei roto i te ccfDNA kūtai ngā kongakonga DNA tawhito, tae atu ki ngā kongakonga DNA o Euryarchaeota (65%), Crenarchaeota (24%), me Thaurmarcheota (11%) (Pikitia 6a). Ko te aroaro o ngā kongakonga DNA i ahu mai i Euryarchaeota me Crenarchaeota, i kitea i mua i roto i te hapori moroiti o ngā kūtai o California, kaua e miharo [42]. Ahakoa he maha ngā wā e hono ana a Euryarchaeota ki ngā āhuatanga tino kino, kua mōhiotia inaianei ko Euryarchaeota me Crenarcheota kei roto i ngā prokaryote tino noa i roto i te taiao cryogenic moana [43, 44]. Kāore i miharo te aroaro o ngā moroiti methanogenic i roto i ngā kūtai, i runga i ngā pūrongo tata nei mō ngā turuturu methane nui mai i ngā turuturu o raro i te Kerguelen Plateau [45] me te kitenga pea o te whakaputanga methane moroiti i te takutai o ngā Moutere Kerguelen [46].
Kātahi ka neke tō mātou aro ki ngā pānui mai i ngā huaketo DNA. Ki tā mātou e mōhio ana, koinei te rangahau tuatahi i waho o te whāinga mō te ihirangi huaketo o ngā kūtai. E ai ki te whakaaro, i kitea e mātou ngā kongakonga DNA o ngā bacteriophage (Caudovirales) (Pikitia 6b). Heoi, ko te DNA huaketo tino noa i ahu mai i tētahi momo nucleocytoviruses, e mōhiotia ana ko te huaketo DNA nui cytoplasmic nuclear (NCLDV), ko ia te ira nui rawa atu o ngā huaketo katoa. I roto i tēnei momo, ko te nuinga o ngā raupapa DNA nō ngā whānau Mimimidoviridae (58%) me Poxviridae (21%), ko ō rātou manaaki tūturu ko ngā vertebrates me ngā arthropods, ko tētahi wāhanga iti o ēnei raupapa DNA nō ngā rimurimu virological e mōhiotia ana. Ka pangia ngā rimurimu eukaryotic moana. I riro mai hoki ngā raupapa mai i te huaketo Pandora, te huaketo nunui me te rahi ira nui rawa atu o ngā momo huaketo katoa e mōhiotia ana. He mea whakamīharo, ko te whānuitanga o ngā manaaki e mōhiotia ana kua pangia e te huaketo, e ai ki te raupapatanga hemolymph ccfDNA, he nui noa iho (Pikitia S3, Ngā Mōhiotanga Tāpiri). Kei roto i tēnei ko ngā huaketo e pangia ai ngā pepeke pēnei i a Baculoviridae me Iridoviridae, tae atu ki ngā huaketo e pangia ai ngā amoeba, ngā rimurimu me ngā kararehe tuawhenua. I kitea anō hoki e mātou ngā raupapatanga e ōrite ana ki te ira o Pithovirus sibericum. I wehea tuatahitia ngā Pitovirus (e mōhiotia ana ko ngā "virus zombie") mai i te permafrost 30,000 tau te pakeke i Siberia [47]. Nō reira, he rite ā mātou hua ki ngā pūrongo o mua e whakaatu ana kāore i te ngaro katoa ngā momo hou o ēnei huaketo [48] ā, tera pea kei roto ēnei huaketo i ngā pūnaha rauropi moana subarctic tawhiti.
Hei whakamutunga, i whakamātau mātou kia kitea ai ngā kongakonga DNA mai i ētahi atu kararehe maha-pūtau. E 482 ngā mea tauhou i tautuhia e BLASTN me BLASTX me ngā whare pukapuka nt, nr me RefSeq (ira me te pūmua). E whakaatu ana ā mātou hua i roto i ngā kongakonga ke o te ccfDNA o ngā kararehe maha-pūtau, ko te DNA o ngā wheua wheua te mea nui (Pikitia 5). Kua kitea hoki ngā kongakonga DNA mai i ngā pepeke me ētahi atu momo. Kāore anō kia tautuhia he wāhanga nui o ngā kongakonga DNA, nā te iti pea o te whakaaturanga o te maha o ngā momo moana i roto i ngā pātengi raraunga ira ki te whakataurite ki ngā momo whenua [49].
