Ẹ ṣeun fún ṣíbẹ̀wò sí Nature.com. Ẹ̀yà ẹ̀rọ ìṣàwárí tí ẹ ń lò ní àtìlẹ́yìn CSS díẹ̀. Fún ìrírí tí ó dára jùlọ, a gbà yín nímọ̀ràn pé kí ẹ lo ẹ̀rọ ìṣàwárí tí a ti mú gbóná (tàbí kí ẹ mú Ìbáramu Ipò nínú Internet Explorer kúrò). Ní ​​àkókò yìí, láti rí i dájú pé a ń tẹ̀síwájú láti ṣe àtìlẹ́yìn, a ó ṣe àtìlẹ́yìn sí ojú-òpó wẹ́ẹ̀bù náà láìsí àwọn àṣà àti JavaScript.
Ìwádìí ìwádìí omi (Lb) jẹ́ èrò kan tí ó ń gbajúmọ̀ ní kíákíá ní ẹ̀ka ìṣègùn. Èrò náà dá lórí wíwá àwọn ègé DNA tí ń tàn kálẹ̀ (ccfDNA), èyí tí a máa ń tú jáde gẹ́gẹ́ bí ègé kéékèèké lẹ́yìn ikú sẹ́ẹ̀lì nínú onírúurú àsopọ ara. Ìpín díẹ̀ lára ​​àwọn ègé wọ̀nyí wá láti inú àwọn àsopọ̀ tàbí àwọn ohun alààyè àjèjì (àjèjì). Nínú iṣẹ́ lọ́wọ́lọ́wọ́, a ti lo èrò yìí fún àwọn ègé mussels, irú ẹ̀yà sentinel kan tí a mọ̀ fún agbára ìṣàlẹ̀ omi òkun gíga wọn. A lo agbára àwọn ègé mussels láti ṣiṣẹ́ gẹ́gẹ́ bí àlẹ̀mọ́ àdánidá láti gba àwọn ègé DNA àyíká láti oríṣiríṣi orísun láti pèsè ìwífún nípa onírúurú ẹ̀dá alààyè ti àwọn ègé omi etíkun. Àwọn àbájáde wa fihàn pé ègé mussel hemolymph ní àwọn ègé DNA tí ó yàtọ̀ síra ní ìwọ̀n, láti 1 sí 5 kb. Ìtẹ̀lé ìbọn fihàn pé ọ̀pọ̀lọpọ̀ ègé DNA jẹ́ ti orísun àwọn kòkòrò àrùn àjèjì. Láàrín wọn, a rí àwọn ègé DNA láti inú bakitéríà, archaea, àti àwọn kòkòrò àrùn, títí kan àwọn kòkòrò àrùn tí a mọ̀ sí àwọn tí ó ń kó àkóràn bá onírúurú àwọn olùgbàlejò tí a sábà máa ń rí nínú àwọn ègé omi etíkun. Ní ìparí, ìwádìí wa fihàn pé èrò LB tí a lò fún àwọn ẹran mussels dúró fún orísun ìmọ̀ tó níye lórí ṣùgbọ́n tí a kò tí ì ṣe àwárí rẹ̀ nípa onírúurú àwọn ohun alààyè nínú àwọn àyíká omi etíkun.
Ipa ti iyipada oju-ọjọ (CC) lori oniruuru eda abemi ti awọn eto-aye inu omi jẹ agbegbe iwadii ti o nyara dagba. Igbona agbaye kii ṣe pe o fa awọn wahala pataki ti ara nikan, ṣugbọn o tun fa awọn opin itankalẹ ti iduroṣinṣin ooru ti awọn ohun abemi inu omi, ti o ni ipa lori ibugbe ọpọlọpọ awọn eya, ti o mu ki wọn wa awọn ipo ti o dara julọ [1, 2]. Ni afikun si ipa lori oniruuru eda abemi ti awọn metazoans, CC n da iwontunwonsi ti o rọrun ti awọn ibaraẹnisọrọ olugbalejo-awọn kokoro arun ru. Dysbacteriosis microbial yii jẹ irokeke nla si awọn eto-aye inu omi bi o ṣe jẹ ki awọn ohun abemi inu omi ni ifaragba si awọn kokoro arun ti o le ran lọwọ [3, 4]. A gbagbọ pe SS ṣe ipa pataki ninu iku pupọ, eyiti o jẹ iṣoro pataki fun iṣakoso awọn eto-aye inu omi agbaye [5, 6]. Eyi jẹ ọrọ pataki nitori awọn ipa eto-ọrọ aje, ayika ati ounjẹ ti ọpọlọpọ awọn eya inu omi. Eyi jẹ otitọ paapaa fun awọn bivalve ti n gbe ni awọn agbegbe pola, nibiti awọn ipa ti CK jẹ lẹsẹkẹsẹ ati lile [6, 7]. Ni otitọ, awọn bivalve bii Mytilus spp. ni a lo ni gbogbogbo lati ṣe atẹle awọn ipa ti CC lori awọn eto-aye inu omi. Kò yani lẹ́nu pé a ti ṣe àgbékalẹ̀ ọ̀pọ̀lọpọ̀ àwọn biomarkers láti ṣe àkíyèsí ìlera wọn, nígbà míìrán wọ́n ń lo ọ̀nà ìpele méjì tí ó ní àwọn biomarkers iṣẹ́ tí ó dá lórí iṣẹ́ enzymatic tàbí iṣẹ́ sẹ́ẹ̀lì bíi ṣíṣeéṣe sẹ́ẹ̀lì àti iṣẹ́ phagocytic [8]. Àwọn ọ̀nà wọ̀nyí tún ní wíwọ̀n ìṣọ̀kan àwọn àmì ìfúnpá pàtó tí ó kó jọ sínú àwọn àsopọ rírọ̀ lẹ́yìn gbígbà omi òkun púpọ̀. Síbẹ̀síbẹ̀, agbára ìfọ́lẹ̀ gíga àti ètò ìṣàn ẹ̀jẹ̀ aláìlágbára ti bivalves fúnni ní àǹfààní láti ṣe àgbékalẹ̀ àwọn biomarkers hemolymph tuntun nípa lílo èrò ti liquid biopsy (LB), ọ̀nà tí ó rọrùn àti tí ó kéré jùlọ sí ìtọ́jú aláìsàn. àwọn àyẹ̀wò ẹ̀jẹ̀ [9, 10]. Bó tilẹ̀ jẹ́ pé a lè rí ọ̀pọ̀lọpọ̀ irú àwọn molecule tí ń ṣàn nínú LB ènìyàn, èrò yìí dá lórí ìṣàyẹ̀wò ìtẹ̀lé DNA ti àwọn ègé DNA extracellular (ccfDNA) tí ń ṣàn nínú plasma. Ní gidi, wíwà DNA tí ń ṣàn nínú plasma ènìyàn ni a ti mọ̀ láti àárín ọ̀rúndún 20 [11], ṣùgbọ́n ní àwọn ọdún àìpẹ́ yìí ni wíwá àwọn ọ̀nà ìtẹ̀lé gíga ti yọrí sí àyẹ̀wò ìṣègùn tí ó dá lórí ccfDNA. Wíwà àwọn ègé DNA tí ń yíká yìí jẹ́ nítorí ìtújáde DNA genomic (nuclear àti mitochondrial) lẹ́yìn ikú sẹ́ẹ̀lì. Nínú àwọn ènìyàn tó ní ìlera, ìwọ̀n ccfDNA kìí sábà pọ̀ (<10 ng/mL) ṣùgbọ́n a lè pọ̀ sí i ní ìlọ́po márùn-ún sí mẹ́wàá nínú àwọn aláìsàn tó ní onírúurú àrùn tàbí tí wọ́n ní ìdààmú, èyí tó lè fa ìbàjẹ́ àsopọ̀. Nínú àwọn ènìyàn tó ní ìlera, ìwọ̀n ccfDNA kìí sábà pọ̀ (<10 ng/mL) ṣùgbọ́n a lè pọ̀ sí i ní ìlọ́po márùn-ún sí mẹ́wàá nínú àwọn aláìsàn tó ní onírúurú àrùn tàbí tí wọ́n ní ìdààmú, èyí tó lè fa ìbàjẹ́ àsopọ̀. У здоровых людей концентрация вккДНК в норме низкая (<10 нг/мл), но может повышаться в 5–10 различной патологией или подвергающихся стрессу, приводящему к повреждению тканей. Nínú àwọn ènìyàn tó ní ìlera, ìwọ̀n cccDNA sábà máa ń kéré (<10 ng/mL), ṣùgbọ́n ó lè pọ̀ sí i ní ìgbà 5–10 nínú àwọn aláìsàn tó ní onírúurú àrùn tàbí lábẹ́ wàhálà tó lè ba àsopọ jẹ́.在健康个体中，ccfDNA 的浓度通常较低（<10 ng/mL），但在患有各种病理或承受压力的承受压力的承受压力的承受压力的承受压力的承受压力的承受压力的承受压力。倍，从而导致组织损伤。在 健康 个体 中 ， ccfdna 的 浓度 低 （<10 ng/ml） 但 在增加 5-10 ， 从而 组织。 损伤 损伤 损伤Концентрации ccfDNA обычно низкие (<10 нг/мл) у различными патологиями или стрессом, что приводит к повреждению тканей. Ìwọ̀n ccfDNA sábà máa ń lọ sílẹ̀ (<10 ng/ml) láàárín àwọn ènìyàn tó ní ìlera tó dáa, àmọ́ a lè pọ̀ sí i ní ìlọ́po márùn-ún sí mẹ́wàá nínú àwọn aláìsàn tó ní onírúurú àrùn tàbí wàhálà, èyí tó máa ń yọrí sí ìbàjẹ́ àsopọ̀.Ìwọ̀n àwọn ègé ccfDNA yàtọ̀ síra, ṣùgbọ́n ó sábà máa ń wà láti 150 sí 200 bp. [12]. A lè lo ìṣàyẹ̀wò ccfDNA tí a yọ jáde fúnra rẹ̀, ìyẹn ni pé, ccfDNA láti inú àwọn sẹ́ẹ̀lì tí ó wà déédéé tàbí tí a yípadà, láti ṣàwárí àwọn ìyípadà ìbílẹ̀ àti epigenetic tí ó wà nínú genome nuclear àti/tàbí mitochondrial, nípa bẹ́ẹ̀ ó ń ran àwọn oníṣègùn lọ́wọ́ láti yan àwọn ìtọ́jú pàtó tí a fojú sí lórí molecule [13]. Síbẹ̀síbẹ̀, a lè rí ccfDNA láti inú àwọn orísun àjèjì bíi ccfDNA láti inú àwọn sẹ́ẹ̀lì ọmọ inú oyún nígbà oyún tàbí láti inú àwọn ẹ̀yà ara tí a ti gbìn [14,15,16,17]. ccfDNA tún jẹ́ orísun ìwífún pàtàkì fún wíwá wíwà àwọn nucleic acids ti ohun tí ó ń ranni (àjèjì), èyí tí ó ń gba ààyè láti rí àwọn àkóràn tí kò gbòòrò tí a kò fi ẹ̀jẹ̀ mọ̀, kí ó yẹra fún biopsy tí ó ń ranni lọ́wọ́ láti wọ inú àsopọ tí ó ní àkóràn [18]. Àwọn ìwádìí tuntun ti fihàn pé ẹ̀jẹ̀ ènìyàn ní orísun ìwífún tí a lè lò láti dá àwọn àkóràn fáírọ́ọ̀sì àti bakitéríà mọ̀, àti pé nǹkan bí 1% ti ccfDNA tí a rí nínú plasma ènìyàn jẹ́ ti orísun àjèjì [19]. Àwọn ìwádìí wọ̀nyí fihàn pé a lè ṣe àyẹ̀wò onírúurú ẹ̀dá alààyè ti microbiome tí ń yíká ara nípa lílo àyẹ̀wò ccfDNA. Síbẹ̀síbẹ̀, títí di àìpẹ́ yìí, a lo èrò yìí fún ènìyàn nìkan àti, dé ìwọ̀n díẹ̀, nínú àwọn ẹ̀dá ẹlẹ́gbẹ́ ara mìíràn [20, 21].
