Nature.com-এ আসার জন্য আপনাকে ধন্যবাদ। আপনি যে ব্রাউজার সংস্করণটি ব্যবহার করছেন তাতে CSS-এর সমর্থন সীমিত। সর্বোত্তম অভিজ্ঞতার জন্য, আমরা আপনাকে একটি হালনাগাদ ব্রাউজার ব্যবহার করার পরামর্শ দিচ্ছি (অথবা ইন্টারনেট এক্সপ্লোরারে কম্প্যাটিবিলিটি মোড নিষ্ক্রিয় করুন)। আপাতত, নিরবচ্ছিন্ন সমর্থন নিশ্চিত করার জন্য, আমরা স্টাইল এবং জাভাস্ক্রিপ্ট ছাড়াই সাইটটি রেন্ডার করব।
অ্যাঙ্গাস্টিফোলিয়াস লুপিন (NLL, Lupinus angustifolius L.) হলো একটি শিম্বজাতীয় উদ্ভিদ যা খাদ্য উৎপাদন এবং মাটির উন্নতির জন্য ব্যবহৃত হয়। ফসল হিসেবে NLL-এর বিশ্বব্যাপী বিস্তার অনেক রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাককে আকর্ষণ করেছে, যার মধ্যে রয়েছে লুপিন অ্যানথ্রাকনোজ, যা মারাত্মক অ্যানথ্রাকনোজ রোগের কারণ। Lanr1 এবং AnMan নামক দুটি অ্যালিল, যা বর্ধিত প্রতিরোধ ক্ষমতা প্রদান করে, NLL-এর প্রজননে ব্যবহৃত হয়েছে, কিন্তু এর অন্তর্নিহিত আণবিক প্রক্রিয়াগুলো এখনও অজানা। এই গবেষণায়, ইউরোপীয় NLL নমুনা স্ক্রিনিং করার জন্য Lanr1 এবং AnMan মার্কার ব্যবহার করা হয়েছিল। একটি নিয়ন্ত্রিত পরিবেশে ভ্যাকসিনের পরীক্ষা উভয় প্রতিরোধী দাতার কার্যকারিতা নিশ্চিত করেছে। প্রতিনিধিত্বকারী প্রতিরোধী এবং সংবেদনশীল লাইনগুলোর উপর ডিফারেনশিয়াল জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইলিং করা হয়েছিল। অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধ ক্ষমতা “GO:0006952 Defense Response”, “GO:0055114 Redox Process”, এবং “GO:0015979 Photosynthesis” নামক জিন অনটোলজি টার্মগুলোর ওভারএক্সপ্রেশনের সাথে সম্পর্কিত ছিল। এছাড়াও, Lanr1(83A:476) লাইনটি ইনোকুলেশনের পর দ্রুত উল্লেখযোগ্য ট্রান্সক্রিপ্টোম রিপ্রোগ্রামিং দেখিয়েছে, যেখানে অন্যান্য লাইনগুলিতে এই প্রতিক্রিয়া প্রায় ৪২ ঘন্টা বিলম্বিত হয়েছে। প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়াগুলি TIR-NBS, CC-NBS-LRR এবং NBS-LRR জিন, রোগসৃষ্টিকারী প্রক্রিয়ায় জড়িত ১০টি প্রোটিন, লিপিড ট্রান্সফার প্রোটিন, এন্ডোগ্লুকান-১,৩-β-গ্লুকোসিডেজ, গ্লাইসিন-সমৃদ্ধ কোষ প্রাচীরের প্রোটিন এবং অক্সিজেনের প্রতিক্রিয়াশীল পথের জিনগুলির সাথে সম্পর্কিত। 83A:476-এর প্রতি প্রাথমিক প্রতিক্রিয়া, যার মধ্যে সালোকসংশ্লেষণের সাথে সম্পর্কিত জিনগুলির সতর্ক দমন অন্তর্ভুক্ত, ছত্রাকের জীববিজ্ঞানের অঙ্গজ বৃদ্ধি পর্যায়ে সফল সুরক্ষার সাথে মিলে যায়, যা ইঙ্গিত করে যে একটি ইফেক্টর অনাক্রম্যতাকে সক্রিয় করে। ম্যান্ডেলুপ প্রতিক্রিয়া ধীর হয়ে যায়, যেমনটি সামগ্রিক হরাইজন্টাল ড্র্যাগও হয়।
সরু-পাতার লুপিন (NLL, Lupinus angustifolius L.) হলো পশ্চিম ভূমধ্যসাগরীয় অঞ্চলের একটি উচ্চ প্রোটিনযুক্ত শস্য। এটি বর্তমানে পশু ও মানুষের খাদ্যশস্য হিসেবে চাষ করা হয়। মিথোজীবী নাইট্রোজেন সংবন্ধনকারী ব্যাকটেরিয়ার মাধ্যমে নাইট্রোজেন সংবন্ধন এবং মাটির সামগ্রিক গঠন উন্নত করার কারণে শস্য আবর্তন পদ্ধতিতে এটিকে সবুজ সার হিসেবেও বিবেচনা করা হয়। গত শতাব্দীতে NLL-এর গৃহপালন প্রক্রিয়া দ্রুত সম্পন্ন হয়েছে এবং এটি এখনও উচ্চ প্রজনন চাপের মধ্যে রয়েছে। NLL-এর ব্যাপক চাষের ফলে, রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাকের ধারাবাহিকতা নতুন কৃষি ক্ষেত্র তৈরি করেছে এবং নতুন ফসল-ধ্বংসকারী রোগের সৃষ্টি করেছে। লুপিন চাষী এবং প্রজননকারীদের জন্য সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য ছিল অ্যানথ্রাকনোসের আবির্ভাব, যা কোলেটোট্রিকাম লুপিনি (বন্ডার) নিরেনবার্গ, ফেইলার এবং হেগেডর্ন১৩ নামক রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাক দ্বারা সৃষ্ট। লুপিন চাষী এবং প্রজননকারীদের জন্য সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য ছিল অ্যানথ্রাকনোসের আবির্ভাব, যা কোলেটোট্রিকাম লুপিনি (বন্ডার) নিরেনবার্গ, ফেইলার এবং হেগেডর্ন১৩ নামক রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাক দ্বারা সৃষ্ট। Наиболее примечательным для фермеров и селекционеров люпина было появление антракноза, вызванного патогеннымберичам (collection) নিরেনবার্গ, ফিলার এবং হেগেডর্ন১৩। লুপিন চাষী এবং প্রজননকারীদের কাছে সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য ছিল কোলেটোট্রিকাম লুপিনি (বন্ডার) নিরেনবার্গ, ফেইলার এবং হেগেডর্ন১৩ নামক রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাক দ্বারা সৃষ্ট অ্যানথ্রাকনোসের আবির্ভাব।对于羽扇豆农民和饲养者来说，最引人注目的是炭疽病的出现，它是由病原真民和原真華它是由病原真菜Feiler & Hagedorn13 引起的.对于羽扇豆农民和饲养者来说,最引人注目的是炭疽病的出现,它是由病原农民和饲养者来说(Bondar)嵵কেশযুক্ত.1 Наиболее поразительным для фермеров и селекционеров люпина является появление антракноза, вызываемого патоимеров и селекционеров (বোন্ডার) নিরেনবার্গ, ফেইলার ও হেগেডর্ন১৩। লুপিন চাষী এবং প্রজননকারীদের কাছে সবচেয়ে আশ্চর্যজনক বিষয় হল কোলেটোট্রিকাম লুপিনি (বন্ডার) নিরেনবার্গ, ফেইলার এবং হেগেডর্ন১৩ নামক রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাক দ্বারা সৃষ্ট অ্যানথ্রাকনোস রোগের আবির্ভাব।রোগটি সম্পর্কে প্রথম প্রতিবেদন আসে ব্রাজিল এবং মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র থেকে, যেখানে সাধারণ লক্ষণগুলো যথাক্রমে ১৯১২ এবং ১৯২৯ সালে দেখা দেয়। তবে, প্রায় ৩০ বছর পর, রোগজীবাণুটিকে Colletotrichum gloeosporioides (Penz.) Penz. হিসাবে চিহ্নিত করা হয়। & Sacc., teleomorph Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. & Sacc., teleomorph Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. & Sacc., телеоморф Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. & Sacc., Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld.-এর টেলিমরফ। এবং স্যাক। এবং স্যাক। & Sacc., Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld в Целенаправленной морфологии. & Sacc., Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld in Targeted Morphology. এবং এইচ. শ্রেনক। এবং এইচ. শ্রেনক, .এবং এইচ. শ্রেনক। এবং এইচ. 施伦克,। এবং এইচ. 施伦克,।এবং এইচ. শ্লেঙ্ক, .বিংশ শতাব্দীর মাঝামাঝি সময়ে করা প্রাথমিক রোগ ফিনোটাইপিংয়ে এনএলএল এবং হলুদ লুপিন (L. luteus L.) অ্যাকসেশনগুলির মধ্যে কিছু প্রতিরোধ ক্ষমতা দেখা গিয়েছিল, কিন্তু পরীক্ষিত সমস্ত সাদা লুপিন (L. albus L.) অ্যাকসেশনগুলি অত্যন্ত সংবেদনশীল ছিল¹⁵,¹⁶। গবেষণায় দেখা গেছে যে অ্যানথ্রাকনোসের বিকাশ বর্ধিত বৃষ্টিপাত (বায়ুর আর্দ্রতা) এবং তাপমাত্রার (১২-২৮°C পরিসরে) সাথে সম্পর্কিত, যার ফলে উচ্চ তাপমাত্রায় প্রতিরোধ ক্ষমতা লঙ্ঘিত হয়¹⁷,¹⁸। প্রকৃতপক্ষে, উচ্চ আর্দ্রতার পরিস্থিতিতে ১২°C (১৬ ঘন্টা) তাপমাত্রার তুলনায় ২৪°C (৪ ঘন্টা) তাপমাত্রায় কনিডিয়া অঙ্কুরিত হতে এবং রোগ শুরু হতে চারগুণ কম সময় লেগেছিল¹⁹। সুতরাং, চলমান বিশ্ব উষ্ণায়ন অ্যানথ্রাকনোসের বিস্তারের কারণ হয়েছে। যাইহোক, ফ্রান্সে (১৯৮২) এবং ইউক্রেনে (১৯৮৩) রোগটিকে একটি আসন্ন হুমকির পূর্বাভাস হিসাবে দেখা গিয়েছিল, কিন্তু সেই সময়ে লুপিন শিল্প এটিকে উপেক্ষা করেছিল বলে মনে হয়²⁰,²¹। কয়েক বছর পরে, এই বিধ্বংসী রোগটি সারা বিশ্বে ছড়িয়ে পড়ে এবং অস্ট্রেলিয়া, পোল্যান্ড এবং জার্মানির মতো প্রধান লুপিন উৎপাদনকারী দেশগুলিকেও প্রভাবিত করে। ১৯৯০-এর দশকের মাঝামাঝি সময়ে অ্যানথ্রাকনোসের প্রাদুর্ভাবের পর, ব্যাপক স্ক্রিনিংয়ের ফলে NLL নমুনাগুলিতে বেশ কয়েকটি প্রতিরোধী দাতা সনাক্ত করা হয়। অ্যানথ্রাকনোসের বিরুদ্ধে NLL-এর প্রতিরোধ ক্ষমতা দুটি পৃথক প্রভাবশালী অ্যালিল দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হয় যা বিভিন্ন জার্মপ্লাজম উৎসে পাওয়া যায়: তানজিল এবং ওঙ্গা জাতটিতে Lanr1 এবং মান্দালয় জাতটিতে AnMan। এই অ্যালিলগুলি আণবিক মার্কারগুলির পরিপূরক যা প্রজনন কর্মসূচিতে প্রতিরোধী জার্মপ্লাজম নির্বাচনে সহায়তা করে। Lanr1 অ্যালিল বহনকারী প্রতিরোধী ব্রিডিং লাইন 83A:476-কে সংবেদনশীল ওয়াইল্ড লাইন P27255-এর সাথে ক্রস করানো হয়েছিল অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধের জন্য সেগ্রেগেটিং একটি RIL পপুলেশন পাওয়ার জন্য, যা Lanr1 লোকাসকে ক্রোমোজোম NLL-1131, 32, 33-এ নির্ধারণ করা সম্ভব করে তোলে। অ্যানথ্রাকনোজের পার্শ্ববর্তী প্রতিরোধ লোকাস থেকে লিঙ্কেজ ম্যাপ মার্কারগুলিকে একটি জিনোমিক ফ্রেমওয়ার্ক, NLL-এর সাথে অ্যালাইনমেন্ট করে দেখা গেছে যে তিনটি অ্যালিলই একই ক্রোমোজোমে (NLL-11) অবস্থিত, কিন্তু ভিন্ন ভিন্ন অবস্থানে29,34,35। যাইহোক, RIL-এর সংখ্যা কম এবং মার্কার ও সংশ্লিষ্ট অ্যালিলের মধ্যে জেনেটিক দূরত্ব বেশি হওয়ায়, তাদের অন্তর্নিহিত জিন সম্পর্কে কোনো নির্ভরযোগ্য সিদ্ধান্তে পৌঁছানো যায় না। অন্যদিকে, লুপিনে রিভার্স জেনেটিক্সের ব্যবহার কঠিন কারণ এদের পুনরুৎপাদনের সম্ভাবনা খুব কম, যা জেনেটিক ম্যানিপুলেশনকে কষ্টসাধ্য করে তোলে37।