I roto i tēnei tuhinga, ka whakamahia e mātou te ariā LB ki ngā kūtai, me te tautohe ka taea e te raupapatanga werohanga hemolymph ccfDNA te whakarato i te māramatanga ki te hanganga o ngā rauropi takutai moana. Ina koa, i kitea e mātou 1) kei roto i te hemolymph kūtai he nui ngā kukū (ngā taumata maikorokaramu) o ngā kongakonga DNA nui (~1-5 kb) e rere ana; 2) he motuhake, he kore motuhake hoki ēnei kongakonga DNA 3) I roto i ngā pūtake ke o ēnei kongakonga DNA, i kitea e mātou he DNA kitakita, he DNA tawhito me te DNA huaketo, tae atu ki te DNA o ētahi atu kararehe maha-pūtau; 4) Ka tere te kohikohinga o ēnei kongakonga ccfDNA ke i roto i te hemolymph, ā, ka whai wāhi ki te mahi tātari ā-roto o ngā kūtai. Hei whakamutunga, e whakaatu ana tā mātou rangahau ko te ariā o te LB, kua whakamahia i roto i te mara o te rongoā koiora, e tohu ana i tētahi puna mātauranga whai rawa engari kāore anō kia tūhuratia ka taea te whakamahi hei mārama ake i te taunekeneke i waenga i ngā momo kaitiaki me tō rātou taiao.
Haunga ngā kararehe matua, kua pūrongohia te wehenga o te ccfDNA i roto i ngā kararehe whakangote, tae atu ki ngā kiore, ngā kurī, ngā ngeru, me ngā hōiho [50, 51, 52]. Heoi, ki tā mātou e mōhio ana, ko tā mātou rangahau te tuatahi ki te pūrongo i te kitenga me te raupapatanga o te ccfDNA i roto i ngā momo moana me te pūnaha tohanga tuwhera. Ko tēnei āhuatanga hanganga tinana me te kaha tātari o ngā kūtai, i te iti rawa i tētahi wāhanga, ka whakamārama i ngā āhuatanga rahi rerekē o ngā kongakonga DNA e toia ana ki te whakataurite ki ētahi atu momo. I roto i te tangata, ko te nuinga o ngā kongakonga DNA e toia ana i roto i te toto he kongakonga iti mai i te 150 ki te 200 bp te rahi me te tihi mōrahi o te 167 bp [34, 53]. He wāhanga iti engari he nui o ngā kongakonga DNA kei waenga i te 300 me te 500 bp te rahi, ā, tata ki te 5% he roa ake i te 900 bp. [54]. Ko te take o tēnei tohatoha rahi ko te pūtake matua o te ccfDNA i roto i te toto toto ka puta mai i te matenga o ngā pūtau, nā te matenga o ngā pūtau, nā te necrosis rānei o ngā pūtau hematopoietic e rere ana i roto i ngā tāngata hauora, nā te apoptosis rānei o ngā pūtau pukupuku i roto i ngā tūroro mate pukupuku (e mōhiotia ana ko te DNA pukupuku e rere ana). , ctDNA). Ko te tohatoha rahi o te hemolymph ccfDNA i kitea e mātou i roto i ngā kūtai i waenga i te 1000 ki te 5000 bp, e kī ana he rerekē te pūtake mai o te kūtai ccfDNA. He whakapae arorau tēnei, nā te mea he pūnaha toto tuwhera-haurua ngā kūtai, ā, e noho ana i roto i ngā taiao wai moana kei roto he nui ngā kukū o te DNA ira moroiti. Inaa, kua whakaatuhia e ā mātou whakamātautau taiwhanga e whakamahi ana i te DNA exogenous ka kohia e ngā kūtai ngā kongakonga DNA i roto i te wai moana, i muri i ētahi haora ka pakaru i muri i te tangohanga pūtau me/ranei te tukunga me/ranei te penapena i roto i ngā whakahaere rerekē. I te mea he onge ngā pūtau (prokaryotic me eukaryotic), ka whakaitihia e te whakamahinga o ngā wāhanga intravalvular te nui o te ccfDNA mai i ngā pūtake-ake me ngā pūtake ke. I te whakaaro ki te hiranga o te ārai mate ā-roto o ngā pivalve me te nui o ngā pūtau whakapūngao e rere ana, i whakapaehia anō e mātou ko ngā pūtau whakapūngao e rere ana, tae noa ki ngā ccfDNA ke, he nui ake i roto i ngā pūtau whakapūngao e kohi ana i te DNA ke i te wa e kainga ana e ngā moroiti me/ranei ngā para pūtau. Ina huihuia, e whakaatu ana ā mātou hua ko te ccfDNA hemolymph pivalve he putunga motuhake o ngā mōhiohio ngota, ā, e whakakaha ana i tō rātou mana hei momo kaitiaki.