Nínú ìwé yìí, a lo agbára LB láti ṣe àgbéyẹ̀wò ccfDNA ti Aulacomya atra, ẹ̀yà gúúsù kan tí a sábà máa ń rí ní àwọn erékùsù Kerguelen tí ó wà ní ìsàlẹ̀ òkèèrè, àwùjọ àwọn erékùsù kan lórí pẹ̀tẹ́lẹ̀ ńlá kan tí ó dá sílẹ̀ ní mílíọ̀nù mẹ́ẹ̀ẹ́dọ́gbọ̀n ọdún sẹ́yìn. ìbúgbàù òkè ayọnáyèéfín. Nípa lílo ètò ìwádìí in vitro, a rí i pé àwọn ègé DNA nínú omi òkun ni àwọn ègé mussels máa ń gbé sókè kíákíá wọ́n sì wọ inú ẹ̀gbẹ́ hemolymph. Ìtẹ̀lé ìbọn ti fihàn pé mussel hemolymph ccfDNA ní àwọn ègé DNA ti ara rẹ̀ àti ti kì í ṣe ti ara rẹ̀, pẹ̀lú àwọn bakitéríà symbiotic àti àwọn ègé DNA láti inú àwọn biomes tí ó jẹ́ ti àwọn àyíká omi òkun olóró tí ó tutù. Hemolymph ccfDNA tún ní àwọn ìtẹ̀lé viral tí a yọ láti inú àwọn fáírọ́ọ̀sì pẹ̀lú àwọn agbègbè tí ó yàtọ̀ síra. A tún rí àwọn ègé DNA láti inú àwọn ẹranko oníṣẹ́ẹ̀lì bíi ẹja egungun, àwọn anemones omi, àwọn ewéko àti àwọn kòkòrò. Ní ìparí, ìwádìí wa fihàn pé a lè lo èrò LB fún àwọn aláìlera omi láti ṣe àgbékalẹ̀ ìṣètò jínì tó lọ́rọ̀ nínú àwọn ètò omi.
A kó àwọn àgbàlagbà (55-70 mm gígùn) Mytilus platensis (M. platensis) àti Aulacomya atra (A. atra) jọ láti etíkun àpáta àárín omi ti Port-au-France (049°21.235 S, 070°13.490 E.). Àwọn Erékùṣù Kerguelen ní oṣù Kejìlá ọdún 2018. A gba àwọn mussels aláwọ̀ búlúù mìíràn (Mytilus spp.) láti ọ̀dọ̀ olùtajà kan (PEI Mussel King Inc., Prince Edward Island, Canada) a sì gbé wọn sínú ojò afẹ́fẹ́ tí a ṣàkóso (4°C) tí ó ní 10–20 L ti omi iyọ̀ atọwọ́dá 32‰. (iyọ̀ okun atọwọ́dá Reef Crystal, Instant Ocean, Virginia, USA). Fún ìdánwò kọ̀ọ̀kan, a wọn gígùn àti ìwọ̀n àwọn ikarahun kọ̀ọ̀kan.
Ilana iwọle ọfẹ fun eto yii wa lori ayelujara (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1). Ni ṣoki, a gba hemolymph LB lati inu awọn iṣan abstactor gẹgẹbi a ti ṣalaye [22]. A ṣe alaye hemolymph naa nipa lilo centrifugation ni 1200×g fun iṣẹju mẹta, a fi omi ṣan omi naa (-20°C) di didi titi ti a fi lo. Fun iyasọtọ ati mimọ cfDNA, awọn ayẹwo (1.5-2.0 milimita) ni a yọ́ ati ṣe ilana nipa lilo ohun elo NucleoSnap cfDNA (Macherey-Nagel, Bethlehen, PA) gẹgẹbi awọn ilana olupese. A tọju ccfDNA ni -80°C titi di itupalẹ siwaju. Ninu awọn idanwo kan, a ya ccfDNA sọtọ ati wẹ nipa lilo Ohun elo Oniwadi DNA QIAamp (QIAGEN, Toronto, Ontario, Canada). A ṣe iwọn DNA mimọ nipa lilo idanwo PicoGreen boṣewa. A ṣe àyẹ̀wò ìpínkiri ìpínkiri ccfDNA tí a yà sọ́tọ̀ nípa lílo electrophoresis capillary nípa lílo Agilent 2100 bioanalyzer (Agilent Technologies Inc., Santa Clara, CA) nípa lílo High Sensitivity DNA Kit. A ṣe àyẹ̀wò náà nípa lílo 1 µl ti àpẹẹrẹ ccfDNA gẹ́gẹ́ bí ìlànà olùpèsè.
Fún títẹ̀lé àwọn ègé hemolymph ccfDNA, Génome Québec (Montreal, Quebec, Canada) ṣe àwọn ìkàwé shotgun nípa lílo ohun èlò Illumina DNA Mix ti ohun èlò Illumina MiSeq PE75. A lo ohun èlò adapter boṣewa (BioO). Àwọn fáìlì dátà tí a kò rí tẹ́lẹ̀ wà láti inú NCBI Sequence Read Archive (SRR8924808 àti SRR8924809). A ṣe àyẹ̀wò dídára kíkà ìpìlẹ̀ nípa lílo FastQC [23]. A ti lo Trimmomatic [24] fún pípa àwọn adapter àti àwọn kíkà tí kò dára. A da àwọn kíkà shotgun pẹ̀lú àwọn òpin tí a so pọ̀ pọ̀ FLASH pọ̀ mọ́ àwọn kíkà kan ṣoṣo tí ó gùn pẹ̀lú ìdàpọ̀ tí ó kéré jù ti 20 bp láti yẹra fún àìbáramu [25]. A fi BLASTN ṣe àpèjúwe àwọn ìkà tí a ṣọ̀kan nípa lílo ibi ìpamọ́ data NCBI Taxonomy bivalve (iye e < 1e−3 àti 90% homology), a sì fi DUST [26] bo àwọn ìtẹ̀léra onípele-kekere. A fi BLASTN ṣe àpèjúwe àwọn ìkà tí a ṣọ̀kan nípa lílo ibi ìpamọ́ data NCBI Taxonomy bivalve (iye e < 1e−3 àti 90% homology), a sì fi DUST [26] bo àwọn ìtẹ̀léra onípele-kekere. Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN спользованием NCBI (значение e <1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей. [26]. A fi BLASTN ṣe àpèjúwe àwọn ìwé tí a kó jọ nípa lílo ibi ìpamọ́ data NCBI bivalve taxonomy (iye e < 1e-3 àti 90% homology), a sì fi DUST [26] ṣe ìbòmọ́lẹ̀ ìtẹ̀léra tí ó díjú díẹ̀.使用双壳类NCBI 分类数据库（e 值< 1e-3 和90%进行低复杂度序列的掩蔽。使用 双 壳类 ncbi 分类（（<1e-3 和 90% 同源） 用 用 用进行复杂度 序列 的。。。 掩蔽 掩蔽掩蔽 掩蔽 掩蔽Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием моллюсков NCBI (значение e <1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой использованием ERUKU [26]. A fi BLASTN ṣe àpèjúwe àwọn ìwé tí a kó jọ nípa lílo ibi ìpamọ́ data NCBI bivalve taxonomic (iye e <1e-3 àti 90% homology), a sì fi DUST [26] ṣe ìbòmọ́lẹ̀ ìtẹ̀léra tí ó díjú díẹ̀.A pín àwọn ìwé kíkà sí àwọn ẹgbẹ́ méjì: tí ó ní í ṣe pẹ̀lú àwọn ìtẹ̀léra bivalve (tí a ń pè ní ìwé kíkà ara ẹni níbí) àti àwọn tí kò ní ìbáṣepọ̀ (tí kì í ṣe ìwé kíkà ara ẹni). A kó àwọn ẹgbẹ́ méjì jọ lọ́tọ̀ọ̀tọ̀ nípa lílo MEGAHIT láti ṣe àwọn contigs [27]. Ní àkókò kan náà, a pínpín ìpínkiri àwọn ìwé kíkà microbiome àjèjì nípa lílo Kraken2 [28], a sì fi àwòrán ṣe àfihàn rẹ̀ nípasẹ̀ àtẹ Krona pie lórí Galaxy [29, 30]. A pinnu pé àwọn kmers tí ó dára jùlọ jẹ́ kmers-59 láti inú àwọn ìdánwò àkọ́kọ́ wa. Lẹ́yìn náà, a dá àwọn àrùn ara-ẹni mọ̀ nípa títẹ̀lé BLASTN (ibi ìpamọ́ NCBI bivalve, iye e < 1e−10 àti 60% homology) fún àtúnyẹ̀wò ìkẹyìn. Lẹ́yìn náà, a dá àwọn àrùn ara-ẹni mọ̀ nípa títẹ̀lé BLASTN (ibi ìpamọ́ NCBI bivalve, iye e < 1e−10 àti 60% homology) fún àtúnyẹ̀wò ìkẹyìn. Затем собственные контиги были идентифицированы путем сопоставления с BLASTN значение e <1e-10 и гомология 60%) для окончательной аннотации. Lẹ́yìn náà, a dá àwọn àrùn ara-ẹni mọ̀ nípa ṣíṣe àfikún sí BLASTN (ìdámọ̀ràn NCBI bivalve, iye e <1e-10 àti 60% homology) fún àtúnyẹ̀wò ìkẹyìn.然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60%同源性）对齐来识别自身重叠群以进行最终注释。