হোমোজাইগাস অবস্থায় কাঙ্ক্ষিত অ্যালিল বহনকারী গৃহপালিত জার্মপ্লাজমের বিকাশ, যেমন 83A:476 (Lanr1) এবং ম্যান্ডেলুপ (AnMan), বন্য জনগোষ্ঠীর মধ্যে অ্যালিলের বিপরীতধর্মী সংমিশ্রণের উপস্থিতির মুখে অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধ ক্ষমতা অধ্যয়নের পথ খুলে দিয়েছে। আণবিক পদ্ধতির সম্ভাবনা। নির্দিষ্ট জিনোটাইপ দ্বারা সৃষ্ট প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়ার তুলনা। এই গবেষণায় সি. লুপিনি টিকাদানের প্রতি এনএলএল-এর প্রাথমিক ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রতিক্রিয়া মূল্যায়ন করা হয়েছে। প্রথমে, Lanr1 এবং AnMan অ্যালিল চিহ্নিতকারী আণবিক মার্কার ব্যবহার করে ২১৫টি লাইন সম্বলিত একটি ইউরোপীয় এনএলএল জার্মপ্লাজম প্যানেল স্ক্রিনিং করা হয়েছিল। এরপর, পূর্বে আণবিক মার্কারের জন্য নির্বাচিত ৫০টি এনএলএল লাইনের উপর নিয়ন্ত্রিত পরিস্থিতিতে অ্যানথ্রাকনোজ ফেনোটাইপিং করা হয়। এই পরীক্ষাগুলোর উপর ভিত্তি করে, অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধ ক্ষমতা এবং Lanr1/AnMan অ্যালিলিক গঠনে ভিন্নতাযুক্ত চারটি লাইনকে দুটি পরিপূরক পদ্ধতি ব্যবহার করে ডিফারেনশিয়াল ডিফেন্স জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইলিং-এর জন্য নির্বাচন করা হয়েছিল: হাই-থ্রুপুট আরএনএ সিকোয়েন্সিং এবং রিয়েল-টাইম পিসিআর কোয়ান্টিফিকেশন।
Lanr1 (Anseq3 এবং Anseq4) এবং AnMan (AnManM1) মার্কার ব্যবহার করে NLL জার্মপ্লাজমের একটি সেটের (N = 215) স্ক্রিনিং করে দেখা গেছে যে, শুধুমাত্র একটি লাইন (95726, নিয়ার সালামানকা-বি) সমস্ত মার্কারের জন্য "প্রতিরোধী" অ্যালিলকে বিবর্ধন করে, যেখানে "সংবেদনশীল" অ্যালিলের উপস্থিতি" পরীক্ষায় ১৫৮টি (~৭৩.৫%) লাইনে সমস্ত মার্কারের অ্যালিল পাওয়া গেছে। তেরোটি লাইন Lanr1 মার্কারের দুটি "প্রতিরোধী" অ্যালিল তৈরি করেছে এবং ৮টি লাইন AnMan মার্কারের "প্রতিরোধী" অ্যালিল তৈরি করেছে (পরিপূরক সারণি S1)। দুটি লাইন Anseq3 মার্কারের জন্য হেটেরোজাইগাস ছিল এবং একটি AnManM1 মার্কারের জন্য হেটেরোজাইগাস ছিল। ৪২টি লাইনে (১৯.৫%) Anseq3 এবং Anseq4 অ্যালিলের বিপরীত দশা বিদ্যমান ছিল, যা এই দুটি লোকাসের মধ্যে উচ্চ হারে পুনঃসংযোজন নির্দেশ করে। নিয়ন্ত্রিত পরিস্থিতিতে অ্যানথ্রাকনোজ ফিনোটাইপ (পরিপূরক সারণি S2) পরীক্ষিত জিনোটাইপগুলোর প্রতিরোধ ক্ষমতার ভিন্নতা প্রকাশ করে, যা অ্যানথ্রাকনোজের তীব্রতার মধ্যে প্রতিফলিত হয়েছিল। গড় স্কোরের পার্থক্য ১.৮ (মাঝারি প্রতিরোধী) থেকে ৬.৯ (সংবেদনশীল) পর্যন্ত এবং গাছের ওজনের পার্থক্য ০.৬২ (সংবেদনশীল) থেকে ৪.৪৫ গ্রাম (প্রতিরোধী) পর্যন্ত ছিল। পরীক্ষাটির দুটি পুনরাবৃত্তিতে প্রাপ্ত মানগুলোর মধ্যে (রোগের তীব্রতার স্কোরের জন্য ০.৫১, পি = ০.০০০১৭ এবং গাছের ওজনের জন্য ০.৬১, পি < ০.০০০১) এবং এই দুটি প্যারামিটারের মধ্যেও (− ০.৫৯ এবং − ০.৭৭, পি < ০.০০০১) একটি উল্লেখযোগ্য পারস্পরিক সম্পর্ক ছিল। পরীক্ষাটির দুটি পুনরাবৃত্তিতে প্রাপ্ত মানগুলোর মধ্যে (রোগের তীব্রতার স্কোরের জন্য ০.৫১, পি = ০.০০০১৭ এবং গাছের ওজনের জন্য ০.৬১, পি < ০.০০০১) এবং এই দুটি প্যারামিটারের মধ্যেও (− ০.৫৯ এবং − ০.৭৭, পি < ০.০০০১) একটি উল্লেখযোগ্য পারস্পরিক সম্পর্ক ছিল। Выявлена ​​достоверная корреляция между значениями, наблюдаемыми в двух повторностях эксперимента (0,51 দিন 0,00017 и 0,61 для массы растения, P < 0,0001), а также между этими двумя параметрами (-0,59 и -0,77, Р < 0,001)। পরীক্ষাটির দুটি পুনরাবৃত্তিতে প্রাপ্ত মানগুলোর মধ্যে (রোগের তীব্রতার স্কোরের জন্য ০.৫১, পি = ০.০০০১৭ এবং গাছের ওজনের জন্য ০.৬১, পি < ০.০০০১) একটি উল্লেখযোগ্য পারস্পরিক সম্পর্ক পাওয়া গেছে, পাশাপাশি এই দুটি প্যারামিটারের মধ্যেও (-০.৫৯ এবং -০.৭৭, পি < ০.০০০১) একটি উল্লেখযোগ্য পারস্পরিক সম্পর্ক পাওয়া গেছে।在两次重复实验中观察到的值之间存在显着相关性（疾病严重程度评分为,P=0.51 0.00017，植物重量为0.61，P <0.0001）以及这两个参数之间（- 0.59 和- 0.77, P < 0.0001)在 两 次 重复 实验 中 观察 的 值 之间 存在 相关性 （疾病 严重 程度 评 分丈 5 ， p = 0.00017 ， 植物 为 0.61 ， p < 0.0001） 以及 两 个 参数 之间 （（（- 0.59 和–59 和-59 和- 0.59 和- 0.77, P < 0.0001)। নাম ম্যাসা растения 0,61, P <0,0001), и между этими двумя параметрами (-0,59 и -0,0001) 0,77, P <0,0001। দ্বৈতভাবে পর্যবেক্ষণকৃত মানগুলোর মধ্যে (রোগের তীব্রতা স্কোর ০.৫১, পি = ০.০০০০১৭ এবং গাছের ওজন ০.৬১, পি < ০.০০০১) এবং এই দুটি প্যারামিটারের মধ্যে (-০.৫৯ এবং -০.০০০১) ০.৭৭, পি<০.০০০১ একটি উল্লেখযোগ্য পারস্পরিক সম্পর্ক ছিল। ).সংবেদনশীল উদ্ভিদে দেখা সাধারণ লক্ষণগুলির মধ্যে রয়েছে কাণ্ডের বেঁকে যাওয়া এবং মোচড়ানো, যা দেখতে "মেষপালকের ধনুক"-এর মতো, এবং এর পরে কমলা/গোলাপী স্পোরোজয়েট সহ ডিম্বাকৃতির ক্ষত দেখা যায় (পরিপূরক চিত্র ১)। Lanr1 (83A:476 এবং তানজিল) এবং AnMan (ম্যান্ডেলুপ) জিন বহনকারী অস্ট্রেলিয়ান অ্যাকসেশনগুলি মাঝারিভাবে প্রতিরোধী, (p = 0.0331 এবং 0.0036)। কিছু লাইন, যেগুলি "প্রতিরোধী" Lanr1 এবং/অথবা AnMan অ্যালিলও বহন করে, সেগুলিতেও রোগের লক্ষণ দেখা যায়।
মজার ব্যাপার হলো, কোনো “প্রতিরোধী” মার্কার অ্যালিল না থাকা সত্ত্বেও কয়েকটি NLL লাইন উচ্চ মাত্রার অ্যানথ্রাকনোস প্রতিরোধ ক্ষমতা দেখিয়েছে (যা Lanr1 বা AnMan জেনোটাইপের সমতুল্য বা তার চেয়ে বেশি), যেমন Boregine (উভয় প্যারামিটারের জন্য P মান < 0.0001), Bojar (স্কোরের জন্য P মান < 0.0001 এবং গাছের ওজনের জন্য 0.001) এবং Population B-549/79b (স্কোরের জন্য P মান < 0.0001 এবং ওজনের জন্য তাৎপর্যপূর্ণ নয়)। মজার ব্যাপার হলো, কোনো “প্রতিরোধী” মার্কার অ্যালিল না থাকা সত্ত্বেও কয়েকটি NLL লাইন উচ্চ মাত্রার অ্যানথ্রাকনোস প্রতিরোধ ক্ষমতা দেখিয়েছে (যা Lanr1 বা AnMan জেনোটাইপের সমতুল্য বা তার চেয়ে বেশি), যেমন Boregine (উভয় প্যারামিটারের জন্য P মান < 0.0001), Bojar (স্কোরের জন্য P মান < 0.0001 এবং গাছের ওজনের জন্য 0.001) এবং Population B-549/79b (স্কোরের জন্য P মান < 0.0001 এবং ওজনের জন্য তাৎপর্যপূর্ণ নয়)। Интересно, что несколько линий NLL, лишенных какого-либо «резистентного» маркерного аллеля, показали высокий уровень увости антракнозу (сопоставимый или более высокий, чем для генотипов Lanr1 или AnMan), таких как Boregine (значение P <0,0001 для обоваря), (পি <0,0001 для оценки и 0,001 для массы растения) и популяции B-549/79b (значение P <0,0001 для оценки и незначимо для)। মজার ব্যাপার হলো, কোনো 'প্রতিরোধী' মার্কার অ্যালিল না থাকা সত্ত্বেও বেশ কিছু NLL লাইন অ্যানথ্রাকনোসের বিরুদ্ধে উচ্চ মাত্রার প্রতিরোধ ক্ষমতা দেখিয়েছে (যা Lanr1 বা AnMan জেনোটাইপের সমতুল্য বা তার চেয়ে বেশি), যেমন Boregine (উভয় প্যারামিটারের জন্য P মান < 0.0001), Bojar (মূল্যায়নের জন্য P মান < 0.0001 এবং গাছের ওজনের জন্য 0.001) এবং পপুলেশন B-549/79b (মূল্যায়নের জন্য P মান < 0.0001 এবং ওজনের জন্য তাৎপর্যপূর্ণ নয়)।有趣的是，一些缺乏任何“抗性”标记等位基因的NLL 系显示出高水平的炭疽病抗怗性基因型相当或更高），例如Boregine（两个参数的P值<0.0001）、Bojar（P 值<得分为0.0001，植物重量为0.001）和种群B-549/79b（得分P 值< 0.0001，重量不漉。 এটি লক্ষণীয় যে কিছু NLL সিস্টেমে কোনো “অ্যান্টিজেনিক” মার্কার না থাকা সত্ত্বেও উচ্চ অনুভূমিক প্রতিরোধ ক্ষমতা দেখা যায় (যা Lanr1 বা AnMan জিনের সমতুল্য বা তার চেয়ে বেশি), যেমন Boregine (উভয় প্যারামিটার P < 0.0001), Bojar (P মান < 0.0001, উদ্ভিদের ওজন 0.001) এবং স্ট্রেইন B-549/79b (P মান < 0.0001, ওজন তাৎপর্যপূর্ণ নয়)। Интересно, что некоторые линии NLL, лишенные каких-либо маркерных алелей «резистентности», показали высокие уровни устоичисти антракнозу (сравнимые или выше, чем у генотипов Lanr1 или AnMan), такие как Boregine (значение P для обоих параметров <0,0001, <0,0001, বোরজিন), ম্যাসা রাস্টেনিয়া 0,001) এবং популяция B-549/79b (оценка P-значение <0,0001, масса незначительна)। মজার ব্যাপার হলো, কোনো 'প্রতিরোধ' মার্কার অ্যালিল না থাকা সত্ত্বেও কিছু NLL লাইন উচ্চ মাত্রার অ্যানথ্রাকনোস প্রতিরোধ ক্ষমতা দেখিয়েছে (যা Lanr1 বা AnMan জেনোটাইপের সমান বা তার চেয়ে বেশি), যেমন Boregine (উভয় প্যারামিটারের জন্য P-মান <0.0001), Bojar (P-মান < 0.0001, গাছের ওজন 0.001) এবং পপুলেশন B-549/79b (P-মান < 0.0001, ওজন তাৎপর্যপূর্ণ নয়)।এই ঘটনাটি প্রতিরোধের একটি নতুন জিনগত উৎসের সম্ভাবনা নির্দেশ করে, যা মার্কার জিনোটাইপ এবং রোগের ফেনোটাইপের মধ্যে পরিলক্ষিত পারস্পরিক সম্পর্কের অভাবকে ব্যাখ্যা করে (পি-মান ~০.৪২ থেকে ~০.৯৮)। সুতরাং, কোলমোগোরভ-স্মিরনভ পরীক্ষা দেখিয়েছে যে অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধের ডেটা স্কোর (পি-মান ০.২৫ এবং ০.১১) এবং গাছের ভরের (পি-মান ০.৪৭ এবং ০.৫৫) জন্য প্রায় স্বাভাবিকভাবে বণ্টিত ছিল, যা থেকে আমি অনুমান করি যে Lanr1 এবং AnMan ছাড়াও আরও অ্যালিল জড়িত রয়েছে।
অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধ ক্ষমতা স্ক্রিনিং-এর ফলাফলের ভিত্তিতে, ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণের জন্য ৪টি লাইন নির্বাচন করা হয়েছিল: 83A:476, বোরেগিন, ম্যান্ডেলুপ এবং পপুলেশন 22660। পূর্ববর্তী পরীক্ষার মতোই এই লাইনগুলোকে ইনোকুলেশন পরীক্ষার মাধ্যমে আরএনএ সিকোয়েন্সিং দ্বারা অ্যানথ্রাক্স প্রতিরোধের জন্য পুনরায় পরীক্ষা করা হয়েছিল। প্রাপ্ত স্কোরগুলো ছিল নিম্নরূপ: বোরেগিন (১.৭১ ± ১.৩৯), 83A:476 (২.০৯ ± ১.৩৮), ম্যান্ডেলুপ (৩.৮২ ± ১.৪২) এবং পপুলেশন 22660 (৬.১১ ± ১.২৯)।