E whakaatu ana ā mātou raraunga ka taea e te raupapatanga me te tātaritanga o ngā kongakonga hemolymph ccfDNA i ahu mai i te huakita te whakarato i ngā mōhiohio matua mō ngā tipu huakita manaaki me ngā huakita kei roto i te rauropi moana e karapoti ana. Kua whakaatuhia e ngā tikanga raupapatanga pupuhi ngā raupapatanga o ngā huakita commensal A. atra gill kua ngaro pea mēnā i whakamahia ngā tikanga tautuhi 16S rRNA tikanga, nā te mea he whakaaro noa iho ki te whare pukapuka tohutoro. Inaa, ko tā mātou whakamahinga o ngā raraunga LB i kohia mai i M. platensis i roto i te paparanga kūtai kotahi i Kerguelen i whakaatu he rite te hanganga o ngā symbionts huakita e hono ana ki te gill mō ngā momo kūtai e rua (Pikitia S4, Ngā Mōhiotanga Tāpiri). Ko tēnei ōritetanga o ngā kūtai e rua he rerekē te ira ka whakaata i te hanganga o ngā hapori huakita i roto i ngā putunga makariri, whanariki, me te puia o Kerguelen [55, 56, 57, 58]. Kua whakaahuahia pai ngā taumata teitei ake o ngā moroiti whakaiti-whanariki i te wā e hauhake ana i ngā kūtai mai i ngā rohe takutai kua bioturbated [59], pērā i te takutai o Port-au-France. Ko tētahi atu pea ko te pānga o te tuku whakapae ki ngā tipu kūtai [60, 61]. Me nui ake ngā rangahau hei whakatau i te hononga i waenga i te taiao moana, te mata o te papa moana, me te hanganga o ngā huakita tauutuutu i roto i ngā kūtai. Kei te haere tonu ēnei rangahau i tēnei wā.
Ko te roa me te kukū o te hemolymph ccfDNA, tōna ngāwari ki te pure, me te kounga teitei hei tuku i te raupapatanga tere o te pū, ko ētahi o ngā painga maha o te whakamahi i te ccfDNA kūtai hei aromatawai i te kanorau koiora i roto i ngā rauropi takutai moana. He tino whai hua tēnei huarahi mō te whakaahua i ngā hapori huaketo (virome) i roto i tētahi rauropi [62, 63]. Kāore i rite ki te huakita, te archaea, me te eukaryote, kāore ngā ira huaketo i roto i ngā ira kua tiakina te phylogeny pērā i ngā raupapa 16S. E whakaatu ana ā mātou hua ka taea te whakamahi i ngā koiora wai mai i ngā momo tohu pērā i te kūtai hei tautuhi i te maha o ngā kongakonga huaketo ccfDNA e mōhiotia ana ka pangia ngā manaaki e noho ana i ngā rauropi moana takutai. Kei roto i tēnei ko ngā huaketo e mōhiotia ana ka pangia ngā protozoa, ngā arthropods, ngā pepeke, ngā tipu, me ngā huaketo kitakita (hei tauira, ngā bacteriophages). I kitea he tohatoha rite i te wā i tirotirohia ai e mātou te hemolymph ccfDNA virome o ngā kūtai puru (M. platensis) i kohia i roto i te paparanga kūtai kotahi i Kerguelen (Ripanga S2, Ngā Mōhiotanga Tāpiri). He huarahi hou te raupapatanga pū o te ccfDNA e tere haere ana i roto i te rangahau i te virome o te tangata, o ētahi atu momo rānei [21, 37, 64]. He tino whai hua tēnei huarahi mō te ako i ngā huaketo DNA aho-rua, nā te mea kāore he ira kotahi e tiakina ana i roto i ngā huaketo DNA aho-rua katoa, e tohu ana i te akomanga huaketo tino kanorau me te whānui i Baltimore [65]. Ahakoa ko te nuinga o ēnei huaketo kāore anō kia whakarōpūtia, ā, kei roto pea ngā huaketo mai i tētahi wāhanga tino kore mōhiotia o te ao huaketo [66], i kitea e mātou ko ngā virome me ngā whānuitanga manaaki o ngā kūtai A. atra me M. platensis kei waenganui i ngā momo e rua. pērā anō (tirohia te ahua S3, ētahi atu kōrero). Kāore i te miharo tēnei āhua ōrite, nā te mea tera pea e whakaatu ana i te korenga o te whiriwhiri i roto i te tango i te DNA kei roto i te taiao. Me whai rangahau ā muri ake nei mā te whakamahi i te RNA parakore hei whakaahua i te virome RNA.