然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% Затем были идентифицированы собственные контиги для. для двустворчатых моллюсков, значение e <1e-10 и гомология 60%). Lẹ́yìn náà, a dá àwọn àrùn ara-ẹni mọ̀ fún àtúnyẹ̀wò ìkẹyìn nípa ṣíṣe àfikún sí BLASTN (ìdámọ̀ràn bivalve NCBI, iye e <1e-10 àti 60% homology). Ní ìtẹ̀léra, a fi BLASTN (ìdámọ̀ràn NCBI nt, iye e < 1e−10 àti 60% homology) ṣe àkọlé àwọn ẹgbẹ́ tí kì í ṣe ti ara wọn. Ní ìtẹ̀léra, a fi BLASTN (ìdámọ̀ràn NCBI nt, iye e < 1e−10 àti 60% homology) ṣe àkọlé àwọn ẹgbẹ́ tí kì í ṣe ti ara wọn. Параллельно чужеродные групповые контиги были аннотированы с помощью BLASTN (база данных nt NCBI, e) гомология 60%). Ní ìtẹ̀léra, a fi BLASTN (ìdámọ̀ràn NT NCBI, iye e <1e-10 àti 60% homology) ṣe àkọlé àwọn ẹgbẹ́ àjèjì.平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。 Параллельно контиги, не относящиеся к собственной группе. <1e-10 ati гомология 60%). Ní ìtẹ̀léra, a fi BLASTN (ìdámọ̀ràn NCBI nt, iye e <1e-10 àti 60% homology) ṣe àkọlé àwọn ẹgbẹ́ tí kìí ṣe ti ara wọn. A tun ṣe BLASTX lori awọn contigs ti kii ṣe ti ara ẹni nipa lilo awọn ibi ipamọ data amuaradagba nr ati RefSeq NCBI (iye e < 1e−10 ati 60% homology). A tun ṣe BLASTX lori awọn contigs ti kii ṣe ti ara ẹni nipa lilo awọn ibi ipamọ data amuaradagba nr ati RefSeq NCBI (iye e < 1e−10 ati 60% homology). BLASTX также был проведен на несамостоятельных контигах с использованием баз данных белка nr и RefSeq NCBI0 гомология 60%). A tun ṣe BLASTX lori awọn arun ti kii ṣe ti ara ẹni nipa lilo awọn ibi ipamọ data amuaradagba nr ati RefSeq NCBI (iye e < 1e-10 ati 60% homology).还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和60）吧）还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和60）吧） BLASTX также выполняли на несамостоятельных контигах с использованием баз данных белка nr и RefSeq NCBI гомология 60%). A tun ṣe BLASTX lori awọn arun ti kii ṣe ti ara ẹni nipa lilo awọn ibi ipamọ data amuaradagba nr ati RefSeq NCBI (iye e <1e-10 ati 60% homology).Àwọn adágún BLASTN àti BLASTX ti àwọn àrùn tí kìí ṣe ti ara wọn ni ó dúró fún àwọn àrùn ìkẹyìn (wo fáìlì Àfikún).
Àwọn àkọ́lé tí a lò fún PCR ni a kọ sínú Táblì S1. A lo Taq DNA polymerase (Bio Basic Canada, Markham, ON) láti mú kí àwọn jínì ccfDNA tó wà nínú ìfọkànsí pọ̀ sí i. Àwọn ipò ìṣesí wọ̀nyí ni a lò: denaturation ní 95°C fún ìṣẹ́jú 3, 95°C fún ìṣẹ́jú 1, ṣètò ìwọ̀n otútù annealing fún ìṣẹ́jú 1, gígùn ní 72°C fún ìṣẹ́jú 1, 35 cycles, àti nígbẹ̀yìn gbẹ́yín 72°C láàrín ìṣẹ́jú 10. A ya àwọn ọjà PCR sọ́tọ̀ nípasẹ̀ electrophoresis nínú àwọn gẹ́lì agarose (1.5%) tí ó ní SYBRTM Safe DNA Gel Stain (Invitrogen, Burlington, ON, Canada) ní 95 V.
Wọ́n fi omi òkun tí a fi oxygen ṣe (Mytilus spp.) sínú omi òkun tí a fi oxygen ṣe (32 PSU) fún wákàtí mẹ́rìnlélógún ní 4°C. A fi DNA plasmid tí ó ní ohun tí a fi sínú rẹ̀ tí ó ń ṣàfihàn ìtẹ̀léra cDNA ènìyàn (NCBI accession nọ́mbà L07769) kún inú ìgò náà ní ìpele ìkẹyìn ti 190 μg/μl. Àwọn omi tí a fi sínú ihò lábẹ́ àwọn ipò kan náà láìsí àfikún DNA ni a ń ṣàkóso. Ojò ìṣàkóso kẹta ní DNA tí kò ní omi. Láti ṣe àyẹ̀wò dídára DNA nínú omi òkun, a mú àwọn àpẹẹrẹ omi òkun (20 μl; àtúnṣe mẹ́ta) láti inú ojò kọ̀ọ̀kan ní àkókò tí a yàn. Fún ìtọ́pinpin DNA plasmid, a kó àwọn omi inú omi LB ní àwọn àkókò tí a yàn, a sì ṣe àyẹ̀wò wọn nípasẹ̀ qPCR àti ddPCR. Nítorí iye iyọ̀ tí ó pọ̀ nínú omi òkun, a fi omi PCR (1:10) pò àwọn omi inú omi kí a tó ṣe gbogbo àyẹ̀wò PCR.
A ṣe PCR droplet oni-nọmba (ddPCR) nipa lilo ilana BioRad QX200 (Mississauga, Ontario, Canada). Lo profaili iwọn otutu lati pinnu iwọn otutu ti o dara julọ (Table S1). A ṣe awọn droplet nipa lilo ẹrọ amudani QX200 (BioRad). A ṣe ddPCR gẹgẹbi atẹle: 95°C fun iṣẹju 5, awọn iyipo 50 ti 95°C fun awọn iṣẹju 30 ati iwọn otutu annealing ti a fun fun iṣẹju 1 ati 72°C fun awọn iṣẹju 30, 4°C fun iṣẹju 5 ati 90°C laarin awọn iṣẹju 5. A wọn nọmba awọn droplet ati awọn esi rere (nọmba awọn adakọ/µl) nipa lilo olukawe QX200 (BioRad). A kọ awọn ayẹwo pẹlu awọn droplet ti ko to 10,000. A ko ṣe iṣakoso ilana ni gbogbo igba ti a ba ṣiṣẹ ddPCR.
A ṣe qPCR nípa lílo Rotor-Gene® 3000 (Corbett Research, Sydney, Australia) àti àwọn àkọ́lé pàtàkì LGALS7. Gbogbo PCR onípele ni a ṣe ní 20 µl nípa lílo QuantiFast SYBR Green PCR Kit (QIAGEN). A bẹ̀rẹ̀ qPCR pẹ̀lú ìfàmọ́ra ìṣẹ́jú 15 ní 95°C lẹ́yìn náà, a tẹ̀lé e ní 40 cycles ní 95°C fún ìṣẹ́jú 10 àti ní 60°C fún ìṣẹ́jú 60 pẹ̀lú ìkójọpọ̀ dátà kan. A ṣe àwọn ìlà yíyọ́ nípa lílo àwọn ìwọ̀n tí ó tẹ̀lé ara wọn ní 95°C fún ìṣẹ́jú 5, 65°C fún ìṣẹ́jú 60, àti 97°C ní ìparí qPCR. A ṣe qPCR kọ̀ọ̀kan ní ìpele mẹ́ta, àyàfi fún àwọn àpẹẹrẹ ìṣàkóso.
Níwọ́n ìgbà tí a mọ̀ àwọn mussels fún ìwọ̀n ìfọ́mọ́ra gíga wọn, a kọ́kọ́ ṣe ìwádìí bóyá wọ́n lè ṣe àlẹ̀mọ́ àti pa àwọn ègé DNA tí ó wà nínú omi òkun mọ́. A tún nífẹ̀ẹ́ sí bóyá àwọn ègé wọ̀nyí kó jọ sínú ètò lymphatic wọn tí ó ṣí sílẹ̀. A yanjú ọ̀ràn yìí nípa ṣíṣe àyẹ̀wò nípa títẹ̀lé àyànmọ́ àwọn ègé DNA tí ó lè yọ́ tí a fi kún àwọn ojò mussel aláwọ̀ búlúù. Láti mú kí ìtọ́pinpin àwọn ègé DNA rọrùn, a lo DNA plasmid àjèjì (kì í ṣe ti ara ẹni) tí ó ní ìran galectin-7 ènìyàn. ddPCR ṣe àyẹ̀wò àwọn ègé DNA plasmid nínú omi òkun àti àwọn ègé mussels. Àwọn èsì wa fihàn pé tí iye àwọn ègé DNA nínú omi òkun bá dúró ní ìbámu pẹ̀lú àkókò (títí dé ọjọ́ 7) ní àìsí àwọn ègé mussels, nígbà náà ní iwájú àwọn ègé mussels, ìwọ̀n yìí fẹ́rẹ̀ẹ́ parẹ́ pátápátá láàrín wákàtí 8 (Àwòrán 1a,b). A rí àwọn ègé DNA exogenous láàárín ìṣẹ́jú 15 nínú omi inú valvular àti hemolymph (Àwòrán 1c). A ṣì lè rí àwọn ègé wọ̀nyí títí di wákàtí 4 lẹ́yìn ìfarahàn. Iṣẹ́ àlẹ̀mọ́ yìí ní ìbámu pẹ̀lú àwọn ègé DNA jẹ́ ẹ́gbẹ́ pẹ̀lú ìṣiṣẹ́ àlẹ̀mọ́ ti bakitéríà àti ewéko [31]. Àwọn àbájáde wọ̀nyí fihàn pé àwọn ẹran ara lè ṣe àlẹ̀mọ́ àti kó DNA àjèjì jọ sínú àwọn ibi tí omi wà.
