Nature.com ಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿದ್ದಕ್ಕಾಗಿ ಧನ್ಯವಾದಗಳು. ನೀವು ಬಳಸುತ್ತಿರುವ ಬ್ರೌಸರ್ ಆವೃತ್ತಿಯು ಸೀಮಿತ CSS ಬೆಂಬಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಉತ್ತಮ ಅನುಭವಕ್ಕಾಗಿ, ನೀವು ನವೀಕರಿಸಿದ ಬ್ರೌಸರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಬೇಕೆಂದು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ (ಅಥವಾ ಇಂಟರ್ನೆಟ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ಲೋರರ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ ಮೋಡ್ ಅನ್ನು ನಿಷ್ಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಿ). ಈ ಮಧ್ಯೆ, ನಿರಂತರ ಬೆಂಬಲವನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು, ನಾವು ಶೈಲಿಗಳು ಮತ್ತು ಜಾವಾಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಇಲ್ಲದೆ ಸೈಟ್ ಅನ್ನು ರೆಂಡರ್ ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.
ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿ (LB) ಎಂಬುದು ಬಯೋಮೆಡಿಕಲ್ ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿ ವೇಗವಾಗಿ ಜನಪ್ರಿಯತೆಯನ್ನು ಗಳಿಸುತ್ತಿರುವ ಒಂದು ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯಾಗಿದೆ. ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ವಿವಿಧ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಜೀವಕೋಶದ ಮರಣದ ನಂತರ ಸಣ್ಣ ತುಣುಕುಗಳಾಗಿ ಬಿಡುಗಡೆಯಾಗುವ ಪರಿಚಲನೆಯ ಬಾಹ್ಯಕೋಶೀಯ DNA (ccfDNA) ಯ ತುಣುಕುಗಳ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಿಕೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ. ಈ ತುಣುಕುಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಪ್ರಮಾಣವು ವಿದೇಶಿ (ವಿದೇಶಿ) ಅಂಗಾಂಶಗಳು ಅಥವಾ ಜೀವಿಗಳಿಂದ ಹುಟ್ಟಿಕೊಂಡಿದೆ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಕೆಲಸದಲ್ಲಿ, ನಾವು ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮುದ್ರ ನೀರಿನ ಶೋಧನೆ ಸಾಮರ್ಥ್ಯಕ್ಕೆ ಹೆಸರುವಾಸಿಯಾದ ಸೆಂಟಿನೆಲ್ ಪ್ರಭೇದವಾದ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಿದ್ದೇವೆ. ಸಮುದ್ರ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸಲು ವಿವಿಧ ಮೂಲಗಳಿಂದ ಪರಿಸರ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ನೈಸರ್ಗಿಕ ಫಿಲ್ಟರ್‌ಗಳಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುವ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ನಾವು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ. ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೋಲಿಂಪ್ 1 ರಿಂದ 5 kb ವರೆಗೆ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿ ಬಹಳ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗೊಳ್ಳುವ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ. ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ DNA ತುಣುಕುಗಳು ವಿದೇಶಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಮೂಲದ್ದಾಗಿವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ. ಅವುಗಳಲ್ಲಿ, ಕರಾವಳಿ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಂಡುಬರುವ ವಿವಿಧ ಆತಿಥೇಯಗಳಿಗೆ ಸೋಂಕು ತಗುಲಿಸುವ ವೈರಸ್‌ಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ, ಆರ್ಕಿಯಾ ಮತ್ತು ವೈರಸ್‌ಗಳಿಂದ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ. ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನವು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯು ಸಮುದ್ರ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಶ್ರೀಮಂತ ಆದರೆ ಇನ್ನೂ ಅನ್ವೇಷಿಸದ ಜ್ಞಾನದ ಮೂಲವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆಯ (CC) ಪ್ರಭಾವವು ವೇಗವಾಗಿ ಬೆಳೆಯುತ್ತಿರುವ ಸಂಶೋಧನೆಯ ಕ್ಷೇತ್ರವಾಗಿದೆ. ಜಾಗತಿಕ ತಾಪಮಾನ ಏರಿಕೆಯು ಪ್ರಮುಖ ಶಾರೀರಿಕ ಒತ್ತಡಗಳನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡುವುದಲ್ಲದೆ, ಸಮುದ್ರ ಜೀವಿಗಳ ಉಷ್ಣ ಸ್ಥಿರತೆಯ ವಿಕಸನೀಯ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ತಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಹಲವಾರು ಜಾತಿಗಳ ಆವಾಸಸ್ಥಾನದ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ, ಹೆಚ್ಚು ಅನುಕೂಲಕರ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಲು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ [1, 2]. ಮೆಟಾಜೋವಾನ್‌ಗಳ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುವುದರ ಜೊತೆಗೆ, CC ಆತಿಥೇಯ-ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಸಮತೋಲನವನ್ನು ಅಡ್ಡಿಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಡಿಸ್ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯೊಸಿಸ್ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಿಗೆ ಗಂಭೀರ ಬೆದರಿಕೆಯನ್ನು ಒಡ್ಡುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಸಮುದ್ರ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ ರೋಗಕಾರಕಗಳಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಒಳಗಾಗುವಂತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ [3, 4]. ಜಾಗತಿಕ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ನಿರ್ವಹಣೆಗೆ ಗಂಭೀರ ಸಮಸ್ಯೆಯಾಗಿರುವ ಸಾಮೂಹಿಕ ಸಾವುಗಳಲ್ಲಿ SS ಪ್ರಮುಖ ಪಾತ್ರ ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ [5, 6]. ಅನೇಕ ಸಮುದ್ರ ಪ್ರಭೇದಗಳ ಆರ್ಥಿಕ, ಪರಿಸರ ಮತ್ತು ಪೌಷ್ಠಿಕಾಂಶದ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ನೀಡಿದರೆ ಇದು ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ವಿಷಯವಾಗಿದೆ. ಧ್ರುವ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ವಾಸಿಸುವ ಬಿವಾಲ್ವ್‌ಗಳಿಗೆ ಇದು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಸತ್ಯವಾಗಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ CK ಯ ಪರಿಣಾಮಗಳು ಹೆಚ್ಚು ತಕ್ಷಣ ಮತ್ತು ತೀವ್ರವಾಗಿರುತ್ತವೆ [6, 7]. ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, ಮೈಟಿಲಸ್ ಎಸ್‌ಪಿಪಿಯಂತಹ ಬಿವಾಲ್ವ್‌ಗಳು. ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಮೇಲೆ CC ಯ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡಲು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆಶ್ಚರ್ಯವೇನಿಲ್ಲ, ಅವುಗಳ ಆರೋಗ್ಯವನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡಲು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ, ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಕಿಣ್ವಕ ಚಟುವಟಿಕೆ ಅಥವಾ ಜೀವಕೋಶದ ಕಾರ್ಯಸಾಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಫಾಗೊಸೈಟಿಕ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯಂತಹ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಆಧರಿಸಿದ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಎರಡು ಹಂತದ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ [8]. ಈ ವಿಧಾನಗಳು ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದ ಸಮುದ್ರದ ನೀರನ್ನು ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವ ನಂತರ ಮೃದು ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹವಾಗುವ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಒತ್ತಡ ಸೂಚಕಗಳ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಮಾಪನವನ್ನು ಸಹ ಒಳಗೊಂಡಿವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಬಿವಾಲ್ವ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಶೋಧನೆ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮತ್ತು ಅರೆ-ತೆರೆದ ರಕ್ತಪರಿಚಲನಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯು ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿ (LB) ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹೊಸ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲು ಅವಕಾಶವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ರೋಗಿಯ ನಿರ್ವಹಣೆಗೆ ಸರಳ ಮತ್ತು ಕನಿಷ್ಠ ಆಕ್ರಮಣಕಾರಿ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ರಕ್ತದ ಮಾದರಿಗಳು [9, 10]. ಮಾನವ LB ಯಲ್ಲಿ ಹಲವಾರು ರೀತಿಯ ಪರಿಚಲನಾ ಅಣುಗಳನ್ನು ಕಾಣಬಹುದು, ಆದರೆ ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯು ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ ಬಾಹ್ಯಕೋಶೀಯ DNA (ccfDNA) ತುಣುಕುಗಳ DNA ಅನುಕ್ರಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ. ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, ಮಾನವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ DNA ಯ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು 20 ನೇ ಶತಮಾನದ ಮಧ್ಯಭಾಗದಿಂದಲೂ ತಿಳಿದುಬಂದಿದೆ [11], ಆದರೆ ಇತ್ತೀಚಿನ ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ಹೈ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ವಿಧಾನಗಳ ಆಗಮನವು ccfDNA ಆಧಾರಿತ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ರೋಗನಿರ್ಣಯಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಿದೆ. ಈ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ಜೀವಕೋಶದ ಮರಣದ ನಂತರ ಜೀನೋಮಿಕ್ DNA (ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಮತ್ತು ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯಲ್) ನ ನಿಷ್ಕ್ರಿಯ ಬಿಡುಗಡೆಗೆ ಭಾಗಶಃ ಕಾರಣವಾಗಿದೆ. ಆರೋಗ್ಯವಂತ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಲ್ಲಿ, ccfDNA ಸಾಂದ್ರತೆಯು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಇರುತ್ತದೆ (<10 ng/mL) ಆದರೆ ವಿವಿಧ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರಗಳಿಂದ ಬಳಲುತ್ತಿರುವ ಅಥವಾ ಒತ್ತಡಕ್ಕೆ ಒಳಗಾಗುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ 5-10 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಾಗಬಹುದು, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಯಾಗುತ್ತದೆ. ಆರೋಗ್ಯವಂತ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಲ್ಲಿ, ccfDNA ಸಾಂದ್ರತೆಯು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಇರುತ್ತದೆ (<10 ng/mL) ಆದರೆ ವಿವಿಧ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರಗಳಿಂದ ಬಳಲುತ್ತಿರುವ ಅಥವಾ ಒತ್ತಡಕ್ಕೆ ಒಳಗಾಗುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ 5-10 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಾಗಬಹುದು, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಯಾಗುತ್ತದೆ. У здоровых людей концентрация вккДНК в норме низкая (<10 ng/ml), NO может повышаться в 5-10 в 5-10 ರಾಝ್ಲಿಚ್ನೋಯ್ ಪ್ಯಾಟೋಲೋಗಿ ಅಥವಾ ಪೋಡ್ವೆರ್ಗಾಯುಸಿಕ್ಯಾ ಸ್ಟ್ರೆಸ್ಸು, ಪ್ರಿವೋಡ್ಯಾಶೆಮು ಕೆ ಪೊವ್ರೆಡ್ಡೆನಿಸು ಟ್ಕಾನೆಯ್. ಆರೋಗ್ಯವಂತ ಜನರಲ್ಲಿ, cccDNA ಸಾಂದ್ರತೆಯು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಇರುತ್ತದೆ (<10 ng/mL), ಆದರೆ ವಿವಿಧ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರ ಹೊಂದಿರುವ ಅಥವಾ ಒತ್ತಡದಲ್ಲಿರುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಇದು 5-10 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಾಗಬಹುದು, ಇದು ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ.在健康个体中，ccfDNA 的浓度通常较低（<10 ng/mL）,但在患有各种病理或承受压力的患者中可增加5-10 倍，从而导致组织患在 健康 个体 中 , ccfdna 的 浓度 较 ನೀವು （<10 ng/ml中 可 增加 5-10 倍 , 从而 组织。。。 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损损伤ಕೊನ್ಸೆಂಟ್ರಾಶಿಯ ಸಿಸಿಎಫ್ಡಿಎನ್ಎ ನಿಜ್ಕಿಯೆ (<10 ng/ml) ಯು ಝಡೋರೋವಿಹ್ ಲುಡೆಯ್, ನೋ ಮೊಗಟ್ ಬ್ಯುಟ್ 5-10 ನೇ ವಾರದಲ್ಲಿ ರಾಝ್ಲಿಚ್ನಿಮಿ ಪ್ಯಾಟೋಲೊಜಿಯಾಮಿ ಅಥವಾ ಸ್ಟ್ರೆಸ್ಸೋಮ್, ಚ್ಟೋ ಪ್ರಿವೋಡಿಟ್ ಕೆ ಪೊವ್ರೆಡ್ಡೆನಿಯು ಟ್ಕಾನೆಯ್. ಆರೋಗ್ಯವಂತ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಲ್ಲಿ ccfDNA ಸಾಂದ್ರತೆಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ (<10 ng/ml) ಇರುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ವಿವಿಧ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರ ಅಥವಾ ಒತ್ತಡ ಹೊಂದಿರುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ 5-10 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಾಗಬಹುದು, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಯಾಗುತ್ತದೆ.ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಗಾತ್ರವು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 150 ರಿಂದ 200 bp ವರೆಗೆ ಇರುತ್ತದೆ. [12]. ಸ್ವಯಂ-ಪಡೆದ ccfDNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಅಂದರೆ, ಸಾಮಾನ್ಯ ಅಥವಾ ರೂಪಾಂತರಗೊಂಡ ಆತಿಥೇಯ ಕೋಶಗಳಿಂದ ccfDNA, ಪರಮಾಣು ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಇರುವ ಆನುವಂಶಿಕ ಮತ್ತು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಬಳಸಬಹುದು, ಇದರಿಂದಾಗಿ ವೈದ್ಯರು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ-ಉದ್ದೇಶಿತ ಚಿಕಿತ್ಸೆಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತಾರೆ [13]. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಗರ್ಭಾವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಭ್ರೂಣದ ಕೋಶಗಳಿಂದ ಅಥವಾ ಕಸಿ ಮಾಡಿದ ಅಂಗಗಳಿಂದ ccfDNA ನಂತಹ ವಿದೇಶಿ ಮೂಲಗಳಿಂದ ccfDNA ಅನ್ನು ಪಡೆಯಬಹುದು [14,15,16,17]. ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ ಏಜೆಂಟ್‌ನ (ವಿದೇಶಿ) ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ccfDNA ಮಾಹಿತಿಯ ಪ್ರಮುಖ ಮೂಲವಾಗಿದೆ, ಇದು ರಕ್ತ ಸಂಸ್ಕೃತಿಗಳಿಂದ ಗುರುತಿಸಲಾಗದ ವ್ಯಾಪಕ ಸೋಂಕುಗಳ ಆಕ್ರಮಣಶೀಲವಲ್ಲದ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಿಕೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ, ಸೋಂಕಿತ ಅಂಗಾಂಶದ ಆಕ್ರಮಣಕಾರಿ ಬಯಾಪ್ಸಿಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸುತ್ತದೆ [18]. ಇತ್ತೀಚಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಮಾನವ ರಕ್ತವು ವೈರಲ್ ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ರೋಗಕಾರಕಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದಾದ ಮಾಹಿತಿಯ ಸಮೃದ್ಧ ಮೂಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಮತ್ತು ಮಾನವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ccfDNA ಯ ಸುಮಾರು 1% ವಿದೇಶಿ ಮೂಲದ್ದಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ [19]. ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಜೀವಿಯ ಪರಿಚಲನೆಯಲ್ಲಿರುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ccfDNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಿರ್ಣಯಿಸಬಹುದು ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಇತ್ತೀಚಿನವರೆಗೂ, ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಮಾನವರಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಸ್ವಲ್ಪ ಮಟ್ಟಿಗೆ ಇತರ ಕಶೇರುಕಗಳಲ್ಲಿ [20, 21] ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು.