I roto i tā mātou rangahau, i whakamahia e mātou tētahi ara tino pakari i ahu mai i ngā mahi a Kowarski mā me ōna hoa mahi [37], i whakamahi i te mukunga e rua-taahiraa o ngā pānui me ngā hononga i mua me muri i te huihuinga o te ccfDNA taketake, ā, i hua ake ai he nui te ōwehenga o ngā pānui kāore anō kia maheretia. Nō reira, kāore e taea e mātou te whakakore i te whakaaro ko ētahi o ēnei pānui kāore anō kia maheretia kei a rātou tonu tō rātou ake takenga mai, nā te mea kāore ā mātou i tētahi ira tohutoro mō tēnei momo kūtai. I whakamahia anō hoki e mātou tēnei ara nā te mea i āwangawanga mātou mō ngā chimera i waenga i ngā pānui whaiaro me ngā pānui kore-whaiaro me ngā roa pānui i hangaia e te Illumina MiSeq PE75. Ko tētahi atu take mō te nuinga o ngā pānui kāore anō kia maheretia ko te nuinga o ngā moroiti moana, inā koa i ngā wāhi tawhiti pērā i a Kerguelen, kāore anō kia tāpirihia he whakamārama. I whakamahia e mātou a Illumina MiSeq PE75, me te whakaaro he rite te roa o ngā kongakonga ccfDNA ki te ccfDNA tangata. Mō ngā rangahau ā muri ake nei, i runga i ā mātou hua e whakaatu ana he roa ake ngā pānui a te hemolymph ccfDNA i ngā tangata me/ngā kararehe rānei, ka tūtohu mātou kia whakamahia he tūāpapa raupapatanga e pai ake ana mō ngā kongakonga ccfDNA roa ake. Mā tēnei mahi ka māmā ake te tautuhi i ngā tohu maha atu mō te tātari hohonu. Mā te whiwhi i te raupapatanga ira matua A. atra kāore anō kia wātea i tēnei wā ka tino āwhina i te wehewehe i te ccfDNA mai i ngā pūtake whaiaro me ngā pūtake kore-whaiaro. I te mea kua arotahi ā mātou rangahau ki te āheinga ki te whakamahi i te ariā o te koiora wai ki ngā kūtai, ko te tumanako ka whakawhanakehia ngā taputapu me ngā huarahi hou hei whakanui ake i te kaha o tēnei tikanga ki te ako i te kanorau moroiti o ngā kūtai i roto i te rauropi moana.