Ìwọ̀n ìṣọ̀kan tó wà nínú DNA plasmid nínú omi òkun nígbà tí ó bá wà ní (A) tàbí nígbà tí kò sí (B) ti mussels, tí a fi ddPCR wọ̀n. Nínú A, a fi àwọn àbájáde hàn gẹ́gẹ́ bí ìpín ọgọ́rùn-ún, pẹ̀lú àwọn ààlà àwọn àpótí tí ó dúró fún ìpín ọgọ́rùn-ún 75 àti 25. A fi ìtẹ̀sí logarithmic tí a fi síta hàn ní pupa, àti agbègbè tí a fi àwọ̀ ewé ṣe dúró fún àárín ìgbẹ́kẹ̀lé 95%. Nínú B, ìlà pupa dúró fún àárín àti ìlà búlúù dúró fún àárín ìgbẹ́kẹ̀lé 95% fún ìfọkànsí. C Ìkójọpọ̀ DNA plasmid nínú hemolymph àti omi valvular ti mussels ní àwọn àkókò ọ̀tọ̀ọ̀tọ̀ lẹ́yìn tí a fi DNA plasmid kún un. Àwọn àbájáde ni a gbé kalẹ̀ gẹ́gẹ́ bí àwọn àdàkọ pípé tí a rí/mL (±SE).
Lẹ́yìn náà, a ṣe ìwádìí lórí ìpilẹ̀ṣẹ̀ ccfDNA nínú àwọn mussels tí a kó jọ láti inú àwọn ibùsùn mussel ní àwọn erékùsù Kerguelen, ẹgbẹ́ àwọn erékùsù jíjìnnà tí ó ní ipa ènìyàn díẹ̀. Fún ète yìí, a ya cccDNA láti inú mussel hemolymphs sọ́tọ̀ tí a sì sọ di mímọ́ nípa lílo àwọn ọ̀nà tí a sábà máa ń lò láti sọ cccDNA ènìyàn di mímọ́ [32, 33]. A rí i pé ìwọ̀n hemolymph ccfDNA tí ó wà nínú mussels wà ní ìwọ̀n micrograms kékeré fún ml hemolymph (wo Táblì S2, Àfikún Ìwífún). Ìwọ̀n ìfojúsùn yìí tóbi ju ti àwọn ènìyàn tí wọ́n ní ìlera lọ (àwọn nanograms kékeré fún millilita kan), ṣùgbọ́n ní àwọn ọ̀ràn tí ó ṣọ̀wọ́n, nínú àwọn aláìsàn àrùn jẹjẹrẹ, ìwọ̀n ccfDNA lè dé ọ̀pọ̀lọpọ̀ micrograms fún millilita kan [34, 35]. Ìwádìí lórí ìpínkiri ìwọ̀n hemolymph ccfDNA fihàn pé àwọn ègé wọ̀nyí yàtọ̀ síra ní ìwọ̀n, láti 1000 bp sí 1000 bp. títí dé 5000 bp (Àwòrán 2). Àwọn àbájáde kan náà ni a rí nípa lílo ohun èlò ìwádìí QIAamp tí ó jẹ́ ti silica, ọ̀nà kan tí a sábà máa ń lò nínú ìmọ̀ ìjìnlẹ̀ nípa ìwádìí láti yára ya DNA genomic sọ́tọ̀ àti láti sọ ọ́ di mímọ́ kúrò nínú àwọn àyẹ̀wò DNA tí ó ní ìwọ̀n díẹ̀, títí kan ccfDNA [36].
Aṣojú ccfDNA electrophoregram ti mussel hemolymph. A yọ ọ́ jáde pẹ̀lú NucleoSnap Plasma Kit (òkè) àti QIAamp DNA Investigator Kit. B fíólìn fíólì tó ń fi ìpínkiri hemolymph ccfDNA (±SE) hàn nínú mussels. Àwọn ìlà dúdú àti pupa dúró fún àárín àti ìpele àkọ́kọ́ àti ìkẹta, ní ìtẹ̀léra.
Nǹkan bí 1% ccfDNA nínú ènìyàn àti àwọn ẹranko primates ní orísun àjèjì [21, 37]. Nítorí ètò ìṣàn ẹ̀jẹ̀ tí ó ṣí sílẹ̀ díẹ̀ ti bivalves, omi òkun tí ó ní àwọn microbial, àti ìpínkiri iwọn mussel ccfDNA, a ṣe àbájáde pé mussel hemolymph ccfDNA lè ní adágún DNA microbial tí ó ní ọ̀pọ̀lọpọ̀ àti onírúurú. Láti dán àbá yìí wò, a ṣe àtòjọ hemolymph ccfDNA láti inú àwọn àpẹẹrẹ atra Aulacomya tí a kó jọ láti àwọn erékùṣù Kerguelen, tí ó fúnni ní iye ìwé tí ó ju mílíọ̀nù mẹ́wàá lọ, 97.6% nínú èyí tí ó kọjá ìṣàkóso dídára. Lẹ́yìn náà, a pín àwọn ìwé kíkà náà sí orísun ara ẹni àti ti kì í ṣe ti ara ẹni nípa lílo ibi ìpamọ́ data BLASTN àti NCBI bivalve (Àwòrán S1, Àfikún Ìwífún).
Nínú ènìyàn, a lè tú DNA nuclear àti mitochondrial sínú ẹ̀jẹ̀ [38]. Síbẹ̀síbẹ̀, nínú ìwádìí yìí, kò ṣeé ṣe láti ṣàlàyé DNA nuclear genomic ti mussels ní kíkún, nítorí pé a kò tíì ṣe ìtòlẹ́sẹẹsẹ tàbí ṣàpèjúwe genome A. atra. Síbẹ̀síbẹ̀, a lè ṣàwárí ọ̀pọ̀lọpọ̀ àwọn ccfDNA ti ìpilẹ̀ṣẹ̀ wa nípa lílo ìkàwé bivalve (Àwòrán S2, Àfikún Ìwífún). A tún jẹ́rìí sí wíwà àwọn gégé DNA ti ìpilẹ̀ṣẹ̀ wa nípa lílo PCR amplification ti àwọn gégé A. atra wọ̀nyẹn tí a ṣe ìtòlẹ́sẹẹsẹ (Àwòrán 3). Bákan náà, nítorí pé genome mitochondrial ti A. atra wà ní àwọn ibi ìkópamọ́ gbogbogbòò, a lè rí ẹ̀rí fún wíwà àwọn gégé ccfDNA mitochondrial nínú hemolymph ti A. atra. A fi PCR amplification jẹ́rìí sí wíwà àwọn gégé DNA mitochondrial nípa lílo PCR amplification (Àwòrán 3).
Onírúurú àwọn jínì mitochondrial ló wà nínú hemolymph ti A. atra (àwọn àmì pupa – nọ́mbà ìṣúra: SRX5705969) àti M. platensis (àwọn àmì búlúù – nọ́mbà ìṣúra: SRX5705968) tí PCR mú pọ̀ sí i. Àwòrán tí a yà láti Breton àti àwọn ẹlòmíràn, 2011 B Ìmúdàgba ti àwọ̀ hemolymph supernatant láti A. atra Tí a tọ́jú sínú ìwé FTA. Lo ìfúnpọ̀ 3 mm láti fi kún tààrà sí inú páìpù PCR tí ó ní àdàpọ̀ PCR.