ইলুমিনা নোভা সিক ৬০০০ প্রোটোকল প্রতি নমুনায় গড়ে ৪০.৫ এমরিড পেয়ার (২৯.৭ থেকে ৫৪.৪ এমরিড) অর্জন করেছে (পরিপূরক সারণি এস৩)। রেফারেন্স সিকোয়েন্সে অ্যালাইনমেন্ট স্কোরের পরিসর ছিল ৭৫.৫% থেকে ৮৮.৬%। বায়োলজিক্যাল রেপ্লিকেটগুলোর মধ্যে পরীক্ষামূলক ভ্যারিয়েন্টগুলোর রিড কাউন্ট ডেটার গড় কোরিলেশনের পরিসর ছিল ০.৮১২ থেকে ০.৯৯৭ (গড় ০.৯৫৯)। বিশ্লেষণ করা ৩৫,১৭০টি জিনের মধ্যে ২৯১৭টির কোনো অভিব্যক্তি দেখা যায়নি এবং বাকি ৪৭৮৫টি জিনের অভিব্যক্তি ছিল নগণ্য (গড় ভিত্তি < ৫)। বিশ্লেষণ করা ৩৫,১৭০টি জিনের মধ্যে ২৯১৭টির কোনো অভিব্যক্তি দেখা যায়নি এবং বাকি ৪৭৮৫টি জিনের অভিব্যক্তি ছিল নগণ্য (গড় ভিত্তি < ৫)। Из 35 170 проанализированных генов 2917 не проявляли экспрессии, а остальные 4785 генов экспрессировались на незвналяли генов среднее <5)। বিশ্লেষণ করা ৩৫,১৭০টি জিনের মধ্যে ২৯১৭টির কোনো অভিব্যক্তি দেখা যায়নি এবং অবশিষ্ট ৪৭৮৫টি জিনের অভিব্যক্তি ছিল নগণ্য (ভিত্তি গড় <৫)।在分析的35,170 个基因中，2917 个没有表达，其他4785 个基因的表达可以忽略不计ﹰ 5)।৩৫,১৭০ IS 35 170 проанализированных генов 2917 не экспрессировались, а остальные 4785 генов имели незначительную экспрессировались ( значение <5). বিশ্লেষণ করা ৩৫,১৭০টি জিনের মধ্যে ২৯১৭টি প্রকাশিত হয়নি এবং অবশিষ্ট ৪৭৮৫টি জিনের প্রকাশ ছিল নগণ্য (ভিত্তি গড় <৫)।সুতরাং, পরীক্ষা চলাকালীন প্রকাশিত (গড় ভিত্তি ≥ ৫) বলে বিবেচিত জিনের সংখ্যা ছিল ২৭,৪৬৮ (৭৮.১%) (পরিশিষ্ট সারণি S4)।
প্রথম সময় বিন্দু থেকেই, সমস্ত NLL লাইন C. lupini (স্ট্রেইন Col-08) এর ইনোকুলেশনের প্রতিক্রিয়ায় ট্রান্সক্রিপ্টোমের পুনঃপ্রোগ্রামিং করে (সারণি ১), তবে লাইনগুলোর মধ্যে উল্লেখযোগ্য পার্থক্য পরিলক্ষিত হয়। যেমন, প্রতিরোধী লাইন 83A:476 (Lanr1 জিন বহনকারী) প্রথম সময় বিন্দুতে (৬ hpi) উল্লেখযোগ্য ট্রান্সক্রিপ্টোম পুনঃপ্রোগ্রামিং দেখায়, যেখানে এই সময়ের অন্যান্য সময়ের তুলনায় বিচ্ছিন্ন আপ- এবং ডাউন-জিনের সংখ্যা ৩১-৬৯ গুণ বৃদ্ধি পায়। এছাড়াও, এই সর্বোচ্চ মাত্রা স্বল্পস্থায়ী ছিল, কারণ দ্বিতীয় সময় বিন্দুতে (১২ hpi) মাত্র কয়েকটি জিনের এক্সপ্রেশন উল্লেখযোগ্যভাবে পরিবর্তিত ছিল। মজার বিষয় হলো, বোরজিন, যা গ্রাফটিং পরীক্ষাতেও উচ্চ মাত্রার প্রতিরোধ ক্ষমতা দেখিয়েছিল, পরীক্ষা চলাকালীন এমন ব্যাপক ট্রান্সক্রিপশনাল পুনঃপ্রোগ্রামিংয়ের মধ্য দিয়ে যায়নি। তবে, ১২ HPI-তে বোরজিন এবং 83A:476 উভয়ের ক্ষেত্রেই ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিনের (DEG) সংখ্যা একই ছিল। ম্যান্ডেলুপ এবং পপুলেশন ২২৬৬০ উভয়ই শেষ সময় বিন্দুতে (৪৮ লি/সে) ডিইজি শীর্ষ দেখিয়েছে, যা প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়ায় একটি আপেক্ষিক বিলম্ব নির্দেশ করে।
যেহেতু অন্যান্য সমস্ত লাইনের তুলনায় 83A:476 লাইনটি C. lupini-এর প্রভাবে 6 HPI-তে ব্যাপক ট্রান্সক্রিপ্টোম রিপ্রোগ্রামিং-এর মধ্য দিয়ে গিয়েছিল, তাই এই সময়ে পর্যবেক্ষণ করা প্রায় 91% DEG ছিল বংশ-নির্দিষ্ট (চিত্র 1)। তবে, গবেষণার লাইনগুলির মধ্যে প্রাথমিক প্রতিক্রিয়াগুলিতে কিছুটা ওভারল্যাপ ছিল, কারণ Boregine, Mandelup, এবং 22660 পপুলেশনের যথাক্রমে 68.5%, 50.9%, এবং 52.6% DEG নির্দিষ্ট সময়ে 83A:476-এ প্রাপ্ত DEG-গুলির সাথে মিলে গিয়েছিল। তবে, এই DEG-গুলি 83A:476 ব্যবহার করে বর্তমানে শনাক্ত করা সমস্ত DEG-এর মাত্র একটি ক্ষুদ্র অংশ (0.97–1.70%) গঠন করে। এছাড়াও, এই সময়ে সমস্ত লাইন থেকে ১১টি ডিইজি সুসংগত ছিল (পরিপূরক সারণি S4-S6), যার মধ্যে উদ্ভিদের প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়ার সাধারণ উপাদানগুলো অন্তর্ভুক্ত ছিল: লিপিড ট্রান্সফার প্রোটিন (TanjilG_32225), এন্ডোগ্লুকান-১,৩-বিটা-গ্লুকোসাইড এনজাইম (TanjilG_23384), SAM22-এর মতো দুটি স্ট্রেস-প্ররোচিত প্রোটিন (TanjilG_31528 এবং TanjilG_31531), বেসিক ল্যাটেক্স প্রোটিন (TanjilG_32352), এবং দুটি গ্লাইসিন-সমৃদ্ধ গঠনমূলক কোষ প্রাচীর প্রোটিন (TanjilG_19701 এবং TanjilG_19702)। এছাড়াও, ২৪ এইচপিআই-তে 83A:476 এবং বোরজিনের মধ্যে (মোট ১৬-৩৮% ডিইজি) এবং ৪৮ এইচপিআই-তে ম্যান্ডেলুপ এবং পপুলেশন 22660-এর মধ্যে (মোট ১৪-২০% ডিইজি) ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রতিক্রিয়ার তুলনামূলকভাবে উচ্চ মাত্রার ওভারল্যাপ ছিল।
১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের উইয়েরঝেনিসের লুপিন ক্ষেত থেকে প্রাপ্ত Col-08 স্ট্রেইন দ্বারা কোলেটোট্রিকাম লুপিনি দ্বারা সংক্রমিত সরু-পাতার লুপিন (NLL) লাইনগুলিতে ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিনের (DEG) সংখ্যা দেখানো ভেন ডায়াগ্রাম। বিশ্লেষণ করা NLL লাইনগুলি ছিল: 83A:476 (প্রতিরোধী, Lanr1 অ্যালিল বহনকারী), বোরজিন (প্রতিরোধী, জেনেটিক পটভূমি অজানা), ম্যান্ডেলুপ (মাঝারি প্রতিরোধী, AnMan অ্যালিল বহনকারী) এবং পপুলেশন 22660 (অত্যন্ত সংবেদনশীল)। hpi সংক্ষেপণটি টিকা দেওয়ার পরের ঘন্টা বোঝায়। গ্রাফটিকে সরল করার জন্য শূন্য মানগুলি বাদ দেওয়া হয়েছে।
৬ hpi-তে অতিরিক্ত প্রকাশিত জিনগুলির সেটে ক্যানোনিকাল R জিন ডোমেনের উপস্থিতি বিশ্লেষণ করা হয়েছিল (পরিপূরক সারণী S7)। এই গবেষণায় শুধুমাত্র 83A:476 অবস্থানে NBS-LRR ডোমেনযুক্ত ক্লাসিক রোগ প্রতিরোধক জিনগুলির ট্রান্সক্রিপ্টোম আবেশন প্রকাশ পেয়েছে। এই সেটে একটি TIR-NBS-LRR জিন (tanjilg_05042), পাঁচটি CC-NBS-LRR জিন (tanjilg_06165, tanjilg_06162, tanjilg_22773, tanjilg_22640, এবং tanjilg_16162), চারটি NBS-LR (tanjilg_16162), চারটি NBS-LRRE (tanjilg_16162), চারটি NBS-Lrr (tanjilg_16162) এবং চারটি NBS-LRR (TANJILG_16162) অন্তর্ভুক্ত ছিল। এই সমস্ত জিনের ক্যানোনিকাল ডোমেইনগুলো সংরক্ষিত সিকোয়েন্সে বিন্যস্ত রয়েছে। NBS-LRR ডোমেইন জিনগুলো ছাড়াও, ৬ hpi-তে বেশ কয়েকটি RLL কাইনেজ সক্রিয় হয়েছিল, যথা—বোরেজিনে একটি (TanjilG_19877), মান্দেলুপে দুটি (TanjilG_07141 এবং TanjilG_19877) ও পপুলেশন ২২৬৬০-তে (TanjilG_09014 এবং TanjilG_10361) এবং ৮৩A ২৭:৪৭৬-তে দুটি।
C. lupini (স্ট্রেন Col-08) দ্বারা ইনোকুলেশনের প্রতিক্রিয়ায় যেসব জিনের অভিব্যক্তিতে উল্লেখযোগ্য পরিবর্তন দেখা গেছে, সেগুলোকে জিন অনটোলজি (GO) এনরিচমেন্ট বিশ্লেষণের জন্য ব্যবহার করা হয়েছে (পরিপূরক সারণি S8)। সবচেয়ে বেশিবার অতিপ্রতিনিধিত্বপ্রাপ্ত জৈবিক প্রক্রিয়া পদটি ছিল “GO:0006952 প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া”, যা ১৬টি (সময় × রেখা) সমন্বয়ের মধ্যে ৬টিতে উচ্চ তাৎপর্যের সাথে (P মান < ০.০০১) উপস্থিত হয়েছিল (চিত্র ২)। সবচেয়ে বেশিবার অতিপ্রতিনিধিত্বপ্রাপ্ত জৈবিক প্রক্রিয়া পদটি ছিল “GO:0006952 প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া”, যা ১৬টি (সময় × রেখা) সমন্বয়ের মধ্যে ৬টিতে উচ্চ তাৎপর্যের সাথে (P মান < ০.০০১) উপস্থিত হয়েছিল (চিত্র ২)। Наиболее часто часто чрезмерно представленным термином биологического процесса был «GO: 0006952 защитный ответный отвелвякой», 16 এর মত (время × линия) комбинаций с высокой значимостью (значение P <0,001) (рис. 2)। সবচেয়ে বেশিবার অতিপ্রতিনিধিত্বপ্রাপ্ত জৈবিক প্রক্রিয়া পদটি ছিল 'GO:0006952 প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া', যা ১৬টি (সময় × বংশধারা) সমন্বয়ের মধ্যে ৬টিতে উচ্চ তাৎপর্যের সাথে (P মান < ০.০০১) উপস্থিত হয়েছিল (চিত্র ২)।最常被过度代表的生物过程术语是“GO:0006952 防御反应”，它出现在16 个（时间×翇翇程个中, 具有高显着性（P 值< 0.001）（图2）। সবচেয়ে প্রতিনিধিত্বমূলক জৈবিক প্রক্রিয়া পদটি হলো “GO:0006952 প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া”, যা ১৬টি (সময়×লাইন) সমন্বয়ের মধ্যে ৬টিতে উচ্চ তাৎপর্যের সাথে (P মান < ০.০০১) উপস্থিত হয়েছে (চিত্র ২)। Наиболее часто чрезмерно представленным термином биологического процесса был «GO: 0006952 প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া», который появленным который появленным комбинаций (время × линия) с высокой значимостью (значение P <0,001) (рис. 2)। সবচেয়ে বেশিবার অতিপ্রতিনিধিত্বপ্রাপ্ত জৈবিক প্রক্রিয়া পদটি ছিল 'GO:0006952 প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া', যা ১৬টি সংমিশ্রণের (সময় × রেখা) মধ্যে ৬টিতে উচ্চ তাৎপর্যের সাথে (P মান < ০.০০১) উপস্থিত হয়েছিল (চিত্র ২)।এই টার্মটি 83A: 476 এবং Boregine-এ দুটি সময় বিন্দুতে (৬ এবং ২৪ hpi) এবং Mandelup ও Population 22660-এ একটি সময় বিন্দুতে (যথাক্রমে ১২ এবং ৬ hpi) অতিরিক্ত পরিমাণে উপস্থিত ছিল। এটি একটি প্রত্যাশিত ফলাফল, যা প্রতিরোধী লাইনগুলোর ছত্রাক-বিরোধী প্রতিক্রিয়াকে তুলে ধরে। এছাড়াও, 83A:476, C. lupini-এর প্রতি সাড়া দিয়ে “GO:0055114 redox process” টার্মটি দ্বারা উপস্থাপিত অক্সিডেটিভ বার্স্ট-সম্পর্কিত জিনগুলোকে দ্রুত প্ররোচিত করে, যা একটি নির্দিষ্ট প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া নির্দেশ করে; অন্যদিকে Boregine, 'GO' টার্মটির সাথে সম্পর্কিত নির্দিষ্ট প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া প্রকাশ করে। GO:0006950 স্ট্রেস প্রতিক্রিয়া”। পপুলেশন ২২৬৬০ সেকেন্ডারি মেটাবোলাইট জড়িত হরাইজন্টাল রেজিস্ট্যান্স প্রতিক্রিয়া সক্রিয় করেছে, যা “GO:0016104 ট্রাইটারপিন জৈব সংশ্লেষণ প্রক্রিয়া” এবং “GO:0006722 ট্রাইটারপিন বিপাক প্রক্রিয়া” (উভয় টার্ম একই জিন সেটের অন্তর্গত) টার্মগুলোর অত্যধিক সংখ্যাকে তুলে ধরে। GO টার্ম এনরিচমেন্ট বিশ্লেষণের ফলাফল বিবেচনায় নিলে, ম্যান্ডেলুপ প্রতিক্রিয়ার স্থিতিশীলতা বোরজিন এবং পপুলেশন ২২৬৬০-এর মাঝামাঝি ছিল। এছাড়াও, প্রাথমিক প্রতিক্রিয়া 83A:476 (6 hpi) এবং বিলম্বিত প্রতিক্রিয়া ম্যান্ডেলুপ ও পপুলেশন ২২৬৬০-এর মধ্যে GO:0015979 'সালোকসংশ্লেষণ' টার্ম এবং অন্যান্য সম্পর্কিত জৈবিক প্রক্রিয়া অন্তর্ভুক্ত রয়েছে।