ಪ್ರಸ್ತುತ ಪ್ರಬಂಧದಲ್ಲಿ, 35 ಮಿಲಿಯನ್ ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ರೂಪುಗೊಂಡ ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಸ್ಥಭೂಮಿಯ ಮೇಲಿರುವ ದ್ವೀಪಗಳ ಗುಂಪಾದ ಸಬ್‌ಅಂಟಾರ್ಕ್ಟಿಕ್ ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಂಡುಬರುವ ದಕ್ಷಿಣ ಪ್ರಭೇದವಾದ ಆಲಕೋಮಿಯಾ ಅಟ್ರಾದ ccfDNA ಅನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ನಾವು LB ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ. ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ಸ್ಫೋಟ. ಇನ್ ವಿಟ್ರೊ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿರುವ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ತೆಗೆದುಕೊಂಡು ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ವಿಭಾಗವನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ. ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ತನ್ನದೇ ಆದ ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ-ಮೂಲದ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಸಹಜೀವನದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಶೀತ ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ಸಮುದ್ರ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಬಯೋಮ್‌ಗಳಿಂದ DNA ತುಣುಕುಗಳು ಸೇರಿವೆ. ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ವಿಭಿನ್ನ ಹೋಸ್ಟ್ ಶ್ರೇಣಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ವೈರಸ್‌ಗಳಿಂದ ಪಡೆದ ವೈರಲ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸಹ ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಮೂಳೆ ಮೀನು, ಸಮುದ್ರ ಎನಿಮೋನ್‌ಗಳು, ಪಾಚಿ ಮತ್ತು ಕೀಟಗಳಂತಹ ಬಹುಕೋಶೀಯ ಪ್ರಾಣಿಗಳಿಂದ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸಹ ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ. ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಶ್ರೀಮಂತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂಗ್ರಹವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಸಮುದ್ರ ಅಕಶೇರುಕಗಳಿಗೆ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು ಎಂದು ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನವು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ವಯಸ್ಕ ಮೀನುಗಳು (55-70 ಮಿಮೀ ಉದ್ದ) ಮೈಟಿಲಸ್ ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್ (ಎಂ. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್) ಮತ್ತು ಔಲಕೋಮ್ಯಾ ಅಟ್ರಾ (ಎ. ಅಟ್ರಾ) ಗಳನ್ನು ಪೋರ್ಟ್-ಔ-ಫ್ರಾನ್ಸ್‌ನ (049°21.235 ದಕ್ಷಿಣ, 070°13.490 ಪೂರ್ವ) ಅಂತರ-ಉಬ್ಬರವಿಳಿತದ ಕಲ್ಲಿನ ತೀರಗಳಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಯಿತು. ಡಿಸೆಂಬರ್ 2018 ರಲ್ಲಿ ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳು. ಇತರ ವಯಸ್ಕ ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳನ್ನು (ಮೈಟಿಲಸ್ ಜಾತಿಗಳು) ವಾಣಿಜ್ಯ ಪೂರೈಕೆದಾರರಿಂದ (PEI ಮಸ್ಸೆಲ್ ಕಿಂಗ್ ಇಂಕ್., ಪ್ರಿನ್ಸ್ ಎಡ್ವರ್ಡ್ ದ್ವೀಪ, ಕೆನಡಾ) ಪಡೆಯಲಾಯಿತು ಮತ್ತು 32‰ ಕೃತಕ ಉಪ್ಪುನೀರಿನ 10–20 L ಹೊಂದಿರುವ ತಾಪಮಾನ ನಿಯಂತ್ರಿತ (4°C) ಗಾಳಿ ತುಂಬಿದ ತೊಟ್ಟಿಯಲ್ಲಿ ಇರಿಸಲಾಯಿತು. (ಕೃತಕ ಸಮುದ್ರ ಉಪ್ಪು ರೀಫ್ ಕ್ರಿಸ್ಟಲ್, ಇನ್‌ಸ್ಟಂಟ್ ಓಷನ್, ವರ್ಜೀನಿಯಾ, USA). ಪ್ರತಿ ಪ್ರಯೋಗಕ್ಕೂ, ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಚಿಪ್ಪುಗಳ ಉದ್ದ ಮತ್ತು ತೂಕವನ್ನು ಅಳೆಯಲಾಯಿತು.
ಈ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಉಚಿತ ಮುಕ್ತ ಪ್ರವೇಶ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಆನ್‌ಲೈನ್‌ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1). ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, ವಿವರಿಸಿದಂತೆ LB ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ಅನ್ನು ಅಪಹರಣಕಾರ ಸ್ನಾಯುಗಳಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಯಿತು [22]. ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ಅನ್ನು 1200×g ನಲ್ಲಿ 3 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಮೂಲಕ ಸ್ಪಷ್ಟಪಡಿಸಲಾಯಿತು, ಸೂಪರ್‌ನೇಟಂಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವವರೆಗೆ ಫ್ರೀಜ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು (-20°C). cfDNA ಯ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ ಮತ್ತು ಶುದ್ಧೀಕರಣಕ್ಕಾಗಿ, ತಯಾರಕರ ಸೂಚನೆಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು (1.5-2.0 ಮಿಲಿ) ಕರಗಿಸಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸ್ನ್ಯಾಪ್ cfDNA ಕಿಟ್ (ಮ್ಯಾಚೆರಿ-ನಾಗೆಲ್, ಬೆಥ್ಲೆಹೆನ್, PA) ಬಳಸಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಯಿತು. ccfDNA ಅನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯವರೆಗೆ -80°C ನಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಯಿತು. ಕೆಲವು ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ, ccfDNA ಅನ್ನು QIAamp DNA ಇನ್ವೆಸ್ಟಿಗೇಟರ್ ಕಿಟ್ (QIAGEN, ಟೊರೊಂಟೊ, ಒಂಟಾರಿಯೊ, ಕೆನಡಾ) ಬಳಸಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಿ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಯಿತು. ಪ್ರಮಾಣಿತ ಪಿಕೊಗ್ರೀನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದ DNA ಯನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಯಿತು. ಹೈ ಸೆನ್ಸಿಟಿವಿಟಿ ಡಿಎನ್ಎ ಕಿಟ್ ಬಳಸಿ ಎಜಿಲೆಂಟ್ 2100 ಬಯೋಅನಾಲೈಜರ್ (ಎಜಿಲೆಂಟ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್ ಇಂಕ್., ಸಾಂತಾ ಕ್ಲಾರಾ, ಕ್ಯಾಲಿಫೊರೆಸಿಸ್) ಬಳಸಿ ಕ್ಯಾಪಿಲ್ಲರಿ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್ ಮೂಲಕ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾದ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎಯ ತುಣುಕು ವಿತರಣೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಯಿತು. ತಯಾರಕರ ಸೂಚನೆಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ಮಾದರಿಯ 1 µl ಬಳಸಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು.
ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ, ಜಿನೋಮ್ ಕ್ವಿಬೆಕ್ (ಮಾಂಟ್ರಿಯಲ್, ಕ್ವಿಬೆಕ್, ಕೆನಡಾ) ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಮಿಸೆಕ್ PE75 ಕಿಟ್‌ನ ಇಲ್ಯುಮಿನಾ DNA ಮಿಕ್ಸ್ ಕಿಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಲೈಬ್ರರಿಗಳನ್ನು ಸಿದ್ಧಪಡಿಸಿತು. ಪ್ರಮಾಣಿತ ಅಡಾಪ್ಟರ್ (BioO) ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಕಚ್ಚಾ ಡೇಟಾ ಫೈಲ್‌ಗಳು NCBI ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೀಡ್ ಆರ್ಕೈವ್ (SRR8924808 ಮತ್ತು SRR8924809) ನಿಂದ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ಫಾಸ್ಟ್‌ಕ್ಯೂಸಿ [23] ಬಳಸಿ ಮೂಲಭೂತ ಓದುವ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲಾಯಿತು. ಕ್ಲಿಪ್ಪಿಂಗ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಕಳಪೆ ಗುಣಮಟ್ಟದ ರೀಡ್‌ಗಳಿಗಾಗಿ ಟ್ರಿಮ್ಮೊಮ್ಯಾಟಿಕ್ [24] ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗಿದೆ. ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾಗದಂತೆ ತಪ್ಪಿಸಲು ಜೋಡಿಯಾಗಿರುವ ತುದಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಶಾಟ್‌ಗನ್ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಫ್ಲ್ಯಾಶ್ ಅನ್ನು ಕನಿಷ್ಠ 20 bp ಅತಿಕ್ರಮಣದೊಂದಿಗೆ ಉದ್ದವಾದ ಸಿಂಗಲ್ ರೀಡ್‌ಗಳಾಗಿ ವಿಲೀನಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು [25]. ವಿಲೀನಗೊಂಡ ಓದುಗಳನ್ನು ಬೈವಾಲ್ವ್ NCBI ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (e ಮೌಲ್ಯ < 1e−3 ಮತ್ತು 90% ಹೋಮೋಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTN ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ-ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಮರೆಮಾಚುವಿಕೆಯನ್ನು DUST ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು [26]. ವಿಲೀನಗೊಂಡ ಓದುಗಳನ್ನು ಬೈವಾಲ್ವ್ NCBI ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (e ಮೌಲ್ಯ < 1e−3 ಮತ್ತು 90% ಹೋಮೋಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTN ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ-ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಮರೆಮಾಚುವಿಕೆಯನ್ನು DUST ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು [26]. ಆಬ್ರ್ಯೂಡಿನೆನಿಯೆ ಚೆಕ್ಟೆನಿಯಸ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸೊನೊಮಿಸ್ ಮೊಲ್ಲಿಸ್ಕೊವ್ ಎನ್‌ಸಿಬಿಐ (ಜನಾಚೆನಿ ಇ <1ಇ-3 ಮತ್ತು 90% ಗೊಮೊಲೊಗಿ), а маскирование последовательностей низкой сложнобыно использованием DUST [26]. NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (e ಮೌಲ್ಯ < 1e-3 ಮತ್ತು 90% ಹೋಮೋಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTN ನೊಂದಿಗೆ ಪೂಲ್ ಮಾಡಿದ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು DUST ಬಳಸಿ ಕಡಿಮೆ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ಮರೆಮಾಚುವಿಕೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು [26].使用双壳类NCBI进行低复杂度序列的掩蔽。使用 双 壳类 ncbi 分类进行 ಚಿತ್ರ掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽ಆಬ್ರ್ಯೂಡಿನೆನಿಯೆ ಚೆಕ್ಟೆನಿಯಮ್ ಬ್ಯಾಸಿವ್ಸ್ ಡೇಟ್ಸ್ ಮೊಲ್ಲಿಸ್ಕೊವ್ ಎನ್‌ಸಿಬಿಐ (ಜನಾಚೆನಿ ಇ <1ಇ-3 ಮತ್ತು 90% ಗೊಮೊಲೊಗಿ), ಎ ಮಾಸ್ಕಿರೊವಾನಿ ಪೋಸ್ಟ್ использованием DUST [26]. NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (e ಮೌಲ್ಯ <1e-3 ಮತ್ತು 90% ಹೋಮೋಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTN ನೊಂದಿಗೆ ಪೂಲ್ ಮಾಡಿದ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು DUST ಬಳಸಿ ಕಡಿಮೆ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ಮರೆಮಾಚುವಿಕೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು [26].ಓದುಗಳನ್ನು ಎರಡು ಗುಂಪುಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲಾಗಿದೆ: ಬೈವಾಲ್ವ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ (ಇಲ್ಲಿ ಸ್ವಯಂ-ಓದುವಿಕೆಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಮತ್ತು ಸಂಬಂಧವಿಲ್ಲದ (ಸ್ವಯಂ-ಓದುವಿಕೆಗಳಲ್ಲ). ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು MEGAHIT ಬಳಸಿ ಎರಡು ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಯಿತು [27]. ಏತನ್ಮಧ್ಯೆ, ಅನ್ಯಲೋಕದ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಓದುಗಳ ವರ್ಗೀಕರಣ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಕ್ರಾಕನ್2 [28] ಬಳಸಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಗ್ಯಾಲಕ್ಸಿ [29, 30] ನಲ್ಲಿ ಕ್ರೋನಾ ಪೈ ಚಾರ್ಟ್‌ನಿಂದ ಚಿತ್ರಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲಾಗಿದೆ. ನಮ್ಮ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಪ್ರಯೋಗಗಳಿಂದ ಸೂಕ್ತ kmers kmers-59 ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಯಿತು. ನಂತರ ಅಂತಿಮ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ BLASTN (ಬೈವಾಲ್ವ್ NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, e ಮೌಲ್ಯ < 1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಣೆಯ ಮೂಲಕ ಸ್ವಯಂ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಯಿತು. ನಂತರ ಅಂತಿಮ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ BLASTN (ಬೈವಾಲ್ವ್ NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, e ಮೌಲ್ಯ < 1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಣೆಯ ಮೂಲಕ ಸ್ವಯಂ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಯಿತು. ಗ್ಯಾಟೆಮ್ ಸೋಬ್ಸ್ಟ್ವೆನ್ಯ ಕಾಂಟಿಗಿ ಬೈಲಿ ಐಡೆಂಟಿಫಿಶಿರೋವಾನಿ ಪುಟಮ್ ಸೋಪೋಸ್ಟಾವ್ಲೆನಿಯಸ್ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ನ್ NCBI, ಪ್ರಸಿದ್ಧ ಮತ್ತು <1e-10 ಮತ್ತು 60%) ಅಂತಿಮ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ BLASTN (NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್, e ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ವಿರುದ್ಧ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಸ್ವಯಂ-ಸಂಕೋಚಕಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಯಿತು.然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60%同源性）对齐来识别自身重叠群以进行最终注释。然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% ಗ್ಯಾಟೆಮ್ ಬೈಲಿ ಐಡೆಂಟಿಫಿಶಿರೋವಾನಿ ಸೋಬ್ಸ್ಟ್ವೆನ್ನಿ ಕಾಂಟಿಗಿ ಡಿಲಿಯಾ ಒಕೊನ್ಚಾಟೆಲ್ನೋಯ್ ಅನೋಟಾಷಿಯಸ್ ಪುಟೆಮ್ ಸೋಪೋಸ್ತ್ dannыh NCBI для двустворчатых моллюсков, значение e <1e-10 и гомология 60%). ನಂತರ BLASTN (NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್, e ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ವಿರುದ್ಧ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಅಂತಿಮ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ ಸ್ವಯಂ-ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಯಿತು. ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ, ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಗುಂಪು ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು BLASTN (nt NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, e ಮೌಲ್ಯ < 1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ, ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಗುಂಪು ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು BLASTN (nt NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, e ಮೌಲ್ಯ < 1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಪರಾಲ್ಲೆಲ್ನೊ ಚುಜೆರೊಡ್ನಿ ಗ್ರುಪ್ಪೋವಿಯ ಕಾಂಟಿಗಿ ಬೈಲಿ ಆನೋಟಿರೋವಾನಿ ಸ್ ಪೋಮೊಸ್ಯು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ಎನ್ (ಬಜಾ ಡಾನ್ ಟು ಎನ್‌ಸಿಬಿಐ, <ಎನ್‌ಸಿಬಿಐ, 10 ಗೊಮೊಲೊಗಿಯಾ 60%). ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ, ವಿದೇಶಿ ಗುಂಪು ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು BLASTN (NT NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, e ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು.平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群 ಪರಾಲ್ಲೆಲ್ನೋ ಕಾಂಟಿಗಿ, ನೋಟ್ನೋಸ್ಯಸ್ಯಾಕ್ ಸೋಬ್ಸ್ಟ್ವೆನ್ನೊಯ್ ಗ್ರುಪ್ಪೆ, ಬೈಲಿ ಅನೋಟಿರೋವನ್ ಸ್ ಪೋಮೋಸ್, ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ನ್ значение e <1e-10 и гомология 60%). ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ, ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಗುಂಪು ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು BLASTN (nt NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, e ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು. nr ಮತ್ತು RefSeq ಪ್ರೋಟೀನ್ NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು (e ಮೌಲ್ಯ < 1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTX ಅನ್ನು ನಾನ್ ಸೆಲ್ಫ್ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ನಡೆಸಲಾಯಿತು. nr ಮತ್ತು RefSeq ಪ್ರೋಟೀನ್ NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು (e ಮೌಲ್ಯ < 1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTX ಅನ್ನು ನಾನ್ ಸೆಲ್ಫ್ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ನಡೆಸಲಾಯಿತು. BLASTX TAKJE BIL ಪ್ರೊವೆಡೆನ್ ನಲ್ಲಿ NESAMOSTOYATELINYH CONTIGAH SE ISPOLIZOVANIEM BAZ dannыh belka nr < ಮತ್ತು RefSeq10 ಮತ್ತು ಗೊಮೊಲೊಗಿಯಾ 60%). nr ಮತ್ತು RefSeq NCBI ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು (e ಮೌಲ್ಯ < 1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ BLASTX ಅನ್ನು ಸಹ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI ಬ್ಲಾಸ್ಟ್‌ಎಕ್ಸ್ ಟ್ಯಾಕ್ ವೀಪೋಲ್ನಿಯಲ್ ಆಫ್ ನ್ಯಾಸಾಮೊಸ್ಟೋಯಟೆಲ್ ಕಾಂಟಿಗಾಹ್ ಎಸ್ ಇಸ್ಪೋಲ್ಸೊವಾನಿಮ್ ಬ್ಯಾಸ್ ಡಾನ್ ಬೆಲ್ಕಾ ಎನ್ಆರ್ ಮತ್ತು ರೆಫ್‌ಸೆಕ್ ಎನ್‌ಸಿಬಿಐ (1000 ಗೊಮೊಲೊಗಿಯಾ 60%). nr ಮತ್ತು RefSeq NCBI ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು (e ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮೋಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ BLASTX ಅನ್ನು ಸಹ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಸ್ವಯಂ-ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳಲ್ಲದ BLASTN ಮತ್ತು BLASTX ಪೂಲ್‌ಗಳು ಅಂತಿಮ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ (ಪೂರಕ ಫೈಲ್ ನೋಡಿ).
PCR ಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳನ್ನು ಕೋಷ್ಟಕ S1 ರಲ್ಲಿ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ccfDNA ಗುರಿ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ವರ್ಧಿಸಲು Taq DNA ಪಾಲಿಮರೇಸ್ (ಬಯೋ ಬೇಸಿಕ್ ಕೆನಡಾ, ಮಾರ್ಕಮ್, ON) ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು: 95°C ನಲ್ಲಿ 3 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಡಿನಾಟರೇಶನ್, 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ 95°C, 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಹೊಂದಿಸಿ, 72°C ನಲ್ಲಿ 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ ಉದ್ದಗೊಳಿಸುವಿಕೆ, 35 ಚಕ್ರಗಳು ಮತ್ತು ಅಂತಿಮವಾಗಿ 10 ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ 72°C. . PCR ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು 95 V ನಲ್ಲಿ SYBRTM ಸೇಫ್ DNA ಜೆಲ್ ಸ್ಟೇನ್ (ಇನ್ವಿಟ್ರೋಜೆನ್, ಬರ್ಲಿಂಗ್ಟನ್, ON, ಕೆನಡಾ) ಹೊಂದಿರುವ ಅಗರೋಸ್ ಜೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ (1.5%) ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್ ಮೂಲಕ ಬೇರ್ಪಡಿಸಲಾಯಿತು.
ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ (ಮೈಟಿಲಸ್ ಎಸ್‌ಪಿಪಿ.) ಅನ್ನು 500 ಮಿಲಿ ಆಮ್ಲಜನಕಯುಕ್ತ ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ (32 ಪಿಎಸ್‌ಯು) 24 ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ 4°C ನಲ್ಲಿ ಒಗ್ಗಿಸಲಾಯಿತು. ಮಾನವ ಗ್ಯಾಲೆಕ್ಟಿನ್-7 ಸಿಡಿಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು (ಎನ್‌ಸಿಬಿಐ ಪ್ರವೇಶ ಸಂಖ್ಯೆ L07769) ಎನ್‌ಕೋಡ್ ಮಾಡುವ ಇನ್ಸರ್ಟ್ ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು 190 μg/μl ನ ಅಂತಿಮ ಸಾಂದ್ರತೆಯಲ್ಲಿ ಸೀಸೆಗೆ ಸೇರಿಸಲಾಯಿತು. ಡಿಎನ್‌ಎ ಸೇರ್ಪಡೆ ಇಲ್ಲದೆ ಅದೇ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಾವುಕೊಡಲಾದ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ನಿಯಂತ್ರಣವಾಗಿದ್ದವು. ಮೂರನೇ ನಿಯಂತ್ರಣ ಟ್ಯಾಂಕ್ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ ಇಲ್ಲದೆ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಹೊಂದಿತ್ತು. ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್‌ಎ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡಲು, ಸೂಚಿಸಲಾದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಟ್ಯಾಂಕ್‌ನಿಂದ ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು (20 μl; ಮೂರು ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳು) ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲಾಯಿತು. ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಿಕೆಗಾಗಿ, ಎಲ್‌ಬಿ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸಲಾದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಕೊಯ್ಲು ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು qPCR ಮತ್ತು ddPCR ಮೂಲಕ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಯಿತು. ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನ ಹೆಚ್ಚಿನ ಉಪ್ಪಿನ ಅಂಶದಿಂದಾಗಿ, ಎಲ್ಲಾ ಪಿಸಿಆರ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳ ಮೊದಲು ಅಲಿಕೋಟ್‌ಗಳನ್ನು ಪಿಸಿಆರ್ ಗುಣಮಟ್ಟದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ (1:10) ದುರ್ಬಲಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು.
ಡಿಜಿಟಲ್ ಡ್ರಾಪ್ಲೆಟ್ PCR (ddPCR) ಅನ್ನು BioRad QX200 ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ (ಮಿಸ್ಸಿಸೌಗಾ, ಒಂಟಾರಿಯೊ, ಕೆನಡಾ) ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಗರಿಷ್ಠ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ತಾಪಮಾನ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಬಳಸಿ (ಟೇಬಲ್ S1). QX200 ಡ್ರಾಪ್ ಜನರೇಟರ್ (ಬಯೋರಾಡ್) ಬಳಸಿ ಹನಿಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲಾಯಿತು. ddPCR ಅನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನಂತೆ ನಡೆಸಲಾಯಿತು: 5 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 95°C, 30 ಸೆಕೆಂಡುಗಳ ಕಾಲ 95°C ನ 50 ಚಕ್ರಗಳು ಮತ್ತು 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ ನೀಡಲಾದ ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನ ಮತ್ತು 30 ಸೆಕೆಂಡುಗಳ ಕಾಲ 72°C, 5 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 4°C ಮತ್ತು 5 ನಿಮಿಷಗಳ ಒಳಗೆ 90°C. QX200 ಡ್ರಾಪ್ ರೀಡರ್ (ಬಯೋರಾಡ್) ಬಳಸಿ ಹನಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ ಮತ್ತು ಸಕಾರಾತ್ಮಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು (ಪ್ರತಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ/µl) ಅಳೆಯಲಾಯಿತು. 10,000 ಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಹನಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ತಿರಸ್ಕರಿಸಲಾಯಿತು. ಪ್ರತಿ ಬಾರಿ ddPCR ಅನ್ನು ಚಲಾಯಿಸಿದಾಗ ಮಾದರಿ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲಾಗಲಿಲ್ಲ.
ರೋಟರ್-ಜೀನ್® 3000 (ಕಾರ್ಬೆಟ್ ರಿಸರ್ಚ್, ಸಿಡ್ನಿ, ಆಸ್ಟ್ರೇಲಿಯಾ) ಮತ್ತು LGALS7 ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು qPCR ಅನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಎಲ್ಲಾ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ PCR ಗಳನ್ನು ಕ್ವಾಂಟಿಫಾಸ್ಟ್ SYBR ಗ್ರೀನ್ PCR ಕಿಟ್ (QIAGEN) ಬಳಸಿ 20 µl ನಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು. qPCR ಅನ್ನು 95°C ನಲ್ಲಿ 15 ನಿಮಿಷಗಳ ಇನ್ಕ್ಯುಬೇಶನ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲಾಯಿತು, ನಂತರ 95°C ನಲ್ಲಿ 10 ಸೆಕೆಂಡುಗಳ ಕಾಲ 40 ಚಕ್ರಗಳು ಮತ್ತು 60°C ನಲ್ಲಿ 60 ಸೆಕೆಂಡುಗಳ ಕಾಲ ಒಂದು ಡೇಟಾ ಸಂಗ್ರಹದೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲಾಯಿತು. 5 ಸೆಕೆಂಡುಗಳಿಗೆ 95°C, 60 ಸೆಕೆಂಡುಗಳಿಗೆ 65°C ಮತ್ತು qPCR ನ ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ 97°C ನಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮ ಅಳತೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕರಗುವ ವಕ್ರಾಕೃತಿಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲಾಯಿತು. ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ, ಪ್ರತಿ qPCR ಅನ್ನು ತ್ರಿವಳಿಗಳಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.
ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಶೋಧನೆ ದರಕ್ಕೆ ಹೆಸರುವಾಸಿಯಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಅವು ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಇರುವ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿ ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳಬಹುದೇ ಎಂದು ನಾವು ಮೊದಲು ತನಿಖೆ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ. ಈ ತುಣುಕುಗಳು ಅವುಗಳ ಅರೆ-ತೆರೆದ ದುಗ್ಧರಸ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹವಾಗುತ್ತವೆಯೇ ಎಂಬುದರ ಬಗ್ಗೆಯೂ ನಮಗೆ ಆಸಕ್ತಿ ಇತ್ತು. ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಟ್ಯಾಂಕ್‌ಗಳಿಗೆ ಸೇರಿಸಲಾದ ಕರಗುವ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಭವಿಷ್ಯವನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವ ಮೂಲಕ ನಾವು ಈ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ಪರಿಹರಿಸಿದ್ದೇವೆ. ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಅನುಕೂಲವಾಗುವಂತೆ, ನಾವು ಮಾನವ ಗ್ಯಾಲೆಕ್ಟಿನ್ -7 ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ವಿದೇಶಿ (ಸ್ವಯಂ ಅಲ್ಲದ) ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. ಡಿಡಿಪಿಸಿಆರ್ ಸಮುದ್ರ ನೀರು ಮತ್ತು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುತ್ತದೆ. ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಅನುಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಪ್ರಮಾಣವು ಕಾಲಾನಂತರದಲ್ಲಿ (7 ದಿನಗಳವರೆಗೆ) ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸ್ಥಿರವಾಗಿದ್ದರೆ, ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಈ ಮಟ್ಟವು 8 ಗಂಟೆಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಕಣ್ಮರೆಯಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ (ಚಿತ್ರ 1 ಎ, ಬಿ). ಇಂಟ್ರಾವಾಲ್ವುಲರ್ ದ್ರವ ಮತ್ತು ಹಿಮೋಲಿಂಪ್‌ನಲ್ಲಿ 15 ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ ಬಾಹ್ಯ ಡಿಎನ್‌ಎಯ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸುಲಭವಾಗಿ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾಯಿತು (ಚಿತ್ರ 1 ಸಿ). ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡ ನಂತರವೂ ಈ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು 4 ಗಂಟೆಗಳವರೆಗೆ ಕಂಡುಹಿಡಿಯಬಹುದು. ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಈ ಶೋಧಕ ಚಟುವಟಿಕೆಯು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಪಾಚಿಗಳ ಶೋಧಕ ಚಟುವಟಿಕೆಗೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದು [31]. ಈ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ ತಮ್ಮ ದ್ರವ ವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ವಿದೇಶಿ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಶೋಧಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಸಂಗ್ರಹಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.
ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿ (A) ಅಥವಾ ಅನುಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ (B) ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ DNA ಯ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಾಂದ್ರತೆಗಳನ್ನು ddPCR ನಿಂದ ಅಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. A ನಲ್ಲಿ, ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಶೇಕಡಾವಾರುಗಳಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಪೆಟ್ಟಿಗೆಗಳ ಗಡಿಗಳು 75 ನೇ ಮತ್ತು 25 ನೇ ಶೇಕಡಾವಾರುಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ. ಅಳವಡಿಸಲಾದ ಲಾಗರಿಥಮಿಕ್ ಕರ್ವ್ ಅನ್ನು ಕೆಂಪು ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಬೂದು ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ಮಬ್ಬಾದ ಪ್ರದೇಶವು 95% ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಮಧ್ಯಂತರವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. B ನಲ್ಲಿ, ಕೆಂಪು ರೇಖೆಯು ಸರಾಸರಿಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನೀಲಿ ರೇಖೆಯು ಸಾಂದ್ರತೆಗಾಗಿ 95% ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಮಧ್ಯಂತರವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. C ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ DNA ಸೇರಿಸಿದ ನಂತರ ವಿವಿಧ ಸಮಯಗಳಲ್ಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ಮತ್ತು ಕವಾಟದ ದ್ರವದಲ್ಲಿ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ DNA ಯ ಸಂಗ್ರಹಣೆ. ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಯಾದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಪ್ರತಿಗಳು/mL (±SE) ಎಂದು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಮುಂದೆ, ಸೀಮಿತ ಮಾನವಜನ್ಯ ಪ್ರಭಾವವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ದ್ವೀಪಗಳ ದೂರದ ಗುಂಪಾದ ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳಲ್ಲಿರುವ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹಾಸಿಗೆಗಳಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ccfDNA ಯ ಮೂಲವನ್ನು ನಾವು ತನಿಖೆ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ. ಈ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ, ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್‌ಗಳಿಂದ cccDNA ಯನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಿ ಮತ್ತು ಮಾನವ cccDNA ಯನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸುವ ವಿಧಾನಗಳಿಂದ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಯಿತು [32, 33]. ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಸರಾಸರಿ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ಸಾಂದ್ರತೆಗಳು ಪ್ರತಿ ಮಿಲಿ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಮೈಕ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳಲ್ಲಿವೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ (ಟೇಬಲ್ S2, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ ನೋಡಿ). ಈ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯು ಆರೋಗ್ಯವಂತ ಜನರಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ (ಪ್ರತಿ ಮಿಲಿಲೀಟರ್‌ಗೆ ಕಡಿಮೆ ನ್ಯಾನೊಗ್ರಾಂಗಳು), ಆದರೆ ಅಪರೂಪದ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ, ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ, ccfDNA ಮಟ್ಟವು ಪ್ರತಿ ಮಿಲಿಲೀಟರ್‌ಗೆ ಹಲವಾರು ಮೈಕ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳನ್ನು ತಲುಪಬಹುದು [34, 35]. ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ಯ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಈ ತುಣುಕುಗಳು ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿ ಬಹಳ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ, 1000 bp ನಿಂದ 1000 bp ವರೆಗೆ. 5000 bp ವರೆಗೆ (ಚಿತ್ರ 2). ಸಿಲಿಕಾ-ಆಧಾರಿತ QIAamp ಇನ್ವೆಸ್ಟಿಗೇಟರ್ ಕಿಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಇದೇ ರೀತಿಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಫೋರೆನ್ಸಿಕ್ ವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಸಾಂದ್ರತೆಯ DNA ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಜೀನೋಮಿಕ್ DNA ಅನ್ನು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲು ಮತ್ತು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ccfDNA [36] ಸೇರಿವೆ.
ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್‌ನ ಪ್ರತಿನಿಧಿ ccfDNA ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಗ್ರಾಮ್. ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸ್ನ್ಯಾಪ್ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾ ಕಿಟ್ (ಮೇಲ್ಭಾಗ) ಮತ್ತು QIAamp DNA ಇನ್ವೆಸ್ಟಿಗೇಟರ್ ಕಿಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗಿದೆ. B ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ಸಾಂದ್ರತೆಯ (±SE) ವಿತರಣೆಯನ್ನು ತೋರಿಸುವ ವಯಲಿನ್ ಪ್ಲಾಟ್. ಕಪ್ಪು ಮತ್ತು ಕೆಂಪು ರೇಖೆಗಳು ಕ್ರಮವಾಗಿ ಮಧ್ಯ ಮತ್ತು ಮೊದಲ ಮತ್ತು ಮೂರನೇ ಕ್ವಾರ್ಟೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ.
ಮಾನವರು ಮತ್ತು ಪ್ರೈಮೇಟ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಸರಿಸುಮಾರು 1% ccfDNA ವಿದೇಶಿ ಮೂಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ [21, 37]. ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳ ಅರೆ-ತೆರೆದ ರಕ್ತಪರಿಚಲನಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆ, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳಿಂದ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿರುವ ಸಮುದ್ರ ನೀರು ಮತ್ತು ಮಸ್ಸೆಲ್ ccfDNA ಯ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಿ, ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೋಲಿಂಪ್ ccfDNA ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ DNA ಯ ಸಮೃದ್ಧ ಮತ್ತು ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಪೂಲ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು ಎಂದು ನಾವು ಊಹಿಸಿದ್ದೇವೆ. ಈ ಊಹೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು, ನಾವು ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ಔಲಾಕೋಮಿಯಾ ಅಟ್ರಾ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಹೆಮೋಲಿಂಪ್ ccfDNA ಅನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಿದ್ದೇವೆ, ಇದು 10 ಮಿಲಿಯನ್‌ಗಿಂತಲೂ ಹೆಚ್ಚು ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ, ಅದರಲ್ಲಿ 97.6% ಗುಣಮಟ್ಟದ ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿ ಉತ್ತೀರ್ಣವಾಗಿದೆ. ನಂತರ ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು BLASTN ಮತ್ತು NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಮೂಲಗಳ ಪ್ರಕಾರ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಯಿತು (ಚಿತ್ರ S1, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ).
ಮಾನವರಲ್ಲಿ, ಪರಮಾಣು ಮತ್ತು ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯಲ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ಎರಡನ್ನೂ ರಕ್ತಪ್ರವಾಹಕ್ಕೆ ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡಬಹುದು [38]. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಪ್ರಸ್ತುತ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ಎ. ಅಟ್ರಾ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ ಅಥವಾ ವಿವರಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ ಎಂಬ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ, ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಪರಮಾಣು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ವಿವರವಾಗಿ ವಿವರಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗಲಿಲ್ಲ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಬೈವಾಲ್ವ್ ಲೈಬ್ರರಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಮ್ಮದೇ ಆದ ಮೂಲದ ಹಲವಾರು ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ನಾವು ಗುರುತಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು (ಚಿತ್ರ ಎಸ್ 2, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ). ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಆ ಎ. ಅಟ್ರಾ ಜೀನ್‌ಗಳ ನಿರ್ದೇಶನ ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯಿಂದ ನಮ್ಮದೇ ಆದ ಮೂಲದ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ನಾವು ದೃಢಪಡಿಸಿದ್ದೇವೆ (ಚಿತ್ರ 3). ಅದೇ ರೀತಿ, ಎ. ಅಟ್ರಾದ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ ಸಾರ್ವಜನಿಕ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿರುವುದರಿಂದ, ಎ. ಅಟ್ರಾದ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್‌ನಲ್ಲಿ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯಲ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಗೆ ಪುರಾವೆಗಳನ್ನು ಕಾಣಬಹುದು. ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯಲ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯಿಂದ ದೃಢಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 3).
PCR ನಿಂದ ವರ್ಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟ A. atra (ಕೆಂಪು ಚುಕ್ಕೆಗಳು - ಸ್ಟಾಕ್ ಸಂಖ್ಯೆ: SRX5705969) ಮತ್ತು M. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್ (ನೀಲಿ ಚುಕ್ಕೆಗಳು - ಸ್ಟಾಕ್ ಸಂಖ್ಯೆ: SRX5705968) ನ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್‌ನಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯಲ್ ಜೀನ್‌ಗಳು ಇದ್ದವು. ಬ್ರೆಟನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2011 ರಿಂದ ಅಳವಡಿಸಲಾದ ಚಿತ್ರ B A. atra ನಿಂದ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ಸೂಪರ್‌ನೇಟಂಟ್‌ನ ವರ್ಧನೆ FTA ಕಾಗದದಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ. PCR ಮಿಶ್ರಣವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ PCR ಟ್ಯೂಬ್‌ಗೆ ನೇರವಾಗಿ ಸೇರಿಸಲು 3 mm ಪಂಚ್ ಬಳಸಿ.
ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಹೇರಳವಾಗಿರುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಅಂಶವನ್ನು ನೀಡಿದರೆ, ನಾವು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್‌ನಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ DNA ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದ್ದೇವೆ. ಇದನ್ನು ಮಾಡಲು, ನಾವು ಎರಡು ವಿಭಿನ್ನ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ. ಮೊದಲ ತಂತ್ರವು BLAST ಮತ್ತು ಇತರ ಪರಿಕರಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದಾದ ನಿಖರತೆಯೊಂದಿಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಬಹುದಾದ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್-ಆಧಾರಿತ ಅನುಕ್ರಮ ವರ್ಗೀಕರಣ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮವಾದ Kraken2 ಅನ್ನು ಬಳಸಿತು [28]. 6719 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಓದುಗಳು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಮೂಲದ್ದಾಗಿವೆ ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಯಿತು, ಆದರೆ 124 ಮತ್ತು 64 ಕ್ರಮವಾಗಿ ಆರ್ಕಿಯಾ ಮತ್ತು ವೈರಸ್‌ಗಳಿಂದ ಬಂದವು (ಚಿತ್ರ 4). ಅತ್ಯಂತ ಹೇರಳವಾಗಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ DNA ತುಣುಕುಗಳು ಫರ್ಮಿಕ್ಯೂಟ್ಸ್ (46%), ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ (27%), ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರೋಯಿಡೆಟ್ಸ್ (17%) (ಚಿತ್ರ 4a). ಈ ವಿತರಣೆಯು ಸಮುದ್ರ ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್‌ನ ಹಿಂದಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿರವಾಗಿದೆ [39, 40]. ಗ್ಯಾಮಾಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾವು ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಮುಖ್ಯ ವರ್ಗವಾಗಿತ್ತು (44%), ಇದರಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ವೈಬ್ರಿಯೋನೇಲ್‌ಗಳು (ಚಿತ್ರ 4b) ಸೇರಿವೆ. ಡಿಡಿಪಿಸಿಆರ್ ವಿಧಾನವು ಎ. ಅಟ್ರಾ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್‌ನ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎಯಲ್ಲಿ ವಿಬ್ರಿಯೊ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ದೃಢಪಡಿಸಿತು (ಚಿತ್ರ 4 ಸಿ) [41]. ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎಯ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಮೂಲದ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು, ಹೆಚ್ಚುವರಿ ವಿಧಾನವನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ ಎಸ್ 2, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ). ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಅತಿಕ್ರಮಿಸಲಾದ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿ-ಅಂತ್ಯ ರೀಡ್‌ಗಳಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು BLASTN ಮತ್ತು 1e−3 ರ e ಮೌಲ್ಯ ಮತ್ತು >90% ಹೋಮೋಲಜಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಟ್‌ಆಫ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ (ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳು) ಅಥವಾ ಸ್ವಯಂ ಅಲ್ಲದ ಮೂಲ ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಯಿತು. ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಅತಿಕ್ರಮಿಸಲಾದ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿ-ಅಂತ್ಯ ರೀಡ್‌ಗಳಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು BLASTN ಮತ್ತು 1e−3 ರ e ಮೌಲ್ಯ ಮತ್ತು >90% ಹೋಮೋಲಜಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಟ್‌ಆಫ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ (ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳು) ಅಥವಾ ಸ್ವಯಂ ಅಲ್ಲದ ಮೂಲ ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಯಿತು. В В В В В том случае перекрывыющеся чтения були собраны как чтения с парними концами и били класиси ಸೋಬ್ಸ್ಟ್ವೆನ್ನಿ (ಡೈವಿಸ್ಟ್ ವರ್ಚಸ್ ಮೊಲಿಸ್ಕಿ) ಅಥವಾ ಚುಜಿ ಪೋ ಪ್ರೋಯಿಸ್ಹೋಡ್ಡೆನಿಯು ಸಿಸ್ಪೋಲ್ಸೋವನಿಯೆಮ್ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ನ್ ಮತ್ತು ಸನ್ಯಾಸ-3ಚಿನ್ 1 ಸೆ ಗೋಮೊಲೊಜಿಯೆ 90%. ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವ ಓದುಗಳನ್ನು ಜೋಡಿ-ಅಂತ್ಯದ ಓದುಗಳಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು BLASTN ಮತ್ತು e ಮೌಲ್ಯ 1e-3 ಮತ್ತು >90% ಹೋಮೋಲಜಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಟ್‌ಆಫ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ಥಳೀಯ (ಬೈವಾಲ್ವ್) ಅಥವಾ ಮೂಲವಲ್ಲದ ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಯಿತು.ಚಿತ್ರ同源性的截止值分类为自身（双壳类）或非自身来源。ಚಿತ್ರ和> 90% 同源性 的 分类 自身 ಈ ವಿಷಯಗಳು собственные (dvustvorchatye molluski) ಅಥವಾ NESOBSTVENNYE PO ಪ್ರೊಯಿಸ್ಕೊಡ್ಡೆನಿಯು ಎಸ್ ಇಸ್ಪೋಲ್ಸೊವಾನಿಯೆಮ್ ಝನಾಚೆನ್ 1 ಪೊರೊಗಾ ಗೊಮೊಲೊಗಿ> 90%. ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವ ಓದುಗಳನ್ನು ಜೋಡಿ-ಅಂತ್ಯದ ಓದುಗಳಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು e BLASTN ಮತ್ತು 1e-3 ಮೌಲ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಿತಿ> 90% ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಂತ (ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳು) ಅಥವಾ ಮೂಲವಲ್ಲದ ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.A. atra ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಇನ್ನೂ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸದ ಕಾರಣ, ನಾವು MEGAHIT ನೆಕ್ಸ್ಟ್ ಜನರೇಷನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (NGS) ಅಸೆಂಬ್ಲರ್‌ನ ಡಿ ನೊವೊ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ತಂತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. ಒಟ್ಟು 147,188 ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಮೂಲದ ಅವಲಂಬಿತ (ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳು) ಎಂದು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ. ನಂತರ ಈ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು BLASTN ಮತ್ತು BLASTX ಬಳಸಿ 1e-10 ರ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಫೋಟಿಸಲಾಯಿತು. ಈ ತಂತ್ರವು A. atra ccfDNA ಯಲ್ಲಿ ಇರುವ 482 ನಾನ್-ಬೈವಾಲ್ವ್ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಮಗೆ ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು. ಈ DNA ತುಣುಕುಗಳಲ್ಲಿ ಅರ್ಧಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು (57%) ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ, ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಸಲ್ಫೋಟ್ರೋಫಿಕ್ ಸಿಂಬಿಯಾಂಟ್‌ಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಗಿಲ್ ಸಿಂಬಿಯಾಂಟ್‌ಗಳಿಂದ ಮತ್ತು ಗಿಲ್ ಸಿಂಬಿಯಾಂಟ್‌ಗಳಾದ ಸೊಲೆಮ್ಯಾ ವೆಲಮ್ (ಚಿತ್ರ 5).
ಪ್ರಕಾರ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿ. ಬಿ ಎರಡು ಮುಖ್ಯ ಫೈಲಾಗಳ (ಫರ್ಮಿಕ್ಯೂಟ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ) ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆ. ಡಿಡಿಪಿಸಿಆರ್‌ನ ಪ್ರತಿನಿಧಿ ವರ್ಧನೆ ಸಿ ವಿಬ್ರಿಯೊ ಎಸ್‌ಪಿಪಿ. ಎ. ಮೂರು ಅಟ್ರಾ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್‌ಗಳಲ್ಲಿ 16 ಎಸ್ ಆರ್‌ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಜೀನ್‌ನ (ನೀಲಿ) ತುಣುಕುಗಳು.
ಒಟ್ಟು 482 ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಕಾಂಟಿಗ್ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳ (ಪ್ರೊಕ್ಯಾರಿಯೋಟ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟ್‌ಗಳು) ವರ್ಗೀಕರಣ ವಿತರಣೆಯ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪ್ರೊಫೈಲ್. BLASTN ಮತ್ತು BLASTX ನಿಂದ ಗುರುತಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ವಿವರವಾದ ವಿತರಣೆ.
ಮಸ್ಸೆಲ್ ccfDNA ಯುರಿಯಾರ್ಕಿಯೋಟಾ (65%), ಕ್ರೆನಾರ್ಕಿಯೋಟಾ (24%) ಮತ್ತು ಥೌರ್ಮಾರ್ಕಿಯೋಟಾ (11%) (ಚಿತ್ರ 6a) ಗಳ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಆರ್ಕಿಯಲ್ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ಕ್ರಾಕನ್2 ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ತೋರಿಸಿದೆ. ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾದ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯದಲ್ಲಿ ಹಿಂದೆ ಕಂಡುಬಂದ ಯೂರಿಯಾರ್ಕಿಯೋಟಾ ಮತ್ತು ಕ್ರೆನಾರ್ಕಿಯೋಟಾದಿಂದ ಪಡೆದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ಆಶ್ಚರ್ಯಕರವಾಗಿರಬಾರದು [42]. ಯೂರಿಯಾರ್ಕಿಯೋಟಾ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ವಿಪರೀತ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಯೂರಿಯಾರ್ಕಿಯೋಟಾ ಮತ್ತು ಕ್ರೆನಾರ್ಕಿಯೋಟಾ ಎರಡೂ ಸಮುದ್ರ ಕ್ರಯೋಜೆನಿಕ್ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯವಾದ ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಸೇರಿವೆ ಎಂದು ಈಗ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ [43, 44]. ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ಪ್ರಸ್ಥಭೂಮಿಯ [45] ಕೆಳಭಾಗದ ಸೋರಿಕೆಗಳಿಂದ ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಮೀಥೇನ್ ಸೋರಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳ [46] ಕರಾವಳಿಯಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಸಂಭಾವ್ಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಮೀಥೇನ್ ಉತ್ಪಾದನೆಯ ಇತ್ತೀಚಿನ ವರದಿಗಳನ್ನು ಗಮನಿಸಿದರೆ, ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಮೆಥನೋಜೆನಿಕ್ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ಆಶ್ಚರ್ಯವೇನಿಲ್ಲ.
ನಂತರ ನಮ್ಮ ಗಮನವು ಡಿಎನ್ಎ ವೈರಸ್‌ಗಳ ವಾಚನಗಳತ್ತ ಬದಲಾಯಿತು. ನಮಗೆ ತಿಳಿದ ಮಟ್ಟಿಗೆ, ಇದು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ವೈರಸ್ ಅಂಶದ ಮೊದಲ ಆಫ್-ಟಾರ್ಗೆಟ್ ಅಧ್ಯಯನವಾಗಿದೆ. ನಿರೀಕ್ಷೆಯಂತೆ, ನಾವು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯೊಫೇಜ್‌ಗಳ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು (ಕಾಡೋವೈರಲ್ಸ್) ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ (ಚಿತ್ರ 6 ಬಿ). ಆದಾಗ್ಯೂ, ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯವಾದ ವೈರಲ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸೈಟೋವೈರಸ್‌ಗಳ ಫೈಲಮ್‌ನಿಂದ ಬರುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಸೈಟೋಪ್ಲಾಸ್ಮಿಕ್ ಲಾರ್ಜ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ವೈರಸ್ (ಎನ್‌ಸಿಎಲ್‌ಡಿವಿ) ಎಂದೂ ಕರೆಯುತ್ತಾರೆ, ಇದು ಯಾವುದೇ ವೈರಸ್‌ನ ಅತಿದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಈ ಫೈಲಮ್‌ನೊಳಗೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಡಿಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮಿಮಿಮಿಡೋವಿರಿಡೆ (58%) ಮತ್ತು ಪೋಕ್ಸ್‌ವಿರಿಡೆ (21%) ಕುಟುಂಬಗಳಿಗೆ ಸೇರಿವೆ, ಇವುಗಳ ನೈಸರ್ಗಿಕ ಆತಿಥೇಯರು ಕಶೇರುಕಗಳು ಮತ್ತು ಆರ್ತ್ರೋಪಾಡ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ, ಆದರೆ ಈ ಡಿಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಪ್ರಮಾಣವು ತಿಳಿದಿರುವ ವೈರಾಲಾಜಿಕಲ್ ಪಾಚಿಗಳಿಗೆ ಸೇರಿದೆ. ಸಾಗರ ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಪಾಚಿಗಳನ್ನು ಸೋಂಕು ತರುತ್ತದೆ. ಯಾವುದೇ ತಿಳಿದಿರುವ ವೈರಲ್ ಕುಲದ ಅತಿದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ದೈತ್ಯ ವೈರಸ್ ಪಂಡೋರಾ ವೈರಸ್‌ನಿಂದ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸಹ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ. ಕುತೂಹಲಕಾರಿಯಾಗಿ, ಹೆಮೋಲಿಂಪ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ನಿರ್ಧರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಂತೆ ವೈರಸ್‌ನಿಂದ ಸೋಂಕಿಗೆ ಒಳಗಾದ ಆತಿಥೇಯರ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ ಎಸ್ 3, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ). ಇದು ಬ್ಯಾಕುಲೋವಿರಿಡೆ ಮತ್ತು ಇರಿಡೋವಿರಿಡೆಯಂತಹ ಕೀಟಗಳಿಗೆ ಸೋಂಕು ತಗುಲಿಸುವ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಹಾಗೂ ಅಮೀಬಾ, ಪಾಚಿ ಮತ್ತು ಕಶೇರುಕಗಳಿಗೆ ಸೋಂಕು ತಗುಲಿಸುವ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಪಿಥೋವೈರಸ್ ಸೈಬರಿಕಮ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸಹ ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ. ಪಿಟೋವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ("ಜೊಂಬಿ ವೈರಸ್‌ಗಳು" ಎಂದೂ ಕರೆಯುತ್ತಾರೆ) ಮೊದಲು ಸೈಬೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ 30,000 ವರ್ಷಗಳಷ್ಟು ಹಳೆಯದಾದ ಪರ್ಮಾಫ್ರಾಸ್ಟ್‌ನಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಯಿತು [47]. ಹೀಗಾಗಿ, ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಈ ವೈರಸ್‌ಗಳ ಎಲ್ಲಾ ಆಧುನಿಕ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಅಳಿದುಹೋಗಿಲ್ಲ [48] ಮತ್ತು ಈ ವೈರಸ್‌ಗಳು ದೂರದ ಸಬ್‌ಆರ್ಕ್ಟಿಕ್ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಇರಬಹುದು ಎಂದು ತೋರಿಸುವ ಹಿಂದಿನ ವರದಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿರವಾಗಿವೆ.
ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ನಾವು ಇತರ ಬಹುಕೋಶೀಯ ಪ್ರಾಣಿಗಳಿಂದ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಬಹುದೇ ಎಂದು ನೋಡಲು ಪರೀಕ್ಷಿಸಿದ್ದೇವೆ. nt, nr ಮತ್ತು RefSeq ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳೊಂದಿಗೆ (ಜೀನೋಮಿಕ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್) BLASTN ಮತ್ತು BLASTX ಒಟ್ಟು 482 ವಿದೇಶಿ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿವೆ. ಬಹುಕೋಶೀಯ ಪ್ರಾಣಿಗಳ ccfDNA ಯ ವಿದೇಶಿ ತುಣುಕುಗಳಲ್ಲಿ ಮೂಳೆ ಮೂಳೆಗಳ DNA ಮೇಲುಗೈ ಸಾಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ (ಚಿತ್ರ 5). ಕೀಟಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ಜಾತಿಗಳಿಂದ DNA ತುಣುಕುಗಳು ಸಹ ಕಂಡುಬಂದಿವೆ. ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ದೊಡ್ಡ ಭಾಗವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ, ಬಹುಶಃ ಭೂಮಿಯ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಸಮುದ್ರ ಪ್ರಭೇದಗಳ ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಾತಿನಿಧ್ಯದಿಂದಾಗಿ [49].