Nítorí iye àwọn kòkòrò àrùn tó wà nínú omi òkun, a kọ́kọ́ dojúkọ bí a ṣe ń ṣe àfihàn àwọn ìtẹ̀léra DNA oní-kòkòrò àrùn nínú hemolymph. Láti ṣe èyí, a lo àwọn ọgbọ́n méjì tó yàtọ̀ síra. Ọgbọ́n àkọ́kọ́ lo Kraken2, ètò ìṣètò ìtẹ̀léra tó dá lórí algoridimu tó lè dá àwọn ìtẹ̀léra microbial mọ̀ pẹ̀lú ìpéye tó jọ BLAST àti àwọn irinṣẹ́ míìrán [28]. A pinnu pé ó ju 6719 ìwé lọ láti inú bakitéríà, nígbà tí 124 àti 64 wá láti inú archaea àti àwọn kòkòrò àrùn, lẹ́sẹẹsẹ (Àwòrán 4). Àwọn ègé DNA oní-kòkòrò àrùn tó pọ̀ jùlọ ni Firmicutes (46%), Proteobacteria (27%), àti Bacteroidetes (17%) (Àwòrán 4a). Pínpín yìí bá àwọn ìwádìí ìṣáájú mussel blue mussel mussell muscle ... Ọ̀nà ddPCR fìdí rẹ̀ múlẹ̀ pé àwọn ègé DNA Vibrio wà nínú ccfDNA ti A. atra hemolymph (Àwòrán 4c) [41]. Láti gba ìwífún síi nípa orísun bakitéríà ti ccfDNA, a tún lo ọ̀nà míràn (Àwòrán S2, Àfikún Ìwífún). Nínú ọ̀ràn yìí, àwọn ìwé tí a kọ nípa ìdàpọ̀ ni a kó jọ gẹ́gẹ́ bí àwọn ìwé tí a so pọ̀, a sì pín wọn sí oríṣiríṣi bíi ti ara ẹni (bivalves) tàbí ti ara ẹni nípa lílo BLASTN àti iye e ti 1e−3 àti ìpín pẹ̀lú ìbáramu >90%. Nínú ọ̀ràn yìí, àwọn ìwé tí a kọ nípa ìdàpọ̀ ni a kó jọ gẹ́gẹ́ bí àwọn ìwé tí a so pọ̀, a sì pín wọn sí oríṣiríṣi bíi ti ara ẹni (bivalves) tàbí ti ara ẹni nípa lílo BLASTN àti iye e ti 1e−3 àti ìpín pẹ̀lú ìbáramu >90%. В. (двустворчатые моллюски) или чужие по происхождению с использованием BLASTN и значения e 1e-3 и отсегомом. Nínú ọ̀ràn yìí, a kó àwọn ìwé tí ó jọra jọ gẹ́gẹ́ bí àwọn ìwé tí a fi ìparí méjì ṣe, a sì pín wọn sí oríṣiríṣi gẹ́gẹ́ bí ìbílẹ̀ (bívalve) tàbí èyí tí kìí ṣe ti àkọ́kọ́ nípa lílo BLASTN àti iye e ti 1e-3, a sì pín wọn sí oríṣiríṣi tí ó ju 90% lọ.在这种情况下，重叠的读数组装为配对末端读数，并使用BLASTN 和1e-3 的e 值和>90%同源性的截止值分类为自身（双壳类）或非自身来源。在 这种 情况 下 ， 重叠 读数 组装 为 配 末端 读数同源性 的 分类 自身（双 壳类） 非 自身….. В. (двустворчатые моллюски) или несобственные по происхождению с использованием значений e BLASTN и 1e-3 Nínú ọ̀ràn yìí, a kó àwọn ìwé tí ó jọra jọ gẹ́gẹ́ bí àwọn ìwé tí a fi ìparí méjì ṣe, a sì pín wọn sí àwọn ìwé tí ó ní (bivalves) tàbí àwọn tí kìí ṣe ti àkọ́kọ́ nípa lílo àwọn iye e BLASTN àti 1e-3 àti ààlà ìbáramu >90%.Níwọ́n ìgbà tí a kò tí ì ṣe ìtòlẹ́sẹẹsẹ genome A. atra, a lo ètò ìṣètò de novo ti MEGAHIT Next Generation Sequencing (NGS). Àròpọ̀ contigs 147,188 ni a ti dá mọ̀ gẹ́gẹ́ bí àwọn tí ó dúró lórí (bivalves) ti orísun. Lẹ́yìn náà ni a fi àwọn e-values ​​​​tí 1e-10 bẹ́ àwọn contigs wọ̀nyí nípa lílo BLASTN àti BLASTX. Ọgbọ́n yìí jẹ́ kí a lè dá àwọn ègé tí kì í ṣe bivalve 482 tí ó wà nínú A. atra ccfDNA mọ̀. Ó ju ìdajì (57%) àwọn ègé DNA wọ̀nyí ni a gbà láti inú bakitéríà, pàápàá jùlọ láti inú àwọn gill symbionts, títí kan àwọn sulfotrophic symbionts, àti láti inú àwọn gill symbionts Solemya velum (Àwòrán 5).
Ìwọ̀n tó pọ̀ ní ìpele irú. B Ìyàtọ̀ àwọn microbial ti phyla pàtàkì méjì (Firmicutes àti Proteobacteria). Àfikún ddPCR C Vibrio spp. A. Àwọn ìpín ti 16S rRNA gene (blue) nínú àwọn hemolymph atra mẹ́ta.
A ṣe àyẹ̀wò àpapọ̀ àwọn àrùn tó tó 482. Àkópọ̀ gbogbogbòò ti ìpínkiri àwọn àkọsílẹ̀ ìfàmọ́ra metagenomic (prokaryotes àti eukaryotes). B Pínpín kíkún ti àwọn ègé DNA bakitéríà tí BLASTN àti BLASTX dámọ̀.
Àtúpalẹ̀ Kraken2 tún fi hàn pé mussel ccfDNA ní àwọn ègé DNA archaeal nínú, títí kan àwọn ègé DNA ti Euryarchaeota (65%), Crenarchaeota (24%), àti Thaurmarcheota (11%) (Àwòrán 6a). Wíwà àwọn ègé DNA tí a rí láti Euryarchaeota àti Crenarchaeota, tí a ti rí tẹ́lẹ̀ ní àwùjọ àwọn ègé Californian mussels, kò yẹ kí ó jẹ́ ohun ìyanu [42]. Bó tilẹ̀ jẹ́ pé Euryarchaeota sábà máa ń ní í ṣe pẹ̀lú àwọn ipò líle koko, a ti mọ̀ nísinsìnyí pé Euryarchaeota àti Crenarcheota jẹ́ ọ̀kan lára ​​àwọn prokaryotes tí ó wọ́pọ̀ jùlọ ní àyíká cryogenic ti omi [43, 44]. Wíwà àwọn ègé methanogenic nínú àwọn ègé mussels kò yani lẹ́nu, nítorí àwọn ìròyìn tuntun nípa jíjó methane púpọ̀ láti inú jíjó ìsàlẹ̀ ní Kerguelen Plateau [45] àti ìṣelọ́pọ́ methane microbial tí a rí ní etíkun àwọn Erékùṣù Kerguelen [46].
Lẹ́yìn náà ni àfiyèsí wa yí sí àwọn kíkà láti inú àwọn kòkòrò àrùn DNA. Gẹ́gẹ́ bí a ti mọ̀, èyí ni ìwádìí àkọ́kọ́ tí a kò fojú sí lórí àkóónú kòkòrò àrùn náà nínú àwọn mussels. Gẹ́gẹ́ bí a ti retí, a rí àwọn ègé DNA ti àwọn bacteriophages (Caudovirales) (Àwòrán 6b). Síbẹ̀síbẹ̀, DNA kòkòrò àrùn tó wọ́pọ̀ jùlọ wá láti inú phylum ti nucleocytoviruses, tí a tún mọ̀ sí kòkòrò àrùn DNA ńlá cytoplasmic (NCLDV), èyí tí ó ní genome tó tóbi jùlọ nínú kòkòrò àrùn náà. Nínú phylum yìí, ọ̀pọ̀lọpọ̀ àwọn ìtẹ̀lé DNA jẹ́ ti àwọn ìdílé Mimimidoviridae (58%) àti Poxviridae (21%), tí àwọn ọmọ ogun àdánidá wọn ní àwọn vertebrates àti arthropods, nígbà tí ìpín díẹ̀ nínú àwọn ìtẹ̀lé DNA wọ̀nyí jẹ́ ti àwọn èèpo virological tí a mọ̀. Ó ń kó àrùn eukaryotic nínú omi. A tún rí àwọn ìtẹ̀lé náà láti inú kòkòrò àrùn Pandora, kòkòrò àrùn ńlá tó ní ìwọ̀n genome tó tóbi jùlọ nínú gbogbo ìtẹ̀lé fáírọ́ọ̀sì tí a mọ̀. Lọ́nà tó yani lẹ́nu, iye àwọn olùgbàlejò tí a mọ̀ pé wọ́n ní àkóràn kòkòrò náà, gẹ́gẹ́ bí a ṣe pinnu rẹ̀ nípasẹ̀ ìtẹ̀léra hemolymph ccfDNA, tóbi díẹ̀ (Àwòrán S3, Àfikún Ìwífún). Ó ní àwọn kòkòrò tí ó ń kó àkóràn bá àwọn kòkòrò bíi Baculoviridae àti Iridoviridae, àti àwọn kòkòrò tí ó ń kó àkóràn bá amoeba, ewéko àti àwọn vertebrates. A tún rí àwọn ìtẹ̀léra tí ó bá genome Pithovirus sibericum mu. A kọ́kọ́ ya àwọn kòkòrò Pitoviruses (tí a tún mọ̀ sí “àwọn kòkòrò zombie”) sọ́tọ̀ láti inú àwọn kòkòrò permafrost ọdún 30,000 ní Siberia [47]. Nítorí náà, àwọn àbájáde wa bá àwọn ìròyìn ìṣáájú mu tí ó fihàn pé kì í ṣe gbogbo àwọn kòkòrò òde òní wọ̀nyí ló parẹ́ [48] àti pé àwọn kòkòrò wọ̀nyí lè wà nínú àwọn àyíká omi subarctic tí ó jìnnà sí ilẹ̀.
Níkẹyìn, a dán an wò láti rí bóyá a lè rí àwọn ègé DNA láti inú àwọn ẹranko oní-ẹ̀mí ...
Nínú ìwé yìí, a lo èrò LB fún àwọn ẹranko mussels, a sì jiyàn pé ìtẹ̀léra ìbọn hemolymph ccfDNA lè fúnni ní òye nípa ìṣètò àwọn ètò àyíká etíkun omi. Ní pàtàkì, a rí i pé 1) mussel hemolymph ní àwọn ìfọ́pọ̀ gíga (ìwọ̀n microgram) ti àwọn ẹ̀yà DNA tí ó tóbi (~1-5 kb) tí ń yíká; 2) àwọn ẹ̀yà DNA wọ̀nyí jẹ́ aláìdúróṣinṣin àti aláìdúróṣinṣin 3) Láàárín àwọn orísun àjèjì ti àwọn ẹ̀yà DNA wọ̀nyí, a rí bakteria, archaeal àti viral DNA, àti DNA ti àwọn ẹranko multicellular mìíràn; 4) Ìkójọpọ̀ àwọn ẹ̀yà ccfDNA àjèjì wọ̀nyí nínú hemolymph ń ṣẹlẹ̀ kíákíá ó sì ń ṣe àfikún sí iṣẹ́ àlẹ̀mọ́ inú ti àwọn ẹranko mussels. Ní ìparí, ìwádìí wa fihàn pé èrò LB, tí a ti lò ní pàtàkì nínú iṣẹ́ biomedicine, ń ṣàfihàn orísun ìmọ̀ ọlọ́rọ̀ ṣùgbọ́n tí a kò tíì ṣe àwárí tí a lè lò láti lóye ìbáṣepọ̀ láàárín àwọn ẹ̀yà sentinel àti àyíká wọn dáadáa.