অ্যানথ্রাক্স লুপিন (১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের উইয়েরঝেনিসের লুপিন ক্ষেত থেকে প্রাপ্ত Col-08 স্ট্রেইন) দ্বারা সংক্রমিত সরু-পাতার লুপিনের (NLL) ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রতিক্রিয়ার সময় ভিন্নভাবে প্রকাশিত জিনগুলির টীকায় নির্বাচিত জৈবপ্রক্রিয়া জিন অনটোলজি পদগুলি ব্যাপকভাবে অতিরঞ্জিত। বিশ্লেষিত NLL লাইনগুলি ছিল: 83A:476 (প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস Lanr1 অ্যালিল বহনকারী), বোরজিন (প্রতিরোধী, অজানা জেনেটিক পটভূমি), ম্যান্ডেলুপ (মাঝারিভাবে প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস AnMan অ্যালিল বহনকারী) এবং পপুলেশন 22660 (সংবেদনশীল)।
যেহেতু এই গবেষণার লক্ষ্য ছিল অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধে অবদানকারী জিন শনাক্ত করা, তাই GO “GO: 0006952 প্রতিরক্ষামূলক প্রতিক্রিয়া” এবং “GO: 0055114 জারণ-বিজারণ প্রক্রিয়া” টার্মগুলোর অধীনে নির্ধারিত জিনগুলোকে বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। এক্ষেত্রে কাট-অফ হিসেবে বেসলাইন গড় ≥ ৩০ ধরা হয়েছিল, যেখানে নির্দিষ্ট সময়ে অন্তত একটি লাইন × বিন্দুতে log2 (ফোল্ড চেঞ্জ)-এর পরিসংখ্যানগতভাবে তাৎপর্যপূর্ণ মানগুলোকে একত্রিত করা হয়। এই মানদণ্ড পূরণকারী জিনের সংখ্যা ছিল GO:0006952-এর জন্য ৬৫ এবং GO:0055114-এর জন্য ৫২৪।
83A:476-তে GO:0006952 টার্মটি দ্বারা চিহ্নিত দুটি ডিইজি (DEG) পিক পাওয়া গেছে, যার প্রথমটি প্রতি ইঞ্চিতে ৬টি জিন (৬৪টি জিন, আপ এবং ডাউন রেগুলেশন) এবং দ্বিতীয়টি প্রতি ইঞ্চিতে ২৪টি জিন (১৫টি জিন, শুধুমাত্র আপ রেগুলেশন)। বোরজিন-এও দেখা গেছে যে GO:0006952 একই সময়ে সর্বোচ্চ পর্যায়ে পৌঁছেছে, কিন্তু সেখানে ডিইজি কম ছিল (১১ এবং ৮) এবং অ্যাক্টিভেশন ছিল অগ্রাধিকারমূলক। ম্যান্ডেলুপ-এ ১২ এবং ৪৮ এইচপিআই-তে GO:0006952-এর দুটি পিক দেখা গেছে, উভয়টিতেই ১২টি করে জিন ছিল (প্রথমটিতে অ্যাক্টিভেটিং জিন এবং দ্বিতীয়টিতে শুধুমাত্র সাপ্রেসিভ জিন), যেখানে ৬ এইচপিআই-তে থাকা 22660 পপুলেশনে (১৩টি জিন) বৃদ্ধি নিয়ন্ত্রণের পিকের প্রাধান্য বেশি ছিল। এটি উল্লেখ্য যে, এই পিকগুলিতে GO:0006952 ডিইজি-র ৯৬.৪%-এর প্রতিক্রিয়া একই ধরনের ছিল (আপ বা ডাউন), যা জড়িত জিনের সংখ্যার পার্থক্য থাকা সত্ত্বেও প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়াগুলির মধ্যে একটি উল্লেখযোগ্য ওভারল্যাপ নির্দেশ করে। GO:0006952 টার্মটির সাথে সম্পর্কিত সিকোয়েন্সের বৃহত্তম গ্রুপটি স্টারভেশন স্ট্রেস-অ্যাসোসিয়েটেড মেসেজ প্রোটিন 22 (SAM22-like) এনকোড করে, যা ক্লাস 10 প্যাথোজেনেসিস-অ্যাসোসিয়েটেড প্রোটিন (PR-10) প্রোটিন ক্লেড এবং কোর প্রোটিন ল্যাটেক্সের অন্তর্গত। অনুরূপ (MLP-like) প্রোটিন) প্রোটিন (চিত্র 3)। দুটি গ্রুপ এক্সপ্রেশনের প্রকৃতি এবং প্রতিক্রিয়ার দিকের দিক থেকে ভিন্ন ছিল। SAM22-like প্রোটিন এনকোডকারী জিনগুলি প্রাথমিক সময়ে (6 বা 12 hpi) ধারাবাহিক এবং উল্লেখযোগ্য ইন্ডাকশন দেখিয়েছিল এবং পরীক্ষার শেষে (48 hpi) সাধারণত প্রতিক্রিয়াহীন ছিল, যেখানে MLP-like প্রোটিনগুলি 6 hpi-তে সমন্বয় দেখিয়েছিল। 83A:476 এবং ম্যান্ডেলুপ 48 hpi-তে, প্রায় অন্য সমস্ত ডেটা পয়েন্ট প্রতিক্রিয়াহীন ছিল। এছাড়াও, অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধের ক্ষেত্রে পরিলক্ষিত পরিবর্তনশীলতা অনুসারে SAM22-সদৃশ প্রোটিন জিনগুলোর এক্সপ্রেশন প্রোফাইলে পার্থক্য দেখা গেছে, কারণ অধিক প্রতিরোধী লাইনগুলোতে অধিক সংবেদনশীল জিনগুলোর তুলনায় বেশি সময় বিন্দুতে এই জিনগুলো উল্লেখযোগ্যভাবে উদ্দীপিত হয়েছিল। আরেকটি LlR18A/B-সদৃশ PR-10 জিন SAM22-সদৃশ প্রোটিন জিনের মতোই একটি অত্যন্ত অনুরূপ এক্সপ্রেশন প্যাটার্ন প্রদর্শন করেছে।
“GO:0006952 প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া” নামক জৈবিক প্রক্রিয়া পদের প্রধান উপাদানসমূহ এবং Lanr1 ও AnMan অ্যালিলের সম্ভাব্য জিনগুলোর অভিব্যক্তির ধরণ শনাক্ত করা হয়েছিল। Log2 স্কেলটি একই সময়ে সংক্রামিত (Colletotrichum lupini, স্ট্রেইন Col-08, ১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের উইঝেনিকার লুপিন ক্ষেত থেকে সংগৃহীত) এবং নিয়ন্ত্রিত (শাম-ইনোকুলেটেড) উদ্ভিদের মধ্যে log2 মান (গুণিতক পরিবর্তন) উপস্থাপন করে। নিম্নলিখিত সরু পাতার লুপিন লাইনগুলো বিশ্লেষণ করা হয়েছিল: 83A:476 (প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস Lanr1 অ্যালিল বহনকারী), Boregine (প্রতিরোধী, জিনগত পটভূমি অজানা), Mandelup (মাঝারিভাবে প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস AnMan অ্যালিল বহনকারী), এবং Population 22660 (সংবেদনশীল)।
এছাড়াও, RNA-seq ক্যান্ডিডেট জিন Lanr1 (TanjilG_05042) এবং AnMan (TanjilG_12861)-এর এক্সপ্রেশন প্রোফাইল মূল্যায়ন করা হয়েছিল (চিত্র ৩)। TanjilG_05042 জিনটি শুধুমাত্র প্রথম টাইম পয়েন্টে (৬ hpi) একটি উল্লেখযোগ্য প্রতিক্রিয়া (অ্যাক্টিভেশন) দেখিয়েছিল, যেখানে TanjilG_12861 শুধুমাত্র দুটি টাইম পয়েন্টে উল্লেখযোগ্য ছিল: ৬ hpi (ডাউন রেগুলেশন) এবং ২৪ hpi (৬ hpi)। অ্যাডজাস্টেবল) )।
GO:0055114 “রেডক্স প্রসেস” টার্মের অধীনে সর্বাধিক ওভারএক্সপ্রেসড জিনগুলো ছিল সাইটোক্রোম P450 প্রোটিন এবং পারঅক্সিডেজ এনকোডকারী জিন (চিত্র ৪)। ৬ HPI-তে 83A:476 থেকে বিচ্ছিন্ন নমুনাগুলোর ক্ষেত্রে, সর্বোচ্চ বা সর্বনিম্ন log2 (ফোল্ড চেঞ্জ) মান (৮৬.৬% জিনের জন্য) সাধারণত ইনোকুলেটেড এবং কন্ট্রোল উদ্ভিদের মধ্যে পরিলক্ষিত হয়েছিল, যা ইনোকুলেশনের প্রতি এই জেনোটাইপের উচ্চ প্রতিক্রিয়াকে তুলে ধরে। 83A:476 ৬ hpi-তে সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য GO:0055114 DEG (৫০৩টি জিন) দেখিয়েছে, যেখানে বাকি লাইনগুলো ৪৮ hpi-তে (বোরেগিন, ৩১টি জিন; ম্যান্ডেলুপ, ৮৫টি জিন; এবং পপুলেশন ২২৬৬০, ৭৮টি জিন) একই ফলাফল দেখিয়েছে। GO:0055114 পরিবারের বেশিরভাগ জিনে, টিকাদানের প্রতি দুই ধরনের প্রতিক্রিয়া (সক্রিয়করণ এবং নিষ্ক্রিয়করণ) পরিলক্ষিত হয়েছিল। মজার ব্যাপার হলো, ম্যান্ডেলুপে ৪৮ এইচপি-তে GO: 0055114 টার্মটির জন্য শনাক্তকৃত ডিইজি-গুলোর ৯৭.৬% পর্যন্ত এই পর্যবেক্ষণগুলো থেকে বোঝা যায় যে, উল্লেখযোগ্যভাবে ছোট পরিসর (অর্থাৎ, পরিবর্তিত রিডক্স জিনের সংখ্যা, ৮৫ বনাম ৫০৩) থাকা সত্ত্বেও, অ্যানথ্রাকনোসের প্রতি ম্যান্ডেলুপের বিলম্বিত ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রতিক্রিয়ার ধরণ 83A:476-এর প্রাথমিক প্রতিক্রিয়ার অনুরূপ। বোরজিন এবং পপুলেশন ২২৬৬০-তে এই সাদৃশ্য যথাক্রমে ৫১.৬% এবং ৭৫.৬%, যা তুলনামূলকভাবে কম।
“GO:0055114 রেডক্স প্রক্রিয়া” নামক জৈবিক প্রক্রিয়ার প্রধান উপাদানগুলোর অভিব্যক্তির ধরণ উন্মোচিত হয়েছে। Log2 স্কেলটি একই সময়ে ইনোকুলেটেড (Colletotrichum lupini, স্ট্রেইন Col-08, ১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের উইঝেনিকার লুপিন ক্ষেত থেকে সংগৃহীত) এবং কন্ট্রোল (শাম-ইনোকুলেটেড) উদ্ভিদের মধ্যে log2 মান (ফোল্ড চেঞ্জ) উপস্থাপন করে। নিম্নলিখিত ন্যারোলিফ লুপিন লাইনগুলো বিশ্লেষণ করা হয়েছিল: 83A:476 (প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস Lanr1 অ্যালিল বহনকারী), Boregine (প্রতিরোধী, জেনেটিক পটভূমি অজানা), Mandelup (মাঝারিভাবে প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস AnMan অ্যালিল বহনকারী), এবং Population 22660 (সংবেদনশীল)।
83A:476 C. lupini (স্ট্রেইন Col-08) দ্বারা ইনোকুলেশনের ফলে সৃষ্ট ট্রান্সক্রিপটোমিক প্রতিক্রিয়াগুলির মধ্যে GO:0015979 “সালোকসংশ্লেষণ” এবং অন্যান্য সম্পর্কিত জৈবিক প্রক্রিয়াগুলির সাথে সম্পর্কিত জিনগুলির সমন্বিত সাইলেন্সিংও অন্তর্ভুক্ত ছিল (চিত্র ৫)। এই GO:0015979 ডিইজি সেটে ১০৫টি জিন ছিল যা 83A:476-এ ৬ এইচপিআই-তে উল্লেখযোগ্যভাবে দমন করা হয়েছিল। এই উপসেটে, ৩৭টি জিন ম্যান্ডেলুপে ৪৮ এইচপিআই-তে এবং ৩৫টি জিন ২২৬৬০ পপুলেশনে একই সময়ে ডাউনরেগুলেটেড হয়েছিল, যার মধ্যে ১৯টি ডিইজি উভয় জিনোটাইপের জন্য সাধারণ ছিল। GO:0015979 টার্মের সাথে সম্পর্কিত কোনো ডিইজি কোনো সংমিশ্রণে (লাইন x সময়) উল্লেখযোগ্যভাবে সক্রিয় হয়নি।
“GO:0015979 সালোকসংশ্লেষণ” নামক জৈবিক প্রক্রিয়ার প্রধান উপাদানগুলোর অভিব্যক্তির ধরণ উন্মোচিত হয়েছে। Log2 স্কেলটি একই সময়ে ইনোকুলেটেড (Colletotrichum lupini, স্ট্রেইন Col-08, ১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের উইঝেনিকার লুপিন ক্ষেত থেকে সংগৃহীত) এবং কন্ট্রোল (শাম-ইনোকুলেটেড) উদ্ভিদের মধ্যে log2 মান (গুণিতক পরিবর্তন) উপস্থাপন করে। নিম্নলিখিত ন্যারোলিফ লুপিন লাইনগুলো বিশ্লেষণ করা হয়েছিল: 83A:476 (প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস Lanr1 অ্যালিল বহনকারী), Boregine (প্রতিরোধী, জেনেটিক পটভূমি অজানা), Mandelup (মাঝারিভাবে প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস AnMan অ্যালিল বহনকারী), এবং Population 22660 (সংবেদনশীল)।
ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণের ফলাফলের উপর ভিত্তি করে এবং সম্ভবত রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাকের বিরুদ্ধে প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়ায় জড়িত থাকার কারণে, রিয়েল-টাইম পিসিআর (PCR) দ্বারা এক্সপ্রেশন প্রোফাইলের পরিমাণ নির্ধারণের জন্য এই সাতটি জিনের সেটটি নির্বাচন করা হয়েছিল (পরিপূরক সারণি S9)।