Hei tohu koiora haumanu kore-whakaeke, ko ngā taumata ccfDNA toto tangata teitei e pā ana ki ngā mate maha, te kino o te kiko, me ngā āhuatanga ahotea [67,68,69]. E pā ana tēnei pikinga ki te tukunga o ngā kongakonga DNA o tōna ake takenga mai i muri i te kino o te kiko. I arohia e mātou tēnei take mā te whakamahi i te ahotea wera nui, i reira ka whakaatuhia ngā kūtai ki te pāmahana 30 °C mō te wā poto. I whakahaerehia e mātou tēnei tātaritanga ki ngā momo kūtai rerekē e toru i roto i ngā whakamātautau motuhake e toru. Heoi, kāore mātou i kite i tētahi huringa i roto i ngā taumata ccfDNA i muri i te ahotea wera nui (tirohia te Pikitia S5, ngā kōrero tāpiri). Tērā pea ka whakamārama tēnei kitenga, i tētahi wāhanga, i te meka he pūnaha tohanga toto tuwhera-haurua tō ngā kūtai, ā, ka kohia e rātou he nui o te DNA ke nā te kaha tātari teitei. I tētahi atu taha, ko ngā kūtai, pērā i te maha o ngā invertebrate, tera pea he ātete ake ki te kino o te kiko i puta mai i te ahotea, ā, ka whakawhāiti i te tukunga o te ccfDNA i roto i ō rātou hemolymph [70, 71].
Tae noa ki tēnei wā, ko te tātaritanga DNA o te kanorau koiora i roto i ngā pūnaha rauropi wai kua aro nui ki te metabarcoding DNA taiao (eDNA). Heoi, he iti noa iho tēnei tikanga i roto i te tātaritanga kanorau koiora ina whakamahia ngā paraimere. Mā te whakamahinga o te raupapatanga pūmau ka karo i ngā herenga o te PCR me te kōwhiringa whakaaro nui o ngā huinga paraimere. Nō reira, i roto i tētahi tikanga, he tata ake tā mātou tikanga ki te tikanga raupapatanga eDNA Shotgun teitei kua whakamahia i ēnei rā, e taea ai te raupapa tika i te DNA pakaru me te tātari tata ki ngā rauropi katoa [72, 73]. Heoi, he maha ngā take matua e wehewehe ana i te LB mai i ngā tikanga eDNA paerewa. Ko te tikanga, ko te rerekētanga matua i waenga i te eDNA me te LB ko te whakamahinga o ngā manaaki tātari taiao. Kua pūrongohia te whakamahinga o ngā momo moana pēnei i ngā hautai me ngā bivalves (Dresseina spp.) hei tātari taiao mō te ako i te eDNA [74, 75]. Heoi, i whakamahia e te rangahau a Dreissena ngā biopsy kiko i tangohia mai ai te DNA. Kāore e hiahiatia he biopsy kiko, he taputapu motuhake, he utu nui hoki i ētahi wā, me ngā mahi whakahaere e pā ana ki te eDNA, ki te biopsy kiko rānei, i te tātaritanga o te ccfDNA. Ina hoki, i kōrero mātou i ēnei rā tata nei ka taea te penapena me te tātari i te ccfDNA mai i te LB me te tautoko FTA me te kore e pupuri i te mekameka makariri, he wero nui tēnei mō te rangahau i ngā wāhi tūmatanui [76]. He māmā hoki te tango i te ccfDNA mai i ngā koiora wai, ā, he kounga teitei te DNA mō te raupapatanga pū me te tātari PCR. He painga nui tēnei i runga i ētahi o ngā herenga hangarau e pā ana ki te tātari eDNA [77]. He tino pai hoki te māmā me te iti o te utu o te tikanga tauira mō ngā kaupapa aroturuki roa. Haunga tō rātou kaha tātari teitei, ko tētahi atu āhuatanga rongonui o ngā bivalves ko te hanganga matū mucopolysaccharide o ō rātou hūpē, e whakatairanga ana i te mimiti o ngā huaketo [78, 79]. Nā tēnei ka waiho ngā bivalves hei tātari taiao pai mō te whakaahua i te kanorau koiora me te pānga o te huringa āhuarangi i roto i tētahi pūnaha rauropi wai. Ahakoa ka taea te kite i te aroaro o ngā kongakonga DNA i ahu mai i te manaaki hei herenga o te tikanga ki te whakataurite ki te eDNA, ko te utu e pā ana ki te whai i tētahi ccfDNA taketake ki te whakataurite ki te eDNA he mea mārama i te wā