Ní àfikún sí àwọn ẹranko arúgbó, a ti ròyìn ìyàsọ́tọ̀ ccfDNA nínú àwọn ẹranko oníran, títí bí eku, ajá, ológbò, àti ẹṣin [50, 51, 52]. Síbẹ̀síbẹ̀, gẹ́gẹ́ bí a ti mọ̀, ìwádìí wa ni àkọ́kọ́ láti ròyìn wíwá àti ìtẹ̀léra ccfDNA nínú àwọn ẹranko omi pẹ̀lú ètò ìṣàn ẹ̀jẹ̀ tí ó ṣí sílẹ̀. Ìrísí ara àti agbára ìṣàlẹ̀ yìí ti àwọn ẹran mussels lè, ó kéré tán ní apá kan, ṣàlàyé àwọn ànímọ́ ìwọ̀n tí ó yàtọ̀ síra ti àwọn ẹran DNA tí ń ṣàn ní ìfiwéra pẹ̀lú àwọn ẹ̀yà mìíràn. Nínú ènìyàn, ọ̀pọ̀lọpọ̀ àwọn ẹran DNA tí ń ṣàn nínú ẹ̀jẹ̀ jẹ́ àwọn ẹran kéékèèké tí ó wà ní ìwọ̀n láti 150 sí 200 bp. pẹ̀lú òkè gíga jùlọ ti 167 bp [34, 53]. Apá kékeré ṣùgbọ́n pàtàkì ti àwọn ẹran DNA wà láàárín 300 àti 500 bp ní ìwọ̀n, àti nípa 5% wọ́n gùn ju 900 bp lọ. [54]. Ìdí tí a fi ń pín ìwọ̀n yìí ni pé orísun pàtàkì ti ccfDNA nínú plasma máa ń wáyé nítorí ikú sẹ́ẹ̀lì, yálà nítorí ikú sẹ́ẹ̀lì tàbí nítorí necrosis ti àwọn sẹ́ẹ̀lì hematopoietic tí ń yí kiri nínú àwọn ènìyàn tí wọ́n ní ìlera tàbí nítorí apoptosis ti àwọn sẹ́ẹ̀lì tumor nínú àwọn aláìsàn àrùn jẹjẹrẹ (tí a mọ̀ sí DNA tumor tí ń yí kiri). , ctDNA). Ìpínkiri ìwọ̀n ti hemolymph ccfDNA tí a rí nínú àwọn mussels wà láti 1000 sí 5000 bp, èyí tí ó fihàn pé mussel ccfDNA ní orísun tí ó yàtọ̀. Èyí jẹ́ àbá èrò tí ó bọ́gbọ́n mu, nítorí pé àwọn mussels ní ètò iṣan ara tí ó ṣí sílẹ̀ díẹ̀ wọ́n sì ń gbé ní àyíká omi òkun tí ó ní àwọn ìfọ́pọ̀ gíga ti microbial genomic DNA. Ní gidi, àwọn àyẹ̀wò yàrá wa nípa lílo DNA exogenous ti fihàn pé àwọn mussels kó àwọn ègé DNA jọ sínú omi òkun, ó kéré tán lẹ́yìn wákàtí díẹ̀ wọ́n máa ń bàjẹ́ lẹ́yìn gbígbà sẹ́ẹ̀lì àti/tàbí tí a tú jáde àti/tàbí tí a tọ́jú sínú onírúurú àjọ. Nítorí àìtó àwọn sẹ́ẹ̀lì (àti prokaryotic àti eukaryotic), lílo àwọn ìpín intravalvular yóò dín iye ccfDNA kù láti orísun ara ẹni àti láti orísun àjèjì. Ní ríronú nípa pàtàkì àìlera àdánidá bivalve àti iye phagocytes tí ń yíká kiri, a tún ṣe àbájáde pé kódà ccfDNA àjèjì ní àwọn phagocytes tí ń yíká kiri tí wọ́n ń kó DNA àjèjì jọ nígbà tí wọ́n bá jẹ àwọn ohun tí kòkòrò àrùn àti/tàbí àwọn ìdọ̀tí sẹ́ẹ̀lì. Ní àpapọ̀, àwọn àbájáde wa fihàn pé bivalve hemolymph ccfDNA jẹ́ ibi ìpamọ́ àrà ọ̀tọ̀ ti ìwífún nípa molecule àti pé ó ń fi kún ipò wọn gẹ́gẹ́ bí irú sentinel.
Àwọn ìwádìí wa fihàn pé ìtẹ̀léra àti ìṣàyẹ̀wò àwọn ègé hemolymph ccfDNA tí bakitéríà mú jáde lè fúnni ní ìwífún pàtàkì nípa àwọn flora bakitéríà tí ó wà nínú àyíká omi òkun tí ó yí i ká. Àwọn ọ̀nà ìtẹ̀léra ìbọn ti fi àwọn ìtẹ̀léra ti bakitéríà commensal A. atra gill tí ìbá ti pàdánù tí a bá ti lo àwọn ọ̀nà ìdámọ̀ 16S rRNA àṣà, nítorí pé ó jẹ́ nítorí ìfàmọ́ra ìkàwé ìtọ́kasí. Ní gidi, lílo ìwífún LB tí a kó jọ láti inú M. platensis nínú ìpele mussel kan náà ní Kerguelen fihàn pé ìṣètò àwọn symbionts bakitéríà tí ó níí ṣe pẹ̀lú gill jẹ́ kan náà fún àwọn ẹ̀yà mussel méjèèjì (Àwòrán S4, Àfikún Ìwífún). Ìbáradọ́gba yìí ti àwọn mussel méjì tí ó yàtọ̀ síra nínú ìṣẹ̀dá lè ṣe àfihàn ìṣètò àwọn agbègbè bakitéríà nínú àwọn ibi ìdókòwò tútù, sulfurous, àti volcanoes ti Kerguelen [55, 56, 57, 58]. A ti ṣàpèjúwe àwọn ìpele gíga ti àwọn microorganisms tí ń dín sulfur kù nígbà tí a ń kó àwọn mussels láti àwọn agbègbè etíkun tí a ti bo pẹ̀lú bioturbated [59], bíi etíkun Port-au-France. Ó ṣeé ṣe kí ìtànkálẹ̀ ìgbìnlẹ̀ tó wà ní ìsàlẹ̀ lè ní ipa lórí flora mussel commensal [60, 61]. A nílò ìwádìí síi láti mọ ìbáṣepọ̀ láàárín àyíká omi, ojú ilẹ̀ òkun, àti ìṣọ̀kan àwọn bakitéríà symbiotic nínú mussels. Àwọn ìwádìí wọ̀nyí ń lọ lọ́wọ́lọ́wọ́.
Gígùn àti ìfọkànsí hemolymph ccfDNA, ìrọ̀rùn rẹ̀ láti sọ di mímọ́, àti dídára gíga láti jẹ́ kí ìtẹ̀léra shotgun yára jẹ́ díẹ̀ lára ​​àwọn àǹfààní púpọ̀ ti lílo mussel ccfDNA láti ṣe àyẹ̀wò onírúurú ẹ̀dá alààyè nínú àwọn àyíká omi etíkun. Ọ̀nà yìí munadoko ní pàtàkì fún ṣíṣe àfihàn àwọn agbègbè viral (viromes) nínú àyíká kan pàtó [62, 63]. Láìdàbí bakitéríà, archaea, àti eukaryotes, àwọn genomes viral kò ní àwọn jiini tí a fi phylogenetic pamọ́ bíi ìtẹ̀léra 16S. Àwọn àbájáde wa fihàn pé a lè lo àwọn biopsies omi láti inú àwọn ẹ̀yà indicator bíi mussels láti dá àwọn iye tí ó pọ̀ tó ti àwọn ègé ccfDNA virus tí a mọ̀ sí àkóràn àwọn olúgbàlejò tí ó sábà máa ń gbé nínú àwọn àyíká omi etíkun. Èyí ní àwọn virus tí a mọ̀ sí àkóràn protozoa, arthropods, kòkòrò, ewéko, àti àwọn virus bakitéríà (fún àpẹẹrẹ, bacteriophages). A rí irú ìpínkiri kan náà nígbà tí a ṣe àyẹ̀wò virome hemolymph ccfDNA ti blue mussels (M. platensis) tí a kó jọ ní ìpele mussel kan náà ní Kerguelen (Table S2, Afikun Alaye). Ìtẹ̀lé ìbọn ccfDNA jẹ́ ọ̀nà tuntun tí ó ń gba agbára nínú ìkẹ́kọ̀ọ́ virome ti ènìyàn tàbí àwọn ẹ̀yà mìíràn [21, 37, 64]. Ọ̀nà yìí wúlò gan-an fún kíkẹ́kọ̀ọ́ àwọn fáírọ́ọ̀sì DNA onípele méjì, nítorí pé kò sí jìnnì kan ṣoṣo tí a pamọ́ láàrín gbogbo àwọn fáírọ́ọ̀sì DNA onípele méjì, tí ó dúró fún àwọn fáírọ́ọ̀sì onírúurú àti gbígbòòrò jùlọ ní Baltimore [65]. Bó tilẹ̀ jẹ́ pé ọ̀pọ̀lọpọ̀ àwọn fáírọ́ọ̀sì wọ̀nyí kò sí ní ìsọ̀rí-ẹ̀ka àti pé ó lè ní àwọn fáírọ́ọ̀sì láti apá kan tí a kò mọ̀ pátápátá nínú ayé fáírọ́ọ̀sì [66], a rí i pé àwọn fáírọ́ọ̀sì àti àwọn agbègbè tí a gbà ti mussels A. atra àti M. platensis wà láàrín àwọn fáírọ́ọ̀sì méjèèjì. Bákan náà (wo àwòrán S3, àfikún àlàyé). Ìbáramu yìí kò yani lẹ́nu, nítorí pé ó lè fi àìní yíyàn hàn nínú gbígbà DNA tí ó wà ní àyíká. Àwọn ìwádìí ọjọ́ iwájú nípa lílo RNA tí a ti wẹ̀ mọ́ ni a nílò lọ́wọ́lọ́wọ́ láti ṣe àpèjúwe fáírọ́ọ̀mù RNA.