নিয়ন্ত্রিত (অনুকরণকারী) উদ্ভিদের তুলনায় পরীক্ষিত সমস্ত লাইন এবং সময় বিন্দুতে অনুমিত প্রোটিন জিন TanjilG_10657 উল্লেখযোগ্যভাবে উদ্দীপ্ত হয়েছিল (পরিপূরক সারণি S10, S11)। এছাড়াও, সমস্ত লাইনের ক্ষেত্রে পরীক্ষা চলাকালীন TanjilG_10657-এর অভিব্যক্তির প্রোফাইল একটি ক্রমবর্ধমান প্রবণতা দেখিয়েছে। পপুলেশন 22660, 114-গুণ সক্রিয়করণ এবং 24 HPI-তে সর্বোচ্চ আপেক্ষিক অভিব্যক্তির মাত্রা (4.4 ± 0.4) সহ ইনোকুলেশনের প্রতি TanjilG_10657-এর সর্বোচ্চ সংবেদনশীলতা দেখিয়েছে (চিত্র 6a)। PR10 LlR18A প্রোটিন জিন TanjilG_27015-ও সমস্ত লাইন এবং সময় বিন্দুতে সক্রিয়করণ দেখিয়েছে, যার বেশিরভাগ ডেটা পয়েন্টে পরিসংখ্যানগত তাৎপর্য ছিল (চিত্র 6b)। TanjilG_10657-এর মতোই, TanjilG_27015-এর সর্বোচ্চ আপেক্ষিক অভিব্যক্তির মাত্রা 24 HPI-তে (19.5 ± 2.4) 22660 ইনোকুলেটেড পপুলেশনে পরিলক্ষিত হয়েছিল। অ্যাসিড এন্ডোকাইটিনেজ জিন TanjilG_04706, Boregine 6 hpi ব্যতীত সমস্ত লাইনে এবং সমস্ত সময় বিন্দুতে উল্লেখযোগ্যভাবে আপরেগুলেটেড হয়েছিল (চিত্র 6c)। এটি প্রথম সময় বিন্দুতে (6 HPI) 83A:476-এ তীব্রভাবে প্ররোচিত হয়েছিল (10.5 গুণ) এবং অন্যান্য লাইনে মাঝারিভাবে বৃদ্ধি পেয়েছিল (6.6-7.5 গুণ)। পরীক্ষা চলাকালীন, 83A:476 এবং বোরজিন-এ TanjilG_04706-এর এক্সপ্রেশন একই স্তরে ছিল, যেখানে ম্যান্ডেলুপ এবং পপুলেশন 22660-এ এটি উল্লেখযোগ্যভাবে বৃদ্ধি পেয়ে তুলনামূলকভাবে উচ্চ মানে (যথাক্রমে 5.9 ± 1.5 এবং 6.2 ± 1.5) পৌঁছেছিল। এন্ডোগ্লুকান-1,3-β-গ্লুকোসিডেজ-সদৃশ জিন TanjilG_23384 পপুলেশন 22660 ব্যতীত অন্য সমস্ত লাইনে প্রথম দুটি সময় বিন্দুতে (6 এবং 12 hpi) উচ্চ সক্রিয়তা দেখিয়েছিল (চিত্র 6d)। TanjilG_23384-এর সর্বোচ্চ আপেক্ষিক এক্সপ্রেশন স্তর দ্বিতীয় সময় বিন্দুতে (12 hpi) ম্যান্ডেলুপ (2.7 ± 0.3) এবং 83A:476 (1.5 ± 0.1)-এ পরিলক্ষিত হয়েছিল। ২৪ HPI-তে, পরীক্ষিত সকল লাইনে TanjilG_23384-এর এক্সপ্রেশন তুলনামূলকভাবে কম ছিল (০.০৪ ± ০.০০৯ থেকে ০.৪৪ ± ০.১২ পর্যন্ত)।
কোয়ান্টিটেটিভ পিসিআর (quantitative PCR) দ্বারা নির্বাচিত জিনগুলোর (ag) এক্সপ্রেশন প্রোফাইল প্রকাশ করা হয়েছে। ৬, ১২ এবং ২৪ সংখ্যাগুলো টিকা দেওয়ার পরের ঘণ্টা নির্দেশ করে। নরমালাইজেশনের জন্য LanDExH7 এবং LanTUB6 জিন দুটি ব্যবহার করা হয়েছিল এবং আন্তঃ-সিরিজ ক্যালিব্রেশনের জন্য LanTUB6 ব্যবহার করা হয়েছিল। এরর বারগুলো তিনটি বায়োলজিক্যাল রেপ্লিকেটের উপর ভিত্তি করে স্ট্যান্ডার্ড ডেভিয়েশন নির্দেশ করে, যার প্রতিটি হলো তিনটি টেকনিক্যাল রেপ্লিকেটের গড়। ইনোকুলেটেড (কলেটোট্রিকাম লুপিনি, স্ট্রেইন Col-08, যা ১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের উইয়েরজেনিকার লুপিন ক্ষেত থেকে সংগৃহীত) এবং কন্ট্রোল (মক-ইনোকুলেটেড) উদ্ভিদের মধ্যে এক্সপ্রেশন লেভেলের পার্থক্যের পরিসংখ্যানগত তাৎপর্য ডেটা পয়েন্টগুলোর উপরে চিহ্নিত করা হয়েছে (*P মান < ০.০৫, **P মান ≤ ০.০১, ***P মান ≤ ০.০০১)। ইনোকুলেটেড (কলেটোট্রিকাম লুপিনি, স্ট্রেইন Col-08, যা ১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের উইয়েরজেনিকার লুপিন ক্ষেত থেকে সংগৃহীত) এবং কন্ট্রোল (মক-ইনোকুলেটেড) উদ্ভিদের মধ্যে এক্সপ্রেশন লেভেলের পার্থক্যের পরিসংখ্যানগত তাৎপর্য ডেটা পয়েন্টগুলোর উপরে চিহ্নিত করা হয়েছে (*P মান < ০.০৫, **P মান ≤ ০.০১, ***P মান ≤ ০.০০১)। Статистическая значимость различий в уровнях экспрессии между инокулированными (Colletotrichum lupini, штамм Col-08, получен 9 получен в. в Верженице, Польша) и контрольными (ложно инокулированными) растениями отмечена над точками данных (*значение P < 0,01,01,*** ***значение P ≤ 0,001)। ইনোকুলেটেড (কলেটোট্রিকাম লুপিনি, স্ট্রেইন Col-08, যা ১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের উইয়েরঝেনিসের একটি লুপিন ক্ষেত থেকে সংগৃহীত) এবং কন্ট্রোল (শাম-ইনোকুলেটেড) উদ্ভিদের মধ্যে এক্সপ্রেশন লেভেলের পরিসংখ্যানগতভাবে তাৎপর্যপূর্ণ পার্থক্য ডেটা পয়েন্টগুলোর উপরে উল্লেখ করা হয়েছে (*P-মান < ০.০৫, **P-মান ≤ ০.০১, ***P-মান ≤ ০.০০১)।接种 (Colletotrichum) লুপিনি,কল-08株,1999年从波兰Wierzenica的羽扇豆田获得和对照（模拟接种）植物之间表达水平差异的统计学显着性标记在数据繀上* 0.05, **P 值≤ 0.01, ***P 值≤ 0.001)।接种 （colletotrichum lupini ， color-08 株 ， 1999 年 波兰 波兰 wierzenica 的 羽扇 获得） 和 对照 （接片 狴社水平 差异 的 统计学 显着性 标记 数据点 上方*p 值 <0.05, **P ≤ 0.01, ***P ≤ 0.001)। Статистически значимые различия в уровнях экспрессии между инокулированными (Colletotrichum lupini, штамм Col-08, полученнпывлеюсей) ভার্জেনিসে, Польша, в 1999 г.) и контрольными (ложно инокулированными) растениями отмечены над точками данных (* значение P < P < 0,05 значение) 0,01, ***P-значение ≤ 0,001)। ইনোকুলেটেড (কলেটোট্রিকাম লুপিনি, স্ট্রেইন Col-08, যা ১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের ভার্জেনিসের লুপিন ক্ষেত থেকে সংগৃহীত) এবং কন্ট্রোল (শাম-ইনোকুলেটেড) উদ্ভিদের মধ্যে এক্সপ্রেশন লেভেলের পরিসংখ্যানগতভাবে তাৎপর্যপূর্ণ পার্থক্য ডেটা পয়েন্টগুলোর উপরে উল্লেখ করা হয়েছে (*P-মান < ০.০৫, **P-মান ≤ ০.০১, ***P-মান ≤ ০.০০১)।বিশ্লেষণ করা NLL লাইনগুলো হলো: 83A:476 (প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস Lanr1 অ্যালিল বহনকারী), ম্যান্ডেলুপ (মাঝারিভাবে প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস AnMan অ্যালিল বহনকারী), বোরেগিন (প্রতিরোধী, অজানা জেনেটিক পটভূমি) এবং পপুলেশন 22660 (সংবেদনশীল)।
Lanr1 লোকাসে অবস্থিত ক্যান্ডিডেট জিন TanjilG_05042, RNA-seq স্টাডি থেকে প্রাপ্ত প্রোফাইলগুলোর তুলনায় একটি লক্ষণীয়ভাবে ভিন্ন এক্সপ্রেশন প্যাটার্ন দেখিয়েছে (চিত্র 6e)। ম্যান্ডেলুপ এবং 22660 পপুলেশনে এই জিনটির উল্লেখযোগ্য অ্যাক্টিভেশন পরিলক্ষিত হয়েছে (যথাক্রমে ৩৯.৭ এবং ১১.৭ গুণ পর্যন্ত), যার ফলে এক্সপ্রেশনের মাত্রা তুলনামূলকভাবে বেশি ছিল (যথাক্রমে ১.৪ ± ০.১৪ এবং ৭.২ ± ১.৩ পর্যন্ত)। 83A:476-তেও TanjilG_05042 জিনটির কিছুটা আপরেগুলেশন (৩.৮ গুণ পর্যন্ত) দেখা গেছে, তবে প্রাপ্ত আপেক্ষিক এক্সপ্রেশনের মাত্রা (০.০৪৪ ± ০.০০২) ম্যান্ডেলুপ এবং 22660 পপুলেশনে পরিলক্ষিত মাত্রার চেয়ে ৩০ গুণেরও বেশি কম ছিল। qPCR দ্বারা বিশ্লেষণে দেখা গেছে যে মক-ভ্যাকসিনেটেড (কন্ট্রোল) ভ্যারিয়েন্টগুলিতে জিনোটাইপগুলির মধ্যে এক্সপ্রেশন লেভেলে উল্লেখযোগ্য পার্থক্য রয়েছে, যা পপুলেশন 22660 এবং 83A:476-এর মধ্যে, এবং পপুলেশন 22660 এবং 22660-এর মধ্যে ৫৮-গুণ পার্থক্যে পৌঁছেছে। বোরেগিন এবং মান্দালুপের মধ্যে দুই-গুণ পার্থক্য পরিলক্ষিত হয়েছে।
AnMan লোকাসের ক্যান্ডিডেট জিন, TanjilG_12861, 83A:476 এবং Mandelup-এ টিকাদানের প্রতিক্রিয়ায় সক্রিয় হয়েছিল, 22660 পপুলেশনে নিরপেক্ষ ছিল এবং Boregine-এ ডাউনরেগুলেটেড হয়েছিল (চিত্র 6f)। টিকা দেওয়া 83A:476-এ TanjilG_12861 জিনের আপেক্ষিক এক্সপ্রেশন সর্বোচ্চ ছিল (0.14±0.01)। 17.4 kDa ক্লাস I হিট শক প্রোটিন জিন TanjilG_05080 HSP17.4 সমস্ত পরীক্ষিত স্ট্রেইন এবং সময় বিন্দুতে নিম্ন আপেক্ষিক এক্সপ্রেশন স্তর দেখিয়েছে (চিত্র 6g)। সর্বোচ্চ মান 24 HPI-তে 22660 পপুলেশনে পরিলক্ষিত হয়েছিল (0.14 ± 0.02, টিকাদানের প্রতিক্রিয়ায় আটগুণ বৃদ্ধি)।
জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইলের তুলনা (চিত্র ৭) থেকে TanjilG_10657 এবং অন্য চারটি জিনের মধ্যে একটি উচ্চ পারস্পরিক সম্পর্ক প্রকাশ পেয়েছে: TanjilG_27015 (r = 0.89), TanjilG_05080 (r = 0.85), TanjilG_05042 (r = 0.80), এবং TanjilG_04706 (r = 0.79)। এই ধরনের ফলাফল প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়ার সময় এই জিনগুলির সহ-নিয়ন্ত্রণের ইঙ্গিত দিতে পারে। TanjilG_12861 এবং TanjilG_23384 জিন দুটি অন্যান্য জিনের তুলনায় নিম্নতর পিয়ারসন পারস্পরিক সম্পর্ক সহগ মান (যথাক্রমে ০.০৮ থেকে ০.৪৩ এবং -০.১৯ থেকে ০.২৮) সহ ভিন্ন এক্সপ্রেশন প্রোফাইল দেখিয়েছে।
কোয়ান্টিটেটিভ পিসিআর (quantitative PCR) ব্যবহার করে জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইলের মধ্যে পারস্পরিক সম্পর্ক নির্ণয় করা হয়েছিল। নিম্নলিখিত ন্যারোলিফ লুপিন লাইনগুলো বিশ্লেষণ করা হয়েছিল: 83A:476 (প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস Lanr1 অ্যালিল বহনকারী), ম্যান্ডেলুপ (মাঝারি প্রতিরোধী, হোমোজাইগাস AnMan অ্যালিল বহনকারী), বোরজিন (প্রতিরোধী, জেনেটিক পটভূমি অজানা), এবং পপুলেশন 22660 (সংবেদনশীল)। তিনটি সময়কাল গণনা করা হয়েছিল (ইনোকুলেশনের ৬, ১২ এবং ২৪ ঘণ্টা পরে), যার মধ্যে ইনোকুলেটেড (Colletotrichum lupini, স্ট্রেইন Col-08, যা ১৯৯৯ সালে পোল্যান্ডের Wierzhenice-এর লুপিন ক্ষেত থেকে সংগৃহীত) এবং কন্ট্রোল (শাম-ইনোকুলেটেড) উদ্ভিদ অন্তর্ভুক্ত ছিল। স্কেলটি পিয়ারসন কোরিলেশন কোএফিসিয়েন্টের মান নির্দেশ করে।