kotahi mō te nui o ngā mōhiohio e wātea ana mō ngā rangahau hauora. manaaki taurite. Kei roto i tēnei ko te noho mai o ngā raupapa huaketo kua whakauruhia ki roto i te ira o te kaihautū manaaki. He mea nui rawa atu tēnei mō ngā kūtai, i te mea kei te noho mai ngā retrovirus leukemia whakapae i roto i ngā bivalves [80, 81]. Ko tētahi atu painga o te LB i runga i te eDNA ko te whakamahi i te mahi phagocytic o ngā pūtau toto e rere ana i roto i te hemolymph, e horomia ana ngā moroiti (me ō rātou ira). Ko te phagocytosis te mahi matua a ngā pūtau toto i roto i ngā bivalves [82]. Hei whakamutunga, ka whakamahia e te tikanga te kaha tātari teitei o ngā kūtai (te toharite 1.5 l/h o te wai moana) me te rere o te wai mō ngā rā e rua, e whakanui ana i te whakaranu o ngā paparanga rerekē o te wai moana, e taea ai te hopu i te eDNA heterologous. [83, 84]. Nō reira, he huarahi whakamere te tātari ccfDNA kūtai i te mea he pānga kai, ōhanga, me te taiao o ngā kūtai. He rite ki te tātari o te LB i kohia mai i te tangata, ka whakatuwherahia hoki e tēnei tikanga te āheinga ki te ine i ngā huringa ira me te epigenetic i roto i te DNA kaihautū hei whakautu ki ngā matū o waho. Hei tauira, ka taea te whakaaro ki ngā hangarau raupapatanga o te whakatupuranga tuatoru hei whakahaere i te tātaritanga methylation whānui-ira i roto i te ccfDNA taketake mā te whakamahi i te raupapatanga nanopore. Me āwhina tēnei tukanga e te mea he pai te hototahi o te roa o ngā kongakonga ccfDNA kūtai ki ngā tūāpapa raupapatanga roa-pānui e āhei ai te tātaritanga methylation DNA whānui-ira mai i te oma raupapatanga kotahi me te kore e hiahiatia he huringa matū.85,86] He mea whakamere tēnei, nā te mea kua whakaaturia ko ngā tauira methylation DNA e whakaata ana i te urupare ki te ahotea taiao, ā, ka mau tonu mō ngā whakatupuranga maha. Nō reira, ka taea e ia te whakarato i te māramatanga nui ki ngā tikanga matua e whakahaere ana i te urupare i muri i te pānga ki te huringa āhuarangi, ki ngā poke rānei [87]. Heoi, ehara i te mea kāore he herenga o te whakamahinga o te LB. Kāore he take ki te kī, me noho ngā momo tohu i roto i te pūnaha rauropi. E ai ki te kōrero i runga ake nei, ko te whakamahi i te LB hei aromatawai i te kanorau koiora o tētahi pūnaha rauropi me whai i tētahi pūnaha koiora pakari e whai whakaaro ana ki te noho o ngā kongakonga DNA mai i te pūtake. Ko tētahi atu raruraru nui ko te wātea o ngā ira tohutoro mō ngā momo moana. Ko te tumanako ka āwhina ngā kaupapa pēnei i te Kaupapa Ira Manu Moana me te kaupapa Fish10k i whakatūria tata nei [88] i tēnei momo tātaritanga ā muri ake nei. Ko te whakamahinga o te ariā LB ki ngā rauropi kai-tātari moana he rite tonu ki ngā whanaketanga hou o te hangarau raupapatanga, ā, he pai rawa atu mō te whakawhanake i ngā tohu koiora maha-ohm hei whakarato i ngā mōhiohio nui mō te hauora o ngā nohonga moana hei whakautu ki te ahotea taiao.
Kua tukuna ngā raraunga raupapatanga ira ki te NCBI Sequence Read Archive https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 i raro i te Bioprojects SRR8924808.
Brierley AS, Kingsford MJ Te pānga o te huringa āhuarangi ki ngā mea ora o te moana me ngā pūnaha rauropi. Cole Biology. 2009; 19: P602–P614.
Gissi E, Manea E, Mazaris AD, Fraschetti S, Almpanidou V, Bevilacqua S, et al. Whakaarohia ngā pānga o te huringa āhuarangi me ētahi atu taumahatanga ā-rohe ki te taiao moana. taiao pūtaiao whānui. 2021;755:142564.