Nínú ìwádìí wa, a lo ọ̀nà ìpele tó lágbára gan-an tí a ṣe àtúnṣe láti inú iṣẹ́ Kowarski àti àwọn ẹlẹgbẹ́ rẹ̀ [37], tí wọ́n lo ìpele méjì ti ìparẹ́ àwọn ìpele ìpele àti àwọn ìtẹ̀síwájú kí wọ́n tó kó ccfDNA ìbílẹ̀ jọ àti lẹ́yìn tí wọ́n kó jọ, èyí sì yọrí sí ìpín gíga ti àwọn ìpele tí kò ní ìpele. Nítorí náà, a kò le ṣe àtúnṣe pé díẹ̀ nínú àwọn ìpele tí kò ní ìpele yìí lè ní ìpilẹ̀ṣẹ̀ tiwọn, ní pàtàkì nítorí pé a kò ní ìtọ́kasí ìrísí fún irú mussel yìí. A tún lo ọ̀nà ìpele yìí nítorí a ní àníyàn nípa àwọn chimeras láàárín àwọn ìpele ara ẹni àti àwọn ìpele tí kì í ṣe ti ara ẹni àti àwọn ìpele kíkà tí Illumina MiSeq PE75 ń mú jáde. Ìdí mìíràn fún ọ̀pọ̀lọpọ̀ àwọn ìpele tí kò ní ìpele ni pé ọ̀pọ̀lọpọ̀ àwọn kòkòrò inú omi, pàápàá jùlọ ní àwọn agbègbè jíjìnnà bíi Kerguelen, ni a kò tí ì kọ orúkọ wọn sílẹ̀. A lo Illumina MiSeq PE75, a gbà pé àwọn ìpele ccfDNA tí ó jọ ccfDNA ènìyàn. Fún àwọn ìwádìí ọjọ́ iwájú, nítorí àwọn àbájáde wa tí ó fihàn pé hemolymph ccfDNA ní ìpele kíkà tó gùn ju ènìyàn àti/tàbí àwọn ẹranko oníran, a gbani nímọ̀ràn láti lo pẹpẹ ìtẹ̀léra tí ó dára jù fún àwọn ìpele ccfDNA gígùn. Ìṣe yìí yóò jẹ́ kí ó rọrùn púpọ̀ láti mọ àwọn àmì tó pọ̀ sí i fún ìwádìí jíjinlẹ̀. Gbígbà ìtẹ̀léra genome A. atra nuclear tí kò sí lọ́wọ́lọ́wọ́ yóò tún mú kí ìyàsọ́tọ̀ ccfDNA láti ọ̀dọ̀ àwọn orísun ara ẹni àti àwọn tí kì í ṣe ti ara ẹni rọrùn gidigidi. Nítorí pé ìwádìí wa ti dojúkọ àǹfààní láti lo èrò biopsy omi fún mussels, a nírètí pé bí a ṣe ń lo èrò yìí nínú ìwádìí ọjọ́ iwájú, a ó ṣe àgbékalẹ̀ àwọn irinṣẹ́ àti àwọn ọ̀nà pípọ́n omi tuntun láti mú kí agbára ọ̀nà yìí pọ̀ sí i láti kẹ́kọ̀ọ́ nípa onírúurú microbial ti mussels. marine ecosystem.
Gẹ́gẹ́ bí àmì ìwádìí ìṣègùn tí kò ní ìpalára, ìpele ccfDNA nínú ẹ̀jẹ̀ ènìyàn tí ó ga jù ní a so mọ́ onírúurú àrùn, ìbàjẹ́ àsopọ, àti àwọn ipò ìdààmú [67,68,69]. Ìbísí yìí ní í ṣe pẹ̀lú ìtújáde àwọn ègé DNA ti ara rẹ̀ lẹ́yìn ìbàjẹ́ àsopọ. A yanjú ọ̀rọ̀ yìí nípa lílo ìdààmú ooru líle, nínú èyí tí a fi àwọn ègé mussels fara hàn sí iwọ̀n otútù 30 °C fún ìgbà díẹ̀. A ṣe ìwádìí yìí lórí oríṣiríṣi ègé mussels mẹ́ta nínú àwọn ìwádìí mẹ́ta tí ó dá dúró. Síbẹ̀síbẹ̀, a kò rí ìyípadà kankan nínú ìpele ccfDNA lẹ́yìn ìdààmú ooru líle (wo Àwòrán S5, àfikún àlàyé). Àwárí yìí lè ṣàlàyé, ó kéré tán ní apá kan, òtítọ́ náà pé àwọn ègé mussels ní ètò ìṣàn ẹ̀jẹ̀ tí ó ṣí sílẹ̀ díẹ̀ àti pé wọ́n kó ọ̀pọ̀lọpọ̀ DNA àjèjì jọ nítorí iṣẹ́ àlò tí ó ga. Ní ọwọ́ kejì ẹ̀wẹ̀, àwọn ègé mussels, gẹ́gẹ́ bí ọ̀pọ̀lọpọ̀ àwọn aláìlera, lè jẹ́ aláìlera sí ìbàjẹ́ àsopọ tí ó fa ìdààmú, nípa bẹ́ẹ̀ ó ń dín ìtújáde ccfDNA nínú hemolymph wọn kù [70, 71].
Títí di òní, ìṣàyẹ̀wò DNA ti onírúurú ẹ̀dá alààyè nínú àwọn ètò ẹ̀dá omi ti dojúkọ pàtàkì lórí ìṣàyẹ̀wò DNA àyíká (eDNA). Síbẹ̀síbẹ̀, ọ̀nà yìí sábà máa ń ní ààlà nínú ìṣàyẹ̀wò onírúurú ẹ̀dá alààyè nígbà tí a bá lo àwọn primers. Lílo ìṣàyẹ̀wò shotgun rékọjá àwọn ààlà PCR àti yíyàn àwọn primers tí kò tọ́. Nítorí náà, ní ọ̀nà kan, ọ̀nà wa sún mọ́ ọ̀nà ìṣàyẹ̀wò eDNA Shotgun onípele gíga tí a ṣẹ̀ṣẹ̀ lò, èyí tí ó lè ṣe ìtòlẹ́sẹẹsẹ DNA tí a pín sí wẹ́wẹ́ taara àti ṣàyẹ̀wò gbogbo ẹ̀dá alààyè [72, 73]. Síbẹ̀síbẹ̀, ọ̀pọ̀lọpọ̀ àwọn ọ̀ràn pàtàkì ló wà tí ó ya LB sọ́tọ̀ sí àwọn ọ̀nà eDNA tí ó wọ́pọ̀. Dájúdájú, ìyàtọ̀ pàtàkì láàrín eDNA àti LB ni lílo àwọn olùgbàlejò àlẹ̀mọ́ àdánidá. Lílo àwọn ẹ̀yà omi bíi sponges àti bivalves (Dresseina spp.) gẹ́gẹ́ bí àlẹ̀mọ́ àdánidá fún kíkẹ́kọ̀ọ́ eDNA ni a ti ròyìn [74, 75]. Síbẹ̀síbẹ̀, ìwádìí Dreissena lo àwọn biopsies àsopọ tí a ti yọ DNA kúrò nínú rẹ̀. Àyẹ̀wò ccfDNA láti inú LB kò nílò ìwádìí àsopọ, àwọn ohun èlò pàtàkì àti àwọn ohun èlò tí ó gbówó lórí àti àwọn ètò ìṣiṣẹ́ tí ó ní í ṣe pẹ̀lú eDNA tàbí ìwádìí àsopọ. Ní gidi, a ṣẹ̀ṣẹ̀ ròyìn pé a lè tọ́jú ccfDNA láti inú LB pẹ̀lú ìrànlọ́wọ́ FTA láìsí ìtọ́jú ẹ̀wọ̀n tútù, èyí tí ó jẹ́ ìpèníjà pàtàkì fún ìwádìí ní àwọn agbègbè jíjìnnà [76]. Yíyọ ccfDNA kúrò nínú ìwádìí àsun omi tún rọrùn ó sì ń pèsè DNA tí ó ga fún ìtẹ̀léra shotgun àti ìwádìí PCR. Èyí jẹ́ àǹfààní ńlá fún díẹ̀ lára ​​àwọn ìdíwọ́ ìmọ̀-ẹ̀rọ tí ó ní í ṣe pẹ̀lú ìwádìí eDNA [77]. Ìrọ̀rùn àti iye owó tí ó kéré ti ọ̀nà ìṣàyẹ̀wò náà tún dára fún àwọn ètò ìtọ́jú ìgbà pípẹ́. Ní àfikún sí agbára ìṣàlẹ̀ gíga wọn, ohun mìíràn tí a mọ̀ dáadáa ti bivalves ni ìdàpọ̀ mucopolysaccharide kẹ́míkà ti mucus wọn, èyí tí ó ń mú kí àwọn kòkòrò àrùn gba [78, 79]. Èyí mú kí bivalves jẹ́ àlẹ̀mọ́ àdánidá tí ó dára fún ṣíṣe àfihàn onírúurú ẹ̀dá alààyè àti ipa ti ìyípadà ojúọjọ́ nínú àyíká omi kan. Bó tilẹ̀ jẹ́ pé wíwà àwọn ègé DNA tí a ti mú jáde láti ọ̀dọ̀ àwọn olùgbàlejò ni a lè rí gẹ́gẹ́ bí ààlà ọ̀nà tí a fi wé eDNA, iye owó tí ó ní í ṣe pẹ̀lú níní irú ccfDNA ìbílẹ̀ bẹ́ẹ̀ ní ìfiwéra pẹ̀lú eDNA jẹ́ ohun tí a lè lóye ní àkókò kan náà fún iye ìwífún tí ó wà fún àwọn ìwádìí ìlera. offset host. Èyí pẹ̀lú wíwà àwọn ìtẹ̀léra fáírọ́ọ̀sì tí a fi sínú genome ti olùgbàlejò náà. Èyí ṣe pàtàkì ní pàtàkì fún àwọn mussels, nítorí wíwà àwọn retroviruses leukemic tí a ti gbé kalẹ̀ ní ìlà-oòrùn nínú àwọn bivalves [80, 81]. Àǹfààní mìíràn ti LB lórí eDNA ni pé ó ń lo ìṣiṣẹ́ phagocytic ti àwọn sẹ́ẹ̀lì ẹ̀jẹ̀ tí ń yíká nínú hemolymph, èyí tí ó ń gbé àwọn ohun abẹ̀mí ara (àti àwọn genome wọn) mì. Phagocytosis ni iṣẹ́ pàtàkì ti àwọn sẹ́ẹ̀lì ẹ̀jẹ̀ nínú àwọn