প্রতি ইঞ্চিতে ৬ হর্সপাওয়ারে প্রাপ্ত তথ্যের উপর ভিত্তি করে, প্রাথমিক প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়ার উপর আলোকপাত করার জন্য ইনোকুলেটেড এবং কন্ট্রোল উদ্ভিদের তুলনা করে চিহ্নিত ৯৯৮১টি ডিইজি-এর উপর ডব্লিউজিসিএনএ (WGCNA) প্রয়োগ করা হয়েছিল (পরিপূরক সারণি এস১২)। বাইশটি জিন মডিউল (ক্লাস্টার) পাওয়া গেছে, যেগুলোর জিনোটাইপ এবং পরীক্ষামূলক ভ্যারিয়েন্টগুলোর মধ্যে পারস্পরিক সম্পর্কযুক্ত (ধনাত্মক বা ঋণাত্মক) এক্সপ্রেশন প্রোফাইল রয়েছে। গড়ে, জিন প্রকাশের মাত্রা 83A:476 > ম্যান্ডেলুপ > বোরেগিন > পপুলেশন 22660 ক্রমে অবরোহী ছিল (তবে, উভয় ভ্যারিয়েন্টের ক্ষেত্রেই এই প্রবণতা কন্ট্রোল প্ল্যান্টগুলিতে বেশি শক্তিশালী ছিল)। গড়ে, জিন প্রকাশের মাত্রা 83A:476 > ম্যান্ডেলুপ > বোরেগিন > পপুলেশন 22660 ক্রমে অবরোহী ছিল (তবে, উভয় ভ্যারিয়েন্টের ক্ষেত্রেই এই প্রবণতা কন্ট্রোল প্ল্যান্টগুলিতে বেশি শক্তিশালী ছিল)। В среднем уровни экспрессии генов снижались в порядке 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 у контрольных растений)। গড়ে, জিন প্রকাশের মাত্রা 83A:476 > ম্যান্ডেলুপ > বোরেগিন > পপুলেশন 22660 ক্রমে হ্রাস পেয়েছে (তবে, উভয় ভ্যারিয়েন্টের ক্ষেত্রেই এই প্রবণতা কন্ট্রোল প্ল্যান্টগুলিতে বেশি শক্তিশালী ছিল)।平均而言，基因表达水平按83A:476 > Mandelup > Boregine > জনসংখ্যা 22660的顺序下降（然而,在两种变体中,这种趋势在对照植物中更强）।平均 而 言 ， 基因 水平 按 83a: 476 > mandelup > boregine > জনসংখ্যা 22660 的 顺序 下降 在漈，在种 草翭中 更) ... ... ... ... ... ... ... ... В среднем уровни экспрессии генов снижались в ряду 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 контрольных растений). গড়ে, 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 ক্রম অনুসারে জিনের প্রকাশের মাত্রা হ্রাস পেয়েছে (তবে, উভয় ভ্যারিয়েন্টেই, এই প্রবণতা কন্ট্রোল প্ল্যান্টগুলিতে আরও শক্তিশালী ছিল)।টিকাকরণের ফলে জিনের অভিব্যক্তির ঊর্ধ্বগতি দেখা গেছে, বিশেষ করে মডিউল 18, 19, 14, 6 এবং 1-এ (প্রভাবের অবরোহী ক্রমে), নেতিবাচক নিয়ন্ত্রণ (যেমন মডিউল 9 এবং 20) অথবা নিরপেক্ষ প্রভাব (যেমন মডিউল 11, 22, 8 এবং 13)। GO টার্ম এনরিচমেন্ট বিশ্লেষণ (পরিপূরক সারণী S13) সর্বাধিক সক্রিয়তা সহ টিকাপ্রাপ্ত মডিউলের (18) জন্য "GO: 0006952 প্রতিরক্ষামূলক প্রতিক্রিয়া" প্রকাশ করেছে, যার মধ্যে qPCR দ্বারা বিশ্লেষিত জিন (TanjilG_04706, TanjilG_23384, TanjilG_10657 এবং TanjilG_27015) অন্তর্ভুক্ত রয়েছে, পাশাপাশি অনেক টিকাপ্রাপ্ত সর্বাধিক দমনকৃত সালোকসংশ্লেষণ মডিউল (9)। মডিউল ১৮ কনসেনট্রেটর (চিত্র ৮)-কে PR-10-সদৃশ LlR18B প্রোটিন এনকোডকারী TanjilG_26536 জিন হিসেবে এবং মডিউল ৯ কনসেনট্রেটর-কে ফটোসিস্টেম II PsbQ প্রোটিন এনকোডকারী TanjilG_28955 জিন হিসেবে শনাক্ত করা হয়েছে। অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধী একটি সম্ভাব্য জিন Lanr1, TanjilG_05042, মডিউল ২২-এ (চিত্র ৯) পাওয়া গেছে এবং এটি TanjilG_01212 হাব বহনকারী “GO:0044260 কোষীয় ম্যাক্রোমলিকিউলার বিপাকীয় প্রক্রিয়া” এবং “GO:0006355 ট্রান্সক্রিপশনাল রেগুলেশন, ডিএনএ টেমপ্লেটিং” টার্মগুলোর সাথে সম্পর্কিত। এই জিনটি হিট স্ট্রেস ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর A-4a (HSFA4a) এনকোড করে।
অতিরিক্ত প্রতিনিধিত্বকারী জৈবিক প্রক্রিয়া পদ “GO: 0006952 প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া” সহ মডিউলগুলির জিন সহ-অভিব্যক্তির ওয়েটেড নেটওয়ার্ক বিশ্লেষণ। qPCR দ্বারা বিশ্লেষিত চারটি জিনকে (TanjilG_04706, TanjilG_23384, TanjilG_10657 এবং TanjilG_27015) হাইলাইট করার জন্য লাইগেশনকে সরল করা হয়েছিল।
“GO: 0006355: ট্রান্সক্রিপশনাল রেগুলেশন, ডিএনএ টেমপ্লেটিং” নামক একটি অতিপ্রতিনিধিত্বশীল জৈবিক প্রক্রিয়া টার্মযুক্ত এবং অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধী সম্ভাব্য জিন Lanr1 TanjilG_05042 বহনকারী একটি মডিউলের জিন সহ-অভিব্যক্তির ওয়েটেড নেটওয়ার্ক বিশ্লেষণ। TanjilG_05042 জিন এবং কেন্দ্রীয় TanjilG_01212 জিনটিকে পৃথক করার জন্য লাইগেশন প্রক্রিয়াকে সরল করা হয়েছিল।
অস্ট্রেলিয়ায় সংগৃহীত অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধ ক্ষমতা স্ক্রিনিং থেকে দেখা গেছে যে, প্রথমদিকে অবমুক্ত করা বেশিরভাগ জাতই সংবেদনশীল ছিল; কালিয়া, করোমাপ এবং ম্যান্ডেলুপকে মাঝারি প্রতিরোধী হিসাবে বর্ণনা করা হয়েছে, যেখানে ওঙ্গা, তানজিল এবং 83A:476-কে উচ্চ প্রতিরোধী হিসাবে বর্ণনা করা হয়েছে।26,27,31-এর একই প্রতিরোধী অ্যালিল ছিল, যার নাম দেওয়া হয়েছে Lanr1, এবং করোমাপ ও ম্যান্ডেলুপের একটি ভিন্ন অ্যালিল ছিল, যার নাম দেওয়া হয়েছে AnMan10, 26, 39, যেখানে কালিয়া একটি ভিন্ন অ্যালিল, Lanr2, প্রদান করেছে। জার্মানিতে অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধের জন্য স্ক্রিনিংয়ের ফলে Lanr1 ব্যতীত অন্য একটি সম্ভাব্য অ্যালিলসহ Bo7212 নামক একটি প্রতিরোধী লাইন শনাক্ত করা হয়েছে, যার নাম দেওয়া হয়েছে LanrBo36।
আমাদের গবেষণায় পরীক্ষিত জার্মপ্লাজমে Lanr1 অ্যালিলের উপস্থিতি অত্যন্ত কম (প্রায় ৬%) পাওয়া গেছে। এই পর্যবেক্ষণটি Anseq3 এবং Anseq4 মার্কার ব্যবহার করে পূর্ব ইউরোপীয় জার্মপ্লাজম স্ক্রিনিংয়ের ফলাফলের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ, যেখানে দেখা গেছে যে Lanr1 অ্যালিলটি শুধুমাত্র দুটি বেলারুশীয় লাইনে উপস্থিত রয়েছে। এটি ইঙ্গিত দেয় যে, অস্ট্রেলিয়ার মতো নয়, যেখানে এটি মার্কার-সহায়ক প্রজননের জন্য অন্যতম প্রধান অ্যালিল, স্থানীয় প্রজনন কর্মসূচিতে Lanr1 অ্যালিলটি এখনও ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয় না। এর কারণ হতে পারে অস্ট্রেলীয় প্রতিবেদনের তুলনায় ইউরোপীয় মাঠের পরিস্থিতিতে Lanr1 অ্যালিলের দ্বারা প্রদত্ত প্রতিরোধের মাত্রা কম। এছাড়াও, অস্ট্রেলিয়ার উচ্চ বৃষ্টিপাতের অঞ্চলে অ্যানথ্রাকনোস নিয়ে করা গবেষণায় দেখা গেছে যে, রোগজীবাণুর বৃদ্ধি এবং দ্রুত বিকাশের অনুকূল আবহাওয়ায় Lanr1 অ্যালিল দ্বারা সৃষ্ট প্রতিরোধ ব্যবস্থা কার্যকর নাও হতে পারে¹⁹,⁴²। প্রকৃতপক্ষে, বর্তমান গবেষণায়, Lanr1 অ্যালিল বহনকারী জিনোটাইপগুলিতেও অ্যানথ্রাকনোসের কিছু লক্ষণ দেখা গেছে, যা ইঙ্গিত দেয় যে C. lupini-র বিকাশের জন্য অনুকূল পরিস্থিতিতে প্রতিরোধ ক্ষমতা বিলুপ্ত হয়ে যেতে পারে। এছাড়াও, Lanr1 লোকাস থেকে প্রায় 1 cM দূরে অবস্থিত Anseq3 এবং Anseq4 মার্কারগুলির উপস্থিতির ভুল ইতিবাচক ব্যাখ্যা সম্ভব 28,30,43।
আমাদের গবেষণায় দেখা গেছে যে, Lanr1 অ্যালিল বহনকারী 83A:476 প্রজাতিটি C. lupini দ্বারা সংক্রমণের ফলে প্রথম বিশ্লেষিত সময়ে (সংক্রমণের ৬ ঘণ্টা পর) ব্যাপক ট্রান্সক্রিপটোম পুনঃপ্রোগ্রামিং-এর মাধ্যমে সাড়া দিয়েছে, যেখানে AnMan অ্যালিল বহনকারী Mandelup প্রজাতিতে ট্রান্সক্রিপটোমিক প্রতিক্রিয়া অনেক পরে (২৪ থেকে ৪৮ ঘণ্টা পর) পরিলক্ষিত হয়েছে। প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়ার এই সাময়িক পরিবর্তনগুলো রোগের লক্ষণের পার্থক্যের সাথে সম্পর্কিত, যা সফলভাবে প্রতিরোধ গড়ে তোলার জন্য রোগজীবাণু দ্রুত শনাক্তকরণের গুরুত্ব তুলে ধরে। উদ্ভিদের কলাকে সংক্রমিত করার জন্য, অ্যানথ্রাক্স স্পোরকে পোষকের পৃষ্ঠে অঙ্কুরোদগম, কোষ বিভাজন এবং অ্যাপ্রেসোরিয়াম গঠনসহ বিভিন্ন বিকাশমূলক ধাপ অতিক্রম করতে হয়। অ্যাপেন্ডেজ হলো একটি সংক্রামক কাঠামো যা পোষকের পৃষ্ঠে সংযুক্ত হয় এবং পোষক কলার গভীরে প্রবেশে সহায়তা করে। এইভাবে, মটরশুঁটির নির্যাসে C. gloeosporioides-এর স্পোরগুলিতে ৭৫-৯০ মিনিট ইনকিউবেশনের পর নিউক্লিয়াসের প্রথম বিভাজন, ৯০-১২০ মিনিট পর জার্ম টিউবের গঠন এবং ৪ ঘন্টা ৪৫ মিনিট পর দমন দেখা যায়। আমের C. gloeosporioides-এর ক্ষেত্রে ৩ ঘন্টা ইনকিউবেশনের পর ৪০%-এর বেশি কনিডিয়াল অঙ্কুরোদগম এবং ৪ ঘন্টা পর প্রায় ২০% অ্যাপ্রেসর গঠন দেখা যায়। C. gloeosporioides-এর ভাইরুলেন্স-সংশ্লিষ্ট CAP20 জিনটি অ্যাভোকাডোর পৃষ্ঠের মোমে উচ্চ ঘনত্বের CAP20 প্রোটিনের উপস্থিতিতে ৩.৫ ঘন্টা ইনকিউবেশনের পর এপিফাইট-গঠনকারী কনিডিয়াতে ৪ ঘন্টা ৪৬ মিনিট পর ট্রান্সক্রিপশনাল সক্রিয়তা দেখায়। একইভাবে, C. trifolii-তে মেলানিন জৈব সংশ্লেষণ জিনের সক্রিয়তা ২ ঘন্টা ইনকিউবেশনের সময় প্ররোচিত হয় এবং এর ১ ঘন্টা পর একটি অ্যাপ্রেসোরিয়াম গঠিত হয়। পাতার টিস্যুর উপর করা গবেষণায় দেখা গেছে যে, C. acutatum দ্বারা সংক্রমিত স্ট্রবেরিতে সংক্রমণের ৮ ঘন্টা পরে (8 hpi) প্রথম দমন দেখা যায়, যেখানে C. coccodes দ্বারা সংক্রমিত টমেটোতে সংক্রমণের ৪ ঘন্টা পরে (4 hpi) প্রথম দমন দেখা যায়48,49, যা মূলত Colletotrichum spp.-এর সংক্রমণ প্রক্রিয়ার সময়সীমার সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ। 83A:476-এর প্রতি দ্রুত প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া এই লাইনে উদ্ভিদের প্রতিরোধ ক্ষমতা এবং ইফেক্টর-ট্রিগারড ইমিউনিটি (ETI) জিনের জড়িত থাকার ইঙ্গিত দেয়, যেখানে ম্যান্ডেলুপের বিলম্বিত প্রতিক্রিয়া মাইক্রো-অ্যাসোসিয়েটেড মলিকিউলার প্যাটার্ন-ট্রিগারড ইমিউনিটি (MTI) হাইপোথিসিসকে সমর্থন করে 50। 83A:476 এবং ম্যান্ডেলুপের প্রতি প্রাথমিক প্রতিক্রিয়া। বিলম্বিত প্রতিক্রিয়ায় আপ-রেগুলেটেড বা ডাউন-রেগুলেটেড জিনগুলির মধ্যে আংশিক ওভারল্যাপও এই ধারণাটিকে সমর্থন করে, কারণ ETI-কে প্রায়শই একটি ত্বরান্বিত এবং উন্নত MTI প্রতিক্রিয়া হিসাবে বিবেচনা করা হয় যা সংক্রমণের স্থানে প্রোগ্রামড সেল ডেথে (programmed cell death) শেষ হয়, যা অ্যানাফাইল্যাকটিক শক (anaphylactic shock) নামে পরিচিত 51,52।