Carella F, Antuofermo E, Farina S, Salati F, Mandas D, Prado P, et al. ). Pūtaiao o te tuatahi o Maehe. 2020;7:48.
Seront L, Nicastro CR, Zardi GI, Goberville E. Ko te iti o te manawanui ki te wera i raro i ngā āhuatanga ahotea wera auau te whakamārama i te nui o te mate o ngā kūtai kikorangi i te raumati. Pūrongo pūtaiao 2019; 9:17498.
Fey SB, Siepielski AM, Nussle S, Cervantes-Yoshida K, Hwan JL, Huber ER, et al. Ngā panonitanga hou o te auau, ngā take me te whānuitanga o ngā matenga kararehe. Proc Natl Acad Sci USA. 2015;112:1083-8.
Scarpa F, Sanna D, Azzena I, Mugheti D, Cerruti F, Hosseini S, et al. He maha nga tukumate kore-momo-motuhake kua mate pea te tini o te Pinna nobilis. Te ora. 2020;10:238.
Bradley M, Coutts SJ, Jenkins E, O'Hara TM. Ngā pānga pea o te huringa āhuarangi ki ngā mate zoonotic o te Arctic. Int J Circumpolar health. 2005; 64:468–77.
Beyer J., Greene NW, Brooks S., Allan IJ, Ruus A., Gomez T. et al. Ngā kūtai kikorangi (Mytilus edulis spp.) hei tohu mō te aroturuki i te parahanga takutai: he arotake. Mar Environ Res 2017; 130:338-65.
Siravegna G, Marsoni S, Siena S, Bardelli A. Te whakaurunga o te koiora wai i roto i te maimoatanga mate pukupuku. Nat Rev Clean Oncol. 2017; 14:531–48.
Wan JCM, Massie C, Garcia-Corbacho J, Mouliere F, Brenton JD, Caldas C, et al. Te pakeketanga o te koiora wai: Ka taea te horapa o te DNA pukupuku. Nat Rev Cancer. 2017;17:223–38.
Mandel P., Metais P. Ngā waikawa karihi i roto i te toto tangata. Ngā meneti o te hui a ngā apiti o Soc Biol. 1948; 142:241-3.
Bronkhorst AJ, Ungerer W, Holdenrieder S. He tūranga hou mō te DNA kore-pūtau hei tohu ngota mō te maimoatanga mate pukupuku. Te ine i te tātaritanga koiora-molar. 2019;17:100087.
Ignatiadis M., Sledge GW, Jeffrey SS Ka uru te koiora wai ki te whare hauora – ngā take whakatinanatanga me ngā wero ā muri ake nei. Nat Rev Clin Oncol. 2021; 18:297–312.
Lo YM, Corbetta N., Chamberlain PF, Rai W., Sargent IL, Redman CW me ētahi atu. Kei roto i te toto me te toto o te whaea te DNA o te pēpi. Lancet. 1997; 350:485-7.
Mufarray MN, Wong RJ, Shaw GM, Stevenson DK, Quake SR He rangahau mō te haere o te hāputanga me ōna raruraru mā te whakamahi i te RNA o waho o te pūtau e rere ana i roto i te toto o ngā wāhine i te wā e hāpu ana. Dopediatrics. 2020;8:605219.
Ollerich M, Sherwood K, Keown P, Schütz E, Beck J, Stegbauer J, et al. Te koiora wai: ka whakamahia te DNA kore-pūtau kaituku hei kimi i ngā whara allogeneic i roto i te tākai whatukuhu. Nat Rev Nephrol. 2021; 17:591–603.
Juan FC, Lo YM Ngā Auahatanga i roto i te Tātaritanga Hapūtanga: te Raupapatanga Ira Pērā i te Whaea. Anna MD. 2016;67:419-32.
Gu W, Deng X, Lee M, Sucu YD, Arevalo S, Stryke D, et al. Te kimi tere i ngā mate pāwera me te raupapatanga metagenomic o te whakatupuranga hou o ngā wai tinana kua pangia. Nat Medicine. 2021;27:115-24.