bivalves [82]. Níkẹyìn, ọ̀nà náà lo àǹfààní agbára àlẹ̀mọ́ gíga ti àwọn mussels (àròpín 1.5 l/h ti omi òkun) àti ìṣàn omi ọjọ́ méjì, èyí tí ó ń mú kí ìdàpọ̀ àwọn ìpele omi òkun pọ̀ sí i, tí ó ń jẹ́ kí a gba eDNA heterologous. [83, 84]. Nítorí náà, ìwádìí mussel ccfDNA jẹ́ ọ̀nà tó dùn mọ́ni nítorí ipa oúnjẹ, ọrọ̀ ajé, àti àyíká ti mussels. Gẹ́gẹ́ bí ìwádìí LB tí a kó jọ láti ọ̀dọ̀ ènìyàn, ọ̀nà yìí tún ṣí àǹfààní wíwọ̀n àwọn ìyípadà ìran àti epigenetic nínú DNA tí a gbàlejò ní ìdáhùn sí àwọn ohun tí ó wà nínú rẹ̀. Fún àpẹẹrẹ, a lè fojú sọ́nà fún àwọn ìmọ̀ ẹ̀rọ ìwádìí ìran kẹta láti ṣe ìwádìí methylation gbogbo genome nínú ccfDNA ìbílẹ̀ nípa lílo ìwádìí nanopore. Ìlànà yìí yẹ kí ó rọrùn nípa òtítọ́ pé gígùn àwọn ègé mussel ccfDNA bá àwọn ìpèsè ìwádìí gígùn mu tí ó gba ìwádìí methylation DNA gbogbo genome láti ìṣiṣẹ́ ìwádìí kan ṣoṣo láìsí àìní fún àwọn ìyípadà kẹ́míkà.85,86] Èyí jẹ́ ohun tó dùn mọ́ni, nítorí a ti fihàn pé àwọn ìlànà methylation DNA ṣe àfihàn ìdáhùn sí wàhálà àyíká àti pé ó ń bá a lọ fún ọ̀pọ̀ ìran. Nítorí náà, ó lè fúnni ní òye tó wúlò nípa àwọn ìlànà ìpìlẹ̀ tí ó ń ṣàkóso ìdáhùn lẹ́yìn ìfarahàn sí ìyípadà ojúọjọ́ tàbí àwọn ohun alumọ́ọ́nì [87]. Síbẹ̀síbẹ̀, lílo LB kì í ṣe láìsí ààlà. Láìsí àní-àní, èyí nílò wíwà àwọn ẹ̀yà àmì nínú àyíká. Gẹ́gẹ́ bí a ti sọ lókè yìí, lílo LB láti ṣe àyẹ̀wò onírúurú ẹ̀dá alààyè ti ètò ìṣẹ̀dá kan tún nílò ọ̀nà ìṣiṣẹ́ bioinformatics tó lágbára tí ó ń gba wíwà àwọn ègé DNA láti orísun rẹ̀ rò. Ìṣòro pàtàkì mìíràn ni wíwà àwọn genome ìtọ́kasí fún àwọn ẹ̀dá omi. A nírètí pé àwọn ètò bíi Marine Mammal Genomes Project àti iṣẹ́ Fish10k tí a ṣẹ̀ṣẹ̀ dá sílẹ̀ [88] yóò mú kí irú ìwádìí bẹ́ẹ̀ rọrùn ní ọjọ́ iwájú. Lílo èrò LB fún àwọn ẹ̀dá alààyè tí ń fúnni ní àlẹ̀mọ́ omi tún bá àwọn ìlọsíwájú tuntun nínú ìmọ̀ ẹ̀rọ ìtẹ̀léra mu, èyí tí ó mú kí ó yẹ fún ìdàgbàsókè àwọn biomarkers multi-ohm láti pèsè ìwífún pàtàkì nípa ìlera àwọn ibùgbé omi ní ìdáhùn sí wàhálà àyíká.
A ti fi data ìtẹ̀léra genome sínú NCBI Sequence Read Archive https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 lábẹ́ Bioprojects SRR8924808.
Brierley AS, Kingsford MJ Ipa ti iyipada oju-ọjọ lori awọn igbesi aye okun ati awọn eto ayika. Cole Biology. 2009; 19: P602–P614.
Gissi E, Manea E, Mazaris AD, Fraschetti S, Almpanidou V, Bevilacqua S, àti bẹ́ẹ̀ bẹ́ẹ̀ lọ. Ronú nípa àpapọ̀ ipa tí ìyípadà ojúọjọ́ àti àwọn ohun mìíràn tó ń fa ìdààmú ní agbègbè omi ń ní lórí àyíká. Àyíká ìmọ̀ sáyẹ́ǹsì gbogbogbòò. 2021;755:142564.
Carella F, Antuofermo E, Farina S, Salati F, Mandas D, Prado P, et al. ). Imọ ti akọkọ ti Oṣù. Ọdun 2020;7:48.
Seront L, Nicastro CR, Zardi GI, Goberville E. Ìfaradà ooru tí ó dínkù lábẹ́ àwọn ipò ìdààmú ooru tí ó ń tún ara wọn ṣe àlàyé ikú gíga ní ìgbà ẹ̀ẹ̀rùn ti àwọn mussels aláwọ̀ búlúù. Ìròyìn ìmọ̀ sáyẹ́ǹsì 2019; 9:17498.
Fey SB, Siepielski AM, Nussle S, Cervantes-Yoshida K, Hwan JL, Huber ER, àti bẹ́ẹ̀ bẹ́ẹ̀ lọ. Àwọn ìyípadà tuntun nínú ìgbàkúgbà, okùnfà àti ìwọ̀n ikú àwọn ẹranko. Proc Natl Acad Sci USA. 2015;112:1083-8.
Scarpa F, Sanna D, Azena I, Mughetti D, Cerruti F, Hosseini S, et al. Pupọ awọn aarun-ara ti kii ṣe pato-pato le ti fa iku iku ti Pinna nobilis. Igbesi aye. Ọdun 2020;10:238.
Bradley M, Coutts SJ, Jenkins E, O'Hara TM. Ipa ti o ṣeeṣe ti iyipada oju-ọjọ lori awọn arun zoonotic Arctic. Int J Circumpolar health. 2005; 64:468–77.
Beyer J., Greene NW, Brooks S., Allan IJ, Ruus A., Gomez T. àti àwọn ẹlòmíràn. Àwọn ewéko aláwọ̀ búlúù (Mytilus edulis spp.) gẹ́gẹ́ bí àwọn ohun alààyè tí ń ṣe àmì nínú ìṣàyẹ̀wò ìbàjẹ́ etíkun: àtúnyẹ̀wò kan. Mar Environ Res 2017; 130:338-65.
Siravegna G, Marsoni S, Siena S, Bardelli A. Ìsopọ̀mọ́ra ìwádìí omi nínú ìtọ́jú àrùn jẹjẹrẹ. Nat Rev Clean Oncol. 2017; 14:531–48.
Wan JCM, Massie C, Garcia-Corbacho J, Mouliere F, Brenton JD, Caldas C, àti bẹ́ẹ̀ bẹ́ẹ̀ lọ. Ìdàgbàsókè biopsy omi: Ó ń jẹ́ kí DNA tumor yíká. Nat Rev Cancer. 2017;17:223–38.
Mandel P., Metais P. Àwọn ásíìdì nucleic nínú plasma ènìyàn. Ìpàdé àwọn ìṣẹ́jú àwọn ẹ̀ka Soc Biol. 1948; 142:241-3.
Bronkhorst AJ, Ungerer W, Holdenrieder S. Iṣẹ́ tuntun fún DNA aláìsí sẹ́ẹ̀lì gẹ́gẹ́ bí àmì mọ́lẹ́kì fún ìtọ́jú àrùn jẹjẹrẹ. Ìwọ̀n ìwádìí biomolar. 2019;17:100087.
Ignatiadis M., Sledge GW, Jeffrey SS Liquid biopsy wọ ilé ìwòsàn – àwọn ọ̀ràn ìfisílò àti àwọn ìpèníjà ọjọ́ iwájú. Nat Rev Clin Oncol. 2021; 18:297–312.
Lo YM, Corbetta N., Chamberlain PF, Rai W., Sargent IL, Redman CW àti àwọn mìíràn. DNA oyún wà nínú plasma ìyá àti ẹ̀jẹ̀. Lancet. 1997; 350:485-7.
Mufarray MN, Wong RJ, Shaw GM, Stevenson DK, Quake SR Ìkẹ́kọ̀ọ́ nípa ìbímọ oyún àti àwọn ìṣòro rẹ̀ nípa lílo RNA tí ń ṣàn kiri nínú ẹ̀jẹ̀ àwọn obìnrin nígbà oyún. Dopediatrics. 2020;8:605219.
Ollerich M, Sherwood K, Keown P, Schütz E, Beck J, Stegbauer J, àti bẹ́ẹ̀ bẹ́ẹ̀ lọ. Ìwádìí ìwádìí omi: A lo DNA aláìsí sẹ́ẹ̀lì fún àwọn olùfúnni láti ṣàwárí àwọn èèmọ̀ allogeneic nínú ìtọ́jú kíndìnrín. Nat Rev Nephrol. 2021; 17:591–603.
Juan FC, Lo YM Àwọn Ìmúdàgba nínú àyẹ̀wò ìbímọ: ìtẹ̀léra ìṣẹ̀dá ẹ̀jẹ̀ ìyá. Anna MD. 2016;67:419-32.
Gu W, Deng X, Lee M, Sucu YD, Arevalo S, Stryke D, àti bẹ́ẹ̀ bẹ́ẹ̀ lọ. Ṣíṣàwárí àwọn kòkòrò àrùn kíákíá pẹ̀lú ìtẹ̀léra àwọn omi ara tí ó ní àkóràn láti ìran tí ń bọ̀. Nat Medicine. 2021;27:115-24.