জিন ওন্টোলজি GO:0006952 “প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া” নামক অতিপ্রতিনিধিত্বশীল টার্মটির সাথে সম্পর্কিত বেশিরভাগ জিন হলো স্ট্রেস-ইনডিউসড ফাস্টিং মেসেজ ২২ প্রোটিনের (SAM22-এর অনুরূপ) ১১টি হোমোলগ এবং সাতটি প্রধান ল্যাটেক্স প্রোটিন-লাইক (MLP)। MLP-লাইক প্রোটিন ৩১, ৩৪, ৪৩ এবং ৪২৩ সিকোয়েন্সের সাদৃশ্য দেখিয়েছে। SAM22-লাইক জিনগুলো উল্লেখযোগ্য সক্রিয়তা দেখিয়েছে যা দীর্ঘস্থায়ী ছিল এবং অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধের মাত্রা বৃদ্ধি নির্দেশ করে (83A:476 এবং বোরজিন)। তবে, MLP-লাইক জিনগুলো শুধুমাত্র ক্যান্ডিডেট রেজিস্ট্যান্স অ্যালিল বহনকারী লাইনগুলোতে ডাউনরেগুলেটেড হয়েছিল (6 hpi-তে 83A:476/Lanr1 এবং 24 hpi-তে Mandelup/AnMan)। এটি উল্লেখ্য যে, শনাক্তকৃত সমস্ত SAM22-লাইক হোমোলগ প্রায় ১০৫ kb বিস্তৃত একটি জিন ক্লাস্টার থেকে উদ্ভূত, যেখানে MLP-লাইক জিনগুলো জিনোমের পৃথক অঞ্চল থেকে উদ্ভূত। ডায়াপোর্থেটক্সিকা ইনোকুলেশনের বিরুদ্ধে এনএলএল-এর প্রতিরোধ ক্ষমতা নিয়ে আমাদের পূর্ববর্তী গবেষণায়ও এই ধরনের SAM22-সদৃশ জিনগুলির সমন্বিত সক্রিয়তা দেখা গিয়েছিল, যা থেকে বোঝা যায় যে এগুলি প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়ার হরাইজন্টাল উপাদানগুলির সাথে জড়িত। আঘাত অথবা স্যালিসাইলিক অ্যাসিড, ছত্রাক উদ্দীপক বা হাইড্রোজেন পারক্সাইড দ্বারা চিকিৎসার প্রতি SAM22-সদৃশ জিনগুলির ইতিবাচক প্রতিক্রিয়ার প্রতিবেদনগুলিও এই সিদ্ধান্তকে সমর্থন করে।
অনেক উদ্ভিদ প্রজাতিতে ব্যাকটেরিয়া, ভাইরাস এবং রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাকের সংক্রমণ সহ বিভিন্ন অজৈব এবং জৈব চাপের প্রতি MLP-সদৃশ জিনগুলি সাড়া দেয় বলে দেখা গেছে। উদ্ভিদ এবং রোগজীবাণুর মধ্যে নির্দিষ্ট কিছু মিথস্ক্রিয়ার ক্ষেত্রে প্রতিক্রিয়ার ব্যাপ্তি ছিল তীব্রভাবে বৃদ্ধি (যেমন, Verticillium dahliae দ্বারা তুলার আক্রমণের সময়) থেকে উল্লেখযোগ্যভাবে হ্রাস (যেমন, Alternaria spp. দ্বারা আপেল গাছের সংক্রমণের পরে) পর্যন্ত। F. niger সংক্রমণের বিরুদ্ধে অ্যাভোকাডোর প্রতিরক্ষার সময় এবং আপেল গাছের সংক্রমণের সময় MLP-সদৃশ 423 জিনের উল্লেখযোগ্য ডাউনরেগুলেশন পরিলক্ষিত হয়েছে। Botryosphaeria berengeriana f. cn. piricola এবং Alternaria alternata হলো আপেলের প্যাথোটাইপ। এছাড়াও, MLP-সদৃশ 423 জিনকে অতিরিক্ত প্রকাশকারী আপেল ক্যালিগুলিতে প্রতিরোধ-সম্পর্কিত জিনগুলির প্রকাশ কম ছিল এবং সেগুলি ছত্রাক সংক্রমণের প্রতি বেশি সংবেদনশীল ছিল। Fusarium oxysporum f. cn. এর পরে, প্রতিরোধী সাধারণ শিমের জার্মপ্লাজমেও MLP-সদৃশ 423 জিনটি দমন করা হয়েছিল। শিমের সংক্রমণ ৬০।
আমাদের RNA-seq গবেষণায় শনাক্তকৃত PR-10 পরিবারের অন্যান্য সদস্যরা হলো আপরেগুলেশনের প্রতিক্রিয়ায় প্রাপ্ত LlR18A এবং LlR18B জিন, সেইসাথে লিপিড ট্রান্সফার প্রোটিন DIR1-এর জন্য আপরেগুলেটেড (১টি জিন) বা ডাউনরেগুলেটেড (৩টি জিন) জিন। এছাড়াও, WGCNA এই মডিউলে LlR18B জিনকে একটি হাব হিসেবে তুলে ধরে, যা টিকাদানের প্রতি অত্যন্ত সংবেদনশীল এবং বেশ কয়েকটি প্রতিরক্ষামূলক প্রতিক্রিয়া জিন বহন করে। রোগ সৃষ্টিকারী ব্যাকটেরিয়ার প্রতিক্রিয়ায় হলুদ লুপিন পাতায়, এবং D. toxica দ্বারা সংক্রমণের পর NLL কাণ্ডে LlR18A এবং LlR18B জিনগুলো উদ্দীপ্ত হয়েছিল, যেখানে এই জিনগুলোর ধানের হোমোলগ, RSOsPR10, সম্ভবত জ্যাসমোনিক অ্যাসিড সিগন্যালিং পাথওয়েতে জড়িত একটি ছত্রাক সংক্রমণের দ্বারা দ্রুত উদ্দীপ্ত হয়েছিল৫৩,৬১,৬২। DIR1 জিনটি নন-স্পেসিফিক লিপিড ট্রান্সপোর্ট প্রোটিন এনকোড করে যা সিস্টেমিক অ্যাকোয়ার্ড রেজিস্ট্যান্স (SAR) শুরু হওয়ার জন্য প্রয়োজনীয়। প্রতিরক্ষামূলক প্রতিক্রিয়া বিকশিত হওয়ার সাথে সাথে, DIR1 প্রোটিন সংক্রমণের কেন্দ্র থেকে ফ্লোয়েমের মাধ্যমে পরিবাহিত হয়ে দূরবর্তী অঙ্গগুলিতে SAR (সুরক্ষামূলক প্রতিক্রিয়া প্রতিরোধ) প্ররোচিত করে। মজার বিষয় হলো, TanjilG_02313 DIR1 জিনটি 84A:476 এবং পপুলেশন 22660 লাইনে প্রথম সময় বিন্দুতে উল্লেখযোগ্যভাবে প্ররোচিত হয়েছিল, কিন্তু অ্যানথ্রাকনোস প্রতিরোধ ক্ষমতা সফলভাবে বিকশিত হয়েছিল শুধুমাত্র 84A:476 লাইনে। এটি NLL-এ DIR1 জিনের কিছু উপ-কার্যকারীকরণের ইঙ্গিত দিতে পারে, কারণ বাকি তিনটি হোমোলগ শুধুমাত্র 83A:476 লাইনে সংক্রমণের ৬ ঘণ্টা পরে ইনোকুলেশনের প্রতি সাড়া দিয়েছিল এবং এই প্রতিক্রিয়াটি নিম্নমুখী ছিল।
আমাদের গবেষণায়, “GO:0055114 রেডক্স প্রক্রিয়া” নামক জৈবিক প্রক্রিয়ার সাথে সম্পর্কিত সবচেয়ে সাধারণ উপাদানগুলো ছিল সাইটোক্রোম P450 প্রোটিন, পারঅক্সিডেজ, লিনোলিক অ্যাসিড 9S-/13S-লাইপোক্সিজিনেজ এবং 1-অ্যামিনোসাইক্লোপ্রোপেন-1-কার্বক্সিলিক অ্যাসিড অক্সিডেজ। এছাড়াও, আমাদের WGCNA, HSFA4a হোমোলগকে একটি হাব হিসেবে সংজ্ঞায়িত করে, যা Lanr1 প্রতিরোধ জিন ক্যান্ডিডেট TanjilG_05042-এর মতো মডিউল বহন করে। HSFA4a উদ্ভিদে নিউক্লিয়ার ট্রান্সক্রিপশনের রেডক্স-নির্ভর নিয়ন্ত্রণের একটি উপাদান।
সাইটোক্রোম P450 প্রোটিন হলো অক্সিডোরেডাক্টেজ যা প্রাথমিক এবং গৌণ বিপাকে NADPH এবং/অথবা O2-নির্ভর হাইড্রক্সিলেশন বিক্রিয়াকে অনুঘটক করে, যার মধ্যে রয়েছে জেনোবায়োটিকসের বিপাক, সেইসাথে হরমোন, ফ্যাটি অ্যাসিড, স্টেরল, কোষ প্রাচীরের উপাদান, বায়োপলিমার এবং প্রতিরক্ষামূলক যৌগের জৈব সংশ্লেষণ 69। আমাদের একটি গবেষণায়, উদ্ভিদের সাইটোক্রোম P450-এর কার্যকারিতার পরিবর্তনশীলতা -10.6 log2 (ফোল্ড চেঞ্জ) থেকে 5.7-এ হ্রাস পেয়েছে, যার কারণ হলো বিপুল সংখ্যক পরিবর্তিত হোমোলগ (37) এবং নির্দিষ্ট জিনের মধ্যে প্রতিক্রিয়ার ধরণে পার্থক্য, যা একটি ঊর্ধ্বমুখী সংশোধনকে প্রতিফলিত করে। এত বড় একটি প্রোটিন সুপারফ্যামিলিতে NLL জিনের সম্ভাব্য জৈবিক কার্যকারিতা ব্যাখ্যা করার জন্য শুধুমাত্র RNA-seq ডেটা ব্যবহার করা অত্যন্ত অনুমাননির্ভর হবে। তবে, এটি উল্লেখযোগ্য যে কিছু সাইটোক্রোম P450 জিন রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাক বা ব্যাকটেরিয়ার বিরুদ্ধে বর্ধিত প্রতিরোধের সাথে যুক্ত, যার মধ্যে অ্যালার্জিক প্রতিক্রিয়ায় অবদানও রয়েছে69,70,71।
ক্লাস III পারঅক্সিডেজ হলো বহুমুখী উদ্ভিদ এনজাইম যা উদ্ভিদের বৃদ্ধি ও বিকাশের সময় বিভিন্ন বিপাকীয় প্রক্রিয়ায় জড়িত থাকে, এবং সেইসাথে লবণাক্ততা, খরা, উচ্চ আলোর তীব্রতা এবং রোগজীবাণুর আক্রমণের মতো পরিবেশগত চাপের প্রতিক্রিয়াতেও কাজ করে। পারঅক্সিডেজ বেশ কয়েকটি উদ্ভিদ প্রজাতির সাথে অ্যানথ্রাসিসের মিথস্ক্রিয়ায় জড়িত, যার মধ্যে রয়েছে স্টাইলোস্যান্থেস হিউমিলিস এবং সি. গ্লোওস্পোরিওইডস, লেন্স কুলিনারিস এবং সি. ট্রাঙ্কাটাম, ফেসিওলাস ভালগারিস এবং সি. লিন্ডেমুথিয়ানাম, কিউকুমিস স্যাটিভাস এবং সি. ল্যাজেনারিয়াম। এই প্রতিক্রিয়া খুব দ্রুত হয়, কখনও কখনও ছত্রাক উদ্ভিদের টিস্যুতে প্রবেশ করার আগেই, এমনকি ৪ এইচপিআই-তেও ঘটে। পারঅক্সিডেজ জিনটি ডি. টক্সিকা এনএলএল ইনোকুলেশনের প্রতিও সাড়া দিয়েছিল। অক্সিডেটিভ বার্স্ট নিয়ন্ত্রণ করা বা অক্সিডেটিভ স্ট্রেস দূর করার মতো সাধারণ কাজ ছাড়াও, পারঅক্সিডেজ লিগনিফিকেশন, সাবইউনিট বা নির্দিষ্ট যৌগের ক্রস-লিঙ্কিংয়ের সময় কোষ প্রাচীর শক্তিশালীকরণের উপর ভিত্তি করে ভৌত বাধা তৈরি করে রোগজীবাণুর বৃদ্ধিতে হস্তক্ষেপ করতে পারে। এই কার্যকারিতাটি ইন সিলিকো পদ্ধতিতে TanjilG_03329 জিনের সাথে সম্পর্কিত করা যায়, যা একটি সম্ভাব্য লিগনিন-গঠনকারী অ্যানায়ন পারঅক্সিডেজ এনকোড করে। আমাদের গবেষণায় এই জিনটি 83A:476 প্রতিরোধী লাইনে ৬ HPI-তে উল্লেখযোগ্যভাবে আপরেগুলেটেড হয়েছিল, কিন্তু অন্যান্য স্ট্রেইন এবং সময় বিন্দুতে, যেগুলো কোনো সাড়া দেয়নি, সেগুলোতে তা হয়নি।
লিনোলিক অ্যাসিডের 9S-/13S-লাইপোক্সিজিনেজ হলো লিপিড জৈব সংশ্লেষণের জারণ পথের প্রথম ধাপ78। এই পথের উৎপাদিত পদার্থগুলো উদ্ভিদের প্রতিরক্ষায় একাধিক কাজ করে, যার মধ্যে রয়েছে ক্যালোজ এবং পেকটিন জমার মাধ্যমে কোষ প্রাচীরকে শক্তিশালী করা, এবং প্রতিক্রিয়াশীল অক্সিজেন প্রজাতি উৎপাদনের মাধ্যমে জারণ চাপের নিয়ন্ত্রণ79,80,81,82,83। বর্তমান গবেষণায়, লিনোলিক অ্যাসিড 9S-/13S-লাইপোক্সিজিনেজের প্রকাশ সমস্ত স্ট্রেইনে পরিবর্তিত হয়েছিল, কিন্তু সংবেদনশীল পপুলেশন 22660-তে বিভিন্ন সময়ে এর ঊর্ধ্বগতি (upregulation) প্রাধান্য পেয়েছিল, যেখানে প্রতিরোধী Lanr1 এবং AnMan অ্যালিল বহনকারী স্ট্রেইনগুলোতে এটি এই জিনোটাইপগুলোর মধ্যে প্রতিরক্ষামূলক অ্যানথ্রাক্স প্রতিক্রিয়ায় অক্সিলিপিন স্তরের বৈচিত্র্যকে তুলে ধরে।
লুপিন দ্বারা ইনোকুলেশন করার পর ১-অ্যামিনোসাইক্লোপ্রোপেন-১-কার্বোক্সিলেট অক্সিডেজ (ACO) হোমোলগ উল্লেখযোগ্যভাবে আপরেগুলেটেড (৯টি জিন) বা ডাউনরেগুলেটেড (২টি জিন) হয়েছিল। দুটি ব্যতিক্রম ছাড়া, এই সমস্ত প্রতিক্রিয়া 83A:476-এ ৬ এইচপি-তে ঘটেছিল। ACO প্রোটিন দ্বারা মধ্যস্থতাকৃত এনজাইমেটিক বিক্রিয়াটি ইথিলিন উৎপাদনের হার-সীমাবদ্ধকারী ধাপ এবং তাই এটি অত্যন্ত নিয়ন্ত্রিত84। ইথিলিন একটি উদ্ভিদ হরমোন যা উদ্ভিদের বিকাশ এবং অজৈব ও জৈব চাপের অবস্থার প্রতি প্রতিক্রিয়া নিয়ন্ত্রণে বিভিন্ন ভূমিকা পালন করে। ACO ট্রান্সক্রিপশনের আবেশন এবং ইথিলিন সিগন্যালিং পথের সক্রিয়করণ, রিঅ্যাকটিভ অক্সিজেন স্পিসিস এবং ফাইটোঅ্যালেক্সিনের উৎপাদন নিয়ন্ত্রণের মাধ্যমে হেমিবায়োট্রফিক ছত্রাক ওরাইজি ওরাইজি-র বিরুদ্ধে ধানের প্রতিরোধ ক্ষমতা বৃদ্ধিতে জড়িত। এই গবেষণায় উল্লিখিত 83A:476 লাইনে ACO হোমোলোগের উল্লেখযোগ্য আপরেগুলেশনের প্রেক্ষাপটে, M. oryzae এবং C. lupini88,89-এর মধ্যে পাওয়া অত্যন্ত সাদৃশ্যপূর্ণ পাতা সংক্রমণ প্রক্রিয়া, NLL অ্যানথ্রাকনোজ ইথিলিনের বিরুদ্ধে প্রতিরোধ ক্ষমতা প্রদানের সম্ভাবনাকে আণবিক পথগুলির একটি কেন্দ্রীয় সংকেত ধাপে স্থানান্তরিত করে।