ಪ್ರಸ್ತುತ ಪ್ರಬಂಧದಲ್ಲಿ, ನಾವು LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತೇವೆ, ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ಶಾಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಸಮುದ್ರ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ವಾದಿಸುತ್ತೇವೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, 1) ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ದೊಡ್ಡ (~1-5 kb) ಪರಿಚಲನೆಯಲ್ಲಿರುವ DNA ತುಣುಕುಗಳ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಗಳನ್ನು (ಮೈಕ್ರೋಗ್ರಾಮ್ ಮಟ್ಟಗಳು) ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ; 2) ಈ DNA ತುಣುಕುಗಳು ಸ್ವತಂತ್ರ ಮತ್ತು ಸ್ವತಂತ್ರವಲ್ಲದವುಗಳಾಗಿವೆ 3) ಈ DNA ತುಣುಕುಗಳ ವಿದೇಶಿ ಮೂಲಗಳಲ್ಲಿ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ, ಆರ್ಕಿಯಲ್ ಮತ್ತು ವೈರಲ್ DNA, ಹಾಗೆಯೇ ಇತರ ಬಹುಕೋಶೀಯ ಪ್ರಾಣಿಗಳ DNA ಗಳನ್ನು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ; 4) ಹೆಮೋಲಿಂಫ್‌ನಲ್ಲಿ ಈ ವಿದೇಶಿ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಸಂಗ್ರಹವು ವೇಗವಾಗಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಆಂತರಿಕ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಚಟುವಟಿಕೆಗೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಬಯೋಮೆಡಿಸಿನ್ ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿ ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯು, ಸೆಂಟಿನೆಲ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಪರಿಸರದ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಚೆನ್ನಾಗಿ ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಬಳಸಬಹುದಾದ ಶ್ರೀಮಂತ ಆದರೆ ಅನ್ವೇಷಿಸದ ಜ್ಞಾನದ ಮೂಲವನ್ನು ಸಂಕೇತಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನವು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ಪ್ರೈಮೇಟ್‌ಗಳ ಜೊತೆಗೆ, ಇಲಿಗಳು, ನಾಯಿಗಳು, ಬೆಕ್ಕುಗಳು ಮತ್ತು ಕುದುರೆಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಸಸ್ತನಿಗಳಲ್ಲಿ ccfDNA ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆಯು ವರದಿಯಾಗಿದೆ [50, 51, 52]. ಆದಾಗ್ಯೂ, ನಮಗೆ ತಿಳಿದಿರುವಂತೆ, ಮುಕ್ತ ಪರಿಚಲನೆ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸಮುದ್ರ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ ccfDNA ಪತ್ತೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಿದ ಮೊದಲ ಅಧ್ಯಯನ ನಮ್ಮದು. ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಈ ಅಂಗರಚನಾ ಲಕ್ಷಣ ಮತ್ತು ಶೋಧಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವು, ಕನಿಷ್ಠ ಭಾಗಶಃ, ಇತರ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪರಿಚಲನೆ ಮಾಡುವ ವಿಭಿನ್ನ ಗಾತ್ರದ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸಬಹುದು. ಮಾನವರಲ್ಲಿ, ರಕ್ತದಲ್ಲಿ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ ಹೆಚ್ಚಿನ DNA ತುಣುಕುಗಳು 150 ರಿಂದ 200 bp ವರೆಗಿನ ಗಾತ್ರದ ಸಣ್ಣ ತುಣುಕುಗಳಾಗಿವೆ. ಗರಿಷ್ಠ ಗರಿಷ್ಠ 167 bp [34, 53]. DNA ತುಣುಕುಗಳ ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಆದರೆ ಗಮನಾರ್ಹ ಭಾಗವು 300 ರಿಂದ 500 bp ಗಳ ನಡುವೆ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸುಮಾರು 5% 900 bp ಗಿಂತ ಉದ್ದವಾಗಿದೆ. [54]. ಈ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಗೆ ಕಾರಣವೆಂದರೆ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ccfDNA ಯ ಮುಖ್ಯ ಮೂಲವು ಜೀವಕೋಶದ ಸಾವಿನ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಜೀವಕೋಶದ ಸಾವಿನಿಂದಾಗಿ ಅಥವಾ ಆರೋಗ್ಯವಂತ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಲ್ಲಿ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ ಹೆಮಟೊಪಯಟಿಕ್ ಕೋಶಗಳ ನೆಕ್ರೋಸಿಸ್ ಅಥವಾ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಕೋಶಗಳ ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್ (ಸರ್ಕ್ಯುಲೇಟಿಂಗ್ ಟ್ಯೂಮರ್ DNA ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ). , ctDNA). ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡ ಹೆಮೋಲಿಂಪ್ ccfDNA ಯ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಯು 1000 ರಿಂದ 5000 bp ವರೆಗೆ ಇತ್ತು, ಇದು ಮಸ್ಸೆಲ್ ccfDNA ವಿಭಿನ್ನ ಮೂಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ತಾರ್ಕಿಕ ಊಹೆಯಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ಅರೆ-ತೆರೆದ ನಾಳೀಯ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ DNA ಹೊಂದಿರುವ ಸಮುದ್ರ ಜಲಚರ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ವಾಸಿಸುತ್ತವೆ. ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, ಬಾಹ್ಯ DNA ಯನ್ನು ಬಳಸುವ ನಮ್ಮ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿವೆ, ಕನಿಷ್ಠ ಕೆಲವು ಗಂಟೆಗಳ ನಂತರ ಅವು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆ ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಬಿಡುಗಡೆಯಾದ ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ವಿವಿಧ ಸಂಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದ ನಂತರ ಅವು ಕ್ಷೀಣಿಸುತ್ತವೆ. ಜೀವಕೋಶಗಳ (ಪ್ರೊಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಮತ್ತು ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಎರಡೂ) ವಿರಳತೆಯನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಿ, ಇಂಟ್ರಾವಾಲ್ವುಲರ್ ವಿಭಾಗಗಳ ಬಳಕೆಯು ಸ್ವಯಂ-ಮೂಲಗಳಿಂದ ಮತ್ತು ವಿದೇಶಿ ಮೂಲಗಳಿಂದ ccfDNA ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಬೈವಾಲ್ವ್ ಸಹಜ ರೋಗನಿರೋಧಕ ಶಕ್ತಿ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ ಫಾಗೊಸೈಟ್‌ಗಳ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಿ, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳು ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಜೀವಕೋಶದ ಶಿಲಾಖಂಡರಾಶಿಗಳನ್ನು ಸೇವಿಸಿದಾಗ ವಿದೇಶಿ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುವ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ ಫಾಗೊಸೈಟ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ವಿದೇಶಿ ccfDNA ಸಹ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿದೆ ಎಂದು ನಾವು ಮತ್ತಷ್ಟು ಊಹಿಸಿದ್ದೇವೆ. ಒಟ್ಟಿಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಂಡರೆ, ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಬೈವಾಲ್ವ್ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ಆಣ್ವಿಕ ಮಾಹಿತಿಯ ವಿಶಿಷ್ಟ ಭಂಡಾರವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಕಾವಲುಗಾರ ಪ್ರಭೇದವಾಗಿ ಅವುಗಳ ಸ್ಥಾನಮಾನವನ್ನು ಬಲಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಿಂದ ಪಡೆದ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಆತಿಥೇಯ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಸ್ಯವರ್ಗ ಮತ್ತು ಸುತ್ತಮುತ್ತಲಿನ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ದತ್ತಾಂಶವು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಶಾಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರಗಳು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ 16S rRNA ಗುರುತಿನ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದರೆ ತಪ್ಪಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗುತ್ತಿದ್ದ ಕಮೆನ್ಸಲ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ A. ಅಟ್ರಾ ಗಿಲ್‌ನ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿವೆ, ಇದು ಭಾಗಶಃ ಉಲ್ಲೇಖ ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಪಕ್ಷಪಾತದಿಂದಾಗಿ. ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, ಕೆರ್ಗುಲೆನ್‌ನಲ್ಲಿರುವ ಅದೇ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಪದರದಲ್ಲಿ M. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್‌ನಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ LB ಡೇಟಾದ ನಮ್ಮ ಬಳಕೆಯು ಗಿಲ್-ಸಂಬಂಧಿತ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಹಜೀವನಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯು ಎರಡೂ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಒಂದೇ ಆಗಿರುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ (ಚಿತ್ರ S4, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ). ಎರಡು ತಳೀಯವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನವಾದ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಈ ಹೋಲಿಕೆಯು ಕೆರ್ಗುಲೆನ್‌ನ ಶೀತ, ಸಲ್ಫರಸ್ ಮತ್ತು ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ನಿಕ್ಷೇಪಗಳಲ್ಲಿನ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಸಮುದಾಯಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸಬಹುದು [55, 56, 57, 58]. ಪೋರ್ಟ್-ಔ-ಫ್ರಾನ್ಸ್‌ನ ಕರಾವಳಿಯಂತಹ ಬಯೋಟರ್ಬೇಟೆಡ್ ಕರಾವಳಿ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ [59] ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳನ್ನು ಕೊಯ್ಲು ಮಾಡುವಾಗ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಸಲ್ಫರ್-ಕಡಿಮೆಗೊಳಿಸುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು ಚೆನ್ನಾಗಿ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇನ್ನೊಂದು ಸಾಧ್ಯತೆಯೆಂದರೆ, ಸಹವರ್ತಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಸಸ್ಯವರ್ಗವು ಸಮತಲ ಪ್ರಸರಣದಿಂದ ಪ್ರಭಾವಿತವಾಗಬಹುದು [60, 61]. ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ, ಸಮುದ್ರತಳದ ಮೇಲ್ಮೈ ಮತ್ತು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿನ ಸಹಜೀವನದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಂಯೋಜನೆಯ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಶೋಧನೆ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಪ್ರಸ್ತುತ ನಡೆಯುತ್ತಿವೆ.
ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ಯ ಉದ್ದ ಮತ್ತು ಸಾಂದ್ರತೆ, ಅದರ ಶುದ್ಧೀಕರಣದ ಸುಲಭತೆ ಮತ್ತು ಕ್ಷಿಪ್ರ ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಅನುಮತಿಸುವ ಉತ್ತಮ ಗುಣಮಟ್ಟವು ಸಮುದ್ರ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ಮಸ್ಸೆಲ್ ccfDNA ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದರ ಹಲವು ಪ್ರಯೋಜನಗಳಲ್ಲಿ ಕೆಲವು. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ವೈರಲ್ ಸಮುದಾಯಗಳನ್ನು (ವೈರೋಮ್‌ಗಳು) ನಿರೂಪಿಸಲು ಈ ವಿಧಾನವು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿದೆ [62, 63]. ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ, ಆರ್ಕಿಯಾ ಮತ್ತು ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟ್‌ಗಳಂತಲ್ಲದೆ, ವೈರಲ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು 16S ಅನುಕ್ರಮಗಳಂತಹ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಆಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದಿಲ್ಲ. ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಂತಹ ಸೂಚಕ ಜಾತಿಗಳಿಂದ ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕರಾವಳಿ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ವಾಸಿಸುವ ಆತಿಥೇಯರನ್ನು ಸೋಂಕು ತಗುಲಿಸುವ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ದೊಡ್ಡ ಸಂಖ್ಯೆಯ ccfDNA ವೈರಸ್ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದು ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಇದರಲ್ಲಿ ಪ್ರೊಟೊಜೋವಾ, ಆರ್ತ್ರೋಪಾಡ್‌ಗಳು, ಕೀಟಗಳು, ಸಸ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು (ಉದಾ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯೊಫೇಜ್‌ಗಳು) ಸೋಂಕು ತಗುಲಿಸುವ ವೈರಸ್‌ಗಳು ಸೇರಿವೆ. ಕೆರ್ಗುಲೆನ್‌ನಲ್ಲಿ ಅದೇ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಪದರದಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ (M. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್) ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ವೈರೋಮ್ ಅನ್ನು ನಾವು ಪರಿಶೀಲಿಸಿದಾಗ ಇದೇ ರೀತಿಯ ವಿತರಣೆ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ (ಟೇಬಲ್ S2, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ). ccfDNA ಯ ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಮಾನವರು ಅಥವಾ ಇತರ ಪ್ರಭೇದಗಳ ವೈರೋಮ್ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಆವೇಗವನ್ನು ಪಡೆಯುತ್ತಿರುವ ಹೊಸ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ [21, 37, 64]. ಈ ವಿಧಾನವು ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ DNA ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಬಾಲ್ಟಿಮೋರ್‌ನಲ್ಲಿರುವ ಅತ್ಯಂತ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಮತ್ತು ವಿಶಾಲ ವರ್ಗದ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ಎಲ್ಲಾ ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ DNA ವೈರಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದೇ ಜೀನ್ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿಲ್ಲ [65]. ಈ ವೈರಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನವು ವರ್ಗೀಕರಿಸದೆ ಉಳಿದಿವೆ ಮತ್ತು ವೈರಲ್ ಪ್ರಪಂಚದ ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ತಿಳಿದಿಲ್ಲದ ಭಾಗದಿಂದ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರಬಹುದು [66], ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ A. ಅಟ್ರಾ ಮತ್ತು M. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್‌ನ ವೈರೋಮ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಹೋಸ್ಟ್ ಶ್ರೇಣಿಗಳು ಎರಡು ಜಾತಿಗಳ ನಡುವೆ ಬರುತ್ತವೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ. ಅದೇ ರೀತಿ (ಚಿತ್ರ S3 ನೋಡಿ, ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಮಾಹಿತಿ). ಈ ಹೋಲಿಕೆ ಆಶ್ಚರ್ಯವೇನಿಲ್ಲ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ಇರುವ DNA ಯನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವಲ್ಲಿ ಆಯ್ಕೆಯ ಕೊರತೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸಬಹುದು. RNA ವೈರೋಮ್ ಅನ್ನು ನಿರೂಪಿಸಲು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದ RNA ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ಭವಿಷ್ಯದ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಪ್ರಸ್ತುತ ಅಗತ್ಯವಿದೆ.
ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ಕೊವಾರ್ಸ್ಕಿ ಮತ್ತು ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಗಳ [37] ಕೆಲಸದಿಂದ ಅಳವಡಿಸಿಕೊಂಡ ಅತ್ಯಂತ ಕಠಿಣವಾದ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಅನ್ನು ನಾವು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ, ಅವರು ಸ್ಥಳೀಯ ccfDNA ಜೋಡಣೆಯ ಮೊದಲು ಮತ್ತು ನಂತರ ಪೂಲ್ ಮಾಡಿದ ಓದುಗಳು ಮತ್ತು ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಎರಡು-ಹಂತದ ಅಳಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿದರು, ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡದ ಓದುಗಳು ಕಂಡುಬಂದವು. ಆದ್ದರಿಂದ, ಈ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡದ ಓದುಗಳಲ್ಲಿ ಕೆಲವು ಇನ್ನೂ ತಮ್ಮದೇ ಆದ ಮೂಲವನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು ಎಂದು ನಾವು ತಳ್ಳಿಹಾಕಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ, ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ ಈ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ನಮ್ಮಲ್ಲಿ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ ಇಲ್ಲದ ಕಾರಣ. ಸ್ವಯಂ ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ ಅಲ್ಲದ ಓದುಗಳ ನಡುವಿನ ಚೈಮೆರಾಗಳು ಮತ್ತು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಮಿಸೆಕ್ PE75 ನಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಓದುವ ಉದ್ದಗಳ ಬಗ್ಗೆ ನಾವು ಕಾಳಜಿ ವಹಿಸಿದ್ದರಿಂದ ನಾವು ಈ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಅನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಗುರುತು ಹಾಕದ ಓದುವಿಕೆಗಳಿಗೆ ಮತ್ತೊಂದು ಕಾರಣವೆಂದರೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮುದ್ರ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳು, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಕೆರ್ಗುಲೆನ್‌ನಂತಹ ದೂರದ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ, ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ. ನಾವು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಮಿಸೆಕ್ PE75 ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ, ccfDNA ತುಣುಕು ಉದ್ದಗಳು ಮಾನವ ccfDNA ಗೆ ಹೋಲುತ್ತವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸುತ್ತೇವೆ. ಭವಿಷ್ಯದ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗಾಗಿ, ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ಮಾನವರು ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಸಸ್ತನಿಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಓದುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ತೋರಿಸಿದರೆ, ಉದ್ದವಾದ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಸೂಕ್ತವಾದ ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ. ಈ ಅಭ್ಯಾಸವು ಆಳವಾದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸೂಚನೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವುದನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ಸುಲಭಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಲಭ್ಯವಿಲ್ಲದ ಸಂಪೂರ್ಣ A. ಅಟ್ರಾ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಪಡೆಯುವುದು ಸ್ವಯಂ ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಮೂಲಗಳಿಂದ ccfDNA ಯ ತಾರತಮ್ಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ನಮ್ಮ ಸಂಶೋಧನೆಯು ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದೆ, ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಭವಿಷ್ಯದ ಸಂಶೋಧನೆಯಲ್ಲಿ ಬಳಸುವುದರಿಂದ, ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಈ ವಿಧಾನದ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ಹೊಸ ಉಪಕರಣಗಳು ಮತ್ತು ಪೈಪ್‌ಲೈನ್‌ಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಾವು ಭಾವಿಸುತ್ತೇವೆ. ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆ.
ಆಕ್ರಮಣಶೀಲವಲ್ಲದ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಆಗಿ, ಮಾನವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿದ ccfDNA ಮಟ್ಟಗಳು ವಿವಿಧ ರೋಗಗಳು, ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿ ಮತ್ತು ಒತ್ತಡದ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ [67,68,69]. ಈ ಹೆಚ್ಚಳವು ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಯ ನಂತರ ತನ್ನದೇ ಆದ ಮೂಲದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಬಿಡುಗಡೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ. ತೀವ್ರವಾದ ಶಾಖದ ಒತ್ತಡವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಾವು ಈ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಿದ್ದೇವೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳನ್ನು 30 °C ತಾಪಮಾನಕ್ಕೆ ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಒಡ್ಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮೂರು ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ ನಾವು ಮೂರು ವಿಭಿನ್ನ ರೀತಿಯ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ಈ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ತೀವ್ರವಾದ ಶಾಖದ ಒತ್ತಡದ ನಂತರ ccfDNA ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಬದಲಾವಣೆಯನ್ನು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿಲ್ಲ (ಚಿತ್ರ S5, ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ನೋಡಿ). ಈ ಆವಿಷ್ಕಾರವು ಕನಿಷ್ಠ ಭಾಗಶಃ, ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ಅರೆ-ತೆರೆದ ರಕ್ತಪರಿಚಲನಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯಿಂದಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ವಿದೇಶಿ DNA ಯನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುತ್ತವೆ ಎಂಬ ಅಂಶವನ್ನು ವಿವರಿಸಬಹುದು. ಮತ್ತೊಂದೆಡೆ, ಅನೇಕ ಅಕಶೇರುಕಗಳಂತೆ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ಒತ್ತಡ-ಪ್ರೇರಿತ ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ನಿರೋಧಕವಾಗಿರಬಹುದು, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಅವುಗಳ ಹೆಮೋಲಿಂಪ್‌ನಲ್ಲಿ ccfDNA ಬಿಡುಗಡೆಯನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸಬಹುದು [70, 71].
ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ, ಜಲವಾಸಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯದ ಡಿಎನ್‌ಎ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಪರಿಸರ ಡಿಎನ್‌ಎ (ಇಡಿಎನ್‌ಎ) ಮೆಟಾಬಾರ್‌ಕೋಡಿಂಗ್ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವಾಗ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಈ ವಿಧಾನವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸೀಮಿತವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಬಳಕೆಯು ಪಿಸಿಆರ್‌ನ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಪ್ರೈಮರ್ ಸೆಟ್‌ಗಳ ಪಕ್ಷಪಾತದ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸುತ್ತದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಒಂದು ಅರ್ಥದಲ್ಲಿ, ನಮ್ಮ ವಿಧಾನವು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಬಳಸಲಾದ ಹೈ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಇಡಿಎನ್‌ಎ ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ವಿಧಾನಕ್ಕೆ ಹತ್ತಿರದಲ್ಲಿದೆ, ಇದು ನೇರವಾಗಿ ವಿಘಟಿತ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲು ಮತ್ತು ಬಹುತೇಕ ಎಲ್ಲಾ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ [72, 73]. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಎಲ್‌ಬಿಯನ್ನು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಇಡಿಎನ್‌ಎ ವಿಧಾನಗಳಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವ ಹಲವಾರು ಮೂಲಭೂತ ಸಮಸ್ಯೆಗಳಿವೆ. ಸಹಜವಾಗಿ, ಇಡಿಎನ್‌ಎ ಮತ್ತು ಎಲ್‌ಬಿ ನಡುವಿನ ಪ್ರಮುಖ ವ್ಯತ್ಯಾಸವೆಂದರೆ ನೈಸರ್ಗಿಕ ಫಿಲ್ಟರ್ ಹೋಸ್ಟ್‌ಗಳ ಬಳಕೆ. ಇಡಿಎನ್‌ಎ ಅಧ್ಯಯನಕ್ಕಾಗಿ ನೈಸರ್ಗಿಕ ಫಿಲ್ಟರ್‌ನಂತೆ ಸ್ಪಂಜುಗಳು ಮತ್ತು ಬಿವಾಲ್ವ್‌ಗಳು (ಡ್ರೆಸ್ಸೀನಾ ಎಸ್‌ಪಿಪಿ.) ನಂತಹ ಸಮುದ್ರ ಜಾತಿಗಳ ಬಳಕೆಯನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ [74, 75]. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಡ್ರೀಸ್ಸೆನಾ ಅವರ ಅಧ್ಯಯನವು ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ಅಂಗಾಂಶ ಬಯಾಪ್ಸಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದೆ. LB ಯಿಂದ ccfDNA ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅಂಗಾಂಶ ಬಯಾಪ್ಸಿ, ವಿಶೇಷ ಮತ್ತು ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ದುಬಾರಿ ಉಪಕರಣಗಳು ಮತ್ತು eDNA ಅಥವಾ ಅಂಗಾಂಶ ಬಯಾಪ್ಸಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಲಾಜಿಸ್ಟಿಕ್ಸ್ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ. ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, LB ಯಿಂದ ccfDNA ಅನ್ನು ಕೋಲ್ಡ್ ಚೈನ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸದೆಯೇ FTA ಬೆಂಬಲದೊಂದಿಗೆ ಸಂಗ್ರಹಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು ಎಂದು ನಾವು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ವರದಿ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ, ಇದು ದೂರದ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಶೋಧನೆಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಸವಾಲಾಗಿದೆ [76]. ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿಗಳಿಂದ ccfDNA ಯ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ ಸಹ ಸರಳವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು PCR ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಉತ್ತಮ ಗುಣಮಟ್ಟದ DNA ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. eDNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಕೆಲವು ತಾಂತ್ರಿಕ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ನೀಡಿದರೆ ಇದು ಉತ್ತಮ ಪ್ರಯೋಜನವಾಗಿದೆ [77]. ಮಾದರಿ ವಿಧಾನದ ಸರಳತೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ವೆಚ್ಚವು ದೀರ್ಘಾವಧಿಯ ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣಾ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಸೂಕ್ತವಾಗಿದೆ. ಅವುಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದ ಜೊತೆಗೆ, ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳ ಮತ್ತೊಂದು ಪ್ರಸಿದ್ಧ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯವೆಂದರೆ ಅವುಗಳ ಲೋಳೆಯ ರಾಸಾಯನಿಕ ಮ್ಯೂಕೋಪೊಲಿಸ್ಯಾಕರೈಡ್ ಸಂಯೋಜನೆ, ಇದು ವೈರಸ್‌ಗಳ ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸುತ್ತದೆ [78, 79]. ಇದು ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜಲವಾಸಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆಯ ಪ್ರಭಾವವನ್ನು ನಿರೂಪಿಸಲು ಆದರ್ಶ ನೈಸರ್ಗಿಕ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಆತಿಥೇಯರಿಂದ ಪಡೆದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು eDNA ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ವಿಧಾನದ ಮಿತಿಯಾಗಿ ನೋಡಬಹುದಾದರೂ, eDNA ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಅಂತಹ ಸ್ಥಳೀಯ ccfDNA ಯನ್ನು ಹೊಂದುವುದರೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ವೆಚ್ಚವು ಆರೋಗ್ಯ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಅಪಾರ ಪ್ರಮಾಣದ ಮಾಹಿತಿಗೆ ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಅರ್ಥವಾಗುವಂತಹದ್ದಾಗಿದೆ. ಆಫ್‌ಸೆಟ್ ಹೋಸ್ಟ್. ಇದು ಆತಿಥೇಯ ಹೋಸ್ಟ್‌ನ ಜೀನೋಮ್‌ಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾದ ವೈರಲ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳಲ್ಲಿ [80, 81] ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಹರಡುವ ಲ್ಯುಕೇಮಿಕ್ ರೆಟ್ರೊವೈರಸ್‌ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ನೀಡಿದರೆ ಇದು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ. eDNA ಗಿಂತ LB ಯ ಮತ್ತೊಂದು ಪ್ರಯೋಜನವೆಂದರೆ ಅದು ಹಿಮೋಲಿಂಫ್‌ನಲ್ಲಿ ರಕ್ತ ಕಣಗಳನ್ನು ಪರಿಚಲನೆ ಮಾಡುವ ಫಾಗೊಸೈಟಿಕ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಇದು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು (ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು) ಆವರಿಸುತ್ತದೆ. ಫಾಗೊಸೈಟೋಸಿಸ್ ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳಲ್ಲಿನ ರಕ್ತ ಕಣಗಳ ಮುಖ್ಯ ಕಾರ್ಯವಾಗಿದೆ [82]. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಈ ವಿಧಾನವು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ (ಸರಾಸರಿ 1.5 ಲೀ/ಗಂ ಸಮುದ್ರದ ನೀರು) ಮತ್ತು ಎರಡು ದಿನಗಳ ಪರಿಚಲನೆಯ ಲಾಭವನ್ನು ಪಡೆಯುತ್ತದೆ, ಇದು ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನ ವಿವಿಧ ಪದರಗಳ ಮಿಶ್ರಣವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಹೆಟೆರೊಲಾಜಸ್ eDNA ಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. [83, 84]. ಹೀಗಾಗಿ, ಮಸ್ಸೆಲ್ ccfDNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಪೌಷ್ಟಿಕಾಂಶ, ಆರ್ಥಿಕ ಮತ್ತು ಪರಿಸರೀಯ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ನೀಡಿದರೆ ಆಸಕ್ತಿದಾಯಕ ಮಾರ್ಗವಾಗಿದೆ. ಮಾನವರಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದ LB ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಂತೆಯೇ, ಈ ವಿಧಾನವು ಬಾಹ್ಯ ವಸ್ತುಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ಆತಿಥೇಯ DNA ಯಲ್ಲಿ ಆನುವಂಶಿಕ ಮತ್ತು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಅಳೆಯುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಸಹ ತೆರೆಯುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ಥಳೀಯ ccfDNA ಯಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಮೂರನೇ ತಲೆಮಾರಿನ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳನ್ನು ಊಹಿಸಬಹುದು. ಮಸ್ಸೆಲ್ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಉದ್ದವು ದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಆದರ್ಶಪ್ರಾಯವಾಗಿ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ ಎಂಬ ಅಂಶದಿಂದ ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸಬೇಕು, ಇದು ರಾಸಾಯನಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲದೆ ಒಂದೇ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ DNA ಮೆತಿಲೇಷನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. 85,86] ಇದು ಆಸಕ್ತಿದಾಯಕ ಸಾಧ್ಯತೆಯಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ DNA ಮೆತಿಲೀಕರಣ ಮಾದರಿಗಳು ಪರಿಸರ ಒತ್ತಡಕ್ಕೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಹಲವು ತಲೆಮಾರುಗಳವರೆಗೆ ಇರುತ್ತವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆ ಅಥವಾ ಮಾಲಿನ್ಯಕಾರಕಗಳಿಗೆ ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡ ನಂತರ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಇದು ಅಮೂಲ್ಯವಾದ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ [87]. ಆದಾಗ್ಯೂ, LB ಯ ಬಳಕೆಯು ಮಿತಿಗಳಿಲ್ಲದೆ ಅಲ್ಲ. ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಸೂಚಕ ಜಾತಿಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯ ಅಗತ್ಯವಿದೆ ಎಂದು ಹೇಳಬೇಕಾಗಿಲ್ಲ. ಮೇಲೆ ಹೇಳಿದಂತೆ, ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು LB ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದಕ್ಕೆ ಮೂಲದಿಂದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಗಣನೆಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ಕಠಿಣ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್‌ನ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಮತ್ತೊಂದು ಪ್ರಮುಖ ಸಮಸ್ಯೆ ಎಂದರೆ ಸಮುದ್ರ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳ ಲಭ್ಯತೆ. ಸಾಗರ ಸಸ್ತನಿ ಜೀನೋಮ್ಸ್ ಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾದ Fish10k ಯೋಜನೆ [88] ನಂತಹ ಉಪಕ್ರಮಗಳು ಭವಿಷ್ಯದಲ್ಲಿ ಅಂತಹ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಆಶಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸಾಗರ ಫಿಲ್ಟರ್-ಫೀಡಿಂಗ್ ಜೀವಿಗಳಿಗೆ LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯ ಅನ್ವಯವು ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿನ ಇತ್ತೀಚಿನ ಪ್ರಗತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಇದು ಪರಿಸರ ಒತ್ತಡಕ್ಕೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ಸಮುದ್ರ ಆವಾಸಸ್ಥಾನಗಳ ಆರೋಗ್ಯದ ಬಗ್ಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸಲು ಬಹು-ಓಮ್ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಗೆ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ಸೂಕ್ತವಾಗಿದೆ.
ಜೀನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಯೋಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ಸ್ SRR8924808 ಅಡಿಯಲ್ಲಿ NCBI ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೀಡ್ ಆರ್ಕೈವ್ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 ನಲ್ಲಿ ಠೇವಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.
ಬ್ರೈರ್ಲಿ ಎಎಸ್, ಕಿಂಗ್ಸ್‌ಫೋರ್ಡ್ ಎಂಜೆ ಸಮುದ್ರ ಜೀವಿಗಳು ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಮೇಲೆ ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆಯ ಪರಿಣಾಮ. ಕೋಲ್ ಬಯಾಲಜಿ. 2009; 19: ಪಿ 602–ಪಿ 614.
ಗಿಸ್ಸಿ ಇ, ಮೇನಿಯಾ ಇ, ಮಜಾರಿಸ್ ಎಡಿ, ಫ್ರಾಸ್ಚೆಟ್ಟಿ ಎಸ್, ಅಲ್ಂಪನಿಡೌ ವಿ, ಬೆವಿಲಾಕ್ವಾ ಎಸ್, ಮತ್ತು ಇತರರು. ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆ ಮತ್ತು ಇತರ ಸ್ಥಳೀಯ ಒತ್ತಡಕಾರಕಗಳು ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರದ ಮೇಲೆ ಬೀರುವ ಸಂಯೋಜಿತ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಿ. ಸಾಮಾನ್ಯ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಪರಿಸರ. 2021;755:142564.
ಕ್ಯಾರೆಲ್ಲಾ F, Antuofermo E, Farina S, Salati F, Mandas D, Prado P, et al. ) ಮಾರ್ಚ್ ಮೊದಲನೆಯ ವಿಜ್ಞಾನ. 2020;7:48.
ಸೆರೊಂಟ್ ಎಲ್, ನಿಕಾಸ್ಟ್ರೋ ಸಿಆರ್, ಜರ್ಡಿ ಜಿಐ, ಗೋಬರ್ವಿಲ್ಲೆ ಇ. ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಶಾಖದ ಒತ್ತಡದ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆಯಾದ ಶಾಖ ಸಹಿಷ್ಣುತೆಯು ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಬೇಸಿಗೆಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮರಣ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ. ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ವರದಿ 2019; 9:17498.
ಫೆಯ್ ಎಸ್‌ಬಿ, ಸೀಪಿಯೆಲ್‌ಸ್ಕಿ ಎಎಮ್, ನಸ್ಸಲ್ ಎಸ್, ಸೆರ್ವಾಂಟೆಸ್-ಯೋಶಿಡಾ ಕೆ, ಹ್ವಾನ್ ಜೆಎಲ್, ಹ್ಯೂಬರ್ ಇಆರ್, ಮತ್ತು ಇತರರು. ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಸಾವಿನ ಆವರ್ತನ, ಕಾರಣಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಇತ್ತೀಚಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳು. ಪ್ರೊಕ್ ನ್ಯಾಟ್ಲ್ ಅಕಾಡ್ ಸೈ ಯುಎಸ್‌ಎ. 2015;112:1083-8.
Scarpa F, Sanna D, Azzena I, Mughetti D, Cerruti F, Hosseini S, et al. ಬಹು ಜಾತಿಗಳಲ್ಲದ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ರೋಗಕಾರಕಗಳು ಪಿನ್ನಾ ನೊಬಿಲಿಸ್‌ನ ಸಾಮೂಹಿಕ ಮರಣಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಜೀವನ. 2020;10:238.
ಬ್ರಾಡ್ಲಿ ಎಂ, ಕೌಟ್ಸ್ ಎಸ್‌ಜೆ, ಜೆಂಕಿನ್ಸ್ ಇ, ಒ'ಹಾರಾ ಟಿಎಂ. ಆರ್ಕ್ಟಿಕ್ ಪ್ರಾಣಿಸಂಬಂಧಿ ರೋಗಗಳ ಮೇಲೆ ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆಯ ಸಂಭಾವ್ಯ ಪರಿಣಾಮ. ಇಂಟ್ ಜೆ ಸರ್ಕಂಪೋಲಾರ್ ಹೆಲ್ತ್. 2005; 64:468–77.
ಬೇಯರ್ ಜೆ., ಗ್ರೀನ್ NW, ಬ್ರೂಕ್ಸ್ ಎಸ್., ಅಲನ್ ಐಜೆ, ರೂಸ್ ಎ., ಗೊಮೆಜ್ ಟಿ. ಮತ್ತು ಇತರರು. ಕರಾವಳಿ ಮಾಲಿನ್ಯ ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆಯಲ್ಲಿ ಸಿಗ್ನಲ್ ಜೀವಿಗಳಾಗಿ ಬ್ಲೂ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ (ಮೈಟಿಲಸ್ ಎಡುಲಿಸ್ ಎಸ್ಪಿಪಿ.): ಒಂದು ವಿಮರ್ಶೆ. ಮಾರ್ಚ್ ಎನ್ವಿರಾನ್ ರೆಸ್ 2017; 130:338-65.
ಸಿರವೆಗ್ನಾ ಜಿ, ಮಾರ್ಸೋನಿ ಎಸ್, ಸಿಯೆನಾ ಎಸ್, ಬಾರ್ಡೆಲ್ಲಿ ಎ. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯಲ್ಲಿ ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿಯ ಏಕೀಕರಣ. ನ್ಯಾಟ್ ರೆವ್ ಕ್ಲೀನ್ ಓಂಕೋಲ್. 2017; 14:531–48.
ವಾನ್ ಜೆಸಿಎಂ, ಮಾಸ್ಸಿ ಸಿ, ಗಾರ್ಸಿಯಾ-ಕಾರ್ಬಾಚೊ ಜೆ, ಮೌಲಿಯೆರ್ ಎಫ್, ಬ್ರೆಂಟನ್ ಜೆಡಿ, ಕ್ಯಾಲ್ಡಾಸ್ ಸಿ, ಮತ್ತು ಇತರರು. ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿ ಪಕ್ವತೆ: ಗೆಡ್ಡೆಯ ಡಿಎನ್‌ಎ ಪರಿಚಲನೆಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ನ್ಯಾಟ್ ರೆವ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್. 2017;17:223–38.
ಮ್ಯಾಂಡೆಲ್ ಪಿ., ಮೆಟೈಸ್ ಪಿ. ಮಾನವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳು. ಸೊಕ್ ಬಯೋಲ್ ಅಂಗಸಂಸ್ಥೆಗಳ ಸಭೆಯ ನಿಮಿಷಗಳು. 1948; 142:241-3.
ಬ್ರಾಂಕ್‌ಹೋರ್ಸ್ಟ್ ಎಜೆ, ಉಂಗೆರರ್ ಡಬ್ಲ್ಯೂ, ಹೋಲ್ಡೆನ್‌ರೈಡರ್ ಎಸ್. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಗೆ ಆಣ್ವಿಕ ಮಾರ್ಕರ್ ಆಗಿ ಕೋಶ-ಮುಕ್ತ ಡಿಎನ್‌ಎಗೆ ಹೊಸ ಪಾತ್ರ. ಬಯೋಮೋಲಾರ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ. 2019;17:100087.
ಇಗ್ನಾಟಿಯಾಡಿಸ್ ಎಂ., ಸ್ಲೆಡ್ಜ್ ಜಿಡಬ್ಲ್ಯೂ, ಜೆಫ್ರಿ ಎಸ್ಎಸ್ ಲಿಕ್ವಿಡ್ ಬಯಾಪ್ಸಿ ಕ್ಲಿನಿಕ್ ಅನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸುತ್ತದೆ - ಅನುಷ್ಠಾನ ಸಮಸ್ಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಭವಿಷ್ಯದ ಸವಾಲುಗಳು. ನ್ಯಾಟ್ ರೆವ್ ಕ್ಲಿನ್ ಓಂಕಾಲ್. 2021; 18:297–312.
ಲೋ ವೈಎಂ, ಕಾರ್ಬೆಟ್ಟಾ ಎನ್., ಚೇಂಬರ್ಲೇನ್ ಪಿಎಫ್, ರೈ ಡಬ್ಲ್ಯೂ., ಸಾರ್ಜೆಂಟ್ ಐಎಲ್, ರೆಡ್‌ಮನ್ ಸಿಡಬ್ಲ್ಯೂ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಭ್ರೂಣದ ಡಿಎನ್‌ಎ ತಾಯಿಯ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾ ಮತ್ತು ಸೀರಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಇರುತ್ತದೆ. ಲ್ಯಾನ್ಸೆಟ್. 1997; 350:485-7.
ಮುಫರೆ ಎಂಎನ್, ವಾಂಗ್ ಆರ್ಜೆ, ಶಾ ಜಿಎಂ, ಸ್ಟೀವನ್ಸನ್ ಡಿಕೆ, ಕ್ವೇಕ್ ಎಸ್ಆರ್ ಗರ್ಭಾವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಮಹಿಳೆಯರ ರಕ್ತದಲ್ಲಿ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ ಬಾಹ್ಯಕೋಶೀಯ ಆರ್ಎನ್ಎ ಬಳಸಿ ಗರ್ಭಧಾರಣೆಯ ಕೋರ್ಸ್ ಮತ್ತು ಅದರ ತೊಡಕುಗಳ ಅಧ್ಯಯನ. ಡೋಪೀಡಿಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್. 2020;8:605219.
ಒಲ್ಲೆರಿಚ್ ಎಂ, ಶೆರ್ವುಡ್ ಕೆ, ಕಿಯೋನ್ ಪಿ, ಶುಟ್ಜ್ ಇ, ಬೆಕ್ ಜೆ, ಸ್ಟೆಗ್‌ಬೌರ್ ಜೆ, ಮತ್ತು ಇತರರು. ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿ: ಮೂತ್ರಪಿಂಡ ಕಸಿಯಲ್ಲಿ ಅಲೋಜೆನಿಕ್ ಗಾಯಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ದಾನಿ ಕೋಶ-ಮುಕ್ತ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನ್ಯಾಟ್ ರೆವ್ ನೆಫ್ರೋಲ್. 2021; 17:591–603.
ಜುವಾನ್ ಎಫ್‌ಸಿ, ಲೋ ವೈಎಂ ಪ್ರಸವಪೂರ್ವ ರೋಗನಿರ್ಣಯದಲ್ಲಿ ನಾವೀನ್ಯತೆಗಳು: ತಾಯಿಯ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ. ಅನ್ನಾ ಎಂಡಿ. 2016;67:419-32.
ಗು ಡಬ್ಲ್ಯೂ, ಡೆಂಗ್ ಎಕ್ಸ್, ಲೀ ಎಂ, ಸುಕು ವೈಡಿ, ಅರೆವಾಲೊ ಎಸ್, ಸ್ಟ್ರೈಕ್ ಡಿ, ಮತ್ತು ಇತರರು. ಸೋಂಕಿತ ದೈಹಿಕ ದ್ರವಗಳ ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ತ್ವರಿತ ರೋಗಕಾರಕ ಪತ್ತೆ. ನ್ಯಾಟ್ ಮೆಡಿಸಿನ್. 2021;27:115-24.