বর্তমান গবেষণায়, 83A:476 পপুলেশনে সংক্রমণের ৬ ঘণ্টা পর (6 hpi) এবং ম্যান্ডেলুপ ও 22660 পপুলেশনে সংক্রমণের ৪৮ ঘণ্টা পর (48 hpi) সালোকসংশ্লেষণের সাথে সম্পর্কিত অনেক জিনের ব্যাপক দমন লক্ষ্য করা গেছে। এই পরিবর্তনগুলির মাত্রা এবং অগ্রগতি মাত্রার সমানুপাতিক। এই পরীক্ষায় অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধ ক্ষমতা দেখা গেছে। সম্প্রতি, উদ্ভিদ-রোগজীবাণু মিথস্ক্রিয়ার বিভিন্ন মডেলে, যার মধ্যে রোগ সৃষ্টিকারী ব্যাকটেরিয়া এবং ছত্রাকও অন্তর্ভুক্ত, সালোকসংশ্লেষণ-সম্পর্কিত ট্রান্সক্রিপ্টগুলির শক্তিশালী এবং প্রাথমিক দমনের কথা জানা গেছে। সংক্রমণের প্রতিক্রিয়ায় সালোকসংশ্লেষণের সাথে সম্পর্কিত জিনগুলির দ্রুততা (কিছু মিথস্ক্রিয়ায় সংক্রমণের ২ ঘণ্টা পর থেকে) এবং বিশ্বব্যাপী দমন, প্রতিক্রিয়াশীল অক্সিজেন প্রজাতির ব্যবহার এবং অ্যালার্জিক প্রতিক্রিয়া ঘটানোর জন্য স্যালিসাইলিক অ্যাসিড পথের সাথে তাদের মিথস্ক্রিয়ার উপর ভিত্তি করে উদ্ভিদের রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতাকে সক্রিয় করতে পারে 90,94।
উপসংহারে, সবচেয়ে প্রতিরোধী বংশের (83A:476) জন্য প্রস্তাবিত প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া প্রক্রিয়াগুলির মধ্যে রয়েছে R জিনের (সম্ভবত TIR-NBS-LRR TanjilG_05042) মাধ্যমে দ্রুত রোগজীবাণু শনাক্তকরণ এবং অ্যালার্জিক প্রতিক্রিয়া-মধ্যস্থ স্যালিসাইলিক অ্যাসিড ও ইথিলিন সংকেত, যার পরে দীর্ঘ-পরিসরের SAR প্রতিষ্ঠিত হয়। এই ক্রিয়া DIR-1 প্রোটিন দ্বারা সমর্থিত। এটি উল্লেখ্য যে C. lupini সংক্রমণের জন্য বায়োট্রফিক পর্যায়টি খুব সংক্ষিপ্ত (প্রায় ২ দিন), যার পরে নেক্রোটিক বৃদ্ধি ঘটে95। এই পর্যায়গুলির মধ্যে পরিবর্তন নেক্রোসিস এবং ইথিলিন-প্ররোচিত প্রোটিনের প্রকাশের সাথে সম্পর্কিত হতে পারে যা পোষক উদ্ভিদে অতিসংবেদনশীল প্রতিক্রিয়ার জন্য ট্রিগার হিসাবে কাজ করে। অতএব, বায়োট্রফিক পর্যায়ে C. lupini-কে সফলভাবে ধরার জন্য সময়সীমা খুব সংকীর্ণ। 83A:476-এ ৬ hpi-তে রিডক্স এবং সালোকসংশ্লেষের সাথে সম্পর্কিত জিনের যে পুনঃপ্রোগ্রামিং পরিলক্ষিত হয়, তা ছত্রাকের হাইফির অগ্রগতির সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ এবং বায়োট্রফিক পর্যায়ে একটি সফল প্রতিরক্ষামূলক প্রতিক্রিয়ার বিকাশের সূচনা করে। ম্যান্ডেলুপ এবং 22660 পপুলেশনের ট্রান্সক্রিপ্টোমিক প্রতিক্রিয়াগুলো নেক্রোটিক বৃদ্ধিতে রূপান্তরিত হওয়ার আগে ছত্রাকটিকে শনাক্ত করার জন্য হয়তো খুব বেশি বিলম্বিত হয়, তবে ম্যান্ডেলুপ 22660 পপুলেশনের চেয়ে বেশি কার্যকর হতে পারে কারণ PR-10 প্রোটিনের তুলনামূলকভাবে দ্রুত নিয়ন্ত্রণ অনুভূমিক প্রতিরোধকে উৎসাহিত করে।
ক্যানোনিকাল R জিন দ্বারা চালিত ETI, শিমের অ্যানথ্রাকনোস প্রতিরোধের একটি সাধারণ প্রক্রিয়া বলে মনে হয়। এইভাবে, মডেল লেগিউম মেডিক্যাগো ট্রাঙ্ক্যাটুলা-তে, অ্যানথ্রাকনোস প্রতিরোধ ক্ষমতা RCT1 জিন দ্বারা অর্জিত হয়, যা TIR-NBS-LRR97 উদ্ভিদ R জিন শ্রেণীর একটি সদস্য। এই জিনটি সংবেদনশীল উদ্ভিদে স্থানান্তরিত হলে আলফালফাতেও ব্যাপক পরিসরের অ্যানথ্রাকনোস প্রতিরোধ ক্ষমতা প্রদান করে। সাধারণ শিম (P. vulgaris)-এ আজ পর্যন্ত দুই ডজনেরও বেশি অ্যানথ্রাকনোস প্রতিরোধী জিন শনাক্ত করা হয়েছে। এই জিনগুলির মধ্যে কিছু এমন অঞ্চলে পাওয়া যায় যেখানে কোনো ক্যানোনিকাল R জিন নেই, তবে আরও অনেক জিন NBS-LRR জিন ক্লাস্টার বহনকারী ক্রোমোজোমের প্রান্তে অবস্থিত, যার মধ্যে TIR-NBS-LRRs99 অন্তর্ভুক্ত। জিনোম-ব্যাপী SSR গবেষণাটিও সাধারণ শিমে অ্যানথ্রাকনোস প্রতিরোধের সাথে NBS-LRR জিনের সংযোগ নিশ্চিত করেছে। সাদা লুপিন ১০১-এর প্রধান অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধক লোকাস বহনকারী জিনোমিক অঞ্চলে প্রমিত R জিনটিও পাওয়া গেছে।
আমাদের গবেষণা দেখায় যে, উদ্ভিদে সংক্রমণের প্রাথমিক পর্যায়ে (বিশেষত সংক্রমণের ১২ ঘন্টার মধ্যে) সক্রিয় হওয়া একটি তাৎক্ষণিক প্রতিরোধ ব্যবস্থা, রোগ সৃষ্টিকারী ছত্রাক Collelotrichum lupini দ্বারা সৃষ্ট অ্যানথ্রাকনোজ রোগ থেকে সরু-পাতার লুপিনকে কার্যকরভাবে রক্ষা করে। হাই-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে, আমরা Lanr1 এবং AnMan প্রতিরোধ জিনের মাধ্যমে NLL উদ্ভিদে অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধকারী জিনগুলির ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন প্রোফাইল প্রদর্শন করেছি। সফল প্রতিরক্ষার জন্য উদ্ভিদের রোগজীবাণুর সংস্পর্শে আসার কয়েক ঘণ্টার মধ্যেই জারণ-বিজারণ, সালোকসংশ্লেষণ এবং রোগসৃষ্টিকারী প্রক্রিয়ায় জড়িত প্রোটিনের জিনগুলিকে সতর্কতার সাথে ডিজাইন করা প্রয়োজন। একই ধরনের প্রতিরক্ষামূলক প্রতিক্রিয়া, যা দেরিতে ঘটে, তা উদ্ভিদকে রোগ থেকে রক্ষা করতে অনেক কম কার্যকর। Lanr1 জিনের মাধ্যমে সৃষ্ট অ্যানথ্রাক্স প্রতিরোধ ক্ষমতা R জিনের সাধারণ দ্রুত প্রতিক্রিয়ার (ইফেক্টর-ট্রিগারড ইমিউনিটি) অনুরূপ, যেখানে AnMan জিন সম্ভবত একটি হরাইজন্টাল প্রতিক্রিয়া (অণুজীব-সম্পর্কিত আণবিক প্যাটার্ন দ্বারা সৃষ্ট অনাক্রম্যতা) প্রদান করে, যা একটি মাঝারি স্তরের স্থায়িত্ব নিশ্চিত করে।
অ্যানথ্রাকনোজ মার্কার স্ক্রিনিংয়ের জন্য ব্যবহৃত 215টি NLL লাইনের মধ্যে 74টি জাত, 60টি ক্রসিং বা প্রজননের মাধ্যমে প্রাপ্ত লাইন, 5টি মিউট্যান্ট এবং 76টি বন্য বা আসল জার্মপ্লাজম অন্তর্ভুক্ত ছিল। লাইনগুলি 17টি দেশ থেকে এসেছে, প্রধানত পোল্যান্ড (58), স্পেন (47), জার্মানি (27), অস্ট্রেলিয়া (26), রাশিয়া (19), বেলারুশ (7), ইতালি (5) এবং অন্যান্য 10টি দেশ থেকে। এই সেটে রেফারেন্স প্রতিরোধী লাইনও অন্তর্ভুক্ত রয়েছে: 83A:476, তানজিল, Lanr1 অ্যালিল বহনকারী ওঙ্গা এবং AnMan অ্যালিল বহনকারী ম্যান্ডেলুপ। লাইনগুলি পোল্যান্ডের উইয়াট্রোভোতে অবস্থিত পোজনান প্ল্যান্ট ব্রিডিং লিমিটেড দ্বারা পরিচালিত ইউরোপীয় লুপাইন জেনেটিক রিসোর্স ডেটাবেস থেকে সংগ্রহ করা হয়েছিল (পরিপূরক সারণী S1)।
উদ্ভিদগুলোকে নিয়ন্ত্রিত পরিবেশে (আলোককাল ১৬ ঘণ্টা, দিনের বেলায় তাপমাত্রা ২৫°সে এবং রাতে ১৮°সে) চাষ করা হয়েছিল। দুটি বায়োলজিক্যাল রেপ্লিকেট বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। প্রোটোকল অনুযায়ী, DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) ব্যবহার করে তিন সপ্তাহ বয়সী পাতা থেকে ডিএনএ পৃথক করা হয়েছিল। পৃথক করা ডিএনএ-র গুণমান এবং ঘনত্ব স্পেকট্রোফোটোমেট্রিক পদ্ধতিতে (NanoDrop 2000; Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA) মূল্যায়ন করা হয়েছিল। অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধী জিন AnMan (cv. Mandelup থেকে প্রাপ্ত) চিহ্নিতকারী AnManM1 মার্কার এবং Lanr1 জিনকে (cv. Tanjil থেকে প্রাপ্ত) ঘিরে থাকা Anseq3 ও Anseq4 মার্কারগুলো বিশ্লেষণ করা হয়েছিল 11,26,28। প্রতিরোধী অ্যালিলের জন্য হোমোজাইগোটকে “১”, সংবেদনশীলকে “০” এবং হেটেরোজাইগোটকে ০.৫ হিসাবে স্কোর করা হয়েছিল।
AnManM1, AnSeq3 এবং AnSeq4 মার্কারগুলির স্ক্রিনিংয়ের ফলাফল এবং চূড়ান্ত ফলো-আপ পরীক্ষার জন্য বীজের প্রাপ্যতার উপর ভিত্তি করে, অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধ ক্ষমতার ফেনোটাইপিংয়ের জন্য ৫০টি NLL লাইন নির্বাচন করা হয়েছিল। বিশ্লেষণটি একটি কম্পিউটার নিয়ন্ত্রিত গ্রিনহাউসে দ্বৈতভাবে করা হয়েছিল, যেখানে ১৪ ঘণ্টার আলোককাল, দিনের বেলায় ২২°C এবং রাতে ১৯°C তাপমাত্রা ছিল। বীজ বপনের আগে বীজ আঁচড়ানো হয় (একটি ধারালো ব্লেড দিয়ে ভ্রূণের বিপরীত দিক থেকে বীজের আবরণ কেটে ফেলা হয়), যাতে বীজের আবরণ খুব শক্ত হওয়ার কারণে সুপ্তাবস্থা তৈরি না হয় এবং সুষম অঙ্কুরোদগম নিশ্চিত করা যায়। গাছগুলিকে জীবাণুমুক্ত মাটি (TS-1 REC 085 Medium Basic, Klasmann-Deilmann Polska, Warsaw, Poland) সহ টবে (১১ × ১১ × ২১ সেমি) রোপণ করা হয়েছিল। গ্রেটার পোল্যান্ডের ভার্জেনিৎসার (52° 27′ 42″ N 17° 04′ 05″ E) একটি মাঠে জন্মানো সরু-পাতার লুপিন গাছের কাণ্ড থেকে ১৯৯৯ সালে উৎপাদিত কোলেটোট্রিকাম লুপিনি Col-08 স্ট্রেইন দিয়ে ইনোকুলেশন করা হয়েছিল। স্পোরুলেশন ঘটানোর জন্য আইসোলেটগুলোকে ২১ দিন ধরে ব্ল্যাক লাইটের নিচে ২০° সেলসিয়াস তাপমাত্রায় SNA মিডিয়ামে কালচার করা হয়েছিল। বীজ বপনের চার সপ্তাহ পর, যখন গাছগুলোতে ৪-৬টি পাতা গজায়, তখন প্রতি মিলিলিটারে ০.৫ x ১০⁶ কনিডিয়ার ঘনত্বে কনিডিয়ার সাসপেনশন স্প্রে করে ইনোকুলেশন করা হয়। ইনোকুলেশনের পর, কনিডিয়ার অঙ্কুরোদগম এবং সংক্রমণ প্রক্রিয়া সহজ করার জন্য গাছগুলোকে প্রায় ৯৮% আর্দ্রতা এবং ২৫° সেলসিয়াস তাপমাত্রায় ২৪ ঘণ্টা অন্ধকারে রাখা হয়েছিল। এরপর গাছগুলোকে ১৪-ঘণ্টার আলোকচক্র, ২২°সে দিন/১৯°সে রাত এবং ৭০% আর্দ্রতায় চাষ করা হয়েছিল। ইনোকুলেশনের ২২ দিন পর রোগের স্কোর নির্ধারণ করা হয় এবং কাণ্ড ও পাতায় নেক্রোটিক ক্ষতের উপস্থিতি বা অনুপস্থিতির উপর নির্ভর করে এর মান ০ (অনাক্রম্য) থেকে ৯ (অত্যন্ত সংবেদনশীল) পর্যন্ত ছিল। এছাড়াও, স্কোর নির্ধারণের পর গাছগুলোর ওজন পরিমাপ করা হয়েছিল। মার্কার জিনোটাইপ এবং রোগের ফেনোটাইপের মধ্যে সম্পর্ক পয়েন্ট-টু-সিকোয়েন্স কোরিলেশন হিসেবে গণনা করা হয়েছিল (অ্যানথ্রাকনোজ প্রতিরোধ ফেনোটাইপ বিশ্লেষণের জন্য লাইন সেটে হেটেরোজাইগাস মার্কারের অনুপস্